Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A17 F999 I0 R1
|
42 |
139.8 |
10793925 |
96.0% |
10362168 |
49.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,801,078 |
(T)7→6 |
coding (922/1017 nt) |
waaJ ← |
UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,801,072 | 0 | T | . | 81.8%
| 299.0
/ 109.8
| 110 | coding (928/1017 nt) | waaJ | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/12); new base . (67/23); total (75/35) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.46e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.04e-01 |
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
CTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTC > NC_000913/3801024‑3801121
|
cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:1351324/50‑1 (MQ=255)
cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt > 1:2859320/1‑50 (MQ=255)
cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:1829829/50‑1 (MQ=255)
cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt > 2:4836387/1‑50 (MQ=255)
cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt < 1:832978/49‑1 (MQ=255)
ataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt > 2:1076023/1‑50 (MQ=255)
ataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt > 1:718609/1‑50 (MQ=255)
ataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt > 1:2271733/1‑50 (MQ=255)
taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt < 2:2098178/50‑1 (MQ=255)
taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt < 2:1788073/50‑1 (MQ=255)
taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt < 2:3637296/49‑1 (MQ=255)
taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt < 2:5108949/49‑1 (MQ=255)
taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt < 2:1627627/48‑1 (MQ=255)
taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt < 2:4796061/48‑1 (MQ=255)
aaTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt > 2:1566983/1‑49 (MQ=255)
aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttta < 1:5163932/50‑2 (MQ=255)
aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttta < 2:1656121/50‑2 (MQ=255)
aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttt < 1:651244/49‑1 (MQ=255)
aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttt < 1:5083587/49‑1 (MQ=255)
aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttt < 2:2446744/49‑1 (MQ=255)
ttCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttttaa < 2:2039484/50‑3 (MQ=255)
ttCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttttaa < 1:5324434/50‑3 (MQ=255)
ttCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTa < 1:3460086/50‑1 (MQ=255)
ccTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat > 2:5267313/1‑49 (MQ=255)
ccTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat > 2:2614773/1‑49 (MQ=255)
ccTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaa < 1:2402162/49‑1 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat < 2:5231759/49‑2 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat < 2:217372/49‑2 (MQ=255)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCa < 1:908596/50‑1 (MQ=255)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc < 2:2474754/48‑1 (MQ=39)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc < 2:5023285/48‑1 (MQ=39)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCa < 2:2621157/49‑1 (MQ=39)
gaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa > 2:618423/1‑49 (MQ=39)
gaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa > 1:4354727/1‑49 (MQ=39)
atatAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat > 1:2478465/1‑49 (MQ=39)
tataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataa > 2:3764246/1‑50 (MQ=255)
tataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataa < 2:113437/50‑1 (MQ=255)
tataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataa < 2:4374885/50‑1 (MQ=255)
ataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCaataa > 2:390482/1‑50 (MQ=255)
ataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat > 2:4177918/1‑50 (MQ=255)
ataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat > 1:3557055/1‑50 (MQ=255)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat < 1:4443229/49‑1 (MQ=39)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:968020/1‑50 (MQ=255)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt < 2:2277144/50‑1 (MQ=255)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:444211/1‑50 (MQ=255)
aaTGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:4840672/1‑49 (MQ=39)
aaTGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:4688667/1‑49 (MQ=39)
atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGa < 2:2729200/50‑1 (MQ=255)
atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGa > 2:1479468/1‑50 (MQ=255)
atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGa < 1:3402201/50‑1 (MQ=255)
tgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt > 1:1972488/1‑50 (MQ=255)
tgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt < 2:45233/50‑1 (MQ=255)
gatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt > 2:2572498/1‑50 (MQ=255)
atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt > 1:1970118/1‑50 (MQ=255)
atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt < 2:2313855/50‑1 (MQ=255)
gTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 2:3887731/1‑50 (MQ=255)
ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 2:2019621/1‑49 (MQ=39)
ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 1:2961505/1‑49 (MQ=39)
tGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 2:3802818/1‑49 (MQ=255)
gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa < 2:4717834/49‑1 (MQ=39)
gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt > 2:2178762/1‑50 (MQ=255)
gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt > 1:5168148/1‑50 (MQ=255)
gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt > 1:587480/1‑50 (MQ=255)
cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc > 2:145278/1‑50 (MQ=255)
cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc > 1:1891908/1‑50 (MQ=255)
cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc > 1:5230702/1‑50 (MQ=255)
aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct < 2:2335213/50‑1 (MQ=255)
aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct > 2:2066309/1‑50 (MQ=255)
cTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct < 1:2788987/50‑1 (MQ=255)
cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc > 1:1977807/1‑50 (MQ=255)
cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc > 2:4172571/1‑50 (MQ=255)
tAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCg > 1:4244868/1‑50 (MQ=255)
aaaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGt > 2:3912387/1‑50 (MQ=255)
aaaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCACCTCGt > 2:1056611/1‑50 (MQ=255)
aaaGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCg < 1:1186592/49‑1 (MQ=255)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:4863965/1‑50 (MQ=255)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 2:1231997/1‑50 (MQ=255)
aaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:1283546/1‑49 (MQ=39)
aGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:4659892/1‑48 (MQ=39)
aGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:4494258/1‑48 (MQ=39)
gATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 2:3461587/1‑47 (MQ=39)
gATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:1759139/1‑47 (MQ=39)
aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga > 2:2861115/1‑48 (MQ=39)
aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga > 2:2764360/1‑48 (MQ=39)
aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga > 2:3684720/1‑48 (MQ=39)
tGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGagag > 1:4099304/1‑50 (MQ=255)
tGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGagag < 2:5219581/50‑1 (MQ=255)
tGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGagag > 2:5064866/1‑50 (MQ=255)
gTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt > 1:2445641/1‑50 (MQ=255)
gTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt > 1:4914916/1‑50 (MQ=255)
tttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt > 1:3747297/1‑49 (MQ=39)
ttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCa > 1:3580773/1‑50 (MQ=255)
ttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCa > 1:4703525/1‑50 (MQ=255)
tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAt > 1:3066325/1‑50 (MQ=255)
tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAt > 2:4842325/1‑50 (MQ=255)
atatC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAt < 2:2461289/49‑1 (MQ=39)
atatC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAt < 2:1769517/49‑1 (MQ=39)
atatC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATc > 2:4231732/1‑50 (MQ=255)
tCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCt < 1:2296680/49‑1 (MQ=255)
tttttttAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTc > 2:4499007/1‑50 (MQ=255)
|
CTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTC > NC_000913/3801024‑3801121
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
