Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F121 I0 R1
|
856 |
273.6 |
9081716 |
94.1% |
8545894 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
235,022 |
G→T |
25.4% |
H68N (CAT→AAT) |
ykfM ← |
lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 235,022 | 0 | G | T | 25.4%
| 252.5
/ 21.9
| 152 | H68N (CAT→AAT) | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (83/22); new base T (10/36); total (94/58) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.54e-11 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
TCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATA > CP009273/234873‑235171
|
ccTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGa > 2:4433765/1‑150 (MQ=255)
tgtgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAat > 2:3207520/1‑150 (MQ=255)
tgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAatat < 2:2377666/150‑1 (MQ=255)
gACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATAtt < 2:1282056/150‑1 (MQ=255)
gACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATAtt < 2:1282234/150‑1 (MQ=255)
cAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTa > 1:3013208/1‑150 (MQ=255)
aaaaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTaa < 2:3287034/150‑1 (MQ=255)
aaaaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTaa < 2:3210523/150‑1 (MQ=255)
aaaaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAAATACAAGAATAATTaa > 1:1375710/1‑150 (MQ=255)
aaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATTAATATTTaaaa > 2:3135837/1‑150 (MQ=255)
ggAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAAGAATGATTTTATTATATTAAGTAAAATTAAAAGAATATTTaaaaat > 1:3894124/1‑149 (MQ=255)
ggAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAAATAAAAGAATATTTaaaaat > 1:1349656/1‑149 (MQ=255)
gAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAgg < 2:1428363/150‑1 (MQ=255)
aGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAATGa > 2:3637147/1‑150 (MQ=255)
tATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAATGaaaa > 1:1056392/1‑150 (MQ=255)
aTTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAAc < 1:2259560/150‑1 (MQ=255)
ttAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAATGaaaaag > 2:2823079/1‑148 (MQ=255)
aaGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAATTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGATTGATTTTATTATCGTAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACa < 2:2039927/150‑1 (MQ=255)
ggTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTTATTATGATTTTATTATAGTTATTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGTTAAAAGACaag > 1:2026143/1‑148 (MQ=255)
cTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGaaaa > 2:4350460/1‑149 (MQ=255)
tATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAATTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAcc > 2:3297022/1‑150 (MQ=255)
ttACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGa > 2:1812275/1‑150 (MQ=255)
tACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACAAGAAACCGaa > 1:3389193/1‑150 (MQ=255)
cGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAATAATTAATTTATTAAACTAAGTAAAAATACAATAATATTTAAAAAAGAAAAAGACAAGAAAACGaacc > 1:4322046/1‑148 (MQ=255)
atatattatTAAAATTATAAGATTTAGTTGTATTTTTTTGTCTGTGTCTAATTTGACTACATTCGTTTTTTTGATTAAGAATTTTTTTTTTATCGTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAg < 2:3550850/147‑1 (MQ=255)
cTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAAGAATGATTTTATTATAGTTAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAATGAAAAAGACATGAAAACGAATCACAGaa > 1:1347821/1‑150 (MQ=255)
cTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATCGTAATTAAAATTAAATGAAAATTTAAAAATGAAAACGACATGAAACCGAAGAACACaa > 1:4436739/1‑150 (MQ=255)
attattAAAAATTTATGAGTTAGCTTTATTGTTATGTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAATATTGTTTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATTAATATTTAAAATGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATc < 2:586943/150‑1 (MQ=255)
ttattaAAAATATAAGAGTTTGCTGTTTTTTTTTGTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAAGATTGATTTTTTTATGTTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCa < 2:2896735/150‑1 (MQ=255)
aGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAAATACAATAATAATTAAAAATTAAAAAGACAAGAAAACCAACCACAGAAACaaa > 1:3179650/1‑149 (MQ=255)
aaaatTATAAGTGTTAGTTTTTTTGTTTTGTGTGTGGCTAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAATATTTTTTTTATTTTCTTAATTAAAATTACTTTATTATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACAtt < 1:2044947/150‑1 (MQ=255)
aaaaaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACAtt > 2:1610672/1‑150 (MQ=255)
aaaTATATGTGTTAGCTGTTTTGTTTGGTCTGTGGCTAAATTGACTCCCTTCTTTTTTTTTATTAAGATTTTTTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATTTTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATtct < 2:1552766/150‑1 (MQ=255)
aaaTATATCTGTTAGCTGTTTTTTTTTGTCTGTGGATAAATTCACTACCTTCTTTTTTTTTATAAATAATTATTTTATTATCGAATTAAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATtct < 2:3833495/150‑1 (MQ=255)
aaGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACAAGAAACCGAAGAACAGAAACAAAATTATCCAAta > 2:4227595/1‑149 (MQ=255)
aaGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAATTAAAATTACATGAATATTTAAAAATGAAAACGACATGAAAACGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATc > 2:4488860/1‑150 (MQ=255)
aaGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAATGAAAAAGACATGAAAACGAAGCACAGAATCAACAATATCCAATc > 2:3878982/1‑150 (MQ=255)
agagTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAATAAAGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATTAATATTTAAAAATGAAAAAGACATGAAAACCAAGCACACAATAAAAATTATCCAATCa > 1:4333967/1‑150 (MQ=255)
gCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACATGAAACCGAAGCACATAATCAACATAATCCAATCATAAAata > 2:3266026/1‑150 (MQ=255)
tttttGTTATGTTTGTGGCTAATTTGACTACCTTGTTTTTTTTTATTAATATTTATTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAATGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAttt < 1:2804496/147‑1 (MQ=255)
aTTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACAATCTCCAATCATAAAAAATTTcc > 2:3917528/1‑150 (MQ=255)
aTTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAATGAAAACGACATGAAAACGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTcc > 2:3917496/1‑150 (MQ=255)
ttGTTATGTCTGTGGATAAATTCAATACCTTAGTTTTTTTCATAAACAATTATTTTATTATCTAAATAAAAATTAAATTAATATTAAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCg < 1:1775472/150‑1 (MQ=255)
tttttGTCTGTGGACAATTTGACTACCTTCGTTTTTTTTATAAAGAATTTTTTTATTATCTTAATTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTg < 1:3759698/146‑1 (MQ=255)
gTTTTGTCTGTGGCTAAATTGACAACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAATTAAAATTAATTTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTg < 1:3759711/150‑1 (MQ=255)
tttgtgtgtgGACAATTTGAATACTTTCTTTTTTTTTTTTAACATTTTTTTTATTATCTAAATTAAAATTAATTTAATATTTAAAAAGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGa < 1:2297618/148‑1 (MQ=255)
tATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACAAGAATATTTAAAAATGAAAACGACAATAAAACGAAGCACAGAAACAACATTATCCAAAAAAAAAATATTTCAGTGGa > 2:4231762/1‑150 (MQ=255)
ttgtgggtgGCTAATTTGAATACATTCTTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCTTAATTAAATTTAAATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAg < 1:4147503/144‑1 (MQ=255)
atttCTGTGGCTAAATTGAATACCTTCTTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATCTTAATTAAATTTAAATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAg < 2:3240515/147‑1 (MQ=255)
gTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAAACATAAAATATTTCCGTGGAGCa > 2:889944/1‑150 (MQ=255)
cTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAtt > 2:1093686/1‑150 (MQ=255)
cTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAtt > 2:1093936/1‑150 (MQ=255)
tgtgGCTAATTTTACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAAAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATTAATATTTAAAATGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAttt < 1:2770335/150‑1 (MQ=255)
gtgGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAAAGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACCAGAAACCGAAGCACAGAATCAACAATATCCAAACAAAAAATATTTACGTGGAGCAattt > 1:1355799/1‑150 (MQ=255)
ggCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAATGAAAAAGACAATAAAACCAAGCACACAAACAAAAATCTCCAAAAATAAAAAATTTACGTGGAGGAtttttt > 1:3146376/1‑148 (MQ=255)
gctaaaTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTCTTATCGAAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttatt < 2:3130264/147‑1 (MQ=255)
cGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAAATATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATGAATAATTAAAAATTAAAAAGACAATAAACCGAAGCACAGAAAAAACAATATCCAATAAAAAAAAATTTGCGTGGGGCCATttatta > 1:2897357/1‑150 (MQ=255)
aatttGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTattatt < 2:3286990/147‑1 (MQ=255)
aaTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATAGTAATTAAAATTAAAAGAATATTTAAAAATGAAAACGAAAAGAAACCGAAACAAATAATCAAAATTCTCCAATAAAAAAAAATTTACGTGGAGCATTTTattattt > 1:2618739/1‑149 (MQ=255)
aaTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAATGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTACGTGGAGCATTTTattattt > 2:4526674/1‑149 (MQ=255)
aTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATTAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGa > 2:366769/1‑150 (MQ=255)
aCCTTCGTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATAGTAATTAAAATTACATTAATATTTAAAAATGAAAAAGAAATTAAAACCAATCACAGAAAAAAAAATATACAAACAAAAAATATATGAGTGGAGCAATTTTTTATTTtatatatt > 2:3221608/1‑148 (MQ=255)
aCCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAATTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAACGAAGCACAGAATAAAAATTCTCCAATAATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAAtatata > 2:2240001/1‑148 (MQ=255)
cTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAgg < 2:1845558/150‑1 (MQ=255)
ttCTTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGt < 2:548866/150‑1 (MQ=255)
tCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGtt > 2:4382587/1‑150 (MQ=255)
cttttttttGATTAATAATTATTTTATTATCTTAATTAAATTTACATGAATATTTAAAAAGTAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGttt < 1:1864867/148‑1 (MQ=255)
ttttttGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGTAAAAAGACATGAAACCTAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAAc > 1:1528370/1‑150 (MQ=255)
tttttGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACt > 1:2500576/1‑150 (MQ=255)
tttGATTAAGAATGATTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTcc < 1:2047279/150‑1 (MQ=255)
tGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCgg > 1:597137/1‑150 (MQ=255)
aTTAAGATTTATTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTa < 1:3965211/150‑1 (MQ=255)
aaGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaa > 1:705402/1‑150 (MQ=255)
aaGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaa > 1:1503680/1‑150 (MQ=255)
aaGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaa > 1:1503671/1‑150 (MQ=255)
aTGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAAcc > 2:2127955/1‑149 (MQ=255)
aTGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACa > 2:1721514/1‑150 (MQ=255)
aTGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACa > 2:1722308/1‑150 (MQ=255)
aTTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaag > 2:2843431/1‑150 (MQ=255)
ttttATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaaga > 2:1463278/1‑150 (MQ=255)
tttATTATCTTAATAAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaagaa < 1:3637147/150‑1 (MQ=255)
tttATTATCGTATGTAAAATTACATGAATTTTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaagaa < 2:1376671/150‑1 (MQ=255)
tttATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaagaa > 1:1962186/1‑150 (MQ=255)
ttattaTCTTAATTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaagaag < 2:2511823/150‑1 (MQ=255)
ttattaTCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaagaag > 2:4362144/1‑150 (MQ=255)
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TCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATA > CP009273/234873‑235171
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
