Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F178 I0 R1 41 49.4 1100758 95.6% 1052324 140.0

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA USA300TCH1516_ALE 512,643 A→G 42.8% intergenic (+711/‑6052) recR → / → speA_2 Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE512,6430AG42.8% 41.5 / 84.6 84intergenic (+711/‑6052)recR/speA_2Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (24/24);  new base G (17/19);  total (41/43)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.29e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

TGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATA  >  USA300TCH1516_ALE/512506‑512782
                                                                                                                                         |                                                                                                                                           
tgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGTCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaat                                                                                                                                           <  1:546896/140‑1 (MQ=255)
   aaTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTGTGCAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATaaa                                                                                                                                        >  2:142213/1‑140 (MQ=255)
    aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAATTATTTACTTAAATGATAGTaaaa                                                                                                                                       >  2:95740/1‑140 (MQ=255)
         tACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGtat                                                                                                                                  <  1:529797/140‑1 (MQ=255)
         gctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtaaaactttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAATTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtat                                                                                                                                  <  1:23045‑M1/35‑1 (MQ=255)
           tccttagcgtcgctggtagtcgaacttccgttccgccagcgtagaacgttgccaggcagttttttcatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAACGTTCTTGACTTACATGCTGATCAAATCTAtaa                                                                                                                                <  2:108037‑M1/37‑1 (MQ=255)
           tccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatgaacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAAAGTTGATAAAATGTAtaa                                                                                                                                <  1:257443‑M1/37‑1 (MQ=255)
           cTGTTGTTAAGCAGTTTGAGAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGCCTTAAATGTTAATAAAATGTAtaa                                                                                                                                >  2:300271/1‑140 (MQ=255)
           cTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTTACGAAAATTAATTTTAATAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaa                                                                                                                                <  1:348925/140‑1 (MQ=255)
            ccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaat                                                                                                                               <  1:314977‑M1/38‑1 (MQ=255)
            ccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaat                                                                                                                               <  1:159956‑M1/38‑1 (MQ=255)
             gttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatt                                                                                                                              >  1:525483/1‑140 (MQ=255)
             cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaatcaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatt                                                                                                                              >  1:236632‑M1/102‑140 (MQ=255)
             cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatt                                                                                                                              <  1:293944‑M1/39‑1 (MQ=255)
              ttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatagacaaaataaAAAAAGTTATTGACTGAAATGGGGATAAAATGTAtaatta                                                                                                                             <  1:346256‑M1/40‑1 (MQ=255)
                 gcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagacaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATaattaatt                                                                                                                          >  1:501211‑M1/98‑140 (MQ=255)
                       aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATTTTAATAAAATGTATAATTAATTATTTTc                                                                                                                    >  1:211559/1‑140 (MQ=255)
                       aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTc                                                                                                                    >  1:428972/1‑140 (MQ=255)
                         ggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCgg                                                                                                                  <  1:362444‑M1/51‑1 (MQ=255)
                         ggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCgg                                                                                                                  <  1:371308‑M1/51‑1 (MQ=255)
                                 aacttacgtttcgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaa                                                                                                          >  2:297616‑M1/82‑140 (MQ=255)
                                  cTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaaa                                                                                                         <  1:446007/140‑1 (MQ=255)
                                  cTGTATAGTATTTATGTGTTGAGGCAAACAGAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaca                                                                                                         >  2:186605/1‑138 (MQ=255)
                                   cttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAt                                                                                                        <  1:347603‑M1/61‑1 (MQ=255)
                                   cttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTATTGACGGAAAGAAAAAt                                                                                                        <  2:511468‑M1/61‑1 (MQ=255)
                                   cttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAAAGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAt                                                                                                        <  2:318972‑M1/61‑1 (MQ=255)
                                    gTATAGTATTTATTTGTTGAAGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATg                                                                                                       <  2:383806/140‑1 (MQ=255)
                                     tataGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACAAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGa                                                                                                      >  1:10414/1‑140 (MQ=255)
                                       cgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaagtaaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGATAAGAAAAATGAAc                                                                                                    <  1:225934‑M1/65‑1 (MQ=255)
                                       cgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatagacaagataaAAAAAGTTATTGACTTATATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc                                                                                                    <  1:167917‑M1/65‑1 (MQ=255)
                                         ttccgctagaggagaacgttgccaggcagttttttaataaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATGGACTTAAATGTTGATAACATGTATAATTAATTCTTGTCGGTACGAAAAatgaaact                                                                                                  <  2:37826‑M1/67‑4 (MQ=255)
                                           atttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAATTTAAGAAATAACTTGCATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg                                                                                                <  1:95740/140‑1 (MQ=255)
                                              tatttGTTGAAGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaa                                                                                             <  1:242992/140‑1 (MQ=255)
                                              ctatagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaa                                                                                             >  1:315696‑M1/69‑140 (MQ=255)
                                                 ttgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGACTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGACAACt                                                                                          >  1:291328/1‑140 (MQ=255)
                                                 ttgtggAGGACAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAAGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt                                                                                          <  2:294875/140‑1 (MQ=255)
                                                  tgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                                                                         <  2:174228/140‑1 (MQ=255)
                                                  agtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattctggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAACTGAACATTGAAAACTg                                                                                         >  1:305891‑M1/65‑140 (MQ=255)
                                                      gaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATg                                                                                     <  1:547857‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                                      gAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATg                                                                                     >  2:309949/1‑140 (MQ=255)
