Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F104 I0 R1
|
54 |
57.6 |
1336546 |
96.4% |
1288430 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
512,643 |
A→G |
53.8% |
intergenic (+711/‑6052) |
recR → / → speA_2 |
Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 512,643 | 0 | A | G | 53.8%
| 9.6
/ 142.2
| 110 | intergenic (+711/‑6052) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/19); new base G (33/24); total (66/44) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.43e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.26e-01 |
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
AGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCAT > USA300TCH1516_ALE/512503‑512781
|
aGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAACTGTta > 2:339408/1‑141 (MQ=255)
aGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTta > 1:67039/1‑141 (MQ=255)
aGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTGGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTta > 2:289586/1‑141 (MQ=255)
aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAt > 2:623055/1‑141 (MQ=255)
ttACTGTTTTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGtat < 2:427907/141‑1 (MQ=255)
agctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtat < 2:214260‑M1/35‑1 (MQ=255)
agctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtat < 1:29110‑M1/35‑1 (MQ=255)
gttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATATTAATAAAATGTAtaatta > 2:141741/1‑141 (MQ=255)
gttgttAAGCAGATTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATAGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatta > 2:562569/1‑141 (MQ=255)
tgttAAGCACTTTGAAATCCTGTATAGTATTTATTTGATGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaat < 2:658297/141‑1 (MQ=255)
cgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCt > 2:121661‑M1/97‑141 (MQ=255)
ttgatggtagtagaacttacgttacgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagaaaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTg > 2:331420‑M1/95‑141 (MQ=255)
tcgattgtaggcgaacgtacgttcctctagagtagaacgttgccaggcatttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTg > 1:74417‑M1/95‑141 (MQ=255)
aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg > 1:366196/1‑141 (MQ=255)
aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg > 2:165897/1‑141 (MQ=255)
gTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTGAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCgg > 2:436342/1‑141 (MQ=255)
agtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGtaaa < 2:396433‑M1/55‑2 (MQ=255)
agtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg > 2:115656‑M1/87‑141 (MQ=255)
gaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggtagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATACTTAATTCTTGTCGGTAAGaaaa > 2:485868‑M1/83‑141 (MQ=255)
gCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaa > 1:506692/1‑141 (MQ=255)
acgttccgctagagtagaacgttgccaggtatttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc > 2:381037‑M1/77‑141 (MQ=255)
acgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc < 2:271370‑M1/65‑1 (MQ=255)
acgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc < 1:208788‑M1/65‑1 (MQ=255)
cgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACa < 2:25486‑M1/66‑1 (MQ=255)
cgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACa < 1:539245‑M1/66‑1 (MQ=255)
cgttccgctagagtagaacggtgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACa > 2:328716‑M1/76‑141 (MQ=255)
gTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt < 2:638178/141‑1 (MQ=255)
tgcgctagagtagtacgttgccaggcagttttttaatctatttttggttaaaaaataaaatggacaaaataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg > 2:12669‑M1/73‑141 (MQ=255)
tatttataTGTTGAGTCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACAAAAATTAATTTCAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg < 2:51090/141‑1 (MQ=255)
tagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc > 1:633523‑M1/68‑141 (MQ=255)
tagagtagaacgttgccaggcagtttttgaatcaaattttggttaaaaaataaattggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc < 1:429966‑M1/74‑1 (MQ=255)
tttGTTGAGACAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTGAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt < 2:184534/141‑1 (MQ=255)
ttgttgCGACAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg < 2:179121/141‑1 (MQ=255)
ttgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg < 1:321365/141‑1 (MQ=255)
tgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa > 2:610682/1‑141 (MQ=255)
tagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTGGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCTGTAAGAAATTTTAACATGGAAAACTTAAt < 1:300900‑M1/79‑1 (MQ=255)
tgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATg > 2:551885/1‑141 (MQ=255)
gaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa < 1:537745‑M1/81‑1 (MQ=255)
gAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa > 1:333706/1‑141 (MQ=255)
gCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACaa > 1:229450/1‑141 (MQ=255)
gttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAat > 1:596252‑M1/57‑141 (MQ=255)
aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat > 1:352283/1‑141 (MQ=255)
aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAACTTGAAAAATGAATGACAatat > 2:452704/1‑141 (MQ=255)
gccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatttacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATg < 2:437910‑M1/88‑1 (MQ=255)
gccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATg < 2:229483‑M1/88‑1 (MQ=255)
gccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGGCGGTACGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACaatatt < 2:228260‑M1/88‑2 (MQ=255)
acaaaacaaCTCAACTTAAGAAAGAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATg > 2:476189/1‑141 (MQ=255)
caaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGt > 1:15678/1‑141 (MQ=255)
aggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAACGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa < 1:432453‑M1/91‑1 (MQ=255)
aaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa < 1:207542/141‑1 (MQ=255)
aacaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa > 2:478911/1‑141 (MQ=255)
aacaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa > 2:553216/1‑141 (MQ=255)
acacaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGtt < 1:607402/138‑1 (MQ=255)
ttttaaacaaaagttggttaaaaaagaaaaatgacaagataaAAAAAGTTATGGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCTGTTAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt > 2:476288‑M1/43‑141 (MQ=255)
tttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt > 2:320389‑M1/42‑141 (MQ=255)
tttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt > 1:214260‑M1/42‑141 (MQ=255)
tttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt > 1:284380‑M1/42‑141 (MQ=255)
tttaatcaaagtatggttaaaaaataaaaaggaaaaaataaAAAAAGTTATTGAATTAAAAGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATgtcaacgaaaaaa > 2:29110‑M1/42‑135 (MQ=255)
aactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt < 1:234625/141‑1 (MQ=255)
ctTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc < 1:306288/141‑1 (MQ=255)
atcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAACTTCATGACTTAGGTGGTTGTAGATTGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGATAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa > 2:469125‑M1/38‑141 (MQ=255)
atcaaattgtggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa > 2:659391‑M1/38‑141 (MQ=255)
aacaaattttggttaaaaaacaaaatggctaagataaAAAAAGTTAGTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa > 1:595554‑M1/38‑141 (MQ=255)
tcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa > 2:208788‑M1/37‑141 (MQ=255)
caaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTTATAAAAGGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTCAAACCGGAATGACCAGATGTCAACGTTAATTCCaaaa < 1:123660‑M1/106‑1 (MQ=255)
caaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa < 1:108398‑M1/106‑1 (MQ=255)
caaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa < 1:577310‑M1/106‑1 (MQ=255)
aaaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaaa < 1:142717/141‑1 (MQ=255)
aTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTATTGTGGATAAGAAAAAAGAACGTTGAGAAATGAATGAGAATATGTCAAAGTTAATTCCTAAAAACg > 2:461025/1‑141 (MQ=255)
tttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGGCTTAAATTTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGt > 2:272058‑M1/31‑141 (MQ=255)
cTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCATACAGATATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGCACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc > 2:440441/1‑141 (MQ=37)
aaTTACTAACGAAAATTATTTTTACATAATTATTGACTTAAATGTGAATAAAATGCATGACTAACGCTTGTCATTAAGAAAAAGGTACATACAGATGTGAAGGACAATACTTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtata < 2:58233/141‑1 (MQ=16)
taaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAGTATAAGTTAc < 1:663008‑M1/124‑1 (MQ=255)
aaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTCATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa > 1:4333‑M1/17‑141 (MQ=255)
aatggacaagataaAAAAACTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATGAATTCTTGTAGGTAAGAAAAATGAACAGTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa > 2:13102‑M1/15‑141 (MQ=255)
tggacaagataaAAAAAGTTATTGACGTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa > 1:406168‑M1/13‑141 (MQ=255)
aattTTAAAAAGTTATTGATTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTAGGTAATTTAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt < 1:154531/141‑1 (MQ=21)
aattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt > 1:244057/1‑141 (MQ=255)
aaaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg > 2:620032‑M1/5‑141 (MQ=255)
aaaAAAAAGTTATTGACTTAAATTTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGACAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt > 1:560427‑M1/4‑141 (MQ=255)
aaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTa < 2:235491‑M1/139‑1 (MQ=255)
aaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTACAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTAAAAGTTACAAACATTATTTAGTa < 1:461038‑M1/139‑1 (MQ=255)
aaaaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAttt < 1:245263/141‑1 (MQ=255)
ataGTTATTGACATAAATGTTGATAAAATGGATAATTAATTCTGGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAATGAATGACAATATGTAAACGTTAATTCCAAAAAACGTACCTCTAAGTTAAAAACATGATTTAGTAATTa > 2:441631/3‑141 (MQ=21)
aGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTCAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACCAACATTATTTAGTATTTATg > 1:258177/1‑141 (MQ=255)
aGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCC‑AAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGa > 2:35654/1‑141 (MQ=255)
ttATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAg < 1:437173/141‑1 (MQ=255)
tATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGc > 2:134133/1‑141 (MQ=255)
tATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGc > 1:132033/1‑141 (MQ=255)
tATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGc > 1:132108/1‑141 (MQ=255)
tATTGACTTAAATGTGAATAAAATGAATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGc > 1:332994/1‑141 (MQ=255)
ttGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACGTTGAAAACTGAATGACAATTTGTCAACGTTAATTCTAAAAAACGTAATTATAAGTTGTAAACATTATTTAGTGTTTATGAGTTa > 2:344335/1‑141 (MQ=21)
tGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTaa < 2:372354/141‑1 (MQ=255)
gACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAAt > 2:12392/1‑141 (MQ=255)
aCTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATc > 1:658586/1‑141 (MQ=255)
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aaagTTGATAAAATGTATAAGTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATACCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTCAGTATTTATGAGCTAATCAAAca < 2:69062/138‑1 (MQ=18)
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gTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatca < 1:582128/141‑1 (MQ=255)
ttAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATGGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatcat < 1:123903/141‑1 (MQ=255)
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AGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCAT > USA300TCH1516_ALE/512503‑512781
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
