Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A29 F36 I0 R1
|
179 |
9550.8 |
8038540 |
98.3% |
7901884 |
136.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
2,470,422 |
T→G |
8.0% |
K72N (AAA→AAC) |
glyS ← |
glycine‑‑tRNA ligase subunit beta |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 2,470,422 | 0 | T | G | 8.0%
| 421.2
/ 3.1
| 229 | K72N (AAA→AAC) | glyS | glycine‑‑tRNA ligase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (99/104); new base G (23/2); total (122/107) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.37e-05 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
ATACAGCAGCCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCGCAGCAAA > NZ_CP022686/2470284‑2470559
|
tACTGCAGCCATTCGCCTTTATCCGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCTAACTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGttt < 7:327955/140‑1 (MQ=255)
ccATTCTCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACAGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTATTTCTAttt > 3:505165/1‑140 (MQ=255)
ccATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTAttt < 5:177597/140‑1 (MQ=255)
aTTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTcg > 2:806561/1‑140 (MQ=255)
aTTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGACTTCAGCGTCGCACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTAtttag > 2:105978/1‑138 (MQ=255)
aTTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGACTGGTCAACGGAAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTAGGTTTGCCTTCAGCGTCGACCGCCCGGGCAATAGCCGGGCCGCGGTTTTGTATTTcg > 5:944195/1‑140 (MQ=255)
aTTCGCCTTTAGCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCACCGGTAATACCGCATCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGGTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTcg < 3:409665/140‑1 (MQ=255)
gCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGAt < 7:357951/140‑1 (MQ=255)
tATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGt > 3:677682/1‑140 (MQ=255)
ggTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTgcg < 8:217020/140‑1 (MQ=255)
tcgTCAGACGCGAAGCCTGGTCAACGGCAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCGCGGTGTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGATGCGcc < 6:253713/138‑1 (MQ=255)
tAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGcc < 4:157825/140‑1 (MQ=255)
tCAGACGCTCAGACTGGTCAACGTTAATACAGCAACCACGCGCCCAACCATCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTAAAGCGTCGAACGCCTGGGCTATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTTTTTCGCGATCCGGTTGCGCCTcc > 4:135544/1‑140 (MQ=255)
aGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGc < 4:671738/140‑1 (MQ=255)
aCGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCAGGGCCGCGTTTTTCTAATTAGCGATCCCGTTTCGCCACccccc > 1:25209/1‑139 (MQ=255)
cTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGt > 4:211812/1‑140 (MQ=255)
cTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTAGCGATCCGGTTGCGCCGCCGCCAGGt > 1:630301/1‑140 (MQ=255)
cTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCGTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGTCCGCATGGGCACTTGCCGGGCCGCGTTTTTCTAGTTAGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAggg > 6:836238/1‑139 (MQ=255)
ccTGGTCAACGGTACTACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCg < 6:432222/140‑1 (MQ=255)
ccTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTGTATTTCGCGATCCCGTTGCGACTCCGCCAGGTTATCg > 5:874138/1‑140 (MQ=255)
gTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACtt > 4:513597/1‑140 (MQ=255)
gTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACtt > 4:808687/1‑140 (MQ=255)
gTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCAGGGCAGCGTTTATCTATTTAGCGATCCGGTTGCCCATACGCAAGGTTAGCGACtt > 6:173088/1‑140 (MQ=255)
ctctAATACCGCAACCACGCGCCCAAAATTCTTCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAgc > 6:331683/4‑140 (MQ=255)
ggTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAgcg > 2:573975/1‑140 (MQ=255)
ggTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAgcg > 6:298586/1‑140 (MQ=255)
ggTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCCCCAGGTTAGCGACTATCAgcc > 4:55043/1‑139 (MQ=255)
ggTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTAGCGATCCGGTTGCCCCTCCGACAGGTTAGCGACTTTCAgcg > 8:689565/1‑140 (MQ=255)
ggTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTAATATTTCGCGATCCGGTTGAGCCGCCGCCAGGTTAGGGACTTTGAgcc > 5:966423/1‑139 (MQ=255)
ggTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGAGTTTTTCTATTTAGCGCTCCCGTTGCGCCACCGCCAGGGTGGCGACTTTAAgcg > 6:218267/1‑140 (MQ=255)
aaTCCCGCAACCCCGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGCACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCa < 3:569829/140‑1 (MQ=255)
aTACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGGGGTTTTCGATTTCGCGCTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTAAGCGcctg > 7:151718/1‑138 (MQ=255)
aTACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGCTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGACAg > 6:517602/1‑140 (MQ=255)
aTACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAg > 5:412650/1‑140 (MQ=255)
aTACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTAGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGCCTTTCAGCGCCAg > 5:348184/1‑140 (MQ=255)
tACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGCTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAga > 2:191513/1‑140 (MQ=255)
tACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCCGCGCCAga > 7:29142/1‑140 (MQ=255)
tACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAga < 8:429509/140‑1 (MQ=255)
aaCCGCAACCCCGCGCCCAACCATCTGCCGCTTTGCGCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAga < 3:526680/139‑1 (MQ=255)
ccaCCACGCGCCCAAACTTCTGCCGCTTGGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAAATCCTGGTCAATTGCGGGGCCGCGTTTTTCTTTTTCGCGTTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCTTCTTTCAGCGCCAGacgacg < 2:26830/138‑1 (MQ=255)
cAACCACGCTCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCATCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTATATTTCGCGTTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCATacgacg < 1:934614/140‑1 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCTGTTTGGCTTCAGCGTCGACCGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTGTCTATTTCGCGCTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTCGCGACTTTCAGCTCCAgacgccc > 3:596506/1‑137 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGacgacg < 8:349957/140‑1 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGacgacg > 8:754637/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGacgacg < 3:114621/140‑1 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACGTTCAGCGCCAgacgacc > 4:410143/1‑139 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATACGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGacgacg > 5:456323/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTTTTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGacgacg > 5:298618/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGTTACGGTTTCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTGTAAGCGCCAGacgccg > 3:210798/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAgacgacc > 7:872645/1‑139 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTCGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGacgacg < 6:976443/140‑1 (MQ=255)
cAAACACGCGCCCAACCTTCTGCCGATTTGATCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGacgccg > 4:625764/1‑140 (MQ=255)
cccACGCCCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGAcgcg < 6:676748/139‑1 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTGTATTTCGCGCTCCGGTTGCGCCGCCGCCAGGTTATCGACTTTCAGCGCCAGACGAcgcg > 8:477695/1‑140 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGAcgcg > 8:304035/1‑140 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTACGCGCCAgacgacccc > 2:359566/1‑137 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTGTTTGTATTTAGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTAAGCGCCAGACGAcgcg > 3:494276/1‑140 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGCCGAcgcg > 6:458710/1‑140 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTATATTTAGCGCTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCCGACGCcgcg > 8:500286/1‑140 (MQ=255)
ccACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCgg < 1:79630/140‑1 (MQ=255)
aCGCGCCCAACCTGCTGCCGCTTTGCTCTGTTTGCCTGCAGCGGCGCACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGGTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGag < 2:648289/140‑1 (MQ=255)
cgcgCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTcg < 8:146975/84‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGGTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGGCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCCCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTAAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAgcagca < 5:63155/140‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGACCGGTTTGCCTACAGCGGCGACGGCCAGGGCAATATCCGGGCCGCGTTTTTCTTTTTCTGGATCCGGTTGCGCGTCCGCCAGGTTAGCGAATTTCTGCGCCAGACGACGCGGAgcagca < 1:436117/140‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGACTTGATCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGTGAAATTGACGGGCCGCGCTTTTCTATTTCGCTATCCGGGTTCGCCTCCGACATGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACTACGCGGAgcagca < 2:842323/140‑1 (MQ=255)
cAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCaaa < 2:1020124/140‑1 (MQ=255)
ccTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCCGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCAATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCa < 6:734191/140‑1 (MQ=255)
ccTGCTGCCGCGTTGCTCGGTTAGCCGTCAGCGGCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATATCGCTATCCGGTTGCGCCTCCTCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCa < 7:637148/140‑1 (MQ=255)
ttCTGCCGCTTTGCGCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCAtt < 6:152393/140‑1 (MQ=255)
gCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAAc < 3:900707/140‑1 (MQ=255)
gCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTAGCGCTCCGGTTTCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTTAAc > 4:908661/1‑140 (MQ=255)
ccGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGCACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACg < 7:500286/140‑1 (MQ=255)
tGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCg < 2:46196/140‑1 (MQ=255)
ggtgttGCCTTCCGCGTCGCACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCtgtgtg < 6:886734/136‑1 (MQ=255)
cGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGtgtg < 1:61105/140‑1 (MQ=255)
cGGTGTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCtgtgtg < 2:74114/140‑1 (MQ=255)
ggTTTGCCTTCCGAGTCGACCGCCTGGGCTATTGACGGGCCGCTTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGACTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGTGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGtgtga < 5:554906/140‑2 (MQ=255)
ggTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGAACCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGc < 2:587210/140‑1 (MQ=255)
ggTTTGCCTTCAGCGGCGAACGCCGGGGCAATGGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGAGCCTCCGCCAGGTTATCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGc < 3:607158/140‑1 (MQ=255)
gCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGc < 8:596662/140‑1 (MQ=255)
gCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGc < 6:853071/140‑1 (MQ=255)
gCCTTCAGCGGCGAACGCCGGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTAGCTATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGc < 5:668676/140‑1 (MQ=255)
agcTTCAGCGTCGAACGCCGGGTCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGc < 3:911321/138‑1 (MQ=255)
ttCCGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAg < 1:681037/140‑1 (MQ=255)
ttCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAg < 1:993907/140‑1 (MQ=255)
ttCAGCGGCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAg < 4:980470/140‑1 (MQ=255)
cAGCGTCGACCGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCg < 3:455434/140‑1 (MQ=255)
cAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCg < 3:808903/140‑1 (MQ=255)
aaCTCCTGGGAAATTGCCGGGACGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGACTACGCCAGGTTAGCGACTTTCATCTCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGTTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAg < 3:223248/140‑1 (MQ=255)
cGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCt < 3:74246/140‑1 (MQ=255)
cTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCg < 4:95507/140‑1 (MQ=255)
gggCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTTTTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCAAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGCCGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCCGCGTTATCCAGCTCCGCa > 5:808683/1‑140 (MQ=255)
cAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTa < 7:836044/140‑1 (MQ=255)
ttGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTAGCGATCCGGTTGCGGCTCAGCCAGGGTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGGCGTGTGCGAGGGCCGCGTTATCCAGCGCCGCAGTAAAg > 3:439606/1‑140 (MQ=255)
gCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGtt < 1:337623/140‑1 (MQ=255)
ggCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCgcc > 4:924171/1‑139 (MQ=255)
ccGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGc > 3:367306/1‑106 (MQ=255)
cgcgTTTTTCTATTTCGCTATCGGGTTGCGCCTCCGCAAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGTCGCGTAGCAGCAAACCATTGATCGGTGGCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCgcagca < 6:790728/140‑1 (MQ=255)
cgcgTTTTTCTATTTCGCGATCGGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCATACGACGCGGAGAAGCAAACCATTGAACAGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCgcagca < 4:585951/140‑1 (MQ=255)
cgcgTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCgcagca < 1:1026700/140‑1 (MQ=255)
|
ATACAGCAGCCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCGCAGCAAA > NZ_CP022686/2470284‑2470559
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
