Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F36 I0 R1
|
179 |
8076.5 |
8499890 |
98.3% |
8355391 |
135.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
1,360,750 |
G→T |
9.6% |
intergenic (‑85/+239) |
kgtP ← / ← rrf |
alpha‑ketoglutarate permease/5S ribosomal RNA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 1,360,750 | 0 | G | T | 9.6%
| 456.8
/ 2.8
| 197 | intergenic (‑85/+239) | kgtP/rrf | alpha‑ketoglutarate permease/5S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/112); new base T (19/8); total (77/120) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.25e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
ACGAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTGAATCTGGC > NZ_CP022686/1360612‑1360887
|
acgaGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTTTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATTTTTTAAATttgttgg > 5:649429/1‑139 (MQ=255)
cgaGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATttgttg < 8:129038/138‑1 (MQ=255)
cgaGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATttgttg < 7:464182/138‑1 (MQ=255)
cgaGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCa < 2:284882/140‑1 (MQ=255)
cgaGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTAAACATTTGTTGCa > 2:514119/1‑140 (MQ=255)
cgaGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGGCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCa < 5:154654/140‑1 (MQ=255)
cgaGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGGTACAGTACTTTCAGCCCTGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTCAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCa < 6:221829/140‑1 (MQ=255)
gaGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCat < 3:580481/140‑1 (MQ=255)
gaGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGGTTATTTTTTGGTAAGAAAAATTTTTTACATtttttgg > 7:652654/1‑137 (MQ=255)
gTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTTCatat < 6:1009240/140‑1 (MQ=255)
gTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCatat < 2:124959/140‑1 (MQ=255)
aTCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑Ca < 6:657244/140‑1 (MQ=255)
aTCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑Ca < 6:33713/140‑1 (MQ=255)
aTCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑Ca < 1:80905/140‑1 (MQ=255)
aTCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑Ca < 1:5839/140‑1 (MQ=255)
acatGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCATCCATTCCATTATGTCTCCTGACTTAATACAATGATTTTGTCGGTCGCTTTAGTTTATTTTTTGTTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGc < 1:1000304/137‑1 (MQ=255)
ctTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTTGTAAGAAAAATGTTAAACATTTGTTGCATAT‑AATTATGCa > 6:500641/1‑140 (MQ=255)
ctTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTGTTTTTTTTTTTTTAAGAAAAAAGTTATACATTTTTTTGATAT‑AATTATTCa > 3:171613/1‑140 (MQ=255)
ctTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAAACCAATGATTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTTATTTTTTGTATGTATAATTTTATACAATTTTTTCATAA‑GATTATgtg > 1:361529/1‑138 (MQ=255)
tCAGATTGCTGTCTGCCGTTACAGTACATTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTTTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCt < 2:467650/140‑1 (MQ=255)
cAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCtt < 3:221675/140‑1 (MQ=255)
tttGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTTTTGCATTT‑CATTATGCAACCTTAAc > 6:644749/1‑140 (MQ=255)
tttGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAAAATTATAAATTTGTTTCATAT‑CATTATTCAACCTTAAc > 5:496626/1‑140 (MQ=255)
tGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTTTTGCATAT‑AATTATTCAACCTTAACCa > 6:947804/1‑140 (MQ=255)
tGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAAc < 8:48887/138‑1 (MQ=255)
tGCTGTCTGCCGTTACAGAACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTTTGTTTTTTTTTGTAAGAAAAATGTTTTACATTTTTTGCAAAT‑AAATATTCAACCGAAACCa > 1:38893/1‑140 (MQ=255)
gCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTTGTAATAAAAATTTTATAAATTTTTTTCATAT‑AATTATTCAACCTTAACCAt > 6:396908/1‑140 (MQ=255)
cTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGTTAAGAAAAATGTTATACATTTTTTGCATAT‑CATGATTCAACCTTAAACATGAAtt > 4:915504/1‑140 (MQ=255)
tACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATttagttag < 4:927954/140‑1 (MQ=255)
cAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTGTTTATTTTTTTGTTAGAAAAATGTTTTAAATTTGTTGGATATCCTTTATG‑AACCTGTCCCATTAATTTTTTTAGCa > 5:79995/1‑140 (MQ=255)
tACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGa < 3:369656/140‑1 (MQ=255)
ttCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGaaa < 8:428569/138‑1 (MQ=255)
ttCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGaaa < 7:190566/138‑1 (MQ=255)
ttCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAAt < 2:1100827/140‑1 (MQ=255)
tCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATAAATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATg > 3:917580/1‑140 (MQ=255)
aGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTTTTTATTTTTTGGTTATAAAAATGTTATAAATTTTTTTCATAT‑CATTATTCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATTGt > 1:938239/1‑140 (MQ=255)
aGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATTAATTTAGTTATCAGGAAAATg > 8:332530/1‑138 (MQ=255)
aGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCAAAT‑CAATATGCAACCTTAACAATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGt > 4:632278/1‑140 (MQ=255)
aGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTGTTGTTTTTTTTTTGGTTAGAAAAATGTTATAAATTTTTTTCATAT‑AAATATGCAACCGTAACCATGAATTTTGTTAGCAGGAAAATGGt > 1:1051238/1‑140 (MQ=255)
aGCCATGACATTATGTCTCCTGCCGTAATCCATTGCTTTTGTCGGTCGCGTTTTTTTATTTTTTTGTTATAAAAAAGTTTTAAATTTGTTGCATAT‑CATTATGGAACCATAAAAATGAATTTATTTATCAGTaaaaattt > 5:416552/1‑136 (MQ=255)
catgccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTTAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATTGCACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGtt > 7:983767/1‑138 (MQ=255)
tgccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTTGTAAGAAAAATGTTATAAATTTTTTGGATAT‑AATTATTGAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGttatta > 2:420076/1‑140 (MQ=255)
tgccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTGTTTATTTTTTTGTTATAAAAATGTTTTACATTTTTTGGATAT‑AATTATTGCACCTTAACCATGAATTTTTTTTGCAGGCAAATGGttatta > 5:1001094/1‑140 (MQ=255)
tgccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATTTTATACATTTGTTGCATAT‑AATTATGCAAACTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGttatta > 4:823646/1‑140 (MQ=255)
tgccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTAGCGTTTTTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATTTTATACATTTTTTTGATAA‑TAATATTCCACCGTTAACATGTATTAAGTTAGCAAGAAAATGGttatta > 2:1001202/1‑140 (MQ=255)
ccatTATGTCTCCTGCCTTAATCCAATGCTTTTGTCGGGCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAg < 6:199813/140‑1 (MQ=255)
ccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAg < 4:235854/140‑1 (MQ=255)
ccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAg < 2:396629/140‑1 (MQ=255)
ccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAg < 6:819041/140‑1 (MQ=255)
ccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGCAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAg < 3:816961/140‑1 (MQ=255)
aTGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTGTTTATATTTTTGTAATAAAAAAGTTATACATTTTTTGCATAT‑AAATATGCAACCTGAACCATGAATTTATTTAGAAGGGAAATGGTTATTAAGGAGcg > 4:10810/1‑139 (MQ=255)
tGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCtt < 6:984923/140‑1 (MQ=255)
tcCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATTTTATACATTTTTTTCATAT‑CATTATTCAACCTTAAACATGAATTTAGTTATCAGGAAAATGGTTATTAAGTAGCTTAAgt > 1:643603/1‑139 (MQ=255)
tcCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATTTTATACATTTTTTGCATAT‑CATTATTCAACCTTAACCATGAATTTATTTATCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTaatg > 3:1011678/1‑138 (MQ=255)
ccTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTTTTTAATAT‑AATTATTCAACCTTAACCATGAATTTAGTTATCAGGAAAATGGTTATTAAGGAACTAAAGGa > 3:802994/1‑140 (MQ=255)
ccTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAg < 8:756193/138‑1 (MQ=255)
ccTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGa < 3:653836/140‑1 (MQ=255)
ccTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTTTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTTTTGGATAT‑AATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTTTCAGGAGAATGGTTATTTATGCGCTTAAggt > 6:481896/1‑139 (MQ=255)
ccTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTGTTTATTTTTTTGTAAGAAAAATTTTATACATTTTTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGa > 5:298026/1‑140 (MQ=255)
ccTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTGTTTATTTTTTTGTAAGAAAAATTTTATAAATATTTTGGATAT‑AAATAAGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAACAGGAAAAAGGTTATTAAGGAGCTTaatgt > 1:765759/1‑137 (MQ=255)
ccTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTTTTGCATAT‑AATTATGGAACCTTAACCATGAAATTAGTTAGCATGAAAAAGTTTATTAAGGAGCTTAAGGa > 4:295195/1‑140 (MQ=255)
cTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTTTTTTTTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATAAATTTTTTTCATAT‑GATTTTGAAACCGTAAACATGAATTTATTTATGAGGTAAATGTGTATTAAGGAGCGTaatg > 7:267805/1‑136 (MQ=255)
tGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGGAACCTTTACCATGAATTTAGTTAGCAGGTAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATa > 2:756918/1‑140 (MQ=255)
tAATCCAATGCTTTTGTCGGGCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGAttt < 5:964123/140‑1 (MQ=255)
cAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGt < 5:262659/140‑1 (MQ=255)
aaTTCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTa < 4:450569/140‑1 (MQ=255)
gCTTTTGTCGGGCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAagg < 1:945689/140‑1 (MQ=255)
cTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTTGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAagga < 6:309322/140‑1 (MQ=255)
tttGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATTCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGAAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAaggagg < 6:666019/140‑1 (MQ=255)
tttGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAaggagg < 2:884238/140‑1 (MQ=255)
tttGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAaggagg < 2:36260/140‑1 (MQ=255)
tttGTCGGTCGATTTTGATTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAagga < 7:734090/138‑1 (MQ=255)
ttGTCGGTCGCTTTTGTTTTTTTTTTGGTAATAAAAATGTTATACATTTTTTTCATAT‑CATTATGCAACCATAAACATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATTGTTATTAATGAGCTTAAGGATAGATTTATGGTAAggagga > 3:346737/1‑140 (MQ=255)
ttGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATTTTTTACATTTTTTGCATAT‑CATTATTCAACCTTAACCATTAATTTAGTTAGCAGGAAAATTGTTATTAATGAGCTTAAGGACAGATTTCTGGTAAggagga > 1:836118/1‑140 (MQ=255)
cggtcgCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTa < 3:617613/140‑1 (MQ=255)
cgggcgCTTTTGATTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACAATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGTAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAg < 7:687834/138‑1 (MQ=255)
tcgCTTTTGTTTTTTTTTTTGTAATAAAAATGTTATACATTTGTTTCATAT‑AATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAAGAGCTTAATGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAATTATgg > 2:231075/1‑140 (MQ=255)
gTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGc < 1:811598/140‑1 (MQ=255)
ttGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTgggg < 6:127798/140‑1 (MQ=255)
ggTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTTCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGAGAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGaa < 3:522188/140‑1 (MQ=255)
ggTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGaa < 3:433411/140‑1 (MQ=255)
ggTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGaa < 1:876201/140‑1 (MQ=255)
ggTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGaa < 2:91344/140‑1 (MQ=255)
aTGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTAtt < 8:551391/138‑1 (MQ=255)
aTGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTAtt < 7:947485/138‑1 (MQ=255)
aTGTTATACAATTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCg < 2:979012/140‑1 (MQ=255)
gTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGcg > 6:784300/1‑139 (MQ=255)
tataCATTTGTTGAATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCt < 8:1010464/138‑1 (MQ=255)
taCATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTg > 3:92765/1‑140 (MQ=255)
aTTTGTTTCATAT‑CATTATGAAACCTTATCAATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTTTTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGTTGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTGa < 7:986324/138‑1 (MQ=255)
aTTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTGAAt < 5:669196/140‑1 (MQ=255)
aTTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTGAAt > 2:748954/1‑140 (MQ=255)
tttGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTGAATc < 4:520614/140‑1 (MQ=255)
ttgttgCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTGAATCt > 6:71902/1‑140 (MQ=255)
ttgttgCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGATGTTGAAtat > 6:890512/1‑138 (MQ=255)
ttgttgCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTAAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGATTAAGTATAGATTTCTGGTAAGCAGCAAGTATCGAAGTGGGCAATTTGGGGCAGACGTATTCGCTGTTGAATCt > 1:424243/1‑140 (MQ=255)
gttgCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGCGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACTTATTCGCTGTTGAATCt > 8:716004/1‑138 (MQ=255)
ttgCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTGAATCTGGc < 5:707828/140‑1 (MQ=255)
ttgCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTGAATCTGGc < 4:54795/140‑1 (MQ=255)
ttgCATAT‑CATTATGCAACATTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAACGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGCCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTGAATCTg < 7:58268/138‑1 (MQ=255)
|
ACGAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAT‑CATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTGAATCTGGC > NZ_CP022686/1360612‑1360887
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
