Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A28 F11 I0 R1
|
246 |
10296.8 |
9866480 |
98.4% |
9708616 |
135.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
2,470,422 |
T→G |
13.6% |
K72N (AAA→AAC) |
glyS ← |
glycine‑‑tRNA ligase subunit beta |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 2,470,422 | 0 | T | G | 13.6%
| 497.9
/ 20.0
| 305 | K72N (AAA→AAC) | glyS | glycine‑‑tRNA ligase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (136/118); new base G (42/6); total (180/125) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-06 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
TACAGCAGCCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCGCAGCAA > NZ_CP022686/2470285‑2470558
|
tACAGCAGCCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGttt < 2:672649/140‑1 (MQ=255)
cagcCATTCGCCTTTATCGTTAGTCAGACGCTCATACTGGTCAACGGTAATACCCAAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTATGCTCGGTTAGCCATCAGCGTCGACCGCCTGGGCAATTGACGTGCCGCGCTATTcaa > 4:833274/1‑138 (MQ=255)
cagcCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCTGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTa > 3:78931/1‑140 (MQ=255)
ccATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTAttt < 4:354413/140‑1 (MQ=255)
ccATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTAttt > 2:355578/1‑140 (MQ=255)
aTTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTcg > 4:931900/1‑140 (MQ=255)
aTTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGACGGGCCGCGGTTTTCTAtttag > 7:1084100/1‑138 (MQ=255)
tCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCACAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTcg > 5:410627/1‑138 (MQ=255)
gCCTTTATCGGTTGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGAt < 4:787512/140‑1 (MQ=255)
aTCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCgg > 5:434419/1‑138 (MQ=255)
actCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACACCAACCACGCGCACAACCTTCTGCAGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCAAACGCCTGGGCAATAGCCGGGCCGCGTTTATCTATTTCGCGATCCGGTTGCAcca > 8:578237/3‑139 (MQ=255)
tCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTACTACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGACGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATAGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGCTCCGGTTGCGCCt > 6:889659/1‑138 (MQ=255)
aCGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCACCCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGACGAACGCCTGGGCATTTGCCGTGCCGCGGTTTTCTATTTCCCGATCCCGTTGCGCCTCCGc > 5:1128890/1‑138 (MQ=255)
aGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTat > 2:997999/1‑139 (MQ=255)
aGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACATTCTGCCGCATTGCTCGGTTTGCCTTCCTCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGCGCCGCGGTTTTGTTTTTAGGGGTACGGTTTCGCCTCCGCCAGGGTac > 1:1254479/1‑139 (MQ=255)
gCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGc < 8:718041/140‑1 (MQ=255)
gTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCTGGTTGCGCCTCCGCCAGCTTAGCGAc > 6:130312/1‑138 (MQ=255)
gTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACtt > 3:1251929/1‑140 (MQ=255)
tCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTATATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACttt > 4:398014/1‑140 (MQ=255)
gcAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACttt < 1:644145/139‑1 (MQ=255)
cAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCACCCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACtt > 5:495932/1‑138 (MQ=255)
cAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCTGTTTGCATTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGAGACGGTTGCGCCTCAGCCAGGTTATCGACtt > 6:818587/1‑138 (MQ=255)
cAACGGTAATACAGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCCCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGACGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTATATTAAGCTCAACCGATGCCCCACCGCCAGGTTAGccagat > 5:1011052/1‑133 (MQ=255)
aCGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAg > 1:1195455/1‑140 (MQ=255)
cGGTAATACCGCAACCACGCGCGCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTTTTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAgc > 2:1239843/1‑140 (MQ=255)
cGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAgc > 4:729087/1‑140 (MQ=255)
ggTAATACCGCAACCACGCGCCCACCCATCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCATACACCGTACAACGCCTGGGCAATTGCCTGGCCGCGTTTATCTATATCTCGAAACAGTTCCGCCACCGACTCGTTAGCGACTATCAgcc > 4:511754/1‑139 (MQ=255)
ggTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGCCTTTCAgcg > 8:814242/1‑140 (MQ=255)
ggTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATACTGTTGCGCCTCCGCCAGGTTATCGACTTTCAgag > 7:923632/1‑138 (MQ=255)
ggTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTAGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTAAgcc > 2:519256/1‑139 (MQ=255)
ggTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTGTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCGCCGCCCGGGTAGCGCCTTTCAgcg > 2:415732/1‑140 (MQ=255)
gTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTATATTTAGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAgc > 6:251561/1‑138 (MQ=255)
tAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTGTTTGTATTTGGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCCGGTTAGCGACtttacgcg > 5:897684/1‑133 (MQ=255)
aTACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACttt < 3:557640/131‑1 (MQ=255)
aTACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTAGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAg > 1:28451/1‑140 (MQ=255)
tACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCa < 5:76085/138‑1 (MQ=255)
tACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAga < 3:90455/140‑1 (MQ=255)
tACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAga > 1:1172926/1‑140 (MQ=255)
aCCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGACCGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTTTTTAGCGATCCGGATGCGCCGCCGGCAGGTTTGCGACATTCAGCGCCAg > 5:30943/1‑138 (MQ=255)
gCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGACCGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCCGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACATTCAGCGCCAgacgac > 8:132515/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTGTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAgacgacc > 4:110155/1‑139 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTGTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAgacgacc > 7:676172/1‑139 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTGTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCCACAgacgacc > 3:173348/1‑139 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGTTCCGGTTGCGCCTCCGGCAGGTTAGCGAATTTCAGCGCCAGacgacg > 8:568021/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGCTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACGTTCAGCGCCAGacgacg > 2:804116/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAgacgacc > 4:148546/1‑139 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGacgacg > 4:141524/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGacgacg > 4:624610/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGacgacg > 8:1020819/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATACGGTTGCGCCTCCGCCAGGGTTGCGGCGTTCACCGCCAGacgacg > 1:451779/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGAGCCGGGTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACGTTCAGCGCCCgccgacc > 4:119/1‑139 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGCTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACGTTCAGCGCCAGacgacg > 6:349590/1‑138 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTgcgc < 2:1121569/102‑1 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAgacgacc > 6:973287/1‑137 (MQ=255)
cACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGAcgcg > 6:615058/1‑138 (MQ=255)
ccgcgCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCTGCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCTACTCAGCAAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCgg < 6:163108/137‑1 (MQ=255)
ccgcgCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGag < 3:389097/139‑1 (MQ=255)
cgcgCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTTTTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGagc > 4:225540/1‑140 (MQ=255)
cgcgCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACATTCAGCGCCAGACGACGCGGagc > 8:314505/1‑140 (MQ=255)
gcgcCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGCACGCCAGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCAATTTCGCGCTCCGGTTGCGCCTCCCCCAGGTTAGCGACTTTAAGACCCACACGAAACGGac > 6:768022/1‑137 (MQ=255)
gcgcCCAACCTTCTGCCGCGTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGCACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGGTTTCAAATTCGCGATACGCTGGCGCCTCCGCCAGGGTAGCGACGTTCCGCGGCAGACGACGCGCag > 6:479785/1‑138 (MQ=255)
cgcCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGCACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTGTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGGGACATTCAGCGCCCGACGACGCGGaccag > 1:1120374/1‑140 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGCACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGagcag < 5:655001/138‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGagcag < 6:426979/138‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTGTGCCTTCAGCGGCGAACGCCTTGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGGTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAgcagca < 3:119/140‑1 (MQ=255)
cAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAgcagca < 5:567946/138‑1 (MQ=255)
aaCCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGCTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGGCAGACGCCGCGGAGCAGCCAAc > 3:871873/1‑140 (MQ=255)
aCCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTGTTGTATTTCGCGCTCCGGGTGCGCCGCCGCCAGGTTAGCGACTTTCCGCGCCAGACGCCGCGGcgccgcccacc > 3:454074/1‑135 (MQ=255)
cTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCCGGTTAGCGACGTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCAt > 3:666247/1‑140 (MQ=255)
cTTCTGCCGCTTTGCGCGGTTTGCCTTCAGCGTCGCACGCCTGGGCAATGGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAAcc < 5:647254/138‑1 (MQ=255)
ttCTCCCGCTTAGCGCGGTTTGCCTGCAGCGGCGAACGCCTGGGCAATCGCCGGGCCGCGGTTTGCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCATGTTCGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCAtt < 8:876961/140‑1 (MQ=255)
cTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTATATTTAGCGATCCTGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCTCCTTTCAGCGCCAGACGACACCGCGCACCAACCCATTGa > 7:169991/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGaa < 7:784136/140‑1 (MQ=255)
gCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTAAGCGTCGAACGCCTTTGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGTTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAAc < 1:519256/140‑1 (MQ=255)
ccGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACg < 7:488652/140‑1 (MQ=255)
cTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTTCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGTGCAGCAAACCAATGAACGGTg > 8:223626/1‑140 (MQ=255)
cTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTg < 7:583978/140‑1 (MQ=255)
cTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCgtg > 1:761168/1‑140 (MQ=255)
cggatggCCTTCAGCGAGGAACGCCTGTGAAATTGCCGGTCCGCGTTTTTCTAATTCGCGAGCCGGTTGCGCGGCCGCCAGGTTAGAGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCgtg < 5:205825/132‑1 (MQ=255)
gCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGc < 3:624610/140‑1 (MQ=255)
gCCTGCCGCCTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTCCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTTGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAg < 5:991993/138‑1 (MQ=255)
ttCAGCGTCGAACCCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGGTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAg < 8:778392/140‑1 (MQ=255)
tgctgCGTCGAACGCCTTGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTTTTTCGCGATCCGGGTGCGCCTCCGCCAGGTTTGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAg < 2:1098892/136‑1 (MQ=255)
tgcAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAg < 3:229885/138‑1 (MQ=255)
cAGCGTCGTACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCg < 2:445389/140‑1 (MQ=255)
cAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCg < 1:1027190/140‑1 (MQ=255)
gCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCcgcggt > 3:1070050/1‑138 (MQ=255)
gCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGACAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGtt > 4:287477/1‑140 (MQ=255)
ccGACCGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATc < 8:932474/139‑1 (MQ=255)
cGCCTGTGCATTTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCATCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCTAGGCCAGCGTTATCCAggt < 2:196166/140‑3 (MQ=255)
cGCCTGGGCTATTGCCGGGCCGCGTTTTGCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGCTTAGCGACGTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCt < 3:268229/140‑1 (MQ=255)
cGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAg < 5:714680/138‑1 (MQ=255)
cTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGCACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTccc > 8:475891/1‑139 (MQ=255)
ttGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGCCGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAg > 2:382229/1‑140 (MQ=255)
cGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCg < 2:86405/140‑1 (MQ=255)
cGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGAGCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCg < 2:1172926/140‑1 (MQ=255)
cGGGCCGCGATTTTCTATTTCTCGATCCGGTTTCGCCGCCGACAGGTTAGCGACTTTAAGCGCCATACGACGCGGATCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCAAGCTCCGCAGTAAAttt < 6:1105082/138‑1 (MQ=255)
ggCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCgca > 7:395651/1‑140 (MQ=255)
ggCCGCGTTTTTATATTTCGCGATCCGGGTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGCTCAGCAAACCATTGAACGGTTCCGTGTGCGCGGCCAGCGGTATCCAGCTCCGGAGTAACGTTCgcc > 7:264335/1‑139 (MQ=255)
ccGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGGTAGCGACTTTCCGCGCCCGACGCCGCGGCGCCGCAACACATTTCACGGTGCCGTGTGCGCGGCCAGCGGTATCCCGCTCCGCAGTAAAGGTCgcc > 6:942884/1‑137 (MQ=255)
|
TACAGCAGCCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCGCAGCAA > NZ_CP022686/2470285‑2470558
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
