Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A26 F36 I0 R1
|
149 |
10545.8 |
7272710 |
98.3% |
7149073 |
134.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
2,470,422 |
T→G |
11.7% |
K72N (AAA→AAC) |
glyS ← |
glycine‑‑tRNA ligase subunit beta |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 2,470,422 | 0 | T | G | 11.7%
| 279.1
/ 5.8
| 165 | K72N (AAA→AAC) | glyS | glycine‑‑tRNA ligase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (73/67); new base G (19/5); total (93/72) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.48e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
AGCCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCGCAGCA > NZ_CP022686/2470291‑2470557
|
agcCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGgttttgt > 1:98260/1‑136 (MQ=255)
agcCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCt > 1:163496/1‑138 (MQ=255)
gcCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTa > 4:549039/1‑138 (MQ=255)
gcCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGGTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGtttttatt > 7:68380/1‑135 (MQ=255)
ccATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGACAACGGTAATACCGCACCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGACGGGCCGCGTTTTTCTAttt > 6:439168/1‑140 (MQ=255)
aTTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTAttt > 2:276101/1‑138 (MQ=255)
aTTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTcg > 5:598640/1‑140 (MQ=255)
aTTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGGTTTCTAttt > 3:249943/1‑138 (MQ=255)
tCGCCTTTATCGGTAGTCATACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCGGGGCAATTGCCGGGCCGCGAttttcgttttcg > 2:155532/1‑138 (MQ=255)
tCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTcg > 2:54882/1‑138 (MQ=255)
tCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGCCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTAtttag > 4:316204/1‑136 (MQ=255)
cGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGa > 6:721950/1‑140 (MQ=255)
ccTTTATCGCTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCACCGGTAAAACCGCCACCCCGCGCCCACCCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCCGCAGCGGCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGa < 7:505209/138‑1 (MQ=255)
tAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTgcg < 8:345139/138‑1 (MQ=255)
tAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTgcg < 2:148603/138‑1 (MQ=255)
aGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTATATTTCGCGATCCGGTTGCGcca > 5:466540/1‑139 (MQ=255)
tCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTGTATTTAGCGATCCGGTTGCGCCt > 8:438378/1‑138 (MQ=255)
tCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTGGTTTTAGCGAAGCGGTTGCgccgcc > 5:343409/1‑140 (MQ=255)
cAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTc < 4:402763/138‑1 (MQ=255)
gCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCa > 4:901322/1‑138 (MQ=255)
cAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCTCTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGt > 3:825359/1‑138 (MQ=255)
gTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGACCGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTGTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGGTAGCGACtt > 6:445818/1‑140 (MQ=255)
gTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGGTGCGCCGGCGCCAGGTTAGCgcc > 7:19399/1‑136 (MQ=255)
aaCGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTAGCCATCCGGTTGCGCCTCCCCCAGGTTAGCGACttt > 3:772709/1‑138 (MQ=255)
ggTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGGTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAgcg > 5:733695/1‑140 (MQ=255)
tAATACCGCAACCACGCGCCCACCCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGTGCAATTTCCGGGCCGCGGTGTTCTAATTAGCGAGACGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTGTCAgcg > 3:789572/1‑138 (MQ=255)
tAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGCACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTATATTTCGCGAACCGGTTGCGCCACCGCCCGGTTAGCGCCtttacgcg > 1:72161/1‑133 (MQ=255)
tAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGTCCGCGTTTTTATATTTCGCGATCCGGTTGCGCCACCGCCAGGTTAGCGACATTCAgcg > 7:647557/1‑138 (MQ=255)
tAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTATATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACATTCAgcg > 1:726960/1‑138 (MQ=255)
aTACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTAGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAg > 6:529807/1‑140 (MQ=255)
aCCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTATATTTAGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCac > 7:471732/1‑137 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTAGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGacgacg > 6:821308/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGACGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTAAGCGCCAGacgacg < 6:199021/140‑1 (MQ=255)
aaCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAgacgac > 2:691917/1‑138 (MQ=255)
aacACGCGCAAAACCTTCTTCATATTTGATCGGTTTGACTTCAGAGTCGAACGCCTGGGCAATTGACGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGGTGCGCCTACGCAAGGTTAGCGAATTTCAGCTCCAGGCGAcgcg > 6:19176/3‑140 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCGGCTTTGCTCGGTTTGCATTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGGTAGCGACTTTCAGCGCCAGacgacg < 3:710123/138‑1 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTGTTTTTCGCGAACCGGGTGCGCCTCCGCCAGGTTTGCGCCGTTAAGCGCCCgacgccc > 3:463810/1‑135 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTGGCGCTCCGGTTGCGCCGCCGCCCGGGTAGCGGCGTTACGCGCCCgacgacc > 3:914450/1‑137 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGAcgcg > 5:473116/1‑140 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTAGCGCTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTATCGACTTTCAGCGCCAGacgacg > 3:806992/1‑138 (MQ=255)
ccACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGAcgc < 4:797194/138‑1 (MQ=255)
cACGCGCCCCACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGGGCTGCGGTTGCGCCTCCGCCAGGGTAGCGACTGTCCGCGCCACACGAcgcg > 8:92895/1‑138 (MQ=255)
cACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTTCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGAcgcg > 3:474264/1‑138 (MQ=255)
cACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGAcgcg > 2:487774/1‑138 (MQ=255)
cgcCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCACCGCCAGGTTAGCGACTTTAAGCGCCAGACGACGCGgcgc > 3:853981/1‑138 (MQ=255)
cgcCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTAATTCGCGATCCGGTTGCGCCTACGCCAGGTTAGCGACTTTCATCGCCAGACGACGCGGagc > 2:500062/1‑138 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGTTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAgcagca < 6:809044/140‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGagcag < 7:201730/138‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGagcag < 3:927317/138‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGagcag < 3:757430/138‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGagcag < 3:264195/138‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAgcagca < 6:604929/140‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTGGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAgcagca < 5:562082/140‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTATATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAgcagca < 5:652429/140‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGCCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCAATTTCGCGGTCCGGATGCGCCGCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACACGGcgcac > 4:692631/1‑137 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGGCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGagcag < 2:332664/138‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCGCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCGGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGAGCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGagcag < 4:19886/138‑1 (MQ=255)
ccaaaCCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTGTGCCTTCAGCGGCGACCGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGTGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTTGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGagcag < 7:830871/135‑1 (MQ=255)
aaccagcTGCCGCTTTGCTCGGTGTGCGTTCTGCGTCGACCGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTGTTTTGCGCGTTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGAGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCaa < 1:101905/132‑1 (MQ=255)
ccTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAAc < 8:280856/138‑1 (MQ=255)
ttcgtccGCTTAGCTCGGTTTGCATTCAGCGTCGAACGCCTGGGAATTTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGGTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGAAGACGCGGAGCAGCAAACCAtt < 5:768654/135‑1 (MQ=255)
ttCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCa < 1:40524/138‑1 (MQ=255)
cTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCAtt < 1:54882/138‑1 (MQ=255)
gCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCACTCCGGTTGCGCCTCAGCCAGGTTATCGACTTTCAGCGGCCGACGACGCGGCGCAGCAACCCATTGa > 2:660392/1‑138 (MQ=255)
cGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATACGGTTTCGCCCCCCCCACGTTACCGACTTTCACCGCCAGCCGCACCGGCGCAGCAAACCAATGaaa > 3:300197/1‑137 (MQ=255)
cTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTTCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACGTTCAGCGCCCGCCGCCGCGGAGCAGCAAACCATTGAACgg > 4:456959/1‑138 (MQ=255)
ttGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTg < 7:271739/138‑1 (MQ=255)
ttGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTATTTTTGGCGCTACCGTTGCGCCTCCGCCACGTTAGCGACGTTCAGCGCCAGACGACGCGCGGCACCAAACCATTGAAccggtcc > 5:885106/1‑134 (MQ=255)
tGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGc < 2:25612/138‑1 (MQ=255)
ggTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCgtgt < 1:273842/138‑1 (MQ=255)
ggTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCgtgt < 4:456331/138‑1 (MQ=255)
tGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTAAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCgc > 2:14000/1‑137 (MQ=255)
gcagtctgcggcgAACGCCTGGGCAATTGCGGGGCCGCGTTTTTCTTTTTCGCGATGCGGTTGCGCCTCCGCCAGGGTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGGGTGCGAGGc < 6:51735/133‑1 (MQ=255)
gCCTTCAGCGTCGATCGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTATCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGc < 6:256222/140‑1 (MQ=255)
gCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAg < 2:642037/138‑1 (MQ=255)
gCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAg < 1:57229/138‑1 (MQ=255)
gCCTGCAGCGTCGAAAGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTGTTTCTTTTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTCGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAg < 1:596866/138‑1 (MQ=255)
cccTTCCGCGTCGAACGCCTCGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGc < 5:821229/139‑1 (MQ=255)
tccAGGGTCGAACGCCTTGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGAGCCGGTTGCGCCTCGGCCAGGTTTGCGTCTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAg < 6:560194/138‑1 (MQ=255)
cAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCg < 5:20620/140‑1 (MQ=255)
cAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGAGCCGGTTGCGCCGCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAg < 4:545739/138‑1 (MQ=255)
cAGCGGCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAg < 4:304168/138‑1 (MQ=255)
gCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATACGGTTGCGCCTCCCCCAGGTTAGCGACATTCAACGCCAAACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACCGTGGCGGTTGCGAAGCCAGCg > 4:422086/1‑138 (MQ=255)
gTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACGTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCCGCAAACCATTGAACGGTGCCGGGTGCGCGGCCAGCGtt > 7:108861/1‑138 (MQ=255)
aaCGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCAtt > 4:77750/1‑106 (MQ=255)
aaCGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCCGTTGCGCCACCGCCCGGTTAGCGACGTTCAGCGCCAGACGACGCGGCGCAGCAACCCATTGAACGGTGCCGGGTGCGAGGCCAGCGTTATcc > 7:718262/1‑138 (MQ=255)
cGCCTGGGCATTTTCCGGGCCGGGTTTTTCTATTTCGGGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCGAGACGACGGTGAGCTGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCt < 6:309514/140‑1 (MQ=255)
cGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAg < 2:565660/138‑1 (MQ=255)
cTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTc < 1:487774/138‑1 (MQ=255)
aTTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTa < 7:786566/138‑1 (MQ=255)
gCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGCGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAg > 2:724584/1‑138 (MQ=255)
gCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGGTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAg < 8:43510/138‑1 (MQ=255)
ccGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGt < 1:673191/138‑1 (MQ=255)
cGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGtt < 8:189952/138‑1 (MQ=255)
ggCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGCCTTTCAGCGCCCGCCGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCgca > 6:252088/1‑140 (MQ=255)
ggCAGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGATCCGCAGTAAAGTTCg < 7:564244/138‑1 (MQ=255)
ccGCGTTTTTCTTTTTAGCGATCCGGTTGCGCCTACGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGCGCAGCAAACCCTTGCACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCCGCTCCGCAGGAAAGTTCgcc > 8:304945/1‑137 (MQ=255)
ccGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTACGCAGTAAAGTTCgca > 8:621810/1‑138 (MQ=255)
ccGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGGTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGCCGCGGAGCCGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCCGCGTTATCCAGCTCCGCAAGAAAGTTCgca > 3:108791/1‑138 (MQ=255)
cgcgTTTTTGTTTTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCgcagca < 5:286549/140‑1 (MQ=255)
|
AGCCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCGCAGCA > NZ_CP022686/2470291‑2470557
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
