Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A0 F0 I0 R1	38	326.9	11315490	97.9%	11077864	91.0

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	USA300TCH1516_ALE	512,643	A→G	19.9%	intergenic (+711/‑6052)	recR → / → speA_2	Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	USA300TCH1516_ALE	512,643	0	A	G	19.9%	1081.7 / 233.9	446	intergenic (+711/‑6052)	recR/speA_2	Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (180/176); new base G (39/50); total (219/227)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.87e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 486 total aligned reads displayed.

ATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACT  >  USA300TCH1516_ALE/512553‑512734

  ttgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaat                                                                                           >  1:1365258/1‑91 (MQ=255)

  ttgttgAGGAAAACAAAACAAATCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaat                                                                                           <  2:3682518/91‑1 (MQ=255)

    gttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaataa                                                                                         >  1:1789087/1‑91 (MQ=255)

     ttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATaaa                                                                                        >  1:3901713/1‑91 (MQ=255)

     ttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATaaa                                                                                        <  2:1278773/91‑1 (MQ=255)

        aGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATg                                                                                     <  1:4445725/91‑1 (MQ=255)

        aGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATg                                                                                     <  1:820629/91‑1 (MQ=255)

           caaacaaaACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGtat                                                                                  <  2:1075173/91‑1 (MQ=255)

           caaacaaaACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGtat                                                                                  >  1:3449488/1‑91 (MQ=255)

           caaacaaaACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGtat                                                                                  <  1:4810992/91‑1 (MQ=255)

             aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaa                                                                                <  1:3244865/91‑1 (MQ=255)

              acaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaat                                                                               >  2:3330893/1‑91 (MQ=255)

              acaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaat                                                                               >  2:5246240/1‑91 (MQ=255)

               caaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatt                                                                              <  1:5406724/91‑1 (MQ=255)

                aaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatta                                                                             <  1:262495/91‑1 (MQ=255)

                 aaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaa                                                                            >  1:3846218/1‑91 (MQ=255)

                 aaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaa                                                                            >  1:1032294/1‑91 (MQ=255)

                  aacaacTAAACTTAATAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTTACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaat                                                                           <  2:5605294/91‑1 (MQ=255)

                   acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATaattaatt                                                                          >  2:2253945/1‑91 (MQ=255)

                   acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATaattaatt                                                                          >  1:911446/1‑91 (MQ=255)

                   acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATaattaatt                                                                          <  1:3598201/91‑1 (MQ=255)

                   acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATaattaatt                                                                          >  1:28599/1‑91 (MQ=255)

                   acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTCAAATGTCAATAAAATGTATaattaatt                                                                          >  2:3818499/1‑91 (MQ=255)

                    caactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTc                                                                         <  1:2045318/91‑1 (MQ=255)

                     aactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                        >  2:1138688/1‑91 (MQ=255)

                     aactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                        <  2:1495055/91‑1 (MQ=255)

                      actcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCtt                                                                       >  1:4300571/1‑91 (MQ=255)

                      actcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCtt                                                                       >  2:4969442/1‑91 (MQ=255)

                       ctcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTg                                                                      <  1:637083/91‑1 (MQ=255)

                         caactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTc                                                                    <  2:1829570/91‑1 (MQ=255)

                            ctTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                 <  2:346692/91‑1 (MQ=255)

                            ctTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                 <  1:1844090/91‑1 (MQ=255)

                              tAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTaa                                                               <  2:3172984/91‑1 (MQ=255)

                              tAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTaa                                                               >  1:2474270/1‑91 (MQ=255)

                              tAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTaa                                                               >  2:3407334/1‑91 (MQ=255)

                                aGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGa                                                             <  1:5213417/91‑1 (MQ=255)

                                   aaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaa                                                          >  1:4174242/1‑91 (MQ=255)

                                   aaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaa                                                          >  2:4383630/1‑91 (MQ=255)

                                    aTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaaa                                                         <  2:3522141/91‑1 (MQ=255)

                                    aTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaaa                                                         >  1:4215481/1‑91 (MQ=255)

                                      aaCTTGAATTACTAACGAAACTTAATTTTAAAAACATATTGACTTAAATGTTAATATAATGTATATTTAATTCTTGTCGGTAAGaaaaagg                                                       <  2:4713671/91‑3 (MQ=255)

                                      aaCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATg                                                       <  1:1102964/91‑1 (MQ=255)

                                      aaCTTGAATTACTAACGAAAATTAACTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATg                                                       <  2:5226026/91‑1 (MQ=255)

                                       aCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGa                                                      >  2:2125950/1‑91 (MQ=255)

                                         ttGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc                                                    >  1:1919975/1‑91 (MQ=255)

                                           gAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAt                                                  >  2:5380850/1‑91 (MQ=255)

