Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A3 F67 I0 R1	44	83.9	1894234	96.6%	1829830	141.0

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	USA300TCH1516_ALE	512,643	A→G	54.4%	intergenic (+711/‑6052)	recR → / → speA_2	Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	USA300TCH1516_ALE	512,643	0	A	G	54.4%	30.8 / 208.5	169	intergenic (+711/‑6052)	recR/speA_2	Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (41/35); new base G (44/47); total (85/84)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.35e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.42e-02

Only 100 of 173 total aligned reads displayed.

AGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATA  >  USA300TCH1516_ALE/512503‑512782

aGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTta                                                                                                                                             >  2:124885/1‑141 (MQ=255)

   agaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtgata                                                                                                                                          <  2:352494‑M1/27‑1 (MQ=255)

     tAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATaaa                                                                                                                                        <  1:266661/141‑1 (MQ=255)

       gttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAAt                                                                                                                                      <  2:247961‑M1/31‑1 (MQ=255)

       aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACGTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAt                                                                                                                                      >  1:696109/1‑141 (MQ=255)

           agctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaatgaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtat                                                                                                                                  <  2:644003‑M1/35‑1 (MQ=255)

           agctccttagcggcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaaagttgccaggcagttttttaatccacttttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtat                                                                                                                                  <  2:184034‑M1/35‑1 (MQ=255)

            gctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtata                                                                                                                                 <  1:207896‑M1/36‑1 (MQ=255)

             ctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcaggtttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTGAAAGTTGATAAAATGTAtaa                                                                                                                                <  1:161084‑M1/37‑1 (MQ=255)

             ctccttagcgtcgatgggagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaa                                                                                                                                <  2:718761‑M1/37‑1 (MQ=255)

               tgttgtTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatt                                                                                                                              <  1:377663/141‑1 (MQ=255)

               ccctagcggcgatggtatttgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatgtacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatt                                                                                                                              >  2:410079‑M1/103‑141 (MQ=255)

                gttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatta                                                                                                                             >  1:340133/1‑141 (MQ=255)

                 ttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaa                                                                                                                            <  1:659899‑M1/41‑1 (MQ=255)

                 ttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaa                                                                                                                            >  2:20165‑M1/101‑141 (MQ=255)

                   gttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATaattaatt                                                                                                                          <  2:8424/141‑1 (MQ=255)

                   gatAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATaattaatt                                                                                                                          >  2:579003/3‑141 (MQ=255)

                    gcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaagttttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaattt                                                                                                                         <  2:197583‑M1/44‑2 (MQ=255)

                     tAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                                                        <  1:946364/141‑1 (MQ=255)

                      gtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcacattttggttaaaaaagaaactggacaaggtaaAAAAAGCTATTGACCTAAGTGTTGATAAAATATATAATTAATTCtt                                                                                                                       <  1:76908‑M1/46‑1 (MQ=255)

                         cAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTc                                                                                                                    >  2:296668/1‑141 (MQ=255)

                          aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGCATTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTATTATCg                                                                                                                   >  2:627215/1‑141 (MQ=255)

                          aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                                                   >  1:667794/1‑141 (MQ=255)

                            tttGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                                                                 >  2:690944/1‑141 (MQ=255)

                             gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa                                                                                                                <  1:748839‑M1/53‑1 (MQ=255)

                                     cTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAACTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAt                                                                                                        <  2:859268/141‑1 (MQ=255)

                                        tataGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGaa                                                                                                     <  2:97096/141‑1 (MQ=255)

                                        tataGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGaa                                                                                                     <  2:492097/141‑1 (MQ=255)

                                          cgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATAAACa                                                                                                   <  1:8303‑M1/66‑1 (MQ=255)

                                             tatttattTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGTTAAGAAAAATGAACATTg                                                                                                >  1:312823/1‑141 (MQ=255)

                                              tcgctagagtataacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAAGTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGa                                                                                               >  1:134613‑M1/72‑141 (MQ=255)

                                              ccgctgaagtataacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACATAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGa                                                                                               >  1:317755‑M1/72‑141 (MQ=255)

                                              ccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttgcttaaaaaaaaaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGa                                                                                               >  1:830209‑M1/72‑141 (MQ=255)

                                              atttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGa                                                                                               >  1:764645/1‑141 (MQ=255)

                                                 ctagagtagaacgttgccaggcagtttgttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGAATTAAATGTTGATAACATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaaa                                                                                            >  2:665936‑M1/69‑141 (MQ=255)

                                                   taggttgAAGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt                                                                                          <  2:45855/138‑1 (MQ=255)

                                                    ttgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTTAAAACTg                                                                                         >  2:785931/1‑141 (MQ=255)

                                                    gagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaaa                                                                                            <  1:542614‑M1/73‑1 (MQ=255)

                                                       tagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAAt                                                                                      <  1:111166‑M1/79‑1 (MQ=255)

                                                         gaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                                                                    <  1:425573‑M1/81‑1 (MQ=255)

                                                         gaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                                                                    <  1:941216‑M1/81‑1 (MQ=255)

                                                           ggCACACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACa                                                                                  >  1:644157/1‑141 (MQ=255)

                                                           ggCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAGGTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACa                                                                                  >  1:224519/1‑141 (MQ=255)

                                                           ggCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACa                                                                                  <  2:11538/141‑1 (MQ=255)

                                                            gCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACaa                                                                                 <  2:376845/141‑1 (MQ=255)

                                                            gCAAACAAAACAACTCAAATTAAGAAATAACCTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATTATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACaa                                                                                 <  2:269580/141‑1 (MQ=255)

