Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F247 I0 R1
|
1496 |
299.8 |
9582018 |
97.8% |
9371213 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
235,022 |
G→T |
16.1% |
H68N (CAT→AAT) |
ykfM ← |
lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 235,022 | 0 | G | T | 16.1%
| 412.6
/ 15.5
| 212 | H68N (CAT→AAT) | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (108/59); new base T (11/32); total (119/93) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-06 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
CCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAA > CP009273/234874‑235169
|
ccTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATg < 1:828366/149‑1 (MQ=255)
cTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑a > 1:2548620/1‑149 (MQ=255)
cTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATG‑a > 1:2718499/1‑149 (MQ=255)
tgtgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCGTAATTAAAATTAAATG‑aa > 1:1085093/1‑149 (MQ=255)
gtgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑Aat > 1:1877778/1‑149 (MQ=255)
tgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑Aata < 1:1885181/149‑1 (MQ=255)
aaaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTaa > 2:1889234/1‑149 (MQ=255)
aaaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTaa > 1:4210401/1‑149 (MQ=255)
aGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTaaaa < 1:1660222/149‑1 (MQ=255)
ggAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTaaaaa < 2:3694676/149‑1 (MQ=255)
aGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAgg < 2:2686717/149‑1 (MQ=255)
gCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATG‑TATATTTAAAAAGGa > 2:66666/1‑149 (MQ=255)
aTTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGaaaa < 1:1485633/149‑1 (MQ=255)
ttAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAAc < 2:1963539/149‑1 (MQ=255)
ttAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAAc < 1:2449309/149‑1 (MQ=255)
ttAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAAc < 1:2449379/149‑1 (MQ=255)
tAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGTTTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAATGaaaaag > 1:2630183/1‑147 (MQ=255)
tAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACg > 2:2497558/1‑149 (MQ=255)
aaaGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTGTTTTTGATTTATAAATATTTTATTTTAGTAAGTAAAAATAAAAG‑TAAATTTAAAAAGGAAAAAGa > 1:2812517/1‑149 (MQ=255)
aaGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAAAG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGAc > 1:1258230/1‑149 (MQ=255)
ggTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACAt > 2:2823422/1‑149 (MQ=255)
tATTAGTATAGCTATTAGTAAAAATATAAGTGTTAGTTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTTTTTAATATTTATTTTTTTATCTTAAGTAAATTTAAATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAc < 2:3804272/149‑1 (MQ=255)
tATTACGTTTGCTATTTGTAAAAATATAAGTGTTAGCTGTTTGGTTTTGTCTGGGGCGAATTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTATTAATGATTTTTTTATCGTAATTAAATTTACTTT‑AATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAAc < 2:4098879/149‑1 (MQ=255)
ttACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGTCTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCGTAATTAAAATTACATG‑AATATTTTAAAAGGAAAAAGACATGAAACCg > 1:2537368/1‑149 (MQ=255)
aCGATTGTTTTTTGTAAAAATATATGTGTTTGGTGTTTTGTTTTGTGTGTGGGGAATTTGACTACCTGCGTTTTTTTTTTTAATATTGTTTTTATTATGTTAATTAAATTTACATG‑AATATTTAAAATGTAAAACGACATGAAACCGaa < 2:918370/149‑1 (MQ=255)
aTAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATTTTTTTTTTTTAGTTATTAAAATTAAATT‑TATATTTTTTAATTTTAACTACATGAAACCGaggaa > 1:3813096/1‑145 (MQ=255)
aTAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTTAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGca > 1:3973791/1‑149 (MQ=255)
gCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAAGAATGATTTTATTATAGTAATTAAAAATACATG‑AATATTTAAAAATGAAAAAGACAAGAAAACGAAGCACAg > 1:540683/1‑149 (MQ=255)
gCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAATGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAg > 2:129776/1‑149 (MQ=255)
gCTACTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAg > 2:4330040/1‑149 (MQ=255)
cTATTATTAAAAATATAATAGTAAGCTTTATTGTTATGTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATT‑AATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGa < 1:384547/149‑1 (MQ=255)
