Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F15 I0 R1
|
22 |
59.5 |
1335882 |
95.9% |
1281110 |
140.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
512,643 |
A→G |
46.4% |
intergenic (+711/‑6052) |
recR → / → speA_2 |
Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 512,643 | 0 | A | G | 46.4%
| 51.8
/ 137.3
| 133 | intergenic (+711/‑6052) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/34); new base G (26/35); total (64/69) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.81e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
GGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCAT > USA300TCH1516_ALE/512504‑512781
|
gttttaTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAACATTATTCGGAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa < 1:489661/135‑1 (MQ=255)
gtgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa > 2:351198/1‑140 (MQ=255)
aaTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGTCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGTAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATaaa < 1:309875/140‑1 (MQ=255)
tttttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAt > 1:621822/1‑140 (MQ=255)
cTGTTGTTAAGCAGCATGAAAGGCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTGAAATGTTAATAAAATGtatat > 2:474204/1‑139 (MQ=255)
gttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGCATTACTAAAGAAAATTAATTCATAAAATTTATTGAATTAAATGTTAATAAAATGTAtaatt > 2:233924/1‑140 (MQ=255)
gttattAAGCAGTTTGAAAACCTGTATACTACATATGAGTTGAGGAAAAAAACACAATGCAACGTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAAGTAATTTTAAAAATTTATTGACTTCAATGTTAATAAAATAGAtaatt > 2:140827/1‑140 (MQ=255)
cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatt > 1:640451‑M1/102‑140 (MQ=255)
cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaaaaaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatt < 1:291663‑M1/39‑1 (MQ=255)
ttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatta < 2:628904‑M1/40‑1 (MQ=255)
agcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaat < 2:548103‑M1/42‑1 (MQ=255)
ttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATaattaatt < 1:351198/140‑1 (MQ=255)
gcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATaattaatt < 2:479143‑M1/43‑1 (MQ=255)
gcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGATGAAAAAATGTATaattaatt < 2:159140‑M1/43‑1 (MQ=255)
cgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTc < 1:271463‑M1/44‑1 (MQ=255)
gtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaaaaaaatggacaagatcaAAAAAGTTATTAACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCt < 1:123347‑M1/45‑1 (MQ=255)
aaGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCt < 1:374279/140‑1 (MQ=255)
gCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTg > 1:573205/1‑140 (MQ=255)
gatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaatcaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGt < 2:481927‑M1/48‑1 (MQ=255)
aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAATAAAACTTAACTTAAGAAATAACTTGTATTACTAATGAAAATTAAGTTTAAAAAGTTATTGAATTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTc < 1:123806/140‑1 (MQ=255)
aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTc > 2:371025/1‑140 (MQ=255)
gTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg > 1:401550/1‑140 (MQ=255)
gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTCTTGAAATAAATGATGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt < 1:450810‑M1/52‑1 (MQ=255)
gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTAGGt < 1:158517‑M1/52‑1 (MQ=255)
gtagtcgaacttacgatccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTAATTGACCTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt < 1:493585‑M1/52‑1 (MQ=255)
gAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTaa < 2:652425/140‑1 (MQ=255)
aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg > 2:391759/1‑140 (MQ=255)
aGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaa > 2:217821/1‑140 (MQ=255)
ataGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAGCGACAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGTAAAATGaa > 2:181191/1‑140 (MQ=255)
acgttccgctagaggagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGaa > 1:565712‑M1/77‑140 (MQ=255)
taGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAATAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc < 1:194216/140‑1 (MQ=255)
taGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc > 2:205230/1‑140 (MQ=255)
ttccgctagagtagaacgttgccgggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAt > 2:535453‑M1/74‑140 (MQ=255)
cctctagaggagaacgttgccaggcagttttgtaatcaaattttggttaaaaaataaaatgtacaagataaAAAAAGTTATTGATTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg > 1:16678‑M1/72‑140 (MQ=255)
tttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGa < 1:348112/140‑1 (MQ=255)
tatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaa < 2:567844/140‑1 (MQ=255)
tagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaaa > 1:470853‑M1/68‑140 (MQ=255)
tttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTACATGTTAATAAAAGGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc < 2:572491/140‑1 (MQ=255)
tttGTTGAAGCAAACAAAAAAACTCAAATTAAGAAATAACTTTAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc < 2:240941/140‑1 (MQ=255)
ttgctgAAGCAAAGAAAACAATTCAATGTAAAAAATAACTTTAATTATCAACAAAAATTTTTTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAAGAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt < 1:585774/140‑1 (MQ=255)
aGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa > 2:95313/1‑140 (MQ=255)
gtcaaacaaaACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGAc < 1:558523/138‑1 (MQ=255)
gCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAACTTAATATTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAAGGACa > 2:270991/1‑140 (MQ=255)
gttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACaa < 1:615338‑M1/84‑1 (MQ=255)
gccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat < 1:632628‑M1/87‑1 (MQ=255)
gccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTAAAAACTGAATGACAatat < 2:131503‑M1/87‑1 (MQ=255)
gccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATGGACTTAAATGTTGATAAAATGTAGAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat < 2:66254‑M1/87‑1 (MQ=255)
gccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGATATTGACTTAAATGTTGATAAAATGAATAATTAATTCTTGTCGGTAAAAAAAATGAACATCGAAAACTGAATGACAatat < 2:185704‑M1/87‑1 (MQ=255)
gccaggcagttttttaatcaaattttgattaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat > 2:438754‑M1/54‑140 (MQ=255)
caaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATg < 1:523424/140‑1 (MQ=255)
aaaataaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGt > 1:452677/1‑140 (MQ=255)
aggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTAAATGACAATATGTc < 2:343882‑M1/90‑1 (MQ=255)
aaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTAAATGACAATATGTc > 1:308364/1‑140 (MQ=255)
cagttttttaatcaaacttaggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc < 2:307179‑M1/93‑1 (MQ=255)
actcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTAAACGt > 2:445622/1‑140 (MQ=255)
ttattaatcaaattgtgcttaaaaaataaaatgtacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTTAATGACAATATGTCAACGTTa > 2:447740‑M1/44‑140 (MQ=255)
tcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAGAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTa > 1:472250/1‑140 (MQ=255)
tcaacgTAAGAAACAATTTGAATTACTAACGAAAAAAAAAAAAAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTa < 2:370617/140‑1 (MQ=37)
tttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTTACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGCAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt > 1:159140‑M1/42‑140 (MQ=255)
tttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt < 1:250283‑M1/99‑1 (MQ=255)
gataagcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACGGAATGACAATATGTCAACGTTAAt > 1:478403‑M1/42‑140 (MQ=255)
ttAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc < 2:566754/140‑1 (MQ=255)
gtAAGAAATACGTTGAATTATTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAATACTGAATGACATTATGTCAAAGTTAAttac < 2:97893/139‑3 (MQ=255)
aaGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa > 1:112027/1‑140 (MQ=255)
aaGAAATAACTTGAATTAATAACTAAAATTAATTTTAAAAAGTTTTTGAATTAAAAGTTAATTAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa < 1:288697/140‑1 (MQ=38)
aGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa < 1:536978/140‑1 (MQ=255)
aGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa < 1:516293/140‑1 (MQ=255)
ttttggttaaaaaataaaatggacacgataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAACCTGCATGACAATATGTCAAAGTTAATTCCAAAAAAc < 2:482529‑M1/109‑1 (MQ=255)
taaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACta > 1:202741‑M1/25‑140 (MQ=255)
aaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtata > 1:111889‑M1/23‑140 (MQ=255)
aTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtata < 1:302624/140‑1 (MQ=255)
aaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAg > 2:518096‑M1/21‑140 (MQ=255)
aataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGt > 1:548103‑M1/20‑140 (MQ=255)
aataaaatggacaagaaaaAAAAAGTTATTTACTTAAATGTTGATAAAATGTATAAGTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAATGTTAATACAAAAAAACGTAACTATAAGt > 2:239330‑M1/20‑140 (MQ=255)
aCTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGt < 1:558931/140‑1 (MQ=255)
aaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATTATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAc > 1:105427‑M1/17‑140 (MQ=255)
aatggaaaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaa > 2:579506‑M1/15‑140 (MQ=255)
aaaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAc > 2:550715/1‑140 (MQ=255)
aaaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAc < 1:239439/140‑1 (MQ=255)
ggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATACATGACGGAAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa < 1:206370‑M1/129‑1 (MQ=255)
attaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatt < 1:205230/140‑1 (MQ=255)
aattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATTTATAATAAATTCTTGTCGATAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAAGGACAATAAGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAGattaat > 1:551487/1‑138 (MQ=25)
taaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg > 1:192283‑M1/4‑140 (MQ=255)
tAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTa < 2:310948/140‑1 (MQ=255)
aaaaaGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAt < 2:191008/140‑1 (MQ=255)
aaaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAttt < 2:556153/140‑1 (MQ=255)
gTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATAAACATTAAAAACTAAATGACAATATGTCAACGTTAATTCAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATg > 1:36853/1‑140 (MQ=255)
ttATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTACGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATATATGa > 2:296748/1‑140 (MQ=255)
ttATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGa > 2:269067/1‑140 (MQ=255)
tATTGACTTAAATGTTAATAAAATGAATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTAAAAACTAAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGAATTTCTGAg > 2:657631/1‑140 (MQ=21)
tATTAACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATGAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAg < 2:400237/140‑1 (MQ=255)
ttGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATAAGCt > 2:616695/1‑140 (MQ=255)
tGACTTAAATGTTCCTAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACATTCTGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTCGTATCTATAAGCTa > 2:453133/1‑140 (MQ=21)
gACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAATGAATGACAATATGTCAACGTTGATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTaa > 2:402692/1‑140 (MQ=255)
tAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTTAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCaa < 2:59025/140‑1 (MQ=255)
gTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatc < 1:97158/140‑1 (MQ=255)
ttAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAACTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatca < 2:112027/140‑1 (MQ=255)
taataaAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAATAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatcat < 1:233499/140‑1 (MQ=255)
taataaAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatcat < 1:619730/140‑1 (MQ=255)
gaataaAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAATAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatcat < 1:213212/139‑1 (MQ=255)
|
GGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCAT > USA300TCH1516_ALE/512504‑512781
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