                                                            cgttgccaggcatgtttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaTAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACaa                                                                                 >  2:568089‑M1/58‑141 (MQ=255)

                                                                gccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTTTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATg                                                                             <  2:367972‑M1/88‑1 (MQ=255)

                                                                gccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTGGTCGGTAAGGAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACaatatt                                                                             <  1:75292‑M1/88‑2 (MQ=255)

                                                                 ccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACGGAATGACAATATGt                                                                            <  2:895315‑M1/89‑1 (MQ=255)

                                                                  caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacgagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAGAAATGAATGACAATATGTc                                                                           <  2:154742‑M1/90‑1 (MQ=255)

                                                                  aaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAGTAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTc                                                                           >  1:419635/1‑141 (MQ=255)

                                                                   aggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa                                                                          >  2:53427‑M1/51‑141 (MQ=255)

                                                                      cagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAATAATGTAGACGTAATGACAATATGTCAACg                                                                       >  1:457125‑M1/48‑141 (MQ=255)

                                                                        actcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGtt                                                                     <  2:230678/141‑1 (MQ=255)

                                                                         ttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagagaaAAAAAGTTATTGACTTAATTGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTACGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTa                                                                    >  1:328034‑M1/45‑141 (MQ=255)

                                                                            tttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                                                 >  1:332320‑M1/42‑141 (MQ=255)

                                                                            aactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGATAATATGTCAACGTTAAtt                                                                 <  2:475955/141‑1 (MQ=255)

                                                                              tttAAGAAATAACTTGAATTACTAATGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc                                                               <  2:732305/140‑1 (MQ=255)

                                                                              ctTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc                                                               <  1:359039/141‑1 (MQ=255)

                                                                               aatcaaattttggttaaaaaataaaatggataagataaAAAAAGTTATTGACTTCAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTGAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGCTAATTCCa                                                              >  2:694519‑M1/39‑141 (MQ=255)

                                                                               aatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTtaattaca                                                              <  2:545391‑M1/103‑4 (MQ=255)

                                                                                atcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa                                                             >  1:177492‑M1/38‑141 (MQ=255)

                                                                                  caaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa                                                           <  1:863477‑M1/106‑1 (MQ=255)

                                                                                  caaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa                                                           <  1:580243‑M1/106‑1 (MQ=255)

                                                                                  caaatttggtaaaaaaaataaaataaacaaaataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa                                                           >  2:748491‑M1/36‑141 (MQ=255)

                                                                                         aCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTaa                                                    <  1:592741/141‑1 (MQ=255)

                                                                                          cTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                                                   <  1:296668/141‑1 (MQ=255)

                                                                                            tGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACta                                                 >  1:756476/1‑141 (MQ=255)

                                                                                              aaTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtata                                               <  1:232440/141‑1 (MQ=255)

                                                                                              aaTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtata                                               <  1:777577/141‑1 (MQ=255)

                                                                                               atgaCTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                                              <  1:813445/138‑1 (MQ=255)

                                                                                               aTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                                              <  1:607507/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                  aCTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt                                           >  2:837050/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                  aCTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt                                           >  2:171253/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                     aaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa                                        >  2:514378‑M1/17‑141 (MQ=255)

                                                                                                       caaaaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGATTTAAATGTTCATACAATTCATAAGTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAAGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa                                      <  1:537932/139‑1 (MQ=21)

                                                                                                       cGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAATGACTTAAATGTAAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa                                      <  2:255061/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                        atggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAc                                     >  1:89164‑M1/14‑141 (MQ=255)

                                                                                                        atggaaaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAc                                     >  2:580243‑M1/14‑141 (MQ=255)

                                                                                                          ggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTGTAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACat                                   <  2:502644‑M1/130‑1 (MQ=255)

                                                                                                             ttaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACCACCatcgt                                >  2:463221/1‑138 (MQ=255)

                                                                                                              taattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattatt                               >  1:101393/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                               aattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt                              >  2:652752/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                               aattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAAATTAttt                              >  2:632226/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                               aattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTGCAAAACATTAttt                              >  2:90827/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                 ataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg                            >  1:156734‑M1/5‑141 (MQ=255)

                                                                                                                   aaaaaatGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAAGGAAAAATTAATTCTTGTAGGTAAAAAAAAAGAACATTGAAAACTGAATGACTATATGCTAAAAAAAAAAAAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTa                          <  2:693460/139‑1 (MQ=16)

                                                                                                                      aaaaGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAttt                       <  2:764645/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                          gTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGa                   >  1:523937/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                           ttATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAg                  >  2:904233/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                             aTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGTAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCt                >  2:610040/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                             aTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCt                >  1:733112/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                              ttGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTACAAAAAGTAGACATTAAAAACTAACGGATTATAGTTCAACGTTTATTCCAAAAAACGTTACTAGAATGTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTa               >  1:931325/1‑141 (MQ=16)

                                                                                                                              ttGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTa               >  2:463313/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                   ttAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCaa          >  1:635353/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                    tAAGTGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAGTGAATTACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAACCTATATTTAGTATTTATGAGCTAATaaaa         >  2:318845/1‑141 (MQ=18)

                                                                                                                                     aaaTGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGAATTAATGAGCTAATCAAAc        >  2:454057/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                      aaTGTTGATAAAATGTATAATCAATTCATATAAATAAAAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACAAAAAATAAAAAAAACGCAACTATCAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAca       <  2:612290/141‑1 (MQ=14)

                                                                                                                                           taataaAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATa  >  2:795131/1‑141 (MQ=255)

AGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATA  >  USA300TCH1516_ALE/512503‑512782

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A