Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F121 I0 R1
|
45 |
69.8 |
1582072 |
96.2% |
1521953 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
512,643 |
A→G |
43.9% |
intergenic (+711/‑6052) |
recR → / → speA_2 |
Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 512,643 | 0 | A | G | 43.9%
| 57.3
/ 192.4
| 163 | intergenic (+711/‑6052) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (52/38); new base G (38/33); total (92/71) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.33e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
AGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCAT > USA300TCH1516_ALE/512503‑512781
|
gtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaataa > 1:244627/1‑141 (MQ=255)
aaTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTCTTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATaaaa > 1:743099/1‑141 (MQ=255)
ttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATg > 1:402564‑M1/110‑141 (MQ=255)
gctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaataaaccatagggtaaaaaataaaagggacaagataaAAAAAGATATGGACTTAAATGTTGATAAAATGtata < 1:227271‑M1/36‑1 (MQ=255)
ctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggataaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAatgtacaa < 1:671917‑M1/37‑4 (MQ=255)
tgttgtTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATCGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTGATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatt < 1:447131/141‑1 (MQ=255)
tgttgtTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatt < 1:759014/141‑1 (MQ=255)
ttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaa < 1:715787‑M1/41‑1 (MQ=255)
ttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggtgaaaaaataaaagggacaagataaAAACAGGTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaa < 2:349502‑M1/41‑1 (MQ=255)
tgttAAGCAGTCTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaat < 1:374463/141‑1 (MQ=255)
tttaacaaGTTTCAAAGCATGTATATTATTTATTCTCTGAGCAAATTAAATTAACACAACTGAAGAAATAACTTTCATTCTTGAAGAAAGATAAAAATTAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAAGTAGaactaatt < 2:318845/134‑1 (MQ=255)
gttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATaattaatt < 1:655845/141‑1 (MQ=255)
cgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGCTAAAATGTATAATTAATTCt < 1:214245‑M1/45‑1 (MQ=255)
aaGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCtt > 2:261972/1‑141 (MQ=255)
aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg > 1:543160/1‑141 (MQ=255)
gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTTTTGTAGGTa < 2:672547‑M1/53‑1 (MQ=255)
gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGtcggga < 2:562244‑M1/53‑3 (MQ=255)
tGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTaa > 1:175319/1‑141 (MQ=255)
taaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg < 1:314723/140‑1 (MQ=255)
agtcgcaattatgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg > 2:539881‑M1/87‑141 (MQ=255)
agtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg > 1:517580‑M1/87‑141 (MQ=255)
aaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaa > 1:620008/1‑141 (MQ=255)
tacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGaa > 1:593682‑M1/78‑141 (MQ=255)
aataagatttaattGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGaa < 2:750950/135‑1 (MQ=255)
gttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAAGGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAt > 1:156884‑M1/75‑141 (MQ=255)
ttccgctagagtagaccgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt < 1:587482‑M1/68‑1 (MQ=255)
ttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt < 2:443828‑M1/68‑1 (MQ=255)
gTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTCACGACAATTAATTTTAAAAAGTTATTGCCTTAAATGTTAATAAAAGGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAGGAACAtt > 1:462465/1‑141 (MQ=255)
gTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt > 1:552270/1‑141 (MQ=255)
ctccgctagagtagaacggtgccaggcagtttcttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACATAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt > 1:527702‑M1/74‑141 (MQ=255)
tccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAGAATGAACATTg > 2:592247‑M1/73‑141 (MQ=255)
atttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGa < 2:34145/141‑1 (MQ=255)
gctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaa > 1:632972‑M1/70‑141 (MQ=255)
gctagagtagaaagatgacaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTAAAAAAAAAAAAAAATGAACATTGaaa > 2:250029‑M1/70‑141 (MQ=255)
atttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc < 1:390457/141‑1 (MQ=255)
tttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt < 2:419908/141‑1 (MQ=255)
tttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt > 1:661566/1‑141 (MQ=255)
tttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt > 1:131444/1‑141 (MQ=255)
tttGTTAAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt < 2:355637/141‑1 (MQ=255)
agagtagaacgttgacaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTCAGACAAATGAACATTGAAAACt < 1:436523‑M1/75‑1 (MQ=255)
tgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACtaa > 2:361541/1‑139 (MQ=255)
tgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATAAACATTGAAAACTGa > 2:361537/1‑141 (MQ=255)
gttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGaa > 2:309816/1‑141 (MQ=255)
gttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGaa > 2:431718/1‑141 (MQ=255)
gCAAACAAAACAACTCAACTTACGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACAGAATGACaa > 2:144009/1‑141 (MQ=255)
gCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACaa < 1:112732/141‑1 (MQ=255)
gCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACaa < 1:101973/141‑1 (MQ=255)
caaacaaaACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGCATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAat > 2:34726/1‑141 (MQ=255)
aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat > 1:77864/1‑141 (MQ=255)
aggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAAATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa < 1:392336‑M1/91‑1 (MQ=255)
tcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATCGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTaa > 1:109370/1‑141 (MQ=255)
ctTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGTATATTAATTGTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc < 1:11880/141‑1 (MQ=255)
