Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A27 F2 I0 R1
|
73 |
6005.1 |
5484070 |
98.3% |
5390840 |
135.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
2,470,422 |
T→G |
19.0% |
K72N (AAA→AAC) |
glyS ← |
glycine‑‑tRNA ligase subunit beta |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 2,470,422 | 0 | T | G | 19.0%
| 199.8
/ 15.0
| 142 | K72N (AAA→AAC) | glyS | glycine‑‑tRNA ligase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (59/52); new base G (28/2); total (88/54) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.20e-05 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
ATACAGCAGCCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCGCAGCAA > NZ_CP022686/2470284‑2470558
|
tACAGCAGACATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGACCGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGgtt > 2:284424/1‑140 (MQ=255)
aCAGCAGCCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGtt > 7:443655/1‑138 (MQ=255)
ccgcCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGGCGCACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTa > 6:460980/3‑140 (MQ=255)
cagcCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGCCGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTcgt > 3:64450/1‑138 (MQ=255)
cagcCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCATCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTcaa > 1:681682/1‑138 (MQ=255)
ccATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCACCGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTAttt > 3:447651/1‑140 (MQ=255)
ccATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTAttt > 6:295964/1‑140 (MQ=255)
ccATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTAttt > 1:635025/1‑140 (MQ=255)
aTTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCTCAACCACGCGCCCAACCTTCAGCCGCTTTGCTCGGTTTGACTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGCCCGCGTTTTTGTATTTcg > 6:17713/1‑140 (MQ=255)
aTTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCACCCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCCGGCCGCGGTTTTCTATTTcg > 2:518036/1‑140 (MQ=255)
aTTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTcg > 4:264671/1‑140 (MQ=255)
tCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTGTATTTcg > 7:560514/1‑138 (MQ=255)
tttATCGGTAGTCAGAAGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCTACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGCCCGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATc > 7:532128/1‑138 (MQ=255)
aTCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTTGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCAGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGtt < 1:364780/140‑1 (MQ=255)
aTCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCTCCCAACATTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTTCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCCATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTTTATCGAGATCCgg > 7:326240/1‑138 (MQ=255)
aGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTGTATTTAGCGATCCGGTTGCGcca > 3:157318/1‑139 (MQ=255)
aGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGACCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGTTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTTGGCAATTGACGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCTATACGGTTGCGCCt > 6:390509/1‑140 (MQ=255)
cAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTc < 7:638239/138‑1 (MQ=255)
aGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTcc < 7:579188/138‑1 (MQ=255)
aGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGc < 5:140121/140‑1 (MQ=255)
aGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGc < 5:488861/140‑1 (MQ=255)
cTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGt < 6:85107/140‑1 (MQ=255)
cAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGTACCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTa > 1:308019/1‑140 (MQ=255)
aGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAg > 6:187129/1‑140 (MQ=255)
aGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAg > 6:56179/1‑140 (MQ=255)
gTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCCGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACtt > 3:252021/1‑140 (MQ=255)
gTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGAcat > 2:80365/1‑138 (MQ=255)
gTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTATATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACtt > 5:301418/1‑140 (MQ=255)
cAACGGTAATACCGCCACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGAcgt > 8:555300/1‑136 (MQ=255)
cAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTGTATTTCTCGTTCCCGTTGCGCCTCCGCCACGTTAGCGACtt > 7:312716/1‑138 (MQ=255)
cAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACtt > 8:37480/1‑138 (MQ=255)
aaCGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCGATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACttt > 7:203451/1‑138 (MQ=255)
aCGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTGGCGATCCCGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACttta > 7:171360/1‑137 (MQ=255)
ggTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGCTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACGTTCAgcg > 6:164128/1‑140 (MQ=255)
ggTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCGCCCCCAGGTTAGCGACTTTCatcc > 2:471024/1‑137 (MQ=255)
ggTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCGATTTCGAGTTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAgcg > 4:471895/1‑140 (MQ=255)
tAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTgcg < 7:560524/111‑1 (MQ=255)
tAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTCCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGCCTTTCAgcg > 8:12741/1‑138 (MQ=255)
aTACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGGTTTCGATTTCGCGCTCCGTTTGCGCCGCCGCCCGGTTAGCGACTTTACGCGCCAg > 5:350862/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCACCCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTGTGTCTTTCGCGATCAGGTTGCGCCGCCGCCAGGTTAGCGACTGTCAGCGCCCGacggcg > 6:236944/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACttt < 3:413708/125‑1 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACttt > 4:413708/1‑125 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGacgacg < 6:143823/140‑1 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGacgacg < 3:309712/140‑1 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCGATTTCGCGCTCCGGTTTCGCCTCCGCCAGGTTAGCGCCTTTGAGCGCCCGccgacg > 1:557364/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCGATTTCGCGATCCCGTTTCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGacgacg > 4:560186/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTATATTTAGCGATACGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGCCTTTCAGCGCCAGacgacg > 6:221982/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGGGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGGTTGCGACTTTCAGCGCCAGccgccg > 5:554700/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGTTCCGGTTGCGCCTCCGCCCGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGacgccg > 4:539959/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGCTCCGGTTGCGCCACCGCCAGGTTAGCGGCGTTCAGCGCCAGccgtcg > 1:194555/1‑140 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGGTCCGGTTGGGCATCCGCCAGGTTAGCGCCTGTCAGCGCCAGACGAcgcg > 3:143228/1‑140 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGCTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGacgacg > 8:310984/1‑138 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTTCGCCACCCCCACGTTAGCGACATTCAGCGCCAGACGAcgcg > 1:497852/1‑140 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGacgacg > 8:354431/1‑138 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTATATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCAAGAAGAcgcg > 2:335146/1‑140 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGCCTTTCAGCGCCAGCCGAcgcg > 3:42403/1‑140 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTAGCGCTACGGTTTCGCCTCCGCCAGGGTAGCGACTTTCAGCGCCCgacgacc > 7:344781/1‑137 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTAGATTTCGCGCTCCGGTTGCGCCTCCCCCAGGGTAGCGACATTCAGCGCCAGACGAcgcg > 6:408885/1‑140 (MQ=255)
ccACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCgg < 1:191576/140‑1 (MQ=255)
aCGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGATTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGag < 2:115710/140‑1 (MQ=255)
cgcgCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACttt > 2:532519/1‑119 (MQ=255)
cgcgCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGagc > 6:508757/1‑140 (MQ=255)
cgcgCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTAGGGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGGCGTTCAGCGCCAGCCGACGCGGagc > 5:135484/1‑140 (MQ=255)
cccACCCTTCTGCCGCTTTGCTAGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAgcagca < 5:590025/140‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGTCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATACCGTTGCGCCACCGCCACGTTAGAGCCTTTAAGCGCCAGACCACCCCGagcat > 7:437285/1‑137 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAgcagca < 1:121598/140‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAgcagca < 5:389177/140‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTCTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAgcagca < 3:332243/140‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTGGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAgcagca < 1:81484/140‑1 (MQ=255)
aaCCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCATTCAGCGTCGAACGCCTGGTCAATTGCCGGTCCGCGTTTTTGTATTTAGCGATCCGGTTGCTCCTACGACAGGTTAGCGACTTTAAGCTCCAGACGACGAGGAGCATCAAAc > 6:604407/1‑140 (MQ=255)
ccTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCa < 1:436218/140‑1 (MQ=255)
gCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATAGCCGGGCCGCGGTTTTGTATTTAGCGCTCCCGTTTCGCCTCCGCCACGTTAGCCACATTCACCGCCACACGACGCCGAGCCGCAAACCAATTAAc > 2:100489/1‑140 (MQ=255)
cTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGGTTTATTTTTGGGGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTATCGACGTTCAGCGCCAGACGACCCGGCGCCGCCAACCAGTgtcagggg > 5:258604/1‑133 (MQ=255)
ttGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGTTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGcc > 2:555536/1‑140 (MQ=255)
cGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGtgtg < 5:635893/140‑1 (MQ=255)
ggTTTGCCGTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCTTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCgtgt < 7:654682/138‑1 (MQ=255)
gCCTTCCGCGTCGCACGCGTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATATCGCCATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGAGCCGTGTGCGAGGc < 3:124304/140‑1 (MQ=255)
gCCTTCCGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCAATTTCGCGATCCGGCTGCGCCTCCGCCAGGTTTGCGACTTTCAGCGCGAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATAGAACGGTGCCGTGTGCGAGGc < 4:652081/140‑1 (MQ=255)
gCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGc < 2:404463/140‑1 (MQ=255)
gCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTACGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGc < 1:81697/140‑1 (MQ=255)
gCCTGCCGCGTCGCCCGCCTGGGCACTTGCCGGGCCGCGTGTTTCTATTTCGCGATCCGGGTGCGCCTCCGCCAGGATCGCGACTTGCAGCGCCAGACGACGCGGAGCATCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAg < 8:525223/138‑1 (MQ=255)
cTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGACGCGTTTTAATATTTCGCGATCCCGTTGCGCCTACCCCAAGATAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGccc > 2:262995/1‑139 (MQ=255)
ttCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGcc < 8:25067/138‑1 (MQ=255)
tCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTGTTTTTCGCGATACGGTTGCGACTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCCGCGCCAGCCGGCGCGGAGCCGCAAACCATTGAACGGTTCAGTGTGGGAGGccc > 8:296061/1‑137 (MQ=255)
cAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCg < 2:635025/140‑1 (MQ=255)
gCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGtt > 4:109121/1‑140 (MQ=255)
gCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTc < 5:508757/140‑1 (MQ=255)
ccTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTcc < 6:643543/140‑1 (MQ=255)
cTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTGTCTATTTCGCGATCCGGTGGCGCCTCCGCCAGTTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTc < 8:263624/138‑1 (MQ=255)
cTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGGGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTc < 7:28904/138‑1 (MQ=255)
gggCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTGTATTTAGCGATCCGGTTGCGCCTCCGGCAGGTTAGCGCCGTTCAGCGCCCGACGACGCGGGGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGGGTGCGGGGCCAGCGGTATCCAGCTCCg > 7:621500/1‑138 (MQ=255)
gggCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCCGAGCAGCAAACCATTTAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCCGCGTTATCCAGCTccccc > 6:469236/1‑137 (MQ=255)
ttGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGGCTGTCAGCGCCAGACGACCCGGATCAGAAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCTAGGCCAACGTTTTCCAGCTCCGCAGTaact > 6:16953/1‑138 (MQ=255)
ttGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGGTATCCAGCTACGCAGTAAAg > 4:289719/1‑140 (MQ=255)
gCCGGGCCGCGTTGTTCGAGTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTTGCGACGTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCCTTGAACGGTGCCGGGTGAGCGGCCAGCGGGATCCAGCTCCGCAGTAAAg > 8:489500/1‑138 (MQ=255)
cGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGCTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGtt < 8:337720/138‑1 (MQ=255)
cGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGAAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCg < 6:205412/140‑1 (MQ=255)
ccGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCgca > 8:224957/1‑138 (MQ=255)
cgctTTTTTATATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCgcag < 8:437285/138‑1 (MQ=255)
gcgTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCGCAGCaa < 2:336260/140‑1 (MQ=255)
|
ATACAGCAGCCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCGCAGCAA > NZ_CP022686/2470284‑2470558
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
