Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A30 F36 I0 R1
|
275 |
10897.2 |
10515506 |
98.4% |
10347257 |
135.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
2,148,115 |
T→G |
11.8% |
L126R (CTG→CGG) |
panF → |
sodium/pantothenate symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 2,148,115 | 0 | T | G | 11.8%
| 335.5
/ 4.1
| 200 | L126R (CTG→CGG) | panF | sodium/pantothenate symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/126); new base G (26/4); total (70/130) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.26e-10 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
GCGATGATTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGT > NZ_CP022686/2147976‑2148252
|
gCGATGATTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGtggct > 6:768705/1‑140 (MQ=255)
ttCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACAATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCgagt < 7:523596/140‑1 (MQ=255)
cTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCgagtttg > 2:873133/1‑138 (MQ=255)
cTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCgagtttg < 3:1332259/138‑1 (MQ=255)
cAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGATGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTGGGGTGTGGGGGGCGagttttagtttgg > 3:937272/1‑137 (MQ=255)
cAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAAAGCGGTGACTCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACAAGAGACGTCGTCTGGGGTGGGTGGCgagtgtgagttttg > 4:337726/1‑136 (MQ=255)
tCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTGTGGGTGGGCTGGCGTGTTTGTGTTTGGTGGtt > 7:425003/1‑140 (MQ=255)
tGGCTTTCGCTCGGTATTCTCTGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGACGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGTTGGTTGGCGGGCGGCTTTGTTTTTGCTGGtt > 2:1208551/1‑138 (MQ=255)
tGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTATGGTGTGGGTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGtt > 4:871711/1‑138 (MQ=255)
tGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTGTGGGGTGGCGTGCGTGGTTGTGTTTGATGGtt > 3:534296/1‑138 (MQ=255)
tGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGAAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGtt < 1:1074829/138‑1 (MQ=255)
gCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATTCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTATGGGGTGGGTGGGGGGTTTTAGTTTGGTGGTTgg > 2:457665/1‑137 (MQ=255)
gCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGGCGGGTGTGGGGGGGGAGTTTGAGTTTTATGGTTGcgg > 5:1132137/1‑139 (MQ=255)
cTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcg < 1:873133/138‑1 (MQ=255)
cTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcg < 2:29960/138‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 5:188458/140‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcg < 3:996760/138‑1 (MQ=255)
cGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGATGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGcgttcgtt < 7:610994/140‑1 (MQ=255)
tctcGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑At < 3:1189506/138‑1 (MQ=255)
tctcGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGCTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑At < 1:1348637/138‑1 (MQ=255)
gctcGGCTAGAAGTTCGCAAATCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGAAGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTAACAGAGTCTTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGa < 7:335096/139‑1 (MQ=255)
tcGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGGGGGCGATTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑AGGAcc > 6:416421/1‑140 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATTCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTg < 6:1265302/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCg < 3:100392/138‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTg < 5:347512/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTg < 5:841095/140‑1 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGTTCTGGTGGGTGTGGCGCGGTTTGGTTTGCGTGGTGCGTGAGGTGGTGGG‑ATGCACGTggc > 8:775833/1‑138 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGTAGTGTTGCGGGCGAGTTTGATTTTTGTGGTTTACTTCGTTGGTGGG‑ATGACCGTg > 1:307589/1‑138 (MQ=255)
aagaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCGGGTGGGGGTGGCGTGTTTGTGGTTGGTGGTTGGGTGGGGTGGGGGG‑ATGACCGTg > 3:1073978/1‑138 (MQ=255)
gaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGCGTCGTGGTGTGGTGTGGGGGGGGAGTTTGAGTTTGGTGGTTGGGTTGGTTGGTGGG‑TTGACCgggga > 2:1348637/1‑134 (MQ=255)
gaagTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTCGGGTGTGGGGGGGGCTTTTGAGATTGGGGGTTGGGTTCGTGTTTGCG‑CTGACCggtaa > 2:691419/1‑134 (MQ=255)
agTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGGGTGGGGGGGGTGTTTGAGGGTGGTGGGTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGTCCGTGGAGt > 4:753843/1‑138 (MQ=255)
tCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTAGTCTTCTGGGGTGGCTGGGGCGGTTGAGTTTGCGGGTTGCGGTGGTTGGTGCG‑TTTACCCTGGAGTTTATAGGGGGTg > 6:102694/1‑140 (MQ=255)
tGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgc < 6:630216/140‑1 (MQ=255)
gcgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGGTGGCGAGTTTGGGTTTGGTGGTTGGGTTCGTTGGTGGG‑CTGACCGTGGAGGTTATCGGGGGGgcgcg > 6:255052/1‑140 (MQ=255)
cgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGTCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgc < 1:1033519/138‑1 (MQ=255)
cgcgcCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTgcgcgc < 8:631441/140‑1 (MQ=255)
ccgcTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGGGTGGGTGGCGGGGTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTTCG‑ATTACCGAGCAGTTTATCGGCGGGTCGCGCcggc > 6:846436/1‑140 (MQ=255)
gCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACcgc < 6:713276/140‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGGAGGGTGGGGGGGGGGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGGTCGTTGGTGCG‑GTGCCCGGGGAGTTTATAGGGGGTGCGCGCCGGCGGG‑TAAccc > 3:320825/1‑137 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACcg < 4:1152861/138‑1 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGCTGGGGAGTTTGAGTTTTCTGGTTGCGTTGGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACcgcg > 8:1134991/1‑140 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGGGGGTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTTGGTTGGTGCG‑ATGCCCGTGCAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAAccc > 4:1018357/1‑137 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGGGGGGCTGGCGAGTTTTAGTTTGCGGGGTGCGGTCGTTGGTGCG‑GTTCCCGTGCAGTTTTTAGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAAccc > 4:812910/1‑137 (MQ=255)
cGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCGGGGGTGGGTGGGGAGGTTGAGTTTTCTGGGTGGGTTGGTGGGTGCG‑GTGACCGTGGAGGTTATCGGCGGGGCGCGCCGGCTGG‑aaaacccc > 6:223729/1‑135 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTGTGGGGGGGGTGGGGCGTTTGAGTTTGGTGGTTGGGTTGGTTGGTGCG‑TTGACCGTGGAGTTTTTCGGAGGGGCGCGCCGGCGGG‑CAACCccggg > 8:1113303/1‑139 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACcgcg < 4:204094/138‑1 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGGG‑ATTACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACcccg > 2:733191/1‑138 (MQ=255)
gTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGGGTGGGGGGGGGGTTTGAGTTTTCGGGGTGCGGTCGTTGGTGCG‑CTGACCGTGGAGGTTATAGGGGGTGCGCGCCCGCGGGCAAAcccg > 2:55596/1‑136 (MQ=255)
aCGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTGGTATGGTTTGGGTGGCGAGGTTTTGTTTTGTGGTTGCGGTCGTTGGTGGGTGTGA‑CGTGCAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCAGCTGG‑AAACCCCGGCggg > 5:1072787/1‑140 (MQ=255)
aCGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTGCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCggg < 6:1133938/140‑1 (MQ=255)
aCGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTTTGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTTGTGGG‑ATGACCGTGGAGTTTATAGGCGGTGCCCGCCTGCAGG‑AAACCGCGGCggg > 8:211104/1‑140 (MQ=255)
aCGCTGAACGATATGCGGTTTGCCCGCTACCAGAGCCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGGTTGCGGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCggg < 8:532676/140‑1 (MQ=255)
cGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCtt < 5:957367/140‑1 (MQ=255)
tatatGCTGTTTGCCCGCTAGCAGAGTCGTCTTCTGTTGTGGCTGGCGAGGTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCTTTGGTGCG‑ATGAACGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCGGGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTa < 5:709359/139‑1 (MQ=255)
tatatGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCt < 3:83476/137‑1 (MQ=255)
gATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTa < 6:897475/140‑1 (MQ=255)
atGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCGTCTGGTGTGGGGGGCGAGGTTGTGTTTGGTGGTTGGGTTGGTTGGGGGG‑CTGACCCGGCAGTTTTTAGGGGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCCCGGCGGGGATTACTTAtta > 6:1202824/1‑138 (MQ=255)
ccAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGAttt < 6:363066/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGt < 1:782647/138‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTGCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 6:1104696/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGGTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 7:765433/140‑1 (MQ=255)
cgtcTTCTGGTGTGGCGTGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTGGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTGTATCCGCGGTGCGCGCCTGCTGT‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGt < 3:257558/138‑1 (MQ=255)
cggcttctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGt < 2:385056/135‑1 (MQ=255)
cggcttctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTGTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGCGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTAt < 7:802553/137‑1 (MQ=255)
cggattctGTTGGGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGAGGCGGGTATTCCTTATGAAACCTGGCTGCTGATTTTCGGt < 1:99344/134‑1 (MQ=255)
cttctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTTGTGGTTGCGTTAGTTTGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATAGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGGATTACTTATGAAACCCGGCTGCTGATTTTAGGTAta > 2:1075916/1‑137 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTGGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 7:408611/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AACCCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAg < 3:1213119/138‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAg < 3:49769/138‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAg < 3:96826/138‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAg < 2:59343/138‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAg < 1:485367/138‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAg < 2:1108578/138‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 7:20976/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTGCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTGTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 5:67682/140‑1 (MQ=255)
tctGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTGCGGTGGGGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCGGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAg < 2:131949/138‑1 (MQ=255)
tctGGGGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑AGGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAg < 4:951894/138‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGTCGAGTTTGAGTTTTCTGGTTTCGTTCGGTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 1:328366/138‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGTTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCTCTGCGCTCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGTTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 7:1239948/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 6:487608/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 5:584375/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCAtt < 7:904484/140‑1 (MQ=255)
gggTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCa < 1:186909/137‑1 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTg < 4:703450/138‑1 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 5:424895/140‑1 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 8:425003/140‑1 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCACCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 7:1138470/140‑1 (MQ=255)
tgtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTGCGGTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTg < 2:84506/138‑1 (MQ=255)
tggggcgggcgAGTTTGAGTTTGCTGGGTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCTGCGGTGCGCGCCTGCAGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 7:164174/137‑1 (MQ=255)
ggtgGCTGGCGATTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGGGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGTCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 8:759686/139‑1 (MQ=255)
ggtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTTGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCg < 8:107567/139‑1 (MQ=255)
ggtgGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTg < 1:426914/137‑1 (MQ=255)
ggtgGCGGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGATACCGGGCTGCTGATGTTCGGTATCAGCATTg < 4:179785/137‑1 (MQ=255)
gtgGCTGGCGAGTTTGAGTTGGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGc < 3:1283073/138‑1 (MQ=255)
tggctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCTGCGGGTATTCCTTATGAAACCGTGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGtt > 7:740601/1‑140 (MQ=255)
tggctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGAG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGtt > 8:1242740/1‑140 (MQ=255)
gctggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑a < 6:123596/41‑1 (MQ=255)
tggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTTCG‑ATGACCTTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGTTATCAGCATTGCGTTGt > 4:1240445/1‑138 (MQ=255)
tggcGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGt > 1:557129/1‑138 (MQ=255)
|
GCGATGATTCAGCTTCCTGCAGTCTGGCTTTCGCTCGGTATTCTCGGCAAGAAGTTCGCAATTCTTGCGCGCCGCTACAATGCGGTGACGCTGAACGATATGCTGTTTGCCCGCTACCAGAGTCGTCTTCTGGTGTGGCTGGCGAGTTTGAGTTTGCTGGTTGCGTTCGTTGGTGCG‑ATGACCGTGCAGTTTATCGGCGGTGCGCGCCTGCTGG‑AAACCGCGGCGGGTATTCCTTATGAAACCGGGCTGCTGATTTTCGGTATCAGCATTGCGTTGT > NZ_CP022686/2147976‑2148252
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
