Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F999 I0 R1
|
79 |
90.6 |
6749123 |
97.8% |
6600642 |
49.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,801,078 |
(T)7→6 |
coding (922/1017 nt) |
waaJ ← |
UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,801,072 | 0 | T | . | 97.5%
| 364.0
/ 4.9
| 81 | coding (928/1017 nt) | waaJ | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base . (42/37); total (43/38) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.49e-01 |
CTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATC > NC_000913/3801024‑3801117
|
cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:2555834/50‑1 (MQ=255)
cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt > 1:3601689/1‑50 (MQ=255)
cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt > 1:1932307/1‑50 (MQ=255)
cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:4197791/50‑1 (MQ=255)
cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt < 1:5461185/49‑1 (MQ=255)
tataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt > 1:2902529/1‑50 (MQ=255)
tataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt > 1:3349311/1‑50 (MQ=255)
tataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt > 1:2115837/1‑50 (MQ=255)
ataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt > 1:5337109/1‑50 (MQ=255)
taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt > 1:2738271/1‑50 (MQ=255)
taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt < 1:5626481/48‑1 (MQ=255)
taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt < 1:4072092/48‑1 (MQ=255)
aaTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt > 1:4548061/1‑49 (MQ=255)
aaTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt > 1:365877/1‑49 (MQ=255)
aaTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt > 1:3768252/1‑49 (MQ=255)
aaTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt > 1:4955784/1‑49 (MQ=255)
aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttta < 1:1877851/50‑2 (MQ=255)
aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttta < 1:330085/50‑2 (MQ=255)
ccTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat > 1:2804528/1‑49 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaat < 1:4983275/49‑2 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt > 1:3881520/1‑50 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt < 1:4663015/50‑1 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt < 1:1787430/50‑1 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt < 1:5321066/50‑1 (MQ=255)
cTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt < 1:6470665/50‑1 (MQ=255)
tGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt > 1:941816/1‑49 (MQ=39)
tGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAAtt > 1:6110907/1‑49 (MQ=39)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa < 1:5929916/50‑1 (MQ=255)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCa < 1:1756491/49‑1 (MQ=39)
agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCa < 1:2061859/49‑1 (MQ=39)
gaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat < 1:4370710/50‑1 (MQ=255)
gaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat < 1:4219734/50‑1 (MQ=255)
gaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa > 1:4501481/1‑49 (MQ=39)
atatAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaata < 1:4037115/50‑1 (MQ=255)
atatAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaata < 1:4113183/50‑1 (MQ=255)
atatAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat > 1:57450/1‑49 (MQ=39)
atatAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat > 1:615331/1‑49 (MQ=39)
ataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat > 1:5229587/1‑50 (MQ=255)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat < 1:1109507/49‑1 (MQ=39)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat < 1:6547805/49‑1 (MQ=39)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:4535760/1‑50 (MQ=255)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt < 1:4978929/50‑1 (MQ=255)
taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt < 1:2577710/50‑1 (MQ=255)
aaTGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:3849309/1‑49 (MQ=39)
aaTGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:3754649/1‑49 (MQ=39)
aaTGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:3598707/1‑49 (MQ=39)
atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTg < 1:3844388/49‑1 (MQ=39)
atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTg < 1:5943042/49‑1 (MQ=39)
atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGa < 1:2681871/50‑1 (MQ=255)
atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGa < 1:4190989/50‑1 (MQ=255)
atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGa > 1:2800471/1‑50 (MQ=255)
tgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt < 1:5906752/50‑1 (MQ=255)
atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt < 1:4407884/49‑1 (MQ=39)
tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc > 1:3728814/1‑50 (MQ=255)
tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc > 1:5315660/1‑50 (MQ=255)
tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc < 1:2839352/50‑1 (MQ=255)
gTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 1:6151503/1‑50 (MQ=255)
ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg < 1:1166947/49‑1 (MQ=39)
ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 1:2485998/1‑49 (MQ=39)
ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg < 1:6531989/49‑1 (MQ=39)
tGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa > 1:4420604/1‑50 (MQ=255)
tGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa > 1:6178030/1‑50 (MQ=255)
gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt > 1:2661341/1‑50 (MQ=255)
cACTAAAAGGTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc < 1:3204886/50‑1 (MQ=255)
cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc < 1:404449/50‑1 (MQ=255)
cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc > 1:594996/1‑50 (MQ=255)
cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc < 1:2256421/50‑1 (MQ=255)
cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc > 1:3444330/1‑50 (MQ=255)
cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt < 1:4630691/49‑1 (MQ=39)
aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct > 1:5672685/1‑50 (MQ=255)
tAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCg > 1:1957524/1‑50 (MQ=255)
aaaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATTTCGt > 1:5598913/1‑50 (MQ=255)
aaaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGt > 1:3495415/1‑50 (MQ=255)
aaaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGt > 1:1423335/1‑50 (MQ=255)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCg < 1:6550922/48‑1 (MQ=39)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCg < 1:4714742/48‑1 (MQ=39)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCg < 1:2070951/48‑1 (MQ=39)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:5697923/1‑50 (MQ=255)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:1085770/1‑50 (MQ=255)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg < 1:6309772/50‑1 (MQ=255)
aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg < 1:1460450/50‑1 (MQ=255)
aaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:6091611/1‑49 (MQ=39)
aaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:5778889/1‑49 (MQ=39)
aaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:2253809/1‑49 (MQ=39)
aGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:2417844/1‑48 (MQ=39)
aGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga < 1:5165438/50‑1 (MQ=255)
aGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga < 1:6062210/50‑1 (MQ=255)
aGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga < 1:224962/50‑1 (MQ=255)
aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGgaga < 1:1704475/50‑1 (MQ=255)
aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga > 1:1803043/1‑48 (MQ=39)
tGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGagag > 1:670193/1‑50 (MQ=255)
tttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt > 1:4566166/1‑49 (MQ=39)
tttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt > 1:1456094/1‑49 (MQ=39)
tttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt > 1:6470858/1‑49 (MQ=39)
ttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCa > 1:1624976/1‑50 (MQ=255)
ttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCa > 1:2058643/1‑50 (MQ=255)
tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAt > 1:2324476/1‑50 (MQ=255)
atatC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATc > 1:6248869/1‑50 (MQ=255)
atatC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATc > 1:5649890/1‑50 (MQ=255)
|
CTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATC > NC_000913/3801024‑3801117
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
