Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F999 I0 R1
|
74 |
96.3 |
7124520 |
98.5% |
7017652 |
49.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,801,078 |
(T)7→6 |
coding (922/1017 nt) |
waaJ ← |
UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,801,072 | 0 | T | . | 95.8%
| 408.6
/ 16.1
| 95 | coding (928/1017 nt) | waaJ | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/2); new base . (41/50); total (43/52) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.76e-01 |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
GCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATC > NC_000913/3801023‑3801117
|
gCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt > 1:4121156/1‑50 (MQ=255)
gCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt > 1:2099810/1‑50 (MQ=255)
cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:1132676/50‑1 (MQ=255)
cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt < 1:4110408/49‑1 (MQ=255)
cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt < 1:1994800/49‑1 (MQ=255)
taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt < 1:3169209/50‑1 (MQ=255)
taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt < 1:5635833/50‑1 (MQ=255)
taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt < 1:1512904/48‑1 (MQ=255)
taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt < 1:3811710/48‑1 (MQ=255)
aaTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt > 1:2505556/1‑49 (MQ=255)
aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttt < 1:4592809/49‑1 (MQ=255)
ttCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttttaa < 1:2181057/50‑3 (MQ=255)
ttCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttta > 1:5883127/1‑48 (MQ=255)
tCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaa > 1:4547201/1‑50 (MQ=255)
ccTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat > 1:1902865/1‑49 (MQ=255)
ccTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaa < 1:6937160/49‑1 (MQ=255)
ccTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaa < 1:2661713/49‑1 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt > 1:5621203/1‑50 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt > 1:6411055/1‑50 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt < 1:6486858/50‑1 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt < 1:3512031/50‑1 (MQ=255)
tGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt > 1:2342630/1‑49 (MQ=39)
gagaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc > 1:553854/1‑49 (MQ=39)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc < 1:2564974/48‑1 (MQ=39)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc < 1:1511393/48‑1 (MQ=39)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa < 1:6162331/50‑1 (MQ=255)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCa < 1:2200540/49‑1 (MQ=39)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCa < 1:1600912/49‑1 (MQ=39)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCa < 1:427149/49‑1 (MQ=39)
gaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat < 1:426606/50‑1 (MQ=255)
gaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat < 1:1953308/50‑1 (MQ=255)
gaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat < 1:5959730/50‑1 (MQ=255)
gaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa > 1:4270838/1‑49 (MQ=39)
atatAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaata < 1:3902741/50‑1 (MQ=255)
atatAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaata < 1:3318728/50‑1 (MQ=255)
atatAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat > 1:3143290/1‑49 (MQ=39)
tataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataa > 1:4035580/1‑50 (MQ=255)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat < 1:5807027/49‑1 (MQ=39)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:23477/1‑50 (MQ=255)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt < 1:6923920/50‑1 (MQ=255)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt < 1:2101667/50‑1 (MQ=255)
aaTGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataatc > 1:1570820/1‑48 (MQ=39)
atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTg < 1:876078/49‑1 (MQ=39)
atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGa < 1:4285202/50‑1 (MQ=255)
atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGa < 1:1283256/50‑1 (MQ=255)
tgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt < 1:1990279/50‑1 (MQ=255)
tgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt > 1:2666082/1‑50 (MQ=255)
tgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt > 1:3764472/1‑50 (MQ=255)
tgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt < 1:1290011/50‑1 (MQ=255)
atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt < 1:4984092/50‑1 (MQ=255)
atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt < 1:1780500/50‑1 (MQ=255)
atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt > 1:7089353/1‑50 (MQ=255)
atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt < 1:805936/49‑1 (MQ=39)
atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt < 1:542222/49‑1 (MQ=39)
tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc < 1:240794/50‑1 (MQ=255)
tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc > 1:4427419/1‑50 (MQ=255)
tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc < 1:2739555/50‑1 (MQ=255)
tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc < 1:7114340/50‑1 (MQ=255)
tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc > 1:1060433/1‑50 (MQ=255)
gTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 1:1389245/1‑50 (MQ=255)
gTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 1:3371294/1‑50 (MQ=255)
ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg < 1:1386528/49‑1 (MQ=39)
ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 1:1685760/1‑49 (MQ=39)
ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGc < 1:2504906/50‑1 (MQ=255)
ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGc < 1:1217018/50‑1 (MQ=255)
tGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa > 1:545986/1‑50 (MQ=255)
gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa < 1:6104232/49‑1 (MQ=39)
gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa < 1:6993760/49‑1 (MQ=39)
gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa < 1:4897449/49‑1 (MQ=39)
gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt > 1:3946398/1‑50 (MQ=255)
cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc < 1:4946525/50‑1 (MQ=255)
cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc < 1:6684911/50‑1 (MQ=255)
cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc > 1:4236139/1‑50 (MQ=255)
aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct < 1:6744054/50‑1 (MQ=255)
aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct < 1:460999/50‑1 (MQ=255)
cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc < 1:919380/50‑1 (MQ=255)
cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc < 1:6091498/50‑1 (MQ=255)
cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc < 1:618361/50‑1 (MQ=255)
cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc > 1:2488227/1‑50 (MQ=255)
tAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCg > 1:5101848/1‑50 (MQ=255)
tAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCg > 1:2032079/1‑50 (MQ=255)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCg < 1:5039782/48‑1 (MQ=39)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCg < 1:2786311/48‑1 (MQ=39)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg < 1:4296585/50‑1 (MQ=255)
aaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:332167/1‑49 (MQ=39)
aGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:6031719/1‑48 (MQ=39)
tGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGagag > 1:3621412/1‑50 (MQ=255)
gTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt > 1:3174842/1‑50 (MQ=255)
gTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt > 1:2981608/1‑50 (MQ=255)
tttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt > 1:517176/1‑49 (MQ=39)
tttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTc < 1:439227/50‑1 (MQ=255)
ttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCa > 1:4320730/1‑50 (MQ=255)
tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCa < 1:4953175/49‑1 (MQ=39)
tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAt > 1:3982619/1‑50 (MQ=255)
tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAt > 1:2661767/1‑50 (MQ=255)
tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAt > 1:1712495/1‑50 (MQ=255)
atatC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAt < 1:4967525/49‑1 (MQ=39)
atatC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAt < 1:1310274/49‑1 (MQ=39)
atatC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATc > 1:4644927/1‑50 (MQ=255)
atatC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATc > 1:135634/1‑50 (MQ=255)
|
GCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATC > NC_000913/3801023‑3801117
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