aaataaaattttggttaaaaaaaaaaatggaaaaaataaAAAAAGTTATTGACTAAAATGTTGATAAAAGTTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAAGTTAATTcc > 2:116309‑M1/40‑141 (MQ=255)
atcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa > 1:713608‑M1/38‑141 (MQ=255)
acaaatattgggtaaaaaagaaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAAGTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa > 2:425827‑M1/37‑141 (MQ=255)
aGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGAAAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa > 2:767519/1‑141 (MQ=255)
aaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaa < 2:499237‑M1/107‑1 (MQ=255)
aattttgttgaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGGTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaaa < 2:494183‑M1/108‑1 (MQ=255)
aattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaaa < 1:79665‑M1/108‑1 (MQ=255)
aaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGGCAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAAc > 1:694946/1‑141 (MQ=255)
ttttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTAAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACg > 1:332977‑M1/32‑141 (MQ=255)
aaCTTGATCTATGAACGAAAATGTATTATAAGAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATGCTTGTCGGTAAGAAAAACGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACTTTAATTCCAAAAAACGTa < 2:725278/141‑1 (MQ=25)
ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc < 2:614498‑M1/114‑1 (MQ=255)
ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTAAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc < 1:12300‑M1/114‑1 (MQ=255)
cTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc < 1:219291/141‑1 (MQ=255)
cTTAAATAACTAACGAAAAATAAAATAAAAAAATTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGAATAAATAACTCTTCTCGGTAAGAAAAATGAACATAGAACACTGAATCACAATATGTCAACAAAAAAAAAAAAAAACGTAAc < 2:617246/141‑1 (MQ=255)
gttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACt < 1:385703‑M1/115‑1 (MQ=255)
ttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTACTTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATAGAAAAATGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAAAGTAACta < 2:139672‑M1/116‑1 (MQ=255)
ggAATTACTAACGAAAATTAAATTTAAAAAGTCATTGACTTAAAAGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGAAAGAAAATTGAACATTGAAAACTGAATGACACTATGTCAACGTTAGTTCTAAAAAACGTAACta > 2:766759/2‑141 (MQ=37)
aaaaataaaatgtacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTTAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa > 1:381378‑M1/23‑141 (MQ=255)
aTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGGATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa > 2:673176/1‑141 (MQ=255)
aTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAAATTGAAAACTGAATGACAATATGTGAACGGTAATTCCACAAAACGTAACTGTaa > 1:216058/1‑141 (MQ=38)
tACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGt < 2:282123/141‑1 (MQ=255)
aataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt > 1:753744‑M1/20‑141 (MQ=255)
cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtatatttta > 1:4281/1‑136 (MQ=255)
cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa > 1:140792/1‑141 (MQ=255)
tAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAc < 1:191828/141‑1 (MQ=255)
aatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAGCTGAATGACAATATGTCAACGTTAAGTCCAAAAGACGTAACTATAAGTTACaaa > 1:511211‑M1/15‑141 (MQ=255)
aatggacaagataaAAAAAGTGATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATATCAACGTTAATTCAAAAAAACGTAACTATAAGTAACaaa < 2:469414‑M1/127‑1 (MQ=255)
tggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa > 1:57577‑M1/13‑141 (MQ=255)
aggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa > 1:16850‑M1/13‑141 (MQ=255)
aaacTTAATTTTAAAAATGTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAGTGTAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa < 2:527620/141‑1 (MQ=25)
aaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACat > 2:568527/1‑141 (MQ=255)
aattaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatt > 1:135301/1‑141 (MQ=255)
attaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta < 2:77864/141‑1 (MQ=255)
taattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattatt > 1:146205/1‑141 (MQ=255)
aagataaAAAAAGGTATTGACTTAAATGTTGATACAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattatt > 2:648731‑M1/8‑141 (MQ=255)
agataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAAATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAAAAAAATTAttt < 2:236102‑M1/135‑1 (MQ=255)
gatacAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCTAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTa < 1:535797‑M1/136‑1 (MQ=255)
tttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTGTAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTACTTGCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACataattctgt > 1:324497/1‑137 (MQ=25)
ttAAAAATTTATTGCATTAAATGTTAATAAAATGTATATTTAATCTTTGTCGTTAACAAAACTGAACATTGAAAACTGAATGACAATACGTAAACGTTAATTCCAAAAATCGTAACTTTAAGTTACAAACATTATTTAGTa < 2:143987/141‑1 (MQ=18)
aAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAt > 2:688401‑M1/2‑141 (MQ=255)
aaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAAAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTAt < 2:715787/141‑1 (MQ=255)
ttATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAGTTATGAg > 2:437344/1‑141 (MQ=255)
ttATCGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAg > 2:546345/1‑141 (MQ=255)
aTTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTACCTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCt > 1:468826/1‑141 (MQ=255)
ttGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATCGAAAACAGAATGACAATATGTCAACGTTAATACCAAAAAACGTAACTATAAGATACAAACATTATTTAGAATATATGAGCTa > 2:177693/1‑141 (MQ=21)
ttGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTAGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGATTGACAATGTGTCAACAAATATACCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAATATTTATGAGCTa > 1:149359/1‑141 (MQ=21)
tGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATCTATGAGCTaa > 2:373079/1‑141 (MQ=255)
aaTGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAca < 2:302969/141‑1 (MQ=255)
|
AGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCAT > USA300TCH1516_ALE/512503‑512781
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
