Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A27 F12 I0 R1
|
65 |
5796.1 |
4494228 |
98.4% |
4422320 |
135.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
2,470,422 |
T→G |
13.3% |
K72N (AAA→AAC) |
glyS ← |
glycine‑‑tRNA ligase subunit beta |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 2,470,422 | 0 | T | G | 13.3%
| 236.2
/ 6.8
| 128 | K72N (AAA→AAC) | glyS | glycine‑‑tRNA ligase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/64); new base G (18/2); total (61/67) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.07e-05 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
CCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCGCAGCA > NZ_CP022686/2470293‑2470557
|
ccATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCATCCTTGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCAGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCGAttt > 2:145354/1‑140 (MQ=255)
ccATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTAttt > 1:114497/1‑140 (MQ=255)
ccATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTAttt > 2:177002/1‑140 (MQ=255)
aTTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCATCCTGGTCAACGTTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTcg < 7:266480/140‑1 (MQ=255)
aTTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGCACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTcg > 8:808/1‑140 (MQ=255)
aTTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTAttt < 3:517823/138‑1 (MQ=255)
aTTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTcg > 8:314957/1‑140 (MQ=255)
aTTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTcg < 6:163100/140‑1 (MQ=255)
aTTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTcg < 6:118494/140‑1 (MQ=255)
aTTCGCCTTTATAGGTAGTCCGCCGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTACTGCCGCATTGAACGGTTTGCCTTCAGCGACGAAAGCCTGGGCAATTTCCGGGACGCGGGTTTCTAtttag > 1:440572/1‑138 (MQ=255)
tCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTcg > 3:62076/1‑138 (MQ=255)
tCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCGAtttag > 4:411866/1‑136 (MQ=255)
cGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTATAtttataga > 7:226196/1‑135 (MQ=255)
ggTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTg < 3:28858/138‑1 (MQ=255)
aGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCACCCACGCGCCCACCCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTAGCGATACGGTTGCGccc > 2:381659/1‑139 (MQ=255)
aGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGcca > 2:19395/1‑139 (MQ=255)
aGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGcca > 2:135377/1‑139 (MQ=255)
aGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCt > 5:171836/1‑140 (MQ=255)
aGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCt > 1:496609/1‑140 (MQ=255)
aGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTGTATTTAGCGATCCGGTTGCGccg > 1:153370/1‑139 (MQ=255)
aGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTGTTTTTTGCGCTACGGTTGCGCCTCCGc > 1:550331/1‑140 (MQ=255)
gTCAACGTTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTAGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTATATTTCCCGATACGGTTGCGCCACCGACAGCTTAAAGACtt > 7:469218/1‑140 (MQ=255)
tCACCGGTAATACCGCAACCTCGCGCCCAACATGCTGCCTCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGTGACATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGTTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACttt < 7:156724/140‑1 (MQ=255)
tCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACttt < 8:111907/140‑1 (MQ=255)
tCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACt < 4:212702/138‑1 (MQ=255)
cAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGCCtt > 3:362340/1‑138 (MQ=255)
aCGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTTTTTAGCGATCCAGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAg > 5:86260/1‑140 (MQ=255)
cGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAgc > 8:305986/1‑140 (MQ=255)
tAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGcc < 5:57918/140‑1 (MQ=255)
aTACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGCACGCCTGGGCAAGTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCCCGCTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGGTAGCGCCTTTCAGCGCCAg > 5:217868/1‑140 (MQ=255)
aaCCTCAACCCCGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGATTGCCTTCAGCGGCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAga < 1:37850/139‑1 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGTCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTATATTTCGCGATCAGGTTGCGACTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAgacgacc > 8:230983/1‑139 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGTGGTTTTGTTTTTCGCGGTCCGGTTGCGCCTCCGGCAGGTTAGCGCCTTTCAGCGCCAGccgccg > 1:19790/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTGTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGCCTTTCAGCGCCAgacgacc > 2:475609/1‑139 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGCCTTTCAGCGCCAGacgacg > 7:516724/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGacgacg < 1:379386/140‑1 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTAAGCGATGCGGTTGCGCCTCCCCCAGGATAGCGCCTTTCAGCGCCAgacgacc > 5:517442/1‑139 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTGTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCCGGTTAGCGACTTTCCGCGCCAGccgacg > 1:25424/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTATCGCCTTTCAGCGCCAGccgacg > 6:451724/1‑140 (MQ=255)
cAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCGCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGacgacg < 5:316005/140‑1 (MQ=255)
aaCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAgacgac > 4:520928/1‑138 (MQ=255)
cccACGCGCCCAACCTTCTCCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGTGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGTTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGAcgcg < 1:180180/139‑1 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTGTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACGTTCAGCGCCAGTCGAcgcg > 2:72277/1‑140 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTACGCGCCAGACGAcgcg > 2:437505/1‑140 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTGTATTTAGCGATCCGGTTTCGCCTCCGCCAGGTTAGCGCCTTTAAGCGCCAgacgacc > 3:237854/1‑137 (MQ=255)
aCCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAAAGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTGTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGGTTGCGCGTGTCCGGGCCAGCCGAcgcg > 7:345799/1‑140 (MQ=255)
cACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCCGCGTCGACCGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGGTTTGTATTTCGCGCTCCGGTTGCGCCGCCGCCCGGTTAGCGCCGTTCAGCGCCCGACGAcgcg > 3:366243/1‑138 (MQ=255)
ccgcgCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGag < 1:273648/139‑1 (MQ=255)
cgcgCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGGTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGCCGACGCGGagc > 7:437812/1‑140 (MQ=255)
cgcgCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGagc > 2:317744/1‑140 (MQ=255)
cgcCCAACCTTCTGCCGCTTAGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGAACCGCTTGCGCATACGCCAGGTTATCGACATTCAGCGACAGAAGACCCGGcgcac > 6:76855/1‑139 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCCGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGagcag < 3:313121/138‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGagcag < 3:179114/138‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGagcag < 3:180813/138‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAgcagca < 2:496609/140‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAgcagca < 2:579577/140‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAgcagca < 7:808/140‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAgcagca < 5:275014/140‑1 (MQ=255)
cccAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGCTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAgcagca < 2:404551/140‑1 (MQ=255)
cccAAACTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGGCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAgcagca < 7:271386/140‑1 (MQ=255)
aaCCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTGGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTTGCGGCGTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCaagc > 1:324944/1‑138 (MQ=255)
ccTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCa < 1:135377/140‑1 (MQ=255)
ttCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGacgacg < 5:248596/123‑1 (MQ=255)
ttCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGacgacg > 6:248596/1‑123 (MQ=255)
ttCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGACTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGCCGACGCGGAGCAGCAAACCAtt > 6:443502/1‑140 (MQ=255)
cTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGa > 6:169575/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGAGCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGAGTTTCATATCCATACTACGCGGAGCAGCAAACCATTGaa < 6:539005/140‑1 (MQ=255)
gCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTATATTTCGCGCTCACGTTTCGCCGCCGCCCGGTTAGCGCCTTTCAGCGCCAGACGCCCCCGAGCAGCCAACCATTGAAc > 7:526237/1‑140 (MQ=255)
cGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTATATTTCGCGATACGGTTGAGCCTCCGCCAGGTTAGACACTTTCACCGCCCCACGACGCGGCGCAGCAAACAATTGAAc > 3:522823/1‑138 (MQ=255)
tttGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGc < 5:453072/140‑1 (MQ=255)
gacTTCAGCGTCGAACGCCGTGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAg < 4:418290/136‑1 (MQ=255)
gCCTTCCGCGTCGAACGCCTGGGCAATAGCCGGGCCGCGTTTTTCTATCTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGc < 2:20658/140‑1 (MQ=255)
gCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTTTTTCGCGTTCCGGTTTCGCCGCCGGCAGGTTAGCGACGTTAAGCGCCAGCCGACGCGGAGCAGCAAACCATTGCACGGTGCCGTGTGCGAGGc > 1:582816/1‑140 (MQ=255)
gCCTTCAGCGGCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGCACCGGTGGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGc < 7:68252/140‑1 (MQ=255)
gCCTTCAGCGGCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGc < 8:79743/140‑1 (MQ=255)
gCCTTCAGCGGCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGAGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGc < 2:351110/140‑1 (MQ=255)
ccgCGTCGAACGCCTGGGCAATCGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAg < 4:326499/136‑1 (MQ=255)
cAGCGTCGAACGCCTGTGAAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAg < 3:294556/138‑1 (MQ=255)
cAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGCTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTATCGACTTTCCTCGCCAGTCGACGCGGGGCAGCAAACCATTGAAAGGTGCAGTGTGGGAGGCCAGCg > 2:310133/1‑140 (MQ=255)
cAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCGCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCg < 2:428349/140‑1 (MQ=255)
gCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGGTTTTCTATTTCGCGCTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGCCATTCAGCGCCACCCGCCCCGGAGCAGCCAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCggt > 7:8985/1‑138 (MQ=255)
cGCCTTGTCAAGAGCCGGGCCGCTGTTTTCTATAGCTCGATCAGGTTTCGCCTCCGCCAGTGTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGCCGCAGCAATCCATTGAACGGTGCCGTGTGCGTGGCCAGCGTTATACatcg < 6:416292/140‑4 (MQ=255)
cGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCt < 1:473045/140‑1 (MQ=255)
cGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGGTAGCGACTTTCCGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAg < 3:489289/138‑1 (MQ=255)
cTGGGCAATTGCGGGGCGGCGGTTTTCTATTTCGCGATCCGGTGGCGCCTCGGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGTCGCGGAGCAGCAAACCATTGATCGGTGCCGTGTGCGAGGGCAGCGTTATCCAGCTCCg < 8:357079/140‑1 (MQ=255)
cAATTGCCGGGCCGCGTGTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGCCTTTCAGCGCCAGCCGACGCGGAGCAGCCCACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGCGGCCAGCGGTTTCCAGCGCGGCAg > 3:127595/1‑138 (MQ=255)
ttGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGacgacg < 7:331515/76‑1 (MQ=255)
ttGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGacgacg > 8:331515/1‑76 (MQ=255)
ttGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTAGCGATCCGGTTGCGCCTCCGGCAGGTTAGCGACTTTCAGCGGCAGACGCCGCGGAGCAGCAAAACATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCATCTCCGCAGGAAAg > 8:8664/1‑140 (MQ=255)
ttGCCGGGCCGCGTTTTTATATTTCGCGATCCGGTTTCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACGTTAAGCGCCAGTCGACCCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGGGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCGGTAAAg > 5:108609/1‑140 (MQ=255)
gCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGCTCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAg > 4:257756/1‑138 (MQ=255)
gCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGGTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGtt < 8:255310/140‑1 (MQ=255)
ggggCCGCGTGTTTCTATTGCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCg < 8:214210/139‑1 (MQ=255)
cGGTCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCTCCAGTTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGtt < 4:515328/138‑1 (MQ=255)
cGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCg < 2:193549/140‑1 (MQ=255)
cGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCg < 1:378963/140‑1 (MQ=255)
cGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCg < 5:351520/140‑1 (MQ=255)
cgcgTTTTTCTATTTCTCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGAAGACGCTGAGCAGCAAACCATTGACCGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCgcagca < 7:524773/140‑1 (MQ=255)
cgcgTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCgcagca < 7:469223/140‑1 (MQ=255)
gcgTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCgcagc < 4:128958/138‑1 (MQ=255)
|
CCATTCGCCTTTATCGGTAGTCAGACGCTCAGCCTGGTCAACGGTAATACCGCAACCACGCGCCCAACCTTCTGCCGCTTTGCTCGGTTTGCCTTCAGCGTCGAACGCCTGGGCAATTGCCGGGCCGCGTTTTTCTATTTCGCGATCCGGTTGCGCCTCCGCCAGGTTAGCGACTTTCAGCGCCAGACGACGCGGAGCAGCAAACCATTGAACGGTGCCGTGTGCGAGGCCAGCGTTATCCAGCTCCGCAGTAAAGTTCGCAGCA > NZ_CP022686/2470293‑2470557
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