tattatTAAAAATATAAGTGTTAGCTGTTTTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAATTTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGaa < 2:1173251/149‑1 (MQ=255)
aTTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATATTAAGTAAAATTAAATG‑AATATTTAAAAATTAAAACGACATTAAAACGAATAACAGaaa > 2:3309961/1‑148 (MQ=255)
aTTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAAt > 2:4715258/1‑149 (MQ=255)
aGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATG‑AATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCaa > 2:4610389/1‑149 (MQ=255)
tAAAAATATAAGTGTTAGCTGTATTTTTATGTCTGTGGCGAATTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATTATTTTATTATCTTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACa < 2:2375765/149‑1 (MQ=255)
tAAAAATATAAGTGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCTAAATTGAATACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACa < 2:2376158/149‑1 (MQ=255)
tAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAATGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACa > 2:608743/1‑149 (MQ=255)
aaaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATG‑AATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCCAAGCACACAATCAAAAtta > 1:2669703/1‑148 (MQ=255)
atatatGAGTTAGCTTTTTTGTTTTTTGTGTGGCTAATTTGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAAGAATGTTTTTATTATCTTATGTAAAATTA‑ATGTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATtctc < 1:3096657/149‑1 (MQ=255)
ataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACAATATCCa > 1:2244953/1‑149 (MQ=255)
agagTTAGCTTTATTTTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTGGTTTTTTTGATTAAGATTGATTTTATTTTCTTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATc < 2:2748509/149‑1 (MQ=255)
agagTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATc > 1:317323/1‑149 (MQ=255)
agagTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAACGAAGAACAGAATCAACATTCTCCAATc > 2:2567404/1‑149 (MQ=255)
agagTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACAATCTCCAATc > 1:2333019/1‑149 (MQ=255)
gagTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCa > 2:780334/1‑149 (MQ=255)
gagTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTATCCAAtaa > 2:255854/1‑147 (MQ=255)
gTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATa > 2:313538/1‑149 (MQ=255)
ttAGCTTTATTTTTTTTTCTGTGGCTAATTTGACTACATTCTTTTTTTTGATTAATATTGATTTTTTTATTTTAATTAAATTTAAATT‑ATTATTTAAAATGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATaa < 1:1000264/149‑1 (MQ=255)
aGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATG‑AATATTTAAAAATGTAAAAGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAAAAATATCCAATCATaaaa > 1:106422/1‑149 (MQ=255)
aGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATaaaa < 2:1562788/149‑1 (MQ=255)
tGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAatat < 2:370468/149‑1 (MQ=255)
tGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAatat > 2:4140896/1‑149 (MQ=255)
tGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAatat > 2:1109742/1‑149 (MQ=255)
tGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAaaat > 2:4490294/1‑149 (MQ=255)
tGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAACGAAGCACATAATCAACATTCTCCAATCATAAAatat > 2:3567582/1‑149 (MQ=255)
tGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACAAG‑AATATTTAAAAAGGAAAAAGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAAACAAAAAatat > 2:2072908/1‑149 (MQ=255)
tGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATT‑AATATTTAAAAAGGAAAAAGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCAAAAAatat > 2:4489852/1‑149 (MQ=255)
ttttttttATGTGTGTGGCTAATTTTACTACCTTTTTTTTTTTTATTAATAATTTTTTTTTTATCTTAATTAAAATTAAATT‑AATATTTAAAATGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAtt < 1:972630/143‑1 (MQ=255)
gttttGTTATGTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATT‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAtt < 2:3784874/146‑1 (MQ=255)
gTTATTTCTGTGCCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATGATTTTAATATCGTAAATAAAATTACAGT‑AATATTTAAAAAGGAAAAACACATTAAAACGAAGCACAGAATCAACAATATACAATAAAAAAataaatactt > 2:581401/1‑142 (MQ=255)
tttgtgtgGGGCTAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGATTTTTTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATG‑AATATTTAAAATGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTgg < 1:290516/147‑1 (MQ=255)
tATGTCTGTGGAGAATTTGAATACCTTCTTTTTTTTTATTAAGAATTTTTTTATTATCGTAATTAAAATTAAATT‑AATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTgg < 1:2600867/149‑1 (MQ=255)
cTGTGGCTAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAATAATGATTTTTTTATCTTAATTAAATTTAAATT‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAt < 1:4686782/149‑1 (MQ=255)
gctaaaTTTACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATT‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttat < 2:626013/146‑1 (MQ=255)
taaaTTTAATACCTTCTTTTTTTTTATTAATAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATT‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttatta < 2:3410908/148‑1 (MQ=255)
gAAATTCACTACCTTCTTTTTTTTTATTAATAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATT‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttatta < 1:3300818/149‑1 (MQ=255)
atttGACTAACTTGTTTTTTTTTATTAATAATTTTTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATG‑AATATTTAAAATGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTattatt < 2:478782/147‑1 (MQ=255)
aaTTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATTTTTTTATTATCTTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTattatt < 2:115350/149‑1 (MQ=255)
aaTTGACTAACTTCTTTTTTTTTATAAATAATTATTTTATTATAGTAATTAAAATTAAATC‑AATATTAAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTattatt < 2:2973435/149‑1 (MQ=255)
aTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAACGAAGCACAGAATCAACAATCTACAATAATAAAATATTTACGTGGAGCATTTTATTTTTg > 2:4495489/1‑149 (MQ=255)
aTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAACTAAAAATAAATG‑AAAATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAACGAAGCACAGAATCAACAATCTCCAATCATAAAATATTTACCTGGAGCAGTTTATTATTg > 2:2097581/1‑149 (MQ=255)
ttGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATT‑AATATTTAAAAATGAAAAAGACATGAAACCGAAGCACAGAATAAACAATCTACAATAATAAAATATTTAAGTGGAGCAATTTattattta > 2:477673/1‑147 (MQ=255)
ttGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGa > 2:2727586/1‑149 (MQ=255)
aCCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAACGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAAAAATTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATag > 2:259460/1‑149 (MQ=255)
cTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATagag < 2:3918461/149‑1 (MQ=255)
cGTTTTTTTGATTATGATTGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGtt < 2:1414066/149‑1 (MQ=255)
cGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGtt < 2:1122197/149‑1 (MQ=255)
atttttttttttttATAATTTTTTTATTATCTTAAATAAAATAAAATT‑AATTTTTAAAATGTAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGtt < 1:1665939/147‑1 (MQ=255)
gTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGttt > 2:3957625/1‑149 (MQ=255)
tttaTTAATAATTTTTTTATTATATTAATAAAAATTAAATT‑AATATTAAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTcc < 1:2497558/146‑1 (MQ=255)
ttAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTa > 1:4096601/1‑149 (MQ=255)
ttAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTa < 2:794337/149‑1 (MQ=255)
aaTGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaaa > 1:939863/1‑149 (MQ=255)
aTGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACATAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAAc > 2:3036854/1‑149 (MQ=255)
tGATTTTATTATCGTAATTAAAATTAAATT‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACa < 2:49300/149‑1 (MQ=255)
ttttATTATCGTATGTAATATTAAATG‑ATTATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaag < 2:4347328/149‑1 (MQ=255)
ttttATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaag > 2:175481/1‑149 (MQ=255)
tttATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaaga > 1:3520890/1‑149 (MQ=255)
tattatCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaagaag > 2:858483/1‑149 (MQ=255)
attatCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGc > 1:3931330/1‑149 (MQ=255)
ttttgttaattaaATTTACATT‑AATTTTTAAAATGTAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCa < 1:3730722/143‑1 (MQ=255)
atCTTAATTAAAATTACATT‑AATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCAtt < 1:2366792/149‑1 (MQ=255)
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aTTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGaa > 1:3435714/1‑149 (MQ=255)
cATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAaat > 1:1700561/1‑149 (MQ=255)
tG‑AATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAaataa < 2:4629760/149‑1 (MQ=255)
|
CCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATG‑AATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAA > CP009273/234874‑235169
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
