Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F999 I0 R1
|
72 |
72.2 |
7896259 |
97.8% |
7722541 |
35.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,801,078 |
(T)7→6 |
coding (922/1017 nt) |
waaJ ← |
UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,801,072 | 0 | T | . | 97.9%
| 392.0
/ 4.5
| 96 | coding (928/1017 nt) | waaJ | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base . (39/55); total (40/56) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.75e-01 |
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
ATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATC > NC_000913/3801038‑3801102
|
atatAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt > 1:7234328/1‑35 (MQ=255)
atatAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt > 1:555916/1‑35 (MQ=255)
tataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt > 1:7845086/1‑35 (MQ=255)
tataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt > 1:1007405/1‑35 (MQ=255)
tataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:1507056/35‑1 (MQ=255)
tataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:1789218/35‑1 (MQ=255)
tataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:3732123/35‑1 (MQ=255)
ataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt < 1:4791246/35‑1 (MQ=255)
ataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt > 1:4737327/1‑35 (MQ=255)
ataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt > 1:4376986/1‑35 (MQ=255)
ataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt > 1:7035522/1‑35 (MQ=255)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt > 1:1818911/1‑35 (MQ=255)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt > 1:5688374/1‑35 (MQ=255)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt > 1:7118768/1‑35 (MQ=255)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt > 1:2206152/1‑35 (MQ=255)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt < 1:3797362/35‑1 (MQ=255)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt > 1:7760442/1‑35 (MQ=255)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt < 1:1177774/35‑1 (MQ=255)
aaTGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt < 1:7650207/35‑1 (MQ=255)
aaTGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt < 1:5707602/35‑1 (MQ=255)
aaTGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt < 1:7101021/35‑1 (MQ=255)
aaTGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt > 1:7641710/1‑35 (MQ=255)
aaTGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt < 1:5838275/35‑1 (MQ=255)
aaTGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt < 1:717316/35‑1 (MQ=255)
aaTGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt < 1:6448334/35‑1 (MQ=255)
atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttt > 1:4950488/1‑35 (MQ=255)
atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttt < 1:4570973/35‑1 (MQ=255)
atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttt < 1:2754451/35‑1 (MQ=255)
atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttt > 1:7847014/1‑35 (MQ=255)
tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat < 1:2263169/35‑2 (MQ=38)
gTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt < 1:4347108/35‑1 (MQ=37)
gTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt < 1:4025662/35‑1 (MQ=37)
gTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt < 1:143413/35‑1 (MQ=37)
gTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt > 1:5004793/1‑35 (MQ=37)
ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc > 1:2203077/1‑35 (MQ=37)
ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc > 1:3466405/1‑35 (MQ=37)
ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc < 1:2187365/35‑1 (MQ=37)
ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc > 1:1633490/1‑35 (MQ=37)
ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc > 1:5708233/1‑35 (MQ=37)
gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa < 1:5104305/35‑1 (MQ=37)
gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa > 1:6791977/1‑35 (MQ=37)
gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa < 1:3438050/35‑1 (MQ=37)
gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa < 1:3438118/35‑1 (MQ=37)
gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa < 1:1954581/35‑1 (MQ=37)
gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa < 1:5904280/35‑1 (MQ=37)
gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa < 1:434439/35‑1 (MQ=37)
cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat < 1:1249070/35‑1 (MQ=37)
cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat < 1:7283310/35‑1 (MQ=37)
cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat < 1:6585517/35‑1 (MQ=37)
cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat > 1:6638790/1‑35 (MQ=37)
cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat < 1:2201484/35‑1 (MQ=37)
cACTAAAAGAGGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat < 1:520377/35‑1 (MQ=25)
aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaata < 1:230438/35‑1 (MQ=37)
aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaata < 1:7158617/35‑1 (MQ=37)
cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataa < 1:596065/35‑1 (MQ=37)
cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataa < 1:3327941/35‑1 (MQ=37)
cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataa < 1:6467549/35‑1 (MQ=37)
cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataa < 1:3056978/35‑1 (MQ=37)
cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataa < 1:2372867/35‑1 (MQ=37)
tAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat < 1:5475228/35‑1 (MQ=37)
tAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat < 1:5552301/35‑1 (MQ=37)
tAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat > 1:7737147/1‑35 (MQ=37)
aaaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt < 1:1125021/35‑1 (MQ=37)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTg > 1:3171206/1‑35 (MQ=37)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTg < 1:5907539/35‑1 (MQ=37)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTg > 1:2035458/1‑35 (MQ=37)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTg > 1:1136352/1‑35 (MQ=37)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTg > 1:5895341/1‑35 (MQ=37)
aaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGa > 1:3922997/1‑35 (MQ=37)
aaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGa < 1:587587/35‑1 (MQ=37)
aGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt < 1:4647125/35‑1 (MQ=37)
aGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt > 1:1302150/1‑35 (MQ=37)
aGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt > 1:2879480/1‑35 (MQ=37)
gATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt < 1:6017961/35‑1 (MQ=37)
gATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt < 1:6309960/35‑1 (MQ=37)
gATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt > 1:6643727/1‑35 (MQ=37)
aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt < 1:843448/35‑1 (MQ=37)
aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt > 1:2354515/1‑35 (MQ=37)
aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt > 1:3375835/1‑35 (MQ=37)
aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt < 1:3158576/35‑1 (MQ=37)
tGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc > 1:1467850/1‑35 (MQ=37)
tGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc > 1:2447082/1‑35 (MQ=37)
tGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc < 1:2526469/35‑1 (MQ=37)
gTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg < 1:5220603/35‑1 (MQ=37)
gTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 1:1956003/1‑35 (MQ=37)
tttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGc > 1:5058915/1‑35 (MQ=37)
tttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGc > 1:683298/1‑35 (MQ=37)
tttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGc > 1:4082895/1‑35 (MQ=37)
ttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa < 1:7181345/35‑1 (MQ=37)
ttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa > 1:3732210/1‑35 (MQ=37)
ttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa < 1:4823992/35‑1 (MQ=37)
tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt < 1:3095468/35‑1 (MQ=37)
tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt > 1:3038484/1‑35 (MQ=37)
tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt < 1:4663504/35‑1 (MQ=37)
tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt < 1:1313647/35‑1 (MQ=37)
tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt < 1:6442712/35‑1 (MQ=37)
atatC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc > 1:3308073/1‑35 (MQ=37)
atatC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc > 1:6806167/1‑35 (MQ=37)
atatC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc > 1:1749692/1‑35 (MQ=37)
atatC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc > 1:6294960/1‑35 (MQ=37)
|
ATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATC > NC_000913/3801038‑3801102
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
