Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A28 F2 I0 R1
|
74 |
6379.7 |
5468672 |
98.4% |
5381173 |
135.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
2,470,422 |
T→G |
9.5% |
K72N (AAA→AAC) |
glyS ← |
glycine‑‑tRNA ligase subunit beta |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 2,470,422 | 0 | T | G | 9.5%
| 222.6
/ 4.9
| 127 | K72N (AAA→AAC) | glyS | glycine‑‑tRNA ligase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/62); new base G (13/2); total (62/65) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.12e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
TACAGCAGCCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCGCAGCAA > NZ_CP022686/2470285‑2470558
|
tACAGCAGCCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCCGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGgtt > 3:60410/1‑140 (MQ=255)
tACAGCAGCCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGttt > 6:620211/1‑140 (MQ=255)
tACAGCAGCCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGATCGGTTTGCATAAAGCGGCGACCGCATGGGAAATTGCCGGGCCGGGttt > 2:518852/1‑140 (MQ=255)
cagcCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTa > 1:14075/1‑140 (MQ=255)
aTTCGCCTTTCTCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTcg < 2:602836/140‑1 (MQ=255)
aTTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTcg > 3:434804/1‑140 (MQ=255)
tCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACATTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTGTTTATATTTcg > 7:617065/1‑138 (MQ=255)
ggTAGTCATACTCTCAGACAGGTCAACGGTACTACCTCTACCACGCTCACAAGCTTCTTCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTGCAGCGTAGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTATTTCTATTTCGCGATCCGGTTgcg < 4:498707/140‑1 (MQ=255)
ggTAGTCAGCCGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGCTTGCCGTCAGCGGCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTg < 8:528430/138‑1 (MQ=255)
ggTAGTCAGACGGTCAGCATGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTgcg < 3:431285/140‑1 (MQ=255)
ggTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTgcg < 1:306317/140‑1 (MQ=255)
gTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTgcgc < 1:596675/140‑1 (MQ=255)
gTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTGCTGCCGCTTTGCGCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTgc < 8:413054/138‑1 (MQ=255)
tAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCTGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTgcg < 7:422076/138‑1 (MQ=255)
tAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGcc < 5:442957/140‑1 (MQ=255)
aGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGccg > 1:126660/1‑139 (MQ=255)
aGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTAGCGATCCGGTTTCGcca > 3:219003/1‑139 (MQ=255)
tCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCt > 8:311893/1‑138 (MQ=255)
aGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCCGTTTCGCCTCCGc > 2:94230/1‑140 (MQ=255)
aGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTGTTTCTATTTCGGGATCCGGTTGCGCCGCCGCCAGGTTat > 1:611305/1‑139 (MQ=255)
ccTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCg < 4:529320/140‑1 (MQ=255)
gTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTGTATTTCGCGATGCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGAcgt > 5:607641/1‑138 (MQ=255)
gTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTATATTTCGAGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACtt > 6:301989/1‑140 (MQ=255)
gTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACtt > 4:8620/1‑140 (MQ=255)
tCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGCTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACttt > 5:194813/1‑140 (MQ=255)
cAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCCGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTATATTTAGCGATCCGGTTTCGCCGACGCCAGGGTAGCggcat > 8:513926/1‑134 (MQ=255)
cAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACtt > 7:344751/1‑138 (MQ=255)
ggTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCcgcg > 6:663459/1‑140 (MQ=255)
ggTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGAACCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAgcg > 2:112648/1‑140 (MQ=255)
ggTAATAACGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTGTGCTCCGTTTGACTTCAGCGTCTAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCTGTTTTCTATTTCGCGAACCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTATCGTCGTTCAgcg > 4:57104/1‑140 (MQ=255)
tAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGCCTTTCAgcg > 7:605829/1‑138 (MQ=255)
tACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAga < 6:447410/140‑1 (MQ=255)
tACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTGTATTTAGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACGTTCAGCGCCAgc > 4:448950/1‑139 (MQ=255)
gCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACATTCAGCGCCAgacgac > 6:444137/1‑140 (MQ=255)
cacccACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTATATGTCGCGATCCGGTTGCGCCTACGGCAGGATAGCTTCTTTCCGCGCCATacgacg > 4:300475/4‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGCCTTTCAGCGCCAGacgacg > 6:162333/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTACCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCCGacgacg > 4:630421/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCGGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGacgacg < 3:429307/140‑1 (MQ=255)
aacACGCGCCCAACCTTCTGCAGCTTTGCTCTGTTTGCCTTCAGAGTCGCTCGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTGTATATCTAGATCCGGTTGAGCCTCCGCCAGGATATCGACATTAAGCGCCAGAAGAcgcg > 6:205945/3‑140 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGGCTCCGCCAGGTTTGCGACTTTCAGCGCCCGCCGAcgcg > 1:623193/1‑140 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGATTTGCTCGGTTTGCCTTCAGAGTCGAACGCCTGGGCAATTGACGGGCAGCGTTTTTCGATGTAGGGATCCGTTTGAGCCTCCGCCAGGTTAACGACTTTAATCGCAAgacgacc > 8:103632/1‑137 (MQ=255)
ccgcgCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGag < 3:378336/139‑1 (MQ=255)
cgcgCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTAGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGagc > 4:224786/1‑140 (MQ=255)
gcCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGagcagc < 5:421729/140‑1 (MQ=255)
cccACCCGTCTGCCGCTTTGCTCGGGTTGCCATCAGCGGCGCCCGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTGTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGGTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGagcag < 8:417018/138‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTATCTAATTTCAGCGCCAGACGACGCGgaggagaa < 2:397263/140‑3 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAgcagca < 1:151702/140‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCGCGGTTTGCCTTCCGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTAATTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCCGCGCCAGACGACGCGGagcag < 7:221451/138‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCGCGGAGTGCGAGCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGATTTTCTAATTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGagcag < 7:188341/138‑1 (MQ=255)
ccTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAAc < 8:201809/138‑1 (MQ=255)
cTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGCACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTATATTTCGCGCTCCGGTTGCGCCGCCGCCACGTTAGCGCCTTTCAGCGCCACACGCCGCGGAGCCGCAAAccca > 5:28018/1‑138 (MQ=255)
cTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTGGCGCTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGGTTGGGACGTTCCGCGCCCGCCGACGCGGAGCAGCCAACCAt > 3:609664/1‑140 (MQ=255)
ttCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTAGCGCTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGCCTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCACACCa > 7:73898/1‑138 (MQ=255)
cttccGCTTTGCTCTGTTTTCCTTCAGCGTCGAACGCCTGTTCAATTGCCGGGACGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTTCGCCTCCGCAAGGTTAGCGACTTTCAGAGCCAGACGACGCGGATCAGCAAAACAGTgc > 2:199624/4‑139 (MQ=255)
cTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCAATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGAAGCGGAGCAGCAAACCATTGa > 2:576759/1‑140 (MQ=255)
cTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCCGCGCCAGACGACGCGGAGCCGCAAACCAttta > 1:541395/1‑138 (MQ=255)
cTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTATCTAGTTAGCGCTGCCGTTGCGCCACCGCCAGGTTAGCGACGTTCAGCGCCAGCCGACCCCCCGCAGCAAACCagttc > 4:634930/1‑136 (MQ=255)
tGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGaa < 6:434890/140‑1 (MQ=255)
gCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGATCGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAAc < 3:282515/140‑1 (MQ=255)
cccGATTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCGTGTGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGa < 8:329724/137‑1 (MQ=255)
ccGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGaa < 8:161461/138‑1 (MQ=255)
cGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGACTCCGCCAGGTTAGCGCCTTTAAGCGCCCGACGCCGCGGAGCAGCAACCCATTGAAc > 7:421329/1‑138 (MQ=255)
cTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACGTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTg > 6:662517/1‑140 (MQ=255)
ttGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTATCGACTTTCAGCGCCAGACGCCGCGGAGCAGCCAACCATTGAACGGTg > 7:436690/1‑138 (MQ=255)
ttGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTg < 8:161572/138‑1 (MQ=255)
ttGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATAGCCCGGCCGCGTTTTTCTATTTAGCGATCCGTTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGAGCCAGACGCCGCGGAGCAGCAAACCATATCACGGTg > 8:488645/1‑138 (MQ=255)
tGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCCGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGc < 7:621258/138‑1 (MQ=255)
cTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTAGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACGTTCAGCGCCAGACGACGCGGGGCAGCCAACCATTGAACGGTGCCgtg > 6:129584/1‑140 (MQ=255)
gggTTTGCCTTCAGCGTAGAACGCCTGGGGAATTGCCGGGGCGCGTTTTTCTATTTCGCTATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGTTTATCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGtgtg < 5:14534/139‑1 (MQ=255)
cGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGtgtg < 6:417662/140‑1 (MQ=255)
cGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGtgtg < 1:631761/140‑1 (MQ=255)
ggTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGTGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCATCAAACCATTGAACGGTGCCgtgt < 7:117831/138‑1 (MQ=255)
ggTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGTCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGc < 1:331791/140‑1 (MQ=255)
tttGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACGTTCAGCGCCAGACGGCGCGGAGCCGCAATCCATTGCTCGGTGCCGTGTGCGa > 2:601751/1‑140 (MQ=255)
gcattgaGCGTAGACAGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCTTGTTTCTATTTCGCGAGCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCTCCAGAAGACGCGGAGCAGCAATCCATTGAACGGTGCCGTGGGCGAGGc < 4:385686/134‑1 (MQ=255)
gCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTGTATTTAGCGATACGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGCCTTTCAGCGCCAGACGAAGCGGAGCAGCAAACCCTGGATCGGTGGCGTGTTCGATGc > 2:629412/1‑140 (MQ=255)
gCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGACCGGTGCCGTGTGCGAGGc < 5:447640/140‑1 (MQ=255)
gCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGc < 1:302782/140‑1 (MQ=255)
gCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGc < 2:524275/140‑1 (MQ=255)
gCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTATCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGc < 2:508142/140‑1 (MQ=255)
gCCTTCAGCGTCGAACGCCTGAGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGc < 1:139514/140‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTAGAACGCCGGGGCAATTGCCGGTCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCATCGCCAGACGACGCGGAGAAGCAAACCATTGACCGGTGCCGTGTGCGAGGCCAg < 5:563941/140‑1 (MQ=255)
ttCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAg < 1:94230/140‑1 (MQ=255)
cAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCg < 6:602494/140‑1 (MQ=255)
cAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTATATTTAGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCATGTTAGAGACTTTCATCGCCATAAGACGCGGAGACGCAAAACAATTAACCGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCg > 6:2073/1‑140 (MQ=255)
cAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTGTTTCTTTTTCGCGATCCGGTTGCGCCACCGCCAGGTTAGCGGAGTTCAGCGCCAGACCACCCGGAGCAGCAAACCAAATGACGGTGCCCTGTGCCATGCCAGCg > 6:4236/1‑140 (MQ=255)
cGAACGCCTGGGCAATTGCAGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCATCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATcc > 3:31475/1‑140 (MQ=255)
gAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGACAGGTGCCGTGTGCGAGGCCCGCGGTATccc > 6:209583/1‑139 (MQ=255)
ccccTGGGAAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCACCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCt < 5:608499/138‑1 (MQ=255)
cTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCg < 3:167756/140‑1 (MQ=255)
cTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCg < 3:457496/140‑1 (MQ=255)
cTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCg < 5:571805/140‑1 (MQ=255)
cTGGCCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTc < 8:324414/138‑1 (MQ=255)
gggCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCCGCGCCAGACGCCGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCCGCGGTATCCAGCTCCGCa > 4:171166/1‑140 (MQ=255)
cAATTGCCGGGCCGCGTTGTTCTATTTCGCGCTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGCCTTTCCGCGCCAGCCGCCGCGGAGCAGCAAACAATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCCGCTCCGCAg > 8:368928/1‑138 (MQ=255)
gCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGCCTTTCAGCGCCAGACGCCGCGGTGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGGGTGCGAGGCCAGCGTTTTACACGTCCGCAGTAAAGtt > 5:4334/1‑140 (MQ=255)
cGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCTCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCg < 2:197743/140‑1 (MQ=255)
cGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGtt < 8:344751/138‑1 (MQ=255)
ggCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTTCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCCGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCgca > 5:568942/1‑140 (MQ=255)
ccGCGTTTTTCTATTTAGCGATCCGGTTGCGCCGCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCACCCCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCCGCGGTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCgcc > 7:641454/1‑137 (MQ=255)
|
TACAGCAGCCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCGCAGCAA > NZ_CP022686/2470285‑2470558
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