                                           gAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAt                                                  >  2:87613/1‑91 (MQ=255)

                                            aaTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt                                                 <  2:486157/91‑1 (MQ=255)

                                             aTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg                                                >  2:2359407/1‑91 (MQ=255)

                                              ttACTAACGAAAATTAATTTTAATAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGa                                               >  2:1891378/1‑91 (MQ=255)

                                                aCTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaa                                             <  1:737472/91‑1 (MQ=255)

                                                  tAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc                                           >  1:4856710/1‑91 (MQ=255)

                                                  tAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc                                           >  2:2201158/1‑91 (MQ=255)

                                                    aCGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                         <  2:1339681/91‑1 (MQ=255)

                                                    aCGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCGTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                         <  1:5511393/91‑1 (MQ=255)

                                                     cGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa                                        >  2:4630350/1‑91 (MQ=255)

                                                     cGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa                                        >  2:1960523/1‑91 (MQ=255)

                                                      gAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGaa                                       <  1:1567838/91‑1 (MQ=255)

                                                      gAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGaa                                       <  1:5123683/91‑1 (MQ=255)

                                                       aaaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAAt                                      <  2:3858926/91‑1 (MQ=255)

                                                         aattaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                    <  2:712437/91‑1 (MQ=255)

                                                          attaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGAc                                   >  2:1587791/1‑91 (MQ=255)

                                                           ttaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACa                                  >  1:4595035/1‑91 (MQ=255)

                                                           ttaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACa                                  <  2:2534586/91‑1 (MQ=255)

                                                            taattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACaa                                 <  1:2932485/91‑1 (MQ=255)

                                                               ttttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                              >  2:2607307/1‑91 (MQ=255)

                                                               ttttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                              >  2:2769695/1‑91 (MQ=255)

                                                               ttttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                              <  1:1699669/91‑1 (MQ=255)

                                                               ttttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                              >  2:588031/1‑91 (MQ=255)

                                                               ttttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                              >  2:5009366/1‑91 (MQ=255)

                                                               ataaaaaaaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTATCAGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                              <  2:2650152/87‑1 (MQ=38)

                                                                  aaaaaaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTc                           >  1:2756319/2‑91 (MQ=255)

                                                                   aaaaaGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa                          <  2:2733209/91‑1 (MQ=255)

                                                                      aaGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACg                       >  2:4063391/1‑91 (MQ=255)

                                                                       cgTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGt                      >  2:2029555/2‑91 (MQ=255)

                                                                       aGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGt                      <  1:3001584/91‑1 (MQ=255)

                                                                       aGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGt                      >  1:4948098/1‑91 (MQ=255)

                                                                       aGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGt                      >  1:1313484/1‑91 (MQ=255)

                                                                        gTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTCGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGACTGACAATATGTCAACGtt                     >  2:2998826/1‑91 (MQ=38)

                                                                        gTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGtt                     <  2:3986872/91‑1 (MQ=255)

                                                                        gTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGtt                     <  1:2173065/91‑1 (MQ=255)

                                                                           aTTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                  <  1:1463572/91‑1 (MQ=255)

                                                                           aTTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                  <  1:4051027/91‑1 (MQ=255)

                                                                           aTTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                  <  2:2443513/91‑1 (MQ=255)

                                                                           aTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                  <  1:3395937/91‑1 (MQ=255)

                                                                           aTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                  <  2:1159687/91‑1 (MQ=255)

                                                                            ttGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGACTGACAATATGTCAACGTTAAtt                 >  2:1046797/1‑91 (MQ=255)

                                                                            ttGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTTAACGTTAAtt                 <  2:5082814/91‑1 (MQ=255)

                                                                            ttGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                 >  1:233775/1‑91 (MQ=255)

                                                                            ttGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                 <  2:1695643/91‑1 (MQ=255)

                                                                            ttGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCGTGTCGGTAACAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                 >  2:5456013/1‑91 (MQ=25)

                                                                             tGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTc                >  2:5093821/1‑91 (MQ=255)

                                                                                cTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa             <  2:5194465/91‑1 (MQ=255)

                                                                                cTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa             <  1:3726211/91‑1 (MQ=255)

                                                                                  tAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa           <  2:4288535/91‑1 (MQ=255)

                                                                                    aaTGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaaa         >  2:4797538/1‑91 (MQ=255)

                                                                                      agTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCAGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACg       <  2:4881196/90‑1 (MQ=255)

                                                                                       gTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAAATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGt      <  1:2689408/91‑1 (MQ=255)

                                                                                        ttAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTa     >  1:5029190/1‑91 (MQ=255)

                                                                                          aataaAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc   >  2:4454430/1‑91 (MQ=255)

ATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACT  >  USA300TCH1516_ALE/512553‑512734

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A