Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A30 F2 I0 R1
|
181 |
7914.3 |
8336376 |
98.4% |
8202993 |
136.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
2,470,422 |
T→G |
12.5% |
K72N (AAA→AAC) |
glyS ← |
glycine‑‑tRNA ligase subunit beta |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 2,470,422 | 0 | T | G | 12.5%
| 398.0
/ 13.0
| 226 | K72N (AAA→AAC) | glyS | glycine‑‑tRNA ligase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (94/97); new base G (32/2); total (127/99) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.88e-07 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
TACAGCAGCCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCGCAGCAA > NZ_CP022686/2470285‑2470558
|
tACAGCAGCCATTCGCCATTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGATTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGCGCAATTGCCGGGCCGCGatt > 1:1031707/1‑140 (MQ=255)
cagcCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCCCGCGCACAACATTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGAGTCTAACGCCTGTGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCtt > 4:246535/1‑139 (MQ=255)
ccATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCTTCGAACGCCTGGGCAATTGCCTGGCCGCGTTTTTCTAatt > 3:646031/1‑140 (MQ=255)
ccATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTAttt > 8:174309/1‑140 (MQ=255)
ccATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGACTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTCCCGGCCCGCGTATTTCTAttt > 6:703916/1‑140 (MQ=255)
aTTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCTGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCAATTTcg > 7:632416/1‑140 (MQ=255)
aTTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTcg > 3:1005366/1‑140 (MQ=255)
aTTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCAGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTcg > 3:888610/1‑140 (MQ=255)
aTTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCCTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCGGCGTTTTTCTATTTcg > 4:42421/1‑140 (MQ=255)
aTTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTATGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGAGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTAattag > 5:867023/1‑138 (MQ=255)
aTTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTACTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTcg > 6:353885/1‑140 (MQ=255)
aTTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATAACGCACCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGTGCCGCGTTTTTCTAATTcg > 4:677696/1‑140 (MQ=255)
aTTCGCCTTTATCGGTAGTAAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTTCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTcg < 3:409446/140‑1 (MQ=255)
aTTCGCCTTTATCGGTAGTAAGACGCTCAGCCAGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCATCAGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCATCCGCGTCGAACGCCTTGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTGTATTTcg > 4:565503/1‑140 (MQ=255)
ccTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGAta > 7:594913/1‑139 (MQ=255)
tAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGcc > 6:553937/1‑140 (MQ=255)
aGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTGTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCt > 6:285766/1‑140 (MQ=255)
aGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGccg > 8:406806/1‑139 (MQ=255)
aGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGGTGCGccg > 4:168173/1‑139 (MQ=255)
aGTCAGACGCTCAGCCGGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTAAAATTCGCGATCCCGTTGCGcca > 5:717866/1‑139 (MQ=255)
aGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGc > 4:291749/1‑140 (MQ=255)
cTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCTCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGt > 1:525843/1‑140 (MQ=255)
cTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGCTCCGGTTGCGCCTCCGCCAggg > 3:199114/1‑139 (MQ=255)
cTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGt > 4:534491/1‑140 (MQ=255)
cTCAGCCTGGTCAACGCTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGACGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGCGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTAATACGCGATACAGTTGCGCATCCGCGAGGt > 2:459109/1‑140 (MQ=255)
cAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCGCCGCCAGGttt > 3:354079/1‑139 (MQ=255)
cAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTa > 1:136202/1‑140 (MQ=255)
aGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAg > 2:920990/1‑140 (MQ=255)
aGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGGTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAg > 8:381586/1‑140 (MQ=255)
cTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACTCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCCGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGa < 8:127377/140‑1 (MQ=255)
ggTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACt > 4:31237/1‑140 (MQ=255)
gTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTAGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGCCtt > 7:839920/1‑140 (MQ=255)
tCAACGGTACTACCGCAACCGCGCGACCTACCTTCTGCCGGTGTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGACCGCCTGGGCAATTGCCGGTCCGCGTTTTTCTCTTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACttt < 7:126293/140‑1 (MQ=255)
cGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATAGCCGGGCCGCGTTTTTATATTTCGCCATCCTGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAgc > 4:970100/1‑140 (MQ=255)
ggTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAgcg < 2:401399/140‑1 (MQ=255)
ggTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAgcc > 4:466693/1‑139 (MQ=255)
aaTACCGCAACCTCGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGACTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGTTTAGCGACTTTCAGCGCCa < 6:513299/140‑1 (MQ=255)
aTACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTTCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCac > 6:970712/1‑139 (MQ=255)
aTACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTATATTTCGCGATCCGGTTTCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGcccg > 5:382861/1‑138 (MQ=255)
gCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCGCCGCCAGGTTAGCGCCTTTCAGCGCCAgacgac > 1:399289/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTGTTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTATCGTCTTTCAGGGCCAGacgccg > 4:1001872/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCCGGTTAGCGCCTTTCAGCGCCAgacgccc > 1:668065/1‑137 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGCCTTTCAGCGCCAGacgacg > 4:783811/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCCGacgccg > 2:276410/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAgacgacc > 4:934839/1‑139 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGacgacg > 2:665246/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGGTAGCGACTTTAAGCGCCCgacgacc > 1:221013/1‑139 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTAATTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCCCCAGGTTAGCGCCTTTCATCGCCCcacgacc > 6:566343/1‑139 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTATATTTCGCGATCCGGTTTCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGaagacg > 8:462817/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTGTTTGTATTTAGCGCTCCGGTTGCGCCTCCGCCCGGGTAGCGGCTTTCAGCGCCCGccgacg > 3:1053706/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTTTTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTAAGCGCCAgacgccc > 8:182986/1‑137 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTGGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCCGCGCCAGccgccg > 7:565205/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAggcgacc > 8:683520/1‑139 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAgacgacc > 1:816561/1‑139 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCGCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGacgacg < 8:781125/140‑1 (MQ=255)
ccACCCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGGGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGAcgctg < 5:566343/140‑3 (MQ=255)
cgcgCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGACTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCCGTTGCGCCGCCGCCAGGTTAGCGACTTTAAGCGCCAGACGACCCGgcgc > 7:510011/1‑140 (MQ=255)
cgcCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTAGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGCCGCGGagcac > 5:955969/1‑139 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGCCGACGCGGAgcagca < 7:437040/140‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAgcagca < 1:586329/140‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAgcagca < 5:672241/140‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAgcagca < 7:775737/140‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTAATTCGCGTTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAgcagca < 7:164919/140‑1 (MQ=255)
cccAACCTGCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTGGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAgcagca < 1:360284/140‑1 (MQ=255)
ccaaaCCTGCTGCCCCTTGGCTAGTTGTGCCGTCAGCGTCGAACGACTGGGCTATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTCTTTCGCGGTCCGGTGGCGGCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAgcagca < 6:159671/137‑1 (MQ=255)
ccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCaa < 5:520490/140‑1 (MQ=255)
cAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTGGCCTTCAGCGTCGAACGCCGGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCaaa < 4:864801/140‑1 (MQ=255)
ttCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCTTTCTGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGGCGGGCCGCGTTTTTGTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTGCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCAtt < 7:221746/140‑1 (MQ=255)
ttCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCAtt < 3:551989/140‑1 (MQ=255)
atCTGCCGCATGGCTCGGTTGGCCTGCTGCGGCGATCGCAGGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTTATTCGCGATCCGGGTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTGCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCATACCAtt < 5:118822/139‑1 (MQ=255)
cTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCTGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGa > 2:850879/1‑140 (MQ=255)
cTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGGGATCCGGTTGCCCCACCCCCAGGTTAGCGACTTTCAACGCCAGCCGACCCGGAGCAGCAAACCAttca > 2:630289/1‑138 (MQ=255)
tGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGTGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGaa < 6:40305/140‑1 (MQ=255)
gCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCCCCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTAGAGATCCCGTTGCGGCTCCGCCAGGTTATCGCCTTTCAGCCCCCGACGCCGCGGAGCAGCAAACCATTgtcc > 5:997997/1‑137 (MQ=255)
ccGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACg < 1:41552/140‑1 (MQ=255)
ccGCTTGTCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCTAACGCCTGGGAAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGGTGAGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACg < 4:839949/140‑1 (MQ=255)
cTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGCACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGATGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAAACATTGAACGGTg > 4:765217/1‑140 (MQ=255)
tttGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAAAGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCTGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGc < 6:852261/140‑1 (MQ=255)
tGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTATATTTCGCGATCCCGTTGCGCCTCCGCCAGGTTATCGACTTTCAGCCGCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCCTTGAACGGTGCCg > 1:768553/1‑140 (MQ=255)
ggTTTGCCTGCCGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGc < 1:1060844/140‑1 (MQ=255)
tttGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGCTCCTGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCCGCGCCAGACGACGCGGGGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGa > 1:937451/1‑140 (MQ=255)
gCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGc < 5:914169/140‑1 (MQ=255)
ttCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAg < 5:827858/140‑1 (MQ=255)
cAGCGTCGAACGCCTGGGCTATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCg < 4:664926/140‑1 (MQ=255)
tCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTAGAGCTCCGGTTTCGGCTCCGCACTGTTAGCGGCTTTCCGCGGCATCCCGCGCGGAGCCGCAAACCAGTGTACGGTGCCGTGTGCGACTCCGGCGGTAta > 6:75608/1‑139 (MQ=255)
cGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCt < 2:178567/140‑1 (MQ=255)
ggCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCGATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGGTATCCAGCTCCGCAg > 7:879331/1‑140 (MQ=255)
ttGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCCGCAAACCATTGAACGGTGCCGGGTGCGAGGCCAGCGGTATCCAGCGCCGCAGTAAAg > 8:535058/1‑140 (MQ=255)
ttGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACgg > 2:130496/1‑99 (MQ=255)
ttGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGcc < 3:301330/103‑1 (MQ=255)
gCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGGTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCCGCGTTATCCCGCTCCGCAGTTAAGtt > 1:463436/1‑140 (MQ=255)
ctggCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCg < 1:850879/138‑1 (MQ=255)
cGGGCGGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGGTGCGACTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCg < 8:200606/140‑1 (MQ=255)
cGGGCCTCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTATCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCg < 2:525843/140‑1 (MQ=255)
cGGGCCGCGTTTATCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCTGGTTAGCGTCTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGGGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCg < 4:120228/140‑1 (MQ=255)
ggCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGAGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGGGCCGTGTTCGAGGACAGCGTTATCGAGCTCCGCAGTAAAGTTCgct < 2:1041376/140‑2 (MQ=255)
cgggTTTTTCTTTTTCGCGAGCCGTTTGCGCCTTCGCCAGTTTTTAGACTTTCAGCTCCAGACGACGCGGAGCAGCATACCTTTGAAGGTTGACGTGTGCGATGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGGAAAGTTCgcagca < 8:777390/137‑1 (MQ=255)
cgcgTTTTTCTATTTCGCGATCAGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTATCTACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCgcagca < 3:587059/140‑1 (MQ=255)
gcgTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCAAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCGCAGCaa < 4:15593/140‑1 (MQ=255)
cgTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAgcagca > 2:802039/1‑75 (MQ=255)
|
TACAGCAGCCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCGCAGCAA > NZ_CP022686/2470285‑2470558
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
