Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F999 I0 R1
|
76 |
100.0 |
7495425 |
97.1% |
7278057 |
49.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,801,078 |
(T)7→6 |
coding (922/1017 nt) |
waaJ ← |
UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,801,072 | 0 | T | . | 92.9%
| 282.2
/ 19.9
| 70 | coding (928/1017 nt) | waaJ | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/3); new base . (37/28); total (39/31) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.49e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.66e-01 |
GCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATC > NC_000913/3801023‑3801117
|
gCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt > 1:5172809/1‑50 (MQ=255)
cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:626548/50‑1 (MQ=255)
tataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt > 1:3635384/1‑50 (MQ=255)
tataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt > 1:7201062/1‑50 (MQ=255)
tataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt > 1:1341949/1‑50 (MQ=255)
tataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt > 1:6142156/1‑50 (MQ=255)
taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt > 1:1339413/1‑50 (MQ=255)
taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt < 1:1950469/50‑1 (MQ=255)
taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt < 1:3079071/49‑1 (MQ=255)
taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt < 1:523270/48‑1 (MQ=255)
aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttta < 1:7237986/50‑2 (MQ=255)
aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttta < 1:3711858/50‑2 (MQ=255)
aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttt < 1:5542937/49‑1 (MQ=255)
ttCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttttaa < 1:4951164/50‑3 (MQ=255)
ttCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttttaa < 1:4858623/50‑3 (MQ=255)
ttCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttttaa < 1:4534438/50‑3 (MQ=255)
ttCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttta > 1:1573978/1‑48 (MQ=255)
tCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaa > 1:525962/1‑50 (MQ=255)
ccTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat > 1:3440981/1‑49 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat < 1:5886212/49‑2 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat < 1:929523/49‑2 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt > 1:7136510/1‑50 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt > 1:2091700/1‑50 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt < 1:960247/50‑1 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt > 1:1261789/1‑50 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt < 1:3043862/50‑1 (MQ=255)
gagaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc > 1:773307/1‑49 (MQ=39)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc < 1:3072056/48‑1 (MQ=39)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa > 1:6104906/1‑50 (MQ=255)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa > 1:1782320/1‑50 (MQ=255)
gaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat < 1:4939638/50‑1 (MQ=255)
gaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat < 1:2955402/50‑1 (MQ=255)
gaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat < 1:5996549/50‑1 (MQ=255)
gaTATAATGATGTTGCACAAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa > 1:2593138/1‑49 (MQ=38)
atatAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaata < 1:1398477/50‑1 (MQ=255)
atatAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat > 1:4086977/1‑49 (MQ=39)
ataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat > 1:2238222/1‑50 (MQ=255)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat < 1:678452/49‑1 (MQ=39)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat < 1:956157/49‑1 (MQ=39)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:1117416/1‑50 (MQ=255)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:1204105/1‑50 (MQ=255)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:7324648/1‑50 (MQ=255)
atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTg < 1:7440845/49‑1 (MQ=39)
tgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt < 1:2678561/50‑1 (MQ=255)
gatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt > 1:1979712/1‑50 (MQ=255)
atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt > 1:5328298/1‑50 (MQ=255)
atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt < 1:2992544/50‑1 (MQ=255)
tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc < 1:6138374/50‑1 (MQ=255)
tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc > 1:412524/1‑50 (MQ=255)
gTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 1:2057447/1‑50 (MQ=255)
gTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 1:1425426/1‑50 (MQ=255)
gTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 1:2667144/1‑50 (MQ=255)
ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg < 1:2847562/49‑1 (MQ=39)
gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt > 1:5581135/1‑50 (MQ=255)
cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc > 1:1741098/1‑50 (MQ=255)
cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc > 1:479963/1‑50 (MQ=255)
cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt < 1:1609459/49‑1 (MQ=39)
cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt < 1:4313148/49‑1 (MQ=39)
cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt < 1:2376817/49‑1 (MQ=39)
cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt < 1:3521906/49‑1 (MQ=39)
aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct > 1:262821/1‑50 (MQ=255)
cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc > 1:3575771/1‑50 (MQ=255)
tAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCg > 1:965625/1‑50 (MQ=255)
tAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCg > 1:3593663/1‑50 (MQ=255)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCg < 1:1653845/48‑1 (MQ=39)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGt < 1:6887185/49‑1 (MQ=39)
aaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTgg < 1:3061826/50‑1 (MQ=255)
aaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTgg < 1:6288784/50‑1 (MQ=255)
aaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:6110630/1‑49 (MQ=39)
gATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGgag < 1:939609/50‑1 (MQ=255)
aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga > 1:6352661/1‑48 (MQ=39)
aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga > 1:3254528/1‑48 (MQ=39)
tGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGagag < 1:6371021/50‑1 (MQ=255)
tGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGagag < 1:6774848/50‑1 (MQ=255)
tGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGagag < 1:4031414/50‑1 (MQ=255)
tGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGagag > 1:1136944/1‑50 (MQ=255)
gTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt > 1:2235010/1‑50 (MQ=255)
gTTTATATC‑TTTTTAAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt > 1:5113091/1‑50 (MQ=255)
tttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt > 1:3072954/1‑49 (MQ=39)
tttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt > 1:2563238/1‑49 (MQ=39)
ttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCCTCTCGTGGAGAGTCa > 1:937624/1‑50 (MQ=255)
tataTCTG‑TTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGTGTCa < 1:7026153/49‑1 (MQ=255)
tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCa < 1:5574083/49‑1 (MQ=39)
tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCa < 1:4315263/49‑1 (MQ=39)
tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAt > 1:860484/1‑50 (MQ=255)
tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAt > 1:3469996/1‑50 (MQ=255)
atatC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATc > 1:1516830/1‑50 (MQ=255)
|
GCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATC > NC_000913/3801023‑3801117
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
