Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A30 F36 I0 R1
|
275 |
10897.2 |
10515506 |
98.4% |
10347257 |
135.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
2,470,422 |
T→G |
9.0% |
K72N (AAA→AAC) |
glyS ← |
glycine‑‑tRNA ligase subunit beta |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 2,470,422 | 0 | T | G | 9.0%
| 611.9
/ 14.1
| 323 | K72N (AAA→AAC) | glyS | glycine‑‑tRNA ligase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (130/155); new base G (35/2); total (166/157) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.30e-09 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
CAGCCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCGCAGCA > NZ_CP022686/2470290‑2470557
|
cagcCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTa > 8:1038670/1‑140 (MQ=255)
gcCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTtata > 2:766/1‑138 (MQ=255)
ccATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCCACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGACCGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTAttt > 8:34398/1‑140 (MQ=255)
ccATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCCACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTAttt > 6:795610/1‑140 (MQ=255)
aTTCGCCTTTCTCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCTGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTcg < 5:1153634/140‑1 (MQ=255)
tCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAGCGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTAtttat > 1:1189075/1‑136 (MQ=255)
tCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTcg > 1:208200/1‑138 (MQ=255)
tCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTAGGTTTGCCTTCCGCGTCGAACGCCTGGGCTATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTcgcg > 7:1143905/1‑140 (MQ=255)
tCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCAGCCGCTATGCTCGGTTTCCCTTCAGCGTCGACAGCCTGGGCAATTGCCGGGCCCCGGTTTTCTAtttag > 1:817629/1‑136 (MQ=255)
tCGCCTTTATCGGGAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCGCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTcgcg < 6:997984/140‑1 (MQ=255)
gCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATCCCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTcgcg < 3:1119079/138‑1 (MQ=255)
ccTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCTGTTTTCTATTTCGCGa > 4:92210/1‑138 (MQ=255)
aGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCCACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGCCCGCGTTATTCTATTTAGCCCTCCTGTTGCGccg > 6:94411/1‑139 (MQ=255)
aGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCACCCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTGTATTACGCGATCCGGTTGCGCCt > 8:1002609/1‑140 (MQ=255)
aGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCACCCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTACCGCTCCAGTTGCGccg > 8:445333/1‑139 (MQ=255)
tCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGcca > 1:550110/1‑137 (MQ=255)
tCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCt > 3:364554/1‑138 (MQ=255)
tCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCt > 3:488945/1‑138 (MQ=255)
gCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCa > 4:166666/1‑138 (MQ=255)
cTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGt > 6:1012436/1‑140 (MQ=255)
cTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTATATTTCACGAACCCGTTGAGCATCCGCCAgct > 8:601082/1‑138 (MQ=255)
cTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCAGCGTTTTTCTATTTCGCGATACGTGTGCTCCTCCGCCAGGt > 8:850532/1‑140 (MQ=255)
cAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCAGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCCGGt > 4:355985/1‑138 (MQ=255)
ccTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTGTTTCTATTTCGGGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAg > 2:342526/1‑138 (MQ=255)
gTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGCGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTATATTTCGCGCTACGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGAcgt > 7:129984/1‑138 (MQ=255)
tCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACttt < 5:1252802/140‑1 (MQ=255)
gcAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACttt < 5:958213/139‑1 (MQ=255)
cAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACtt > 2:801426/1‑138 (MQ=255)
cAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACtt > 3:860808/1‑138 (MQ=255)
ggTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAg < 2:91654/138‑1 (MQ=255)
ggTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCAGGGCCGCGGTTTTGAATTTAGCGATACGGGTGCGCCACCCCCCGGTATGCCACTGTAAgcg > 5:890956/1‑140 (MQ=255)
gTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGCTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGGTAGCGACtttacgc > 1:784542/1‑134 (MQ=255)
tAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGAGAGCCGGTTGCGCCTCCGCCCGGTTAGCGACTGTCcgcg > 3:31659/1‑138 (MQ=255)
aTACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTATCGACTTTCAGCGCCac > 6:377287/1‑139 (MQ=255)
tACCGCAACCCCGCGCACAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCATCGTCGAACGCCTTGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTCGCGACTTTCAGCGCCAga < 8:748728/140‑1 (MQ=255)
tACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCa < 2:1155344/138‑1 (MQ=255)
aCCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAg > 3:659388/1‑138 (MQ=255)
aCCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAg > 2:944594/1‑138 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGacgacg < 5:364879/140‑1 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGacgacg > 7:1061286/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATACGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCCGCGCCAGacgacg > 5:561188/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCCgacgacc > 6:231588/1‑139 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTGTATTTGGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCCgccgacc > 4:385571/1‑137 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTTTTTAGCGCTCCGGTTGCGCCACCGCCAGGTTAGCGCCTTTCAGCGCCAGCCGAcgcg > 7:327476/1‑140 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTTGCGGCTTTCAGCGCCAGacgacg > 1:1066379/1‑138 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCCGacgacg > 4:619406/1‑138 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACGTTCAGCGCCAGccgacg > 2:100867/1‑138 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTGGATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGCCTTTCAGCGCCAgacgccc > 3:205836/1‑135 (MQ=255)
ccACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCgg < 7:217871/140‑1 (MQ=255)
aCGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGag < 7:120223/140‑1 (MQ=255)
cgcgCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGc < 5:507472/104‑1 (MQ=255)
cgcgCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGc > 6:507472/1‑104 (MQ=255)
cgcgCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTATATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTACGCGCCAGACGACCCGGagc > 7:759758/1‑140 (MQ=255)
cgcCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTGTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCTCCTTTCAGCGCCCGACTACGCGGagc > 4:795992/1‑138 (MQ=255)
cgcCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCGATTTCGCGCTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGGCTTTCAGCGCCAGCCGACGCGGagc > 4:299843/1‑138 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGagcag < 3:1274107/138‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAgcagca < 8:693897/140‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTAGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGAAGACGCGGagcag > 4:1156484/1‑138 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTGCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAgcagca < 8:734668/140‑1 (MQ=255)
ccTTCTGCCGCTTTGCTCGTCTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAAc < 4:1253430/138‑1 (MQ=255)
ccTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTTTTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAAc < 1:881791/138‑1 (MQ=255)
ccTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCa < 5:827194/140‑1 (MQ=255)
ttCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCa < 1:1007889/138‑1 (MQ=255)
ttCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCa < 4:488945/138‑1 (MQ=255)
ttCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTGCAGCGTCGACCGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGAGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCa < 1:73186/138‑1 (MQ=255)
gCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGa < 1:145722/138‑1 (MQ=255)
ccGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGaa < 1:393178/138‑1 (MQ=255)
cTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCATGGGCAATTGACGTGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCAGTTGCGCCTCCGCCAGGATAGCGACTTTCCGCGACAGACGCACCGGAGCAGCAAACAATTGAACGGTg > 6:722413/1‑140 (MQ=255)
ttGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGACCTCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTg < 4:146588/138‑1 (MQ=255)
ttGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGACCGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGcc < 5:1007883/140‑1 (MQ=255)
ttGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTAGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGCGCAGCAAACCATTGAACGGTg > 4:678744/1‑138 (MQ=255)
ttGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACACCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTg > 2:1200467/1‑138 (MQ=255)
tGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATAGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGc < 3:707150/138‑1 (MQ=255)
cGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCAATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACATTCAGCGCCAGACGCCGCGGAGCAGCCAACCATTGAACGGTGCCgtg > 3:763021/1‑138 (MQ=255)
ggTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCgtgt < 4:1085644/138‑1 (MQ=255)
gacTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCAGGGCCGCGTTTTTCTATTTAGCGATCAGGTGGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGTAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAg < 2:1072438/136‑1 (MQ=255)
gCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCATTTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAg < 4:819538/138‑1 (MQ=255)
gCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAg < 2:510301/138‑1 (MQ=255)
gCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAg < 1:96332/138‑1 (MQ=255)
gCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGc < 7:240333/140‑1 (MQ=255)
cAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCg < 6:20917/140‑1 (MQ=255)
cAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCg < 5:788794/140‑1 (MQ=255)
cAGCGTCGAACGACTGTGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGCTCGGGTTGCGCAGCCGCCAGGGTCGCGACTTTTAGCGCCAGACGACGCGGATCAGCAAACAATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAg < 4:315590/138‑1 (MQ=255)
tCGAACGCCTGCGCAATTGCCGGGCCGAGTTTTTCTATATCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGAAGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTa < 2:212278/138‑1 (MQ=255)
aaCGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATcc < 3:388070/138‑1 (MQ=255)
aaCGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATcc > 3:840387/1‑138 (MQ=255)
aaCGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGCTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGCCTTTCATCGCCAGCCGCCGCGGAGCAGCAAACCAATGAACGGTGCCGTGTTCGAGGCCAGCGTTATCCac > 7:349393/1‑139 (MQ=255)
cGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAg < 3:955152/138‑1 (MQ=255)
cTGGGCAATTGCCGTGCCGCGTTTATCTATATCGCTATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTAAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGAGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCg < 8:1233211/140‑1 (MQ=255)
cTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTc < 3:141373/138‑1 (MQ=255)
cTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACAATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCg < 5:273322/140‑1 (MQ=255)
cTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCGATTTCGCGCTCCGGTTGCGCCGCCGCCAGGTTAGCGACTTTACGCGCCAGACGACGCGGCGCAGCAAACCCTTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGGCCGCGGTTTCCCTCTCCg > 7:464810/1‑140 (MQ=255)
gggCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGATCGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCg < 2:594638/138‑1 (MQ=255)
gCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTTTTTCGCGGTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCa > 1:1129435/1‑138 (MQ=255)
ttGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGCCGCGGAGCAGCAAACCAGTTAACGGTGCCGTGTGCCATGCCCGCGTGATCAAGCTGCGCCGAAAAg > 6:1252042/1‑140 (MQ=255)
gCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCTATCCGGTTGCGCCTCCGCGAGGTTAGCGACTTTCTGGGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACGATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGtt < 7:601082/140‑1 (MQ=255)
gCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAg < 2:670370/138‑1 (MQ=255)
cGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCGGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGtt < 1:440206/138‑1 (MQ=255)
cGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCTCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACTACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTTAAGTTCg < 8:592531/140‑1 (MQ=255)
cGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGtt < 2:1189075/138‑1 (MQ=255)
|
CAGCCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCGCAGCA > NZ_CP022686/2470290‑2470557
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
