Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A10 F999 I0 R1
|
75 |
85.3 |
6433650 |
96.2% |
6189171 |
49.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,801,078 |
(T)7→6 |
coding (922/1017 nt) |
waaJ ← |
UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,801,072 | 0 | T | . | 98.2%
| 257.8
/ ‑1.2
| 57 | coding (928/1017 nt) | waaJ | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base . (38/18); total (38/19) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.33e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 |
CTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATC > NC_000913/3801024‑3801117
|
cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:533809/50‑1 (MQ=255)
cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt < 1:1108060/49‑1 (MQ=255)
cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt < 1:2880898/49‑1 (MQ=255)
cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt < 1:3593447/49‑1 (MQ=255)
aaTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt > 1:3878848/1‑49 (MQ=255)
aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttta < 1:5998579/50‑2 (MQ=255)
aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttt < 1:2989818/49‑1 (MQ=255)
aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttt > 1:2360860/1‑49 (MQ=255)
ttCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttttaa < 1:3072056/50‑3 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat < 1:4146490/49‑2 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt > 1:2051285/1‑50 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt < 1:589575/50‑1 (MQ=255)
tGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt > 1:2938040/1‑49 (MQ=39)
gagaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc > 1:5938017/1‑49 (MQ=39)
gagaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc > 1:515971/1‑49 (MQ=39)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa > 1:3979349/1‑50 (MQ=255)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCa < 1:193527/49‑1 (MQ=39)
gaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa > 1:4006498/1‑49 (MQ=39)
atatAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaata < 1:3363667/50‑1 (MQ=255)
atatAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat > 1:2727739/1‑49 (MQ=39)
ataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat > 1:2239350/1‑50 (MQ=255)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:5710098/1‑50 (MQ=255)
aaTGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:2014834/1‑49 (MQ=39)
atgatgTTGCGCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGa < 1:1105539/50‑1 (MQ=255)
tgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt > 1:919746/1‑50 (MQ=255)
tgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt > 1:2631553/1‑50 (MQ=255)
tgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt < 1:5166699/50‑1 (MQ=255)
gatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt > 1:722969/1‑50 (MQ=255)
atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt > 1:3177658/1‑50 (MQ=255)
atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt < 1:2399811/50‑1 (MQ=255)
atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt < 1:6167738/50‑1 (MQ=255)
atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt < 1:2404441/49‑1 (MQ=39)
tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc < 1:202397/50‑1 (MQ=255)
tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc < 1:187076/50‑1 (MQ=255)
ttGCACTAAAAGGTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATCATTGATTTCg > 1:1905189/1‑49 (MQ=37)
ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 1:4708591/1‑49 (MQ=39)
tGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa > 1:2039500/1‑50 (MQ=255)
tGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa > 1:4462807/1‑50 (MQ=255)
gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa < 1:4317309/49‑1 (MQ=39)
gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt > 1:212787/1‑50 (MQ=255)
cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt < 1:511409/49‑1 (MQ=39)
cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt < 1:191658/49‑1 (MQ=39)
aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct < 1:3244987/50‑1 (MQ=255)
aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct > 1:124782/1‑50 (MQ=255)
aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct < 1:1961895/50‑1 (MQ=255)
aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct > 1:2355227/1‑50 (MQ=255)
cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc > 1:3888216/1‑50 (MQ=255)
cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc < 1:5397069/50‑1 (MQ=255)
aaaaGATGTTTCTATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCgc > 1:1840981/1‑49 (MQ=38)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:2136475/1‑50 (MQ=255)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:4036871/1‑50 (MQ=255)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:2957414/1‑50 (MQ=255)
aaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:2413237/1‑49 (MQ=39)
gATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:4527461/1‑47 (MQ=39)
gATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:451878/1‑47 (MQ=39)
gATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGgag < 1:5703187/50‑1 (MQ=255)
aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga > 1:4763366/1‑48 (MQ=39)
aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga > 1:3375857/1‑48 (MQ=39)
aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga > 1:2113489/1‑48 (MQ=39)
aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga > 1:1705221/1‑48 (MQ=39)
aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga > 1:3816601/1‑48 (MQ=39)
tGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGagag > 1:930844/1‑50 (MQ=255)
tttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt > 1:3646484/1‑49 (MQ=39)
tttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt < 1:145800/49‑1 (MQ=39)
tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAt > 1:4373133/1‑50 (MQ=255)
atatC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATc > 1:2997157/1‑50 (MQ=255)
|
CTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATC > NC_000913/3801024‑3801117
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
