Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A5 F58 I0 R1	46	56.2	1222162	96.0%	1173275	141.0

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	USA300TCH1516_ALE	512,643	A→G	35.7%	intergenic (+711/‑6052)	recR → / → speA_2	Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	USA300TCH1516_ALE	512,643	0	A	G	35.7%	92.1 / 82.9	95	intergenic (+711/‑6052)	recR/speA_2	Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/25); new base G (15/19); total (51/44)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.00e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

GTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAA  >  USA300TCH1516_ALE/512507‑512783

gaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaatagaatggacaagataaAAGAAGTTCTTGACTTAAATGTtgataa                                                                                                                                          <  1:436342‑M1/28‑1 (MQ=255)

gaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtgataa                                                                                                                                          >  1:127132‑M1/114‑141 (MQ=255)

  agttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATaaaa                                                                                                                                        >  1:593260‑M1/112‑141 (MQ=255)

     ttttACTGTTGTTAAGCAGTTTTAAAGCCTGAATAATATTTATTTGTTGATGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGt                                                                                                                                     <  2:447849/141‑1 (MQ=255)

      aagctccgtagcggcgatggtagtcgaactcacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGta                                                                                                                                    >  2:387608‑M1/108‑141 (MQ=255)

       ttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAACGTTAATAAAATGtat                                                                                                                                   <  1:455378/141‑1 (MQ=255)

       agctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtat                                                                                                                                   <  1:579622‑M1/35‑1 (MQ=255)

        tACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGACTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAAAAACTCAACTTAAGAAATAATTTGAATTATTAAAGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGATTTAAATGTTAATAAAATGtata                                                                                                                                  >  2:552128/1‑141 (MQ=255)

        gctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtata                                                                                                                                  <  1:551906‑M1/36‑1 (MQ=255)

        gctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTAACTTAAATGTTGATAAAATGtata                                                                                                                                  <  2:250573‑M1/36‑1 (MQ=255)

         ctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgcttgggtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaa                                                                                                                                 >  2:333996‑M1/105‑141 (MQ=255)

          tccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgatccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaat                                                                                                                                <  2:356685‑M1/38‑1 (MQ=255)

           ccttagcggcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatt                                                                                                                               >  2:389219‑M1/103‑141 (MQ=255)

            gttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACAAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaaata                                                                                                                              >  1:55385/1‑141 (MQ=255)

              tgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaat                                                                                                                            >  2:481103/1‑141 (MQ=255)

              tagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaat                                                                                                                            <  2:556634‑M1/42‑1 (MQ=255)

                gcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGGTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtgaaattaatgc                                                                                                                          <  2:76268‑M1/44‑3 (MQ=255)

                   tcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcacattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTcttt                                                                                                                       <  2:32173‑M1/47‑2 (MQ=255)

                   tcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTg                                                                                                                       <  2:525665‑M1/47‑1 (MQ=255)

                   aGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATGGACTTAAATGTTAATAAAATAGATAATTAATTCTTg                                                                                                                       >  1:262499/1‑141 (MQ=255)

                    gCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGt                                                                                                                      >  1:556610/1‑141 (MQ=255)

                      aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTGGTCg                                                                                                                    >  2:95454/1‑141 (MQ=255)

                        ggtagtcggacttacgttccgctagcgtaggctgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAGAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTGGGt                                                                                                                  <  2:432643‑M1/52‑1 (MQ=255)

                        ggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTcggg                                                                                                                  <  1:201593‑M1/52‑2 (MQ=255)

                           agtcgaacttacgtgccgctagagtagaacgttgccagggagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                                               >  2:151522‑M1/87‑141 (MQ=255)

                            aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGa                                                                                                              >  1:578262/1‑141 (MQ=255)

                            aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGa                                                                                                              >  1:21159/1‑141 (MQ=255)

                            aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTATGAGTATCGTGTGACTTAAATGTTAATAAATTGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGa                                                                                                              >  1:473379/1‑141 (MQ=255)

                             aaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGCAAGaa                                                                                                             >  2:220438/1‑141 (MQ=255)

                             aaGCCTGTATAGTATTTATTTCTTGAGGCAAACAAAACAACTCAAACTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaa                                                                                                             <  2:287385/141‑1 (MQ=255)

                                ccTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaaa                                                                                                          >  2:68998/1‑141 (MQ=255)

                                aacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTAGGTAAGaaaaa                                                                                                          <  2:578304‑M1/60‑1 (MQ=255)

                                    tataGTAGTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACACCTCAACTTCAGTAATAACTTGATTCACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGaa                                                                                                      >  2:431385/1‑141 (MQ=255)

                                    gatatcatttatttTTTAATGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATAGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGaa                                                                                                      <  1:510518/135‑1 (MQ=255)

                                      cgtcccgctagagtagaacgttgctaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACa                                                                                                    >  1:160680‑M1/76‑141 (MQ=255)

                                         tatttattTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg                                                                                                 <  1:481103/141‑1 (MQ=255)

                                         tatttattTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg                                                                                                 <  1:425386/141‑1 (MQ=255)

                                         tatttattTGTTGAGGCAAACAAAACAACACAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg                                                                                                 <  1:299504/141‑1 (MQ=255)

                                              atttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc                                                                                            <  2:81602/141‑1 (MQ=255)

