Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F13 I0 R1
|
203 |
11425.2 |
8793538 |
98.4% |
8652841 |
135.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
1,360,750 |
G→T |
15.7% |
intergenic (‑85/+239) |
kgtP ← / ← rrf |
alpha‑ketoglutarate permease/5S ribosomal RNA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 1,360,750 | 0 | G | T | 15.7%
| 418.1
/ 15.9
| 210 | intergenic (‑85/+239) | kgtP/rrf | alpha‑ketoglutarate permease/5S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (59/111); new base T (36/4); total (95/115) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.23e-10 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
GACGAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTGAATCTGGCTT > NZ_CP022686/1360611‑1360889
|
acgaGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTAAAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATAAATttgttgg > 1:461696/1‑139 (MQ=255)
cgaGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCa < 7:232947/140‑1 (MQ=255)
cgaGTATCACTAATTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGGCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATttgttg < 3:584852/138‑1 (MQ=255)
gaGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCat < 1:1080548/140‑1 (MQ=255)
aacACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCatat < 3:751003/136‑1 (MQ=255)
aTCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCACTGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAACTGTTATACATTTGTTGCATATCa < 8:429934/140‑1 (MQ=255)
aTCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCAATGCCATTATGTCTCCTGCAGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCa < 6:1042524/140‑1 (MQ=255)
aTCACTACTTGTCAGTGTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCatat < 4:637560/138‑1 (MQ=255)
aTCACTACTTGGCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTGCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCa < 6:454860/140‑1 (MQ=255)
tactTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTa < 3:642563/138‑1 (MQ=255)
tactTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATg < 1:379828/140‑1 (MQ=255)
tactTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATg < 1:1021621/140‑1 (MQ=255)
tactTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATg < 5:576938/140‑1 (MQ=255)
ctTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTTTTTTTTTTTTTGTAATAAAAATTTTTTAAATTTTTTGAATATAATTTTgaa > 1:192624/1‑138 (MQ=255)
ctTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTGTTGTTTATTTTTTTGTAATAAAAATTTTATAAATTTGTTGAAAATAAtttagcg > 1:114089/1‑135 (MQ=255)
tGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACATTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTGTTTTTTTTTTGGGAATAAAAATGTTTTTCATTTTTTGCATAAAATTATGCa > 4:70738/1‑138 (MQ=255)
gTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTTTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAAcc > 2:219199/1‑140 (MQ=255)
gTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTTATAAAAATGTTATAAATTTTTTTCATATAATTATGGAAcc > 6:368298/1‑140 (MQ=255)
gTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTTCATATCATTATGCAAcc > 8:506860/1‑140 (MQ=255)
gTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATCCCATTATGTCACCTGCCGAAATCCAATGCTATTGTCGGTCGCTTTTTTTTAAATTTTTGTAACAAAAATTTTATTCATTAGTTTCAAATCATTATAAAAcc > 2:830642/1‑140 (MQ=255)
tCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAAc < 3:178728/138‑1 (MQ=255)
cAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTTTTTTTTGGTTATAAAAAATTTATAAATTTGTTTGATATAATAATTCAAcc > 3:873858/1‑138 (MQ=255)
aGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTa < 7:888392/140‑1 (MQ=255)
tttGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAATAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTaaa > 8:1048213/1‑139 (MQ=255)
tttGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTGTTTTTTTTTTGTTTAGAAAAATGTTTTTCATTTTTTTGATATAATTATTCAACCTTaaa > 5:919772/1‑139 (MQ=255)
ttGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAAcc < 7:451791/140‑1 (MQ=255)
gctgTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAAGGCTTTTGTCGGTCGCTGTTGTTTATTTTTTGTTAAGAAAAATGTTTTACATTTGTTGCATATCATTATGCACCCTTAACCAAGAAtttt > 2:853163/4‑139 (MQ=255)
ttACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTAATTTTTTGTAAGAAAAATTTTATACAATTGTTTCATATCATTATGAAAACTTAACCATGAATttaattt > 6:340717/1‑139 (MQ=255)
tACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATttagttag < 1:1133250/140‑1 (MQ=255)
aCAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATAAATTTGTTGCATATAATTATGCAACCTTAACCATGAATttagtta > 4:529093/1‑138 (MQ=255)
aCTTTCAGCCATGCCATTATGGCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGGCGCTTTTGTTTAATTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGaa < 5:831791/140‑1 (MQ=255)
ttCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAAt < 7:352565/140‑1 (MQ=255)
ttCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAAt < 6:1062392/140‑1 (MQ=255)
ttCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAAt < 8:87435/140‑1 (MQ=255)
ttCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCGTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAAt < 1:343474/140‑1 (MQ=255)
aGCTATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGt < 2:398173/140‑1 (MQ=255)
aGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAATAAAAATTTTATACATTTGTTGCATTTCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTATTTAGCAGGAAAATg > 4:983118/1‑138 (MQ=255)
tgccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTTTTTTTTTTTTGGTAATAAAAATGTTATACATTTGTTGCCTATCATTATGCAACCTGACCCATGAATTTAGGTATCAGGAAAATGGttatta > 6:793999/1‑140 (MQ=255)
tgccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTTTTTTTTTGTAAGAAAAATTTTATACATTTTTTTAATATAAATTAGCAACCTTAACCATGAATTTATTTTTCAGGAAAATGGttattt > 1:944027/1‑139 (MQ=255)
tgccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTTGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACAATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGTttatta < 5:504990/140‑1 (MQ=255)
tgccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGttat < 3:145259/138‑1 (MQ=255)
tgccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGATTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTTGTAATAAAAATGTTTTAAATTTTTTTCAATTCATTATTAAACCTTAAACATGAATTTATTTAGAAGTGAAATGGtttatt > 5:706616/1‑136 (MQ=255)
gccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTTGTAAAAAAAATTGTTTAAATTTTTTGAATTTAATTATTCCACCTTATACAAGAATTTAGTTATCAGGAAAAATGTTATTaa > 7:397552/1‑140 (MQ=255)
gccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTaa > 2:262008/1‑140 (MQ=255)
ccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTTTTGCATATGATTATGCAACCTTAACCATTAATTTAGTTAGGATGAAAATTGttattt > 4:752472/1‑137 (MQ=255)
ccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAg < 2:52524/140‑1 (MQ=255)
ccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAAAAAAATGTTATACAATTGTTGCATTTCATTATGCACCCTAACCCATGAATTTAGGTTACAGGAAAATGGttatta > 4:627694/1‑138 (MQ=255)
ttATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCTCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGGTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAg < 2:167810/140‑1 (MQ=255)
ttATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAg < 5:207849/140‑1 (MQ=255)
tATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCTCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGa < 3:416420/138‑1 (MQ=255)
aTGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAATAAAAATGTTATACATTTTTTTCATATAAATATGCAACCTTAACCATGAATTTTGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCt > 6:904293/1‑140 (MQ=255)
tGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCtt < 8:925065/140‑1 (MQ=255)
gTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTa < 5:370135/140‑1 (MQ=255)
tcCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTTGTTAGAAAAATGTTATTAATTTTTTGCATATCATTATTGAACCTTAACCATGAATTTATTTTGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAgg > 7:341928/1‑140 (MQ=255)
tcCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTTCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAgg > 6:142847/1‑140 (MQ=255)
tcCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGGTTATTTTTTGGTTAGAAAAATGTTATACAATTTTTGCATATCATTATGGAACCTTAACCATGTATTTAGTTATCAGGAAAATGGTTATTTAGGTGCGTAAgg > 6:1081924/1‑140 (MQ=255)
tcCTGCCGTAATCCAAAGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGATTATTTTTAGTTAAGAAAAAAGTTATACATTTTTTTCATTACATGATGCCACAGTAACCATGAATTTAGTTAACAGGAAAAAGGTTATTAAGGGGATTAAgg > 2:107469/1‑140 (MQ=255)
ccTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTTTTTTTTTGTAAGAAAAAATTTATACATTTTTTTGATATAATTATTCAACCATAAACAATAATTTATTTTGCAAGAAAAAGGTTATTAAAGAGGATAAGGa > 5:46869/1‑140 (MQ=255)
ccTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATAAATTTGTTGCATATCATTATTCAACCGTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCGTAAGGa > 2:636545/1‑140 (MQ=255)
ccTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATTTTTTACATTTTTTGCATATCATTATGCAACCTTAAACATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATTGGTATTAATGAGCTTAAGGa > 6:17717/1‑140 (MQ=255)
ccTGCCCTAATCCAATGCGTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTATTGGTCAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGa < 6:23648/140‑1 (MQ=255)
tAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATTTTATACAATTGTTGCATATAATTATGCAACCTTAACCATGAATTTATTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGAttt > 7:515236/1‑140 (MQ=255)
tAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGAttt < 1:262008/140‑1 (MQ=255)
aTCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGGTTATTTTTTGGGTATAAAAATGTTATAAATTTTTTTCAAATCATTATTCAACCTTAAACATGAATTTTTTTATGAGGAAAATGGTTAATTATGAGCTTAAGTatttattt > 3:990824/1‑138 (MQ=255)
cAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGt < 8:233028/140‑1 (MQ=255)
cAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCGTAAGGATAGATTTCTg < 4:352402/138‑1 (MQ=255)
tGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTTGTAAGAAAAAAGTTATACAATTTTTTAAAAACATTAAGAAAACTTAACCATGAAATTAGTTAGCAGGAAAATTTTTATTAAATAGCATAACTAAAGATTTCTGGTaaa > 8:532894/1‑139 (MQ=255)
tGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAATAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGAAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCGTAAGGATAGATTTATGGttat > 1:604216/1‑137 (MQ=255)
gCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAagg < 6:637148/140‑1 (MQ=255)
gCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGAAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAagg < 5:87752/140‑1 (MQ=255)
cTTTTGTCGGTCGCGTTTGTTTATTTTTTTGTAAGAAAAAATTTATACATTTGTTGGATATCATTATGCCACCTTAAACATGAATTTATTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGGTGTAGGATAGAATTGTGGTAag > 4:694704/1‑138 (MQ=255)
tttGTCGGTCTCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATTCATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATTGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAaggagg < 5:911403/140‑1 (MQ=255)
tttGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAaggagg < 7:706309/140‑1 (MQ=255)
tttGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAaggagg < 2:654424/140‑1 (MQ=255)
tttGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAaggagg < 1:180145/140‑1 (MQ=255)
tttGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAaggagg < 7:28530/140‑1 (MQ=255)
tttGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAaggagg < 2:920441/140‑1 (MQ=255)
tttGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAagga < 4:974378/138‑1 (MQ=255)
tcgCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAaggagg > 6:512974/1‑132 (MQ=255)
tcgCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAaggagg < 5:512974/132‑1 (MQ=255)
gCTTTTGTTTATTTTTTTGTAAGAAAAAATTTATAAATTTTTTGCATATCATTATGGAACCTTAACCAAGAATTTATTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATgg > 4:328853/1‑138 (MQ=255)
gCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATAATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAATGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAATTATgg > 4:766385/1‑138 (MQ=255)
tggttATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGTATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTggg < 8:754683/137‑1 (MQ=255)
tGTTTATTTTTTGTTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATAATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATTGTTATTAAGTAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTg < 4:494084/138‑1 (MQ=255)
tttttGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTg > 6:521402/1‑140 (MQ=255)
ttGGTAAGAATAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTgg < 3:293626/138‑1 (MQ=255)
ttGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTgggg < 5:142847/140‑1 (MQ=255)
ttGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTgggg < 1:836140/140‑1 (MQ=255)
ttGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTgg < 4:221323/138‑1 (MQ=255)
ggTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGaa > 5:338531/1‑140 (MQ=255)
aaaTGTTATTCATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACTTa < 4:1051132/138‑1 (MQ=255)
aaaTGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTTACCATGAATTTAGTTTGCAGGAAAAGGGTTATTATGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTTAGTAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTAtt < 7:572468/140‑1 (MQ=255)
aaTGTTATACATTTGTTGCATATCATTAAGCAACCGTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAATATGGTTAATAAGGAGCTTAAGGATAGAATTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTAt < 3:6056/138‑1 (MQ=255)
tataCATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTATCCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCt < 4:1103351/138‑1 (MQ=255)
tataCATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGt < 1:360888/140‑1 (MQ=255)
taCATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGttt > 8:393272/1‑139 (MQ=255)
taCATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTg > 1:785007/1‑140 (MQ=255)
aTTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTGAAt < 5:936617/140‑1 (MQ=255)
ttgCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTGAATCTGGc < 8:220640/140‑1 (MQ=255)
tgCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTGAATCTgg > 4:805564/1‑138 (MQ=255)
|
GACGAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTGAATCTGGCTT > NZ_CP022686/1360611‑1360889
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