                                                       aacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                                                                    >  1:500874‑M1/60‑140 (MQ=255)
                                                             acaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATATTAAAAAATTATAGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAAATAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                                                                              >  1:8663/1‑140 (MQ=255)
                                                               aaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGt                                                                            >  1:420592/1‑140 (MQ=255)
                                                                  gcagttgtttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAACGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa                                                                         >  2:160010‑M1/49‑140 (MQ=255)
                                                                  acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAGATAAATGTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa                                                                         >  2:414132/1‑140 (MQ=255)
                                                                  acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAAATTGAAAACTGAATGACAAAATGTaaa                                                                         >  1:263302/1‑140 (MQ=255)
                                                                      ctcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTAAAAAAAAAAAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGtt                                                                     <  2:280449/140‑1 (MQ=38)
                                                                          ttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTCATTCTTGTCGGCAAGAAAAACGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                                                 >  1:295254‑M1/41‑140 (MQ=255)
                                                                          ttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggaaaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                                                 >  1:295290‑M1/41‑140 (MQ=255)
                                                                          actTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                                                 <  1:430196/140‑1 (MQ=255)
                                                                              aaaaaaTAATTTTAATTATTAAAGAAAATTAATTTTAAAAAATTATTGACTTAAATGTTAAAAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa                                                             <  2:205627/137‑1 (MQ=37)
                                                                               aGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa                                                            >  2:164167/1‑140 (MQ=255)
                                                                                 aaaTAAGTTGAAGTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATTTTAATATAATGTTTAATTAATTTTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaa                                                          <  1:68695/140‑1 (MQ=37)
                                                                                 aaaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaa                                                          <  2:525483/140‑1 (MQ=255)
                                                                                     aaCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGt                                                      <  1:439398/140‑1 (MQ=255)
                                                                                      aCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAATGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTa                                                     <  1:225555/140‑1 (MQ=255)
                                                                                      aCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTa                                                     <  2:73969/140‑1 (MQ=255)
                                                                                      aCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTAAACGTTAATTACAAAAAAAGTa                                                     >  2:243342/1‑140 (MQ=255)
                                                                                          gAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACta                                                 >  2:449283/1‑140 (MQ=255)
                                                                                           atgtACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACaat                                                >  2:142678/4‑140 (MQ=255)
                                                                                             ttACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                                              <  1:141195/140‑1 (MQ=255)
                                                                                               aataaaatggacaatataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGt                                            >  2:395035‑M1/20‑140 (MQ=255)
                                                                                                cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTACAAAAAACGTAACTATAAGtt                                           >  1:537739/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                ataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTGAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt                                           >  2:130152‑M1/19‑140 (MQ=255)
                                                                                                ataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTCAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt                                           >  1:34382‑M1/19‑140 (MQ=255)
                                                                                                       aaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa                                    <  2:536101/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                         attaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatt                                  <  1:142213/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                          aaaatataAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta                                 >  2:234777‑M1/9‑140 (MQ=255)
                                                                                                           taattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATGCTTGTCGGTAAGAAACATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAccatat                                >  2:203326/1‑135 (MQ=25)
                                                                                                            agataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattatt                               <  1:427669‑M1/134‑1 (MQ=255)
                                                                                                             attTTAAAAATTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAGGTATAAGTAATTCGTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATATGTTACAAACATTAttt                              <  2:338177/140‑1 (MQ=21)
                                                                                                             attTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt                              <  2:236157/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                              ataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTa                             >  2:547857‑M1/5‑140 (MQ=255)
                                                                                                                aaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt                           >  2:347603‑M1/3‑140 (MQ=255)
                                                                                                                aaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt                           >  1:305118‑M1/3‑140 (MQ=255)
                                                                                                                 aAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTa                          >  1:208049‑M1/2‑140 (MQ=255)
                                                                                                                 aAAAAAGGTATTAACTTAAATTTTGATAAAATGTACAATCAATTCTTGTCAGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATGCCAAAAAACGGAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTa                          >  2:468611‑M1/2‑140 (MQ=255)
                                                                                                                      aGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTAt                     >  1:175347/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                        ttATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACACACATTATTTAGTCTTTATGa                   >  2:116576/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                           ttGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAATCTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCt                <  1:368540/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                             gACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTaa              <  1:77340/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                               ctcaaaTGTTAAGAAAATGTATAATAAATTATTGTCGGTAAGAAAAATGAACAGTGAAAACTGAATGACAATATGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATc            <  2:229787/137‑1 (MQ=18)
                                                                                                                               cTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTTCAAAATCAGTCTGTTGAAGTTACAAACGTTATTTAGTATTTTGGAGCTAATc            <  1:402672/140‑1 (MQ=21)
                                                                                                                                ttAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAAAGAAACAATAAGTAACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCa           >  1:135707/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                                      gTTGATAAAATGTATTATTAATTCTTGTCGGTAAGAAATATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatc     <  1:13230/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                         aataaAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATa  >  2:172318/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                                         |                                                                                                                                           
TGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATA  >  USA300TCH1516_ALE/512506‑512782

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A