Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F999 I0 R1
|
76 |
111.7 |
8335867 |
97.1% |
8094126 |
49.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,801,078 |
(T)7→6 |
coding (922/1017 nt) |
waaJ ← |
UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,801,072 | 0 | T | . | 93.1%
| 408.1
/ 31.2
| 102 | coding (928/1017 nt) | waaJ | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/5); new base . (50/45); total (52/50) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.65e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
CTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATC > NC_000913/3801024‑3801117
|
cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:4355281/50‑1 (MQ=255)
cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:4670032/50‑1 (MQ=255)
cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:5461444/50‑1 (MQ=255)
cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt > 1:7104037/1‑50 (MQ=255)
cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt > 1:172959/1‑50 (MQ=255)
cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt > 1:7985049/1‑50 (MQ=255)
cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt < 1:4076237/49‑1 (MQ=255)
tataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt > 1:7898600/1‑50 (MQ=255)
taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt < 1:2941774/50‑1 (MQ=255)
taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt < 1:1406266/49‑1 (MQ=255)
taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt < 1:1743942/49‑1 (MQ=255)
taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt < 1:6676256/48‑1 (MQ=255)
taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt < 1:101188/48‑1 (MQ=255)
aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttta < 1:3392689/50‑2 (MQ=255)
aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttta < 1:5598011/50‑2 (MQ=255)
aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttta < 1:3607976/50‑2 (MQ=255)
aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttt < 1:8066862/49‑1 (MQ=255)
aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttt > 1:6643517/1‑49 (MQ=255)
aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttt < 1:5070345/49‑1 (MQ=255)
ttCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttttaa < 1:2515969/50‑3 (MQ=255)
ttCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttttaa < 1:6155682/50‑3 (MQ=255)
ccTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat > 1:752743/1‑49 (MQ=255)
ccTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat > 1:1048120/1‑49 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat < 1:1231531/49‑2 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat < 1:1314126/49‑2 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt < 1:1145124/50‑1 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt < 1:5721307/50‑1 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt < 1:6094059/50‑1 (MQ=255)
gagaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc > 1:5983004/1‑49 (MQ=39)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc < 1:3848269/48‑1 (MQ=39)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc < 1:1466446/48‑1 (MQ=39)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc < 1:1929291/48‑1 (MQ=39)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc < 1:7963229/48‑1 (MQ=39)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa < 1:3352117/50‑1 (MQ=255)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa > 1:815871/1‑50 (MQ=255)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa > 1:6165755/1‑50 (MQ=255)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa < 1:4033242/50‑1 (MQ=255)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa < 1:538303/50‑1 (MQ=255)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa > 1:1041197/1‑50 (MQ=255)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCa < 1:2375945/49‑1 (MQ=39)
gaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat < 1:3159831/50‑1 (MQ=255)
gaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat < 1:2276844/50‑1 (MQ=255)
gaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa > 1:8272786/1‑49 (MQ=39)
gaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa > 1:7768228/1‑49 (MQ=39)
gaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa > 1:1943315/1‑49 (MQ=39)
atatAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat > 1:311136/1‑49 (MQ=39)
atatAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat > 1:8057733/1‑49 (MQ=39)
tataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataa > 1:7178841/1‑50 (MQ=255)
ataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat > 1:3539679/1‑50 (MQ=255)
ataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat > 1:7162620/1‑50 (MQ=255)
ataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat > 1:4108449/1‑50 (MQ=255)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:2177490/1‑50 (MQ=255)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt < 1:4178073/50‑1 (MQ=255)
atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGa < 1:4585586/50‑1 (MQ=255)
atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGa < 1:733964/50‑1 (MQ=255)
tgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt > 1:4222151/1‑50 (MQ=255)
tgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt > 1:4041/1‑50 (MQ=255)
tgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt > 1:4363419/1‑50 (MQ=255)
gatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt > 1:6422623/1‑50 (MQ=255)
atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt > 1:4366376/1‑50 (MQ=255)
atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt < 1:5803755/50‑1 (MQ=255)
atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt < 1:4988246/49‑1 (MQ=39)
atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt < 1:2392337/49‑1 (MQ=39)
atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt < 1:6536651/49‑1 (MQ=39)
tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc < 1:210125/50‑1 (MQ=255)
tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc > 1:4577332/1‑50 (MQ=255)
gTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 1:6466872/1‑50 (MQ=255)
ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 1:7231960/1‑49 (MQ=39)
ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 1:277696/1‑49 (MQ=39)
gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa < 1:3395842/49‑1 (MQ=39)
gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt > 1:4361497/1‑50 (MQ=255)
cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc < 1:7414472/50‑1 (MQ=255)
cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt < 1:1843027/49‑1 (MQ=39)
aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct < 1:2422196/50‑1 (MQ=255)
aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct < 1:4834991/50‑1 (MQ=255)
aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct < 1:1955791/50‑1 (MQ=255)
aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct > 1:6771230/1‑50 (MQ=255)
aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct > 1:1623790/1‑50 (MQ=255)
aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct < 1:607184/50‑1 (MQ=255)
aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct > 1:4293574/1‑50 (MQ=255)
cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc < 1:7731961/50‑1 (MQ=255)
cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc < 1:1482585/50‑1 (MQ=255)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGt < 1:5234301/49‑1 (MQ=39)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg < 1:6059190/50‑1 (MQ=255)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:2986997/1‑50 (MQ=255)
aaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:612972/1‑49 (MQ=39)
aGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:1049622/1‑48 (MQ=39)
aGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga < 1:4523221/50‑1 (MQ=255)
aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga > 1:7203304/1‑48 (MQ=39)
aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga > 1:5939068/1‑48 (MQ=39)
aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga > 1:2946904/1‑48 (MQ=39)
tGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGagag < 1:5355838/50‑1 (MQ=255)
tGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGagag < 1:3751207/50‑1 (MQ=255)
tGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGagag < 1:5707007/50‑1 (MQ=255)
tttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt > 1:6439952/1‑49 (MQ=39)
tttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt > 1:8231383/1‑49 (MQ=39)
tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAt > 1:4718749/1‑50 (MQ=255)
tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAt > 1:8235750/1‑50 (MQ=255)
atatC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATc > 1:7824438/1‑50 (MQ=255)
atatC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATc > 1:1186803/1‑50 (MQ=255)
|
CTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATC > NC_000913/3801024‑3801117
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
