Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A29 F11 I0 R1
|
249 |
11230.8 |
10274356 |
98.4% |
10109966 |
135.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
2,148,115 |
T→G |
13.4% |
L126R (CTG→CGG) |
panF → |
sodium/pantothenate symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 2,148,115 | 0 | T | G | 13.4%
| 326.1
/ 3.6
| 194 | L126R (CTG→CGG) | panF | sodium/pantothenate symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/115); new base G (31/2); total (75/119) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.97e-13 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
GCGATGATTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGT > NZ_CP022686/2147976‑2148252
|
atgatTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGtg‑gctg < 4:1244245/138‑1 (MQ=255)
cTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTGTGGTGTG‑GGTGGGgagttttag > 8:645918/1‑140 (MQ=255)
cTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGTG‑GCTGGGgggtttgtg > 1:603229/1‑138 (MQ=255)
cTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGTGGTGTG‑GCTGGCgagtttgag > 2:459444/1‑140 (MQ=255)
tGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTCCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGc < 2:493790/140‑1 (MQ=255)
cAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGTGGTGGG‑GGGGGCGagtttgtgtttgg > 4:950118/1‑137 (MQ=255)
tCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTATGTTGTG‑GGTGGGGAGTTTGTGTTTTGTGGTTGcgttggt > 5:256475/1‑140 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGTCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 2:951189/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 2:1110382/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 7:830946/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 5:682604/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 1:1102257/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGGCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGcgttcgtt < 6:744683/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTGCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCAGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 6:638745/140‑1 (MQ=255)
tCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGTGGGGTG‑GCTGGCGGGGTTGTGGTTGGTGGTTGCGTTCGTTg > 4:130458/1‑138 (MQ=255)
tCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCGGGTGTG‑GGGGGGGGGGTTGTGTTTGCTGGTTGGGGTGGTTg > 4:1025121/1‑138 (MQ=255)
tATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGa < 5:1248696/140‑1 (MQ=255)
aTTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGAt < 6:23682/140‑1 (MQ=255)
tctcGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGAt < 3:434292/138‑1 (MQ=255)
ctcGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTAGGGGGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTTCTGGTTTCGTTCGTTGGTTCGGTGAc > 2:386566/1‑140 (MQ=255)
gCAAGACGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 8:786368/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGGGTGGGGTG‑GGGGGGGGGGTTGTGGTTGGGGGTTGGGTGCGGTGGTGGGATGGCCggg > 5:194571/1‑138 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCg < 3:949884/138‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 1:269287/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTg < 1:1140736/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCGGGGGTG‑GGGGGCGAGTTTGTGGTTGGGGGGTGGGTTGGGTGGTGGGCTGAGCggg > 1:1017340/1‑138 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGTGGGGGG‑GGGGGCGAGTTTGTGTTTGGGGGGTGGGGTGGGTGGTGGGCTGACCggg > 1:693286/1‑138 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGGCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCg < 3:1034722/138‑1 (MQ=255)
cAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGt < 3:1132531/138‑1 (MQ=255)
cAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGc < 7:1118371/140‑1 (MQ=255)
ttCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGTTATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTAt < 2:589028/140‑1 (MQ=255)
tCGCAATTCTTGCGCGCCTCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTATGGTGTG‑GCGGGCGAGTTTGAGTTTGGTGGGTGCGGTCGTTGGTGCGAAGACCGTGCAGTTTAta > 7:396867/1‑139 (MQ=255)
tCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGTGGTGTGTGGTGCCG‑GGGTGTGGTTTCTGGGGGCGGTGGGTGGTGGGTTGACCGTGGAGTTTAta > 5:45062/1‑139 (MQ=255)
gCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATcgg < 7:917736/140‑1 (MQ=255)
ttGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGTGGGGGG‑GGGGGCGGGTTTGAGTTTGGTGGTTGGGTTGGGTGGTGGGATGACCGGGCAGTTTTTAGGCGGGgcg > 6:1176341/1‑140 (MQ=255)
cgccgcTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTAGGGTGTG‑GCTGGGGTGTTTGAGTTTGGTGGGTGGGGTCGGTGGTGCGATGGCCGTGCAGTTTTTAGGCGGGGCGCGccg > 1:99264/1‑139 (MQ=255)
ccgcTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTTGTTTG‑GGGTGCGAGGTTTAGTTTTGTGGGTGCGGTGGTTGGTGCGCGTGCCGTGCAGTTTTTCGGGGGTGAGCGCcggc > 7:1099348/1‑140 (MQ=255)
tGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCACGCTACCAGAGTCGTGTTGTGGTGTT‑GCTGGCGTGTTTTGGTTTTGGGGTTGCGTTGGTTTGGTCGATGACCGTGGCTTTTATAGGCGGTGCGCGACTTCGGGAAAccc > 8:1210075/1‑139 (MQ=255)
gggTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGGCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 2:595985/139‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCTGGGGTG‑GGGGGGGGGTTTGTGTTTTGGGGGTGGGGTGGTTGGTGGGATTGCCGGGCAGTGTTTAGGGGGGGCGCGCCGGCGGGGAAAcgcc > 7:259587/1‑139 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 6:610077/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 6:404133/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 7:1006215/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcg < 3:970366/138‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcg < 3:28338/138‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTACAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcg < 3:754978/138‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGCTTGCGGTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 8:599135/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCGGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 6:145487/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGGG‑GCGGGCGAGATTGAGTTTGCTGGTTGCGGTCGTTGGTGCGATGACCGGGCAGTTTATAGGCGGTGGGCGCCGGCTGGAAAAcgcg > 8:713759/1‑140 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGTGGTGTG‑GGGGGGGAGTTTGAGTTTTCTGGGTGCGTTGGTTGGTGGGATGACCCTGGAGTTTATAGGCGGTGCCCGCCGGCGGGTAACcgcg > 6:584372/1‑140 (MQ=255)
cGGGGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcgcg < 6:1220137/140‑1 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGTGGTGTG‑GGGGGCGAGTGTGAGTTTGGGGGTTGCGTTAGTTGGGGGGATGACCGGGCAGTTTATCTGGGGTGGGCGCCGGCGGGAAACCccggc > 2:1176657/1‑140 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGTGTG‑GGTGGGGAGTTTGTGTTTTGTGGTTTGGTTGGTTGGGGGGCGGACCGGGCAGTTTTTAGGCGGGGCGCGCCGGCGGGAAACcgcc > 3:646330/1‑137 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTAGGGGGTG‑GGTGGCGAGTTTGAGTTTTGGGGGTTTGTTCGGTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCTGCGGTGAGCGCCTCCTGGTAAACccggc > 7:571810/1‑140 (MQ=255)
tGACGCTGACCGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGCGTCGTCTTCTGGGGGT‑GGGGGCGGGGTTTATTTTGGTTGTTGCGTTAGTGGGTTCGCTGGCCGTGCAGTTTTTAGGCCGTGCGCGCCGGGAGGAAAACgcggcg > 8:1110631/1‑140 (MQ=255)
tGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGTGGTGTG‑GCGGGCGAGTTTGAGTTTGGTGGTTGCGTTGGTTGGTGCGAGGACCGTTCAGTTTATCGGCGGGGAGCGCCGGCTGGTAACCccggcg > 1:336139/1‑140 (MQ=255)
gACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GGGGGCGAGTTTGAGTTTTCGTGTTGGGTTAGTTGGTGCGGTGACCGTGCAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCTGCTGGTAACCgcggc > 4:871391/1‑138 (MQ=255)
gACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCGGGGGAGTTTGAGTTTGGTGGGTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGGAGTTTATAGGCGGGGCGCGCCAGCTGGAAACCgcggc > 3:1140944/1‑138 (MQ=255)
aCGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCGGGTTGCGTGCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCggg < 1:920064/140‑1 (MQ=255)
aCGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCGGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGGGTTCGTTGGTGGGTTGACCGGGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCGGCTGGAAAACGCGGCggg > 2:1301377/1‑140 (MQ=255)
cTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGAGGGGGG‑GCTGGGGAGGTTGGGTTTGCGGGGTGGGTTAGTTTGTGGGATGACCGGGGAGTTTTTCTGCGGGGCGCGCCAGCTGGAAACCGCGGCGGGGAt > 7:968427/1‑140 (MQ=255)
cTGAACGATATGCTGATTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTGCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGt < 3:587304/138‑1 (MQ=255)
tGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTAtt < 1:752991/140‑1 (MQ=255)
gATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTa < 2:811661/140‑1 (MQ=255)
tGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCTGGGGTG‑GGGGGCGGGTTTGAGTTTGGTGGGTGGGGTCGGTGGGGCGATGGCCGGGGAGGTTATCGGCGGTGCGCGCCGGCTGGGAACCCCGGGGGGGATTGCGTTTGaaa > 4:1227715/1‑138 (MQ=255)
tttGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTATGGTGTG‑GGGGGCGAGGTGGTGTTTGGTGGTTACGTGCGTAGGTGGGATGAACCTGCAGAGTATCTGCGGTGCGCGCCCGATGGGAACCCCGGCAGGTATTCCTTATTaaaaccg > 8:495898/1‑136 (MQ=255)
tttGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGTGGTGTG‑GCTGGCGAGGTTGGGTTTGGTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATAGGCGGTGCGCGGCTGCGGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCgg > 8:1015701/1‑140 (MQ=255)
cGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGgctgct < 6:786928/140‑1 (MQ=255)
gcgtcTTCTGGTGTG‑GCTGGCGATTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTa < 6:1266175/139‑1 (MQ=255)
gcgtcTTCTGGGGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGGTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTa < 2:647866/139‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 8:355090/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 8:853633/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 5:618354/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 5:931039/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGGTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGATTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCTGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 1:1265541/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGGTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGt < 4:1117879/138‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGGGTGAGTGTGCTGGATGCGTGCGTGGGTGCGATGACCGTGCAGGTTATCGGCGGTGAGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 7:693653/140‑1 (MQ=255)
gtcTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGc < 7:157021/63‑1 (MQ=255)
gtcTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGc > 8:157021/1‑63 (MQ=255)
cgtatGGTGTG‑GCTGGGGAGTTTGATTTTGGTGGTTGGGTTGTTTTTTGGGATGACCCTGGAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCAGCAGGAAACCGCGGCGGGTATTAAATATTAAAACGGGCTGCTTGTTTTAGGTAtg > 4:441105/5‑137 (MQ=255)
tctGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 6:154046/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGGGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAg < 3:911785/138‑1 (MQ=255)
tctGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGGTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 6:1058893/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGGTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 6:62889/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTG‑GCTGGAGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGGTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGAGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 5:632835/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 4:1162376/138‑1 (MQ=255)
tGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 7:645918/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 5:349626/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 5:1176341/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 3:177445/138‑1 (MQ=255)
tGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTAGCTGGTTTCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 7:54892/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTG‑GCAGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCTGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 7:984280/140‑1 (MQ=255)
gtgtgtG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTGGCTGGTTGCGTTCGTGGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGTGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 8:433135/138‑1 (MQ=255)
tgtg‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTg < 4:687895/138‑1 (MQ=255)
tgtg‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGAGGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 6:256475/140‑1 (MQ=255)
ggtg‑GCTGCCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTTCGTTCTATGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCTGTGCGCGCCTGATGTAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 6:85109/139‑1 (MQ=255)
ggtg‑GCAGGCGAGGTTGAGGTGGCTGGTTGCGGGCGTTGGTGCGCTGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 2:44046/139‑1 (MQ=255)
gtg‑tCTGGCGAGTGTGAGTTGGCTGGGTTCGTTCGTTGGTGCTATGACCGTGCAGTTTATCGGCGCTGCTCGCCTGCTGGAAACAGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGt < 8:726501/140‑1 (MQ=255)
gctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACcg < 4:509910/83‑1 (MQ=255)
gctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCATCATTGCGTTGt > 6:878188/1‑140 (MQ=255)
|
GCGATGATTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTG‑GCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCGATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGGAAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGT > NZ_CP022686/2147976‑2148252
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
