Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A10 F2 I0 R1
|
233 |
6461.8 |
9239822 |
98.3% |
9082745 |
135.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
1,360,750 |
G→T |
11.8% |
intergenic (‑85/+239) |
kgtP ← / ← rrf |
alpha‑ketoglutarate permease/5S ribosomal RNA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 1,360,750 | 0 | G | T | 11.8%
| 425.3
/ 5.3
| 186 | intergenic (‑85/+239) | kgtP/rrf | alpha‑ketoglutarate permease/5S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (63/94); new base T (27/2); total (90/96) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.09e-08 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
CGAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTGAATCTGGCTT > NZ_CP022686/1360613‑1360889
|
cgaGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCa < 7:452915/140‑1 (MQ=255)
cgaGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCa < 1:529263/140‑1 (MQ=255)
cgaGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGGCTCCTGACGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCa < 4:561943/140‑1 (MQ=255)
cgaGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGGAATTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAAAGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCa < 7:130125/140‑1 (MQ=255)
cgaGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGGCTTCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGGCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCa < 2:857493/140‑1 (MQ=255)
cgaGTATCACTACTTGTACGTTTGCAGTCTGCAGTTACAGTACTTTCAGCCATGCAATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCTGTATCTTTTGTTTATTTTTTTGTAAGTAAAATGTTATACATTTGTTGCa < 2:918041/140‑1 (MQ=255)
gaGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACGTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTGTTTTTTTTTTTGTAACAAAAATGTTTTACGTttgttgg > 6:289635/1‑137 (MQ=255)
gTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCatat < 7:3358/140‑1 (MQ=255)
aTCTCTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCAAGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCa < 2:97565/140‑1 (MQ=255)
aTCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCa < 2:669652/140‑1 (MQ=255)
tactTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATg < 7:940723/140‑1 (MQ=255)
tactTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATg < 3:785268/140‑1 (MQ=255)
ctTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTTTTTTTTGGTTAGAAAAATTTTATAAATTTTTTTACTATAATTATGCa > 7:205523/1‑140 (MQ=255)
ctTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCATGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTTAGAAAAATTTTATTCATTTTTTTAATATCATTATGCa > 8:537017/1‑140 (MQ=255)
tGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTTTTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTTCATATCAtttttca > 6:109656/1‑133 (MQ=255)
tGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGACATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGGTTATTTTTTGGTAAGAAAAATTTTATAAATTTTTTGCAAAACATTATGCAAc > 8:399230/1‑140 (MQ=255)
tGTCAGTTTGCTGTCTGCAGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATACAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTTTTTTTTTGGAAGAAAAATGTTATACATTTTTTGAATATGATTATgaa > 6:66468/1‑136 (MQ=255)
gTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCGGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTTTTTTTTTGTAATAAAAATGTTATAAATTTGTTTCATATAATTATGCAAcc > 1:561002/1‑140 (MQ=255)
tCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTTTTTAATTTTTTGTAAGAAAAAAGGTATACAATTTTTGCCAATCAATATTCAAcat > 7:665081/1‑138 (MQ=255)
tCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTAGTCGGGCGCGTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCt < 7:624305/140‑1 (MQ=255)
aGTTTGCTGGCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTa < 8:676278/140‑1 (MQ=255)
tttGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTTAGAAAAAATTTATACATTTGTTTGATATCATTATGGAACCTTAAc > 4:1086345/1‑140 (MQ=255)
tttGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTGTTTTTTTTTTGGGAAGAAAAATTTTTTACATTTTTTGGATATAATTATTGAAccgttaa > 1:847198/1‑135 (MQ=255)
ggCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCCTCCCATTATGTCTCCTGCCGTACTCCAATGCTGTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCa < 4:653965/139‑1 (MQ=255)
tGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTTTTTATTTTTTGGTAAGAAAAAAGTTATACATTTGTTGAATATCATTATTACACCTTAACCATGAAttt > 4:675391/1‑140 (MQ=255)
cGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATttagt < 3:195082/140‑1 (MQ=255)
tACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATttagttag < 1:1001888/140‑1 (MQ=255)
aGTACTTTCAGCCATGCCATTATGGCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAg < 3:707735/140‑1 (MQ=255)
aCTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAgg < 5:351908/138‑1 (MQ=255)
cTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGaaa > 8:103988/1‑140 (MQ=255)
tttCAGCCATGCAATTATGTCTACTGCAGTAATAGAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATAAATTTGTTGCATATCATTATTAAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGTaaaa < 3:37408/140‑1 (MQ=255)
tCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATTTTATACATTTTTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAAtt > 2:1031070/1‑139 (MQ=255)
tCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATAAATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATg > 8:525921/1‑140 (MQ=255)
tCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTGTTGTTTATTTTTTGGTAATAAAAATTTTTTAAATTTGTTGCATATGATTATGCAACCATAACCAAGAATTTTGTTAGCAGGAAAATg > 3:571283/1‑140 (MQ=255)
tCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATTCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGTAAAtt > 8:170196/1‑139 (MQ=255)
gccatgccatTATGTCTCCTGCCGTAATCAAATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTGGTTAATTTTTTGTAAGAAAAATGTTATACATTTTTTTCATATAAATATTCAAACATAAACATTAATTTATTTATCATGAAAATGGtt > 7:126022/1‑140 (MQ=255)
ccatgccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTTTTGCATATAATTTTGAAACCTTAACCATGAATTTATTTAGCAGGAAAATGGt > 6:191413/1‑138 (MQ=255)
catgccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTGTTTTTTTTTGTAAGAAAAAAGTTATAACTTTTTTTGATATAATTATGCAACCTTAACCATGAATTTATTTAAAAGTAAAATGGttat > 2:324894/1‑140 (MQ=255)
tgccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAAAGTTATACAATTTTTTCAAATCATTAATCAACCTTAACCATGAATTTACTTAGCAAGAAAATGGttatta > 4:976915/1‑140 (MQ=255)
tgccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTGTTGTTTATTTTTTTGTAAGAAAAATGTTATTCATTTTTTGGATATCATTATTCAACCTTAAACATGAATTTAGTTAGCAGGAAAAAGGtttttt > 7:355390/1‑139 (MQ=255)
tgccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTGTTTTTTTTTTGGGTAGAAAAATTGTATACATTTGTTTCATATAATTATGCAACCTTAAACATGAAATTATTTAGCAGGTAAAATGttattt > 1:92263/1‑139 (MQ=255)
tgccatTATGTCTCCTGCAGTAATACAATTCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGATATAAAAATTTTATTAATTTTTTTCATATAATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGAAGTAAAATGGttattt > 8:251896/1‑139 (MQ=255)
cgatTATGTCTCCTGCCGTAATACAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTTTTTTTTTGTAAGAAAAAAGTTAAAAATTTGTTGAATATCAGTATGCAACCTTAACACTGAATTTTGTTTGCCGGAAAAAGGgtattt > 6:112703/3‑137 (MQ=255)
ccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAg < 2:586478/140‑1 (MQ=255)
ccaaTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTTGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAg < 8:364383/140‑1 (MQ=255)
catTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAgg < 7:103988/140‑1 (MQ=255)
aTGTCTCATGCAGTAATCCAATGATTTTGGCGGTCGCGTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATTTGATAAATTTGTTGAATATCATTATGCAACCTTAAACATTAATTTAGTTATAATTAAAATTGTTTTTAATGAg > 6:531394/1‑138 (MQ=255)
tGTCTCCTGCCGTAATCCAATTCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCtt < 2:703548/140‑1 (MQ=255)
tcCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTTGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATAATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTATCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAgt > 4:1018679/1‑139 (MQ=255)
ccTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTTAGAAAAATGTTTTACATTTGTTGCATATCATTATGGAACCGTAACCATGAATTTTGTTAGCAGGTAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGa > 2:734767/1‑140 (MQ=255)
ccTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGa < 2:363888/140‑1 (MQ=255)
ccTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGa > 8:873654/1‑140 (MQ=255)
cTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTGTTTTTTTTTTGGGTAGAAAAATTTTTTTCATTTGTTTGATATGATTATGCAACCTTAAACAAGAATTTTGTTTGCAGGTAAATTGTTATTAAGGAGCGTAAgg > 5:403081/1‑138 (MQ=255)
ccGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATTTTATTCAATTGTTGGATATCATTATGCAACCTTAACCAAGAATTTATTTATCAGGAAAATGGTTTTTAAGGAGCTTAATGATa > 5:144548/1‑138 (MQ=255)
ccGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAAAGTTTTACATTTATTGCATATAATTATTAAACCGTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGTAAATGGTTATTTATGAGGTTATggtttgt > 2:149578/1‑135 (MQ=255)
aTCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTTTTTATTTTTTTGTAAGAAAAATGTTATACATTTTTTTGATATCATTATGCCACCTTTACCAAGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGTTAGATTTCt > 4:1170681/1‑140 (MQ=255)
aTCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCAATATGCAACCTTAACCATGAAATTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATATAttt > 6:1065087/1‑138 (MQ=255)
aTCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATAAATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTATTTAGCAGGAAAATTGTTTTTAATGAGCTTAAGGATAGAttt > 5:843000/1‑138 (MQ=255)
aTGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACCTTTGTTGCAAATCATTATGCCACCATAACCATGAATTTATTTTGAAGGTAAATGGTTATTAAGGTGGTTAAGGATAGTGTTGTGGTaa > 4:77124/1‑140 (MQ=255)
tGCTTTTGTCGGTCGCGTTTGTTTTTTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATAAATTTTTTTCATATCAATATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAATGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGGaat > 3:1132239/1‑139 (MQ=255)
gCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTTGTAAGAAAAATTGTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGTAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTaa < 6:770319/138‑1 (MQ=255)
gCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTTAGAAAATTGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTATGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAagg < 3:1053418/140‑1 (MQ=255)
gCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTaa < 5:821750/138‑1 (MQ=255)
tttGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTTCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAagga < 5:472071/138‑1 (MQ=255)
tttGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAaggagg < 1:436989/140‑1 (MQ=255)
tttGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAaggagg < 4:591616/140‑1 (MQ=255)
tttGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAagga < 5:1072874/138‑1 (MQ=255)
tttGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATAATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCATGAAAATTGTTATTAAGGAGATTAAGGATAGATTTCTGGTAagga < 5:1114143/138‑1 (MQ=255)
tttGTCGGTAGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAaggagg < 3:751143/140‑1 (MQ=255)
tttGTAGGTCGCTGTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAAACTTAACCATTAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTTaggagg < 4:484363/140‑1 (MQ=255)
tatGTCGGTCGCTTTTGTTGATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTTCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAaggagg < 7:709573/138‑1 (MQ=255)
ttGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATTTTTTACATTTTTTGCATATAATTATTCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAATGATAGATTTCTGGTAAggatga > 3:267895/1‑140 (MQ=255)
ttGTCGGTCGCGTTTGTTTATTTTTTTGTAAGAAAAATTTTATTAATTTTTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCAAGAATTTAGTTAGCAGGAAAATTGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTATGGTAAggagga > 1:911500/1‑140 (MQ=255)
gtcggtcgCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAAAAAAATTTTATACATTTGTTTCATATCATTATGCAACCTTAAACAAGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAATGATCTTAATGATATATTTCTGGTAAGGAGGaat > 1:728676/1‑139 (MQ=255)
tcgATTTTGTTTATTTTTTGGTAATAAAAATTTTATAAATTTGTTTCATATCATTATGCAACCTTAACCATTAATTTAGTTATCAGGAAATTGGTTATTAATGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGATGAAGTTTgg > 4:918371/1‑140 (MQ=255)
gCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAAAAAAATTTTATACATTTTTTGCATATAATTATGCAACCTTAACCATTAATTTAGTTAGCAGGAAAATTGTTATTAAGGAGATTAAGGATATATTTATGTTAAGGAGGAAGTATgt > 6:487954/1‑137 (MQ=255)
tGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTggg < 4:539895/140‑1 (MQ=255)
tATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAAt < 4:310589/140‑1 (MQ=255)
tGGTAAGAAAAACGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGa < 1:788406/140‑1 (MQ=255)
aaaTGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTAtt < 3:506836/140‑1 (MQ=255)
aaTGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTAt < 6:144548/138‑1 (MQ=255)
taCATTTGTTGCATATCATTATGCACCCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTTAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGCCGTATTCGCTGTTg > 1:60931/1‑140 (MQ=255)
taCATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAaggagg > 3:849235/1‑97 (MQ=255)
taCATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAaggagg < 4:849235/97‑1 (MQ=255)
taCATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTg > 1:335330/1‑140 (MQ=255)
taCATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTg > 2:560112/1‑140 (MQ=255)
atgtgttgCATATCATTATGCAACCTTAACCTTGAATTTATTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGATCTTAAGGATATATTTCTGGTAAGTAGGAAGTATGGAAGTTGGCAATTTGGGGAAGAAGTATTCGCTGTTGAAt < 4:510652/137‑1 (MQ=255)
ttgttgCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGTTAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGCCGTATTCGCTGTTGATTCt > 8:517684/1‑140 (MQ=255)
ttgttgCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGATGTGGGAAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTGAATCt > 7:398701/1‑140 (MQ=255)
ttgttgCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTgggg < 2:51922/117‑1 (MQ=255)
ttgttgCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTGAATCt > 1:249071/1‑140 (MQ=255)
tgttgCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTGAATc < 5:297138/138‑1 (MQ=255)
gttgCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCTATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTGAATCTgg > 7:849541/1‑140 (MQ=255)
gttgCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTGAATCt > 6:1062273/1‑138 (MQ=255)
gttgCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTGAATCTgg > 1:975464/1‑140 (MQ=255)
ttgCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTGAATCTg < 6:907162/138‑1 (MQ=255)
ttgCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTGAATCTGGc < 2:254164/140‑1 (MQ=255)
ttgCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTGAATCTGGc < 8:321189/140‑1 (MQ=255)
ttgCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTGAATCTGGc < 4:1126306/140‑1 (MQ=255)
gCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTGAATCTGGCtt > 8:765409/1‑140 (MQ=255)
|
CGAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGGAAGACGTATTCGCTGTTGAATCTGGCTT > NZ_CP022686/1360613‑1360889
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