                                               tttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAATAAATAACTTGAATTACTAACTAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt                                                                                           <  2:57830/141‑1 (MQ=255)

                                               agagtagaacgttgacaggcaattttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGCTAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGACAAATGAACAttgaaagct                                                                                           <  2:418257‑M1/75‑4 (MQ=255)

                                                ttgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                                                                          >  2:496639/1‑141 (MQ=255)

                                                  gttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACGTAATTGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAGGAACATTGAAAACTGaa                                                                                        >  1:292142/1‑141 (MQ=255)

                                                    agaacgttgagaggcaaatttttaatcaaattttggttaaaaaagaaaatgaacaagataaAAAAAGTTCTTGACTTAAATGTAGATAAAATGTACACTTATTTCTTGTAGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATg                                                                                      >  2:459727‑M1/62‑141 (MQ=255)

                                                     gAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAGGAATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                                                                     >  1:416117/1‑141 (MQ=255)

                                                     gAGGAAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATATTTAGGATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                                                                     >  1:416279/1‑141 (MQ=255)

                                                          ttgccaggcagttttttaatcaaattttggttcaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGCATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAata                                                                                >  1:408909‑M1/56‑141 (MQ=255)

                                                          ttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAata                                                                                <  1:308338‑M1/86‑1 (MQ=255)

                                                          aaacaaaacaACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAata                                                                                >  2:537926/1‑141 (MQ=255)

                                                           aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                                                                               <  1:374332/141‑1 (MQ=255)

                                                           aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                                                                               >  2:253551/1‑141 (MQ=255)

                                                           aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAGGAACATTGAAAACTGAATGAGAagat                                                                               >  1:155031/1‑141 (MQ=255)

                                                              aaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTc                                                                            >  1:292147/1‑141 (MQ=255)

                                                              aaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACGTGCAGTACTAACGAAAATTAATTTTAAAGAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATCCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTc                                                                            <  2:362967/141‑1 (MQ=255)

                                                               aggcaggtttttaatcaaatttttgttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa                                                                           >  1:196052‑M1/51‑141 (MQ=255)

                                                               aaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa                                                                           <  2:567646/141‑1 (MQ=255)

                                                                 gcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc                                                                         >  1:218183‑M1/49‑141 (MQ=255)

                                                                  caactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACg                                                                        <  2:50245/141‑1 (MQ=255)

                                                                     ctcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTa                                                                     >  1:187798/1‑141 (MQ=255)

                                                                          ctTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc                                                                <  1:376414/141‑1 (MQ=255)

                                                                            tAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa                                                              >  1:225632/1‑141 (MQ=255)

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                                                                                        tGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACta                                                  >  1:605362/1‑141 (MQ=255)

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                                                                                         gAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGGAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAAGTTAATCGCAAAAAACGTAAAtaa                                                 >  2:255085/1‑140 (MQ=38)

                                                                                               cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa                                           >  1:116075/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                tAACGAAAATTAAGTTTAAAAAGGTATTGACTTAAATGTTAATAAAATATATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGATaa                                          >  2:146492/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                 aaCGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa                                         <  2:292147/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                  aCGAAAAGTAATTTAAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACTTTAATTCCAAAACACGTAACTATACGTTACaa                                        <  1:221631/141‑1 (MQ=37)

                                                                                                      ggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACat                                    <  2:137835‑M1/130‑1 (MQ=255)

                                                                                                         ttaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattat                                 >  2:30724/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                         ttaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACGGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattat                                 >  1:474300/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                           aattTTAAAAAGTTCTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTATTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt                               >  2:191719/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                            attTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTa                              >  2:494851/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                             ttttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTGTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAATATAAGTTACAAACATGATTTAg                             >  2:396016/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                             ttttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg                             <  2:69456/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                              tttAAAAACTTATTGAATTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTGGTCGGGAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt                            <  1:162081/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                   aaaGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTa                       <  1:369259/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                     aGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCGAAAAACGTAACTATGAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATg                     >  1:488879/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                     aGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTAACAAACATTATTTAGTATTTATg                     >  1:71473/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                       ttATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAg                   <  2:556610/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                        tATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCTGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGc                  <  2:86921/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                          ttGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTa                <  2:408390/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                           tGACTTAAATGTTGAAAAAATGTAAAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACATAAATAAAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTaa               <  2:13430/141‑1 (MQ=18)

                                                                                                                            gACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAGCGTTAATTCCAGAAAACGTAACTATAAGTTACGAACATTATGTAGTAGTTATAAGCTAAt              >  1:54514/1‑141 (MQ=21)

                                                                                                                               ttAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACACACGTTATTTAGTATTTATGAGCTAATcca           >  1:594493/1‑139 (MQ=255)

                                                                                                                               ttAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCaa           >  2:251502/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                   aTGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATCCCAAAAAACGTAACTATAAGTTCCAAACCTTATTTAGTATTTATGACCTAATCAAAcat       >  1:111262/1‑141 (MQ=18)

                                                                                                                                   aTGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcat       >  1:403051/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                        aataaAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATaa  >  1:177944/1‑141 (MQ=255)

GTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAA  >  USA300TCH1516_ALE/512507‑512783

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 13 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A