Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F999 I0 R1
|
75 |
109.1 |
8321009 |
96.7% |
8046415 |
49.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,801,078 |
(T)7→6 |
coding (922/1017 nt) |
waaJ ← |
UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,801,072 | 0 | T | . | 94.2%
| 696.0
/ 51.7
| 173 | coding (928/1017 nt) | waaJ | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/5); new base . (80/82); total (86/87) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.21e-01 |
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
GCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATC > NC_000913/3801023‑3801117
|
gCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt > 1:108920/1‑50 (MQ=255)
cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:354417/50‑1 (MQ=255)
cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:7403950/50‑1 (MQ=255)
tataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt > 1:4497747/1‑50 (MQ=255)
taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt < 1:6283338/49‑1 (MQ=255)
taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt < 1:1873097/49‑1 (MQ=255)
taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt < 1:5839128/48‑1 (MQ=255)
taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt < 1:5575203/48‑1 (MQ=255)
taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt < 1:2040287/48‑1 (MQ=255)
aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttta < 1:6899409/50‑2 (MQ=255)
aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttt < 1:2503666/49‑1 (MQ=255)
aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttt > 1:1454415/1‑49 (MQ=255)
ccTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat > 1:3778367/1‑49 (MQ=255)
ccTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat > 1:2183956/1‑49 (MQ=255)
ccTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat > 1:6540254/1‑49 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat < 1:5930749/49‑2 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat < 1:2583084/49‑2 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt > 1:7648773/1‑50 (MQ=255)
gagaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc > 1:6237343/1‑49 (MQ=39)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc < 1:7854613/48‑1 (MQ=39)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc < 1:509650/48‑1 (MQ=39)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc < 1:6482925/48‑1 (MQ=39)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCa < 1:4999738/49‑1 (MQ=39)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCa < 1:6696771/49‑1 (MQ=39)
gaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat < 1:2299573/50‑1 (MQ=255)
gaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat < 1:1980362/50‑1 (MQ=255)
atatAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaata < 1:5888067/50‑1 (MQ=255)
atatAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaata < 1:4353525/50‑1 (MQ=255)
atatAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat > 1:1057656/1‑49 (MQ=39)
tataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataa > 1:7632602/1‑50 (MQ=255)
tataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataa < 1:6326452/50‑1 (MQ=255)
tataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataa < 1:4323445/50‑1 (MQ=255)
tataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataa < 1:6939669/50‑1 (MQ=255)
ataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat > 1:1251396/1‑50 (MQ=255)
taATGATGTTGCACTAACAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:4963359/1‑50 (MQ=255)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat < 1:945028/49‑1 (MQ=39)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat < 1:1625090/49‑1 (MQ=39)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt < 1:6438436/50‑1 (MQ=255)
aaTGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:1101424/1‑49 (MQ=39)
aaTGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:7598762/1‑49 (MQ=39)
aaTGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:7528058/1‑49 (MQ=39)
aaTGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:5739677/1‑49 (MQ=39)
atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTg < 1:3986991/49‑1 (MQ=39)
atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTg < 1:8258419/49‑1 (MQ=39)
atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTg < 1:4461607/49‑1 (MQ=39)
atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTg < 1:3283432/49‑1 (MQ=39)
atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGa > 1:1369566/1‑50 (MQ=255)
atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGa < 1:2115729/50‑1 (MQ=255)
atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGa > 1:5995184/1‑50 (MQ=255)
atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGa < 1:2373046/50‑1 (MQ=255)
tgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt > 1:3945440/1‑50 (MQ=255)
atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt < 1:611908/50‑1 (MQ=255)
atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt < 1:7964937/49‑1 (MQ=39)
atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt < 1:7100180/49‑1 (MQ=39)
tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc > 1:6254514/1‑50 (MQ=255)
tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc > 1:4260783/1‑50 (MQ=255)
tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc > 1:6694647/1‑50 (MQ=255)
gTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 1:6644550/1‑50 (MQ=255)
ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 1:3265750/1‑49 (MQ=39)
ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 1:120503/1‑49 (MQ=39)
tGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa > 1:1531317/1‑50 (MQ=255)
gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa < 1:6724959/49‑1 (MQ=39)
cACTAGAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc > 1:6601219/1‑50 (MQ=255)
cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc > 1:3153492/1‑50 (MQ=255)
cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt < 1:1795205/49‑1 (MQ=39)
aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct < 1:5027125/50‑1 (MQ=255)
aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct > 1:3381394/1‑50 (MQ=255)
aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct < 1:4190704/50‑1 (MQ=255)
aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct < 1:2480678/50‑1 (MQ=255)
aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct > 1:505578/1‑50 (MQ=255)
aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct < 1:5335749/50‑1 (MQ=255)
cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc > 1:920487/1‑50 (MQ=255)
cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc > 1:7351240/1‑50 (MQ=255)
cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc > 1:7258069/1‑50 (MQ=255)
cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc < 1:562417/50‑1 (MQ=255)
cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc < 1:5427117/50‑1 (MQ=255)
cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc < 1:2953735/50‑1 (MQ=255)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCg < 1:2857947/48‑1 (MQ=39)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGt < 1:243959/49‑1 (MQ=39)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:7994952/1‑50 (MQ=255)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:6822206/1‑50 (MQ=255)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg < 1:1391785/50‑1 (MQ=255)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:832029/1‑50 (MQ=255)
aaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:4171065/1‑49 (MQ=39)
aaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:3894446/1‑49 (MQ=39)
aGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:4850003/1‑48 (MQ=39)
aGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga < 1:807860/50‑1 (MQ=255)
aGATGTTTATAT‑ATTGTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:1755573/1‑48 (MQ=37)
gATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGgag < 1:2246886/50‑1 (MQ=255)
aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGgaga < 1:7680107/50‑1 (MQ=255)
aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga > 1:4655156/1‑48 (MQ=39)
tGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGagag > 1:5788581/1‑50 (MQ=255)
tttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt > 1:757047/1‑49 (MQ=39)
tttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt > 1:1667869/1‑49 (MQ=39)
tttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt > 1:4739047/1‑49 (MQ=39)
tttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTc < 1:1336813/50‑1 (MQ=255)
tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAt > 1:4889107/1‑50 (MQ=255)
atatC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATc > 1:363038/1‑50 (MQ=255)
atatC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATc > 1:4421396/1‑50 (MQ=255)
atatC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATc > 1:6360775/1‑50 (MQ=255)
|
GCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATC > NC_000913/3801023‑3801117
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
