Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F361 I0 R1
|
1353 |
250.7 |
8230166 |
96.0% |
7900959 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
235,022 |
G→T |
14.5% |
H68N (CAT→AAT) |
ykfM ← |
lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 235,022 | 0 | G | T | 14.5%
| 455.3
/ 10.1
| 208 | H68N (CAT→AAT) | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (119/48); new base T (10/30); total (129/79) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.16e-07 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
CCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAA > CP009273/234874‑235166
|
ccTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATg > 2:3899055/1‑149 (MQ=255)
tgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAata < 2:1628683/149‑1 (MQ=255)
tgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAata > 1:298013/1‑149 (MQ=255)
gACCAAAGGAGCTACTAAAGGAGCTATTCCGAGAGCTATTAGTAAAAATATAAGCGTGAGCTGTATTGTTAGGTCTGTGGCGAAAGTGACTACCCTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAatat < 2:3115785/149‑1 (MQ=255)
aCAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATAtt < 2:3034068/149‑1 (MQ=255)
aaaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTaa < 2:2461350/149‑1 (MQ=255)
aGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATTAATATTTaaaa > 1:3689687/1‑149 (MQ=255)
gAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAg < 2:798079/149‑1 (MQ=255)
tcTATTAAAGGTGATATTACTATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTATCTGTATTTTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGa < 2:3918610/148‑1 (MQ=255)
gCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAATGa > 2:148404/1‑149 (MQ=255)
gCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGa < 1:1491457/149‑1 (MQ=255)
cTATTAAAGGTGATATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGaa < 2:2166045/149‑1 (MQ=255)
ttAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAAc < 2:2959286/149‑1 (MQ=255)
ttAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAAc < 2:1590608/149‑1 (MQ=255)
ttAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAAc < 2:1854411/149‑1 (MQ=255)
aaaGGTGCTATTACTATATCAATTAGTAAAAATATAAGATTTAGGTTTTTTGTTTTTTCTGTGGCGAAATTGACTCCTTTCTT‑TTTTTTTATTAATATTTTTTTTTTTTTCGTATTTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGa < 1:103289/149‑1 (MQ=255)
aaGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGAc > 2:2402167/1‑149 (MQ=255)
aTTACGATAGCTATTAGAAAAAATATAAGAGTTAGCTTTATTGTTATGTCTGTGGCTAAATTGACTACATTCTT‑TTTTTTGATTAACAATTATTTTATTATCGTAACTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAcc < 2:3559306/149‑1 (MQ=255)
ttACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAACg > 1:2673285/1‑149 (MQ=255)
aCGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGaa > 2:3873238/1‑149 (MQ=255)
aTAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTTATTAATAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACAAGAAACCGAAGca > 2:1796772/1‑149 (MQ=255)
aTAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGca < 2:3406893/149‑1 (MQ=255)
tAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGcac > 2:2291756/1‑149 (MQ=255)
tggttttAGAAAAAATATAAGAGTTAGCTTTATTGTTATGTATGTGGCTAAATTTAATACCTTCTT‑TTTTTTGATTAAGATTTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGcaca < 2:3188148/144‑1 (MQ=255)
gCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAAAGAATATTTAAAAATGAAAACCACAAGAAAACGAAGCACAg > 1:1249005/1‑149 (MQ=255)
gCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACAATAAACCGAAGCACAg > 2:2095091/1‑149 (MQ=255)
tATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAAATACATGAATATTTAAAAATGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGaa > 2:693104/1‑149 (MQ=255)
attataaaaaaTATAAGATTTTGCTTTTTTTTTTTGTGTGTGGCTAATTTTACTACCTTCTT‑TTTTTTTATTAATATTTATTTTTTTATCTTAATTAAAATTAATTGATTTTTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAAt < 1:1997511/143‑1 (MQ=255)
aTTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAAt > 2:213382/1‑149 (MQ=255)
ttAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATAAAGAATTATTTTAATATCGTAAGTTAAATTAAAATAATATTTAAAAAGGAAAAAGAAATTAAACCCaagaaaagaaaa > 2:492999/1‑147 (MQ=255)
tataaaaaaTATAATAGTTAGGTTTTTTTTTTTGTGTGTGGCTAATTTTACTACCTTATT‑TTTTTTTATTAATATTTTTTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATTATTATTAAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCa < 1:3519286/145‑1 (MQ=255)
aaaaaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGGAGCACAGAAACAACAt > 1:3750907/1‑149 (MQ=255)
atatAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATtatc > 2:2617450/1‑149 (MQ=255)
tataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTATcc > 2:2816984/1‑149 (MQ=255)
aaGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTTGTTAAGAATTATTTTTTTATAGTAATTAAAAATAAATTAATATTTAAAAATGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAAACAACATACTCCaaa > 1:3895713/1‑148 (MQ=255)
aaGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAAAATTCTCCAAt > 2:3153002/1‑149 (MQ=255)
ttcgCTTTATTGTTAGGTCGGGGGCTAAATTGACTACCTTCTT‑TTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATaa < 1:3728434/146‑1 (MQ=255)
gCTTTATTTTTTTTTCTGTGGCTAATTTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAATAATTATTTTATTATCTTAATTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAat < 2:2240484/149‑1 (MQ=255)
gCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAat > 2:3348333/1‑149 (MQ=255)
tGTATTTTTTTGTGTGGGGCTAAATTTACTACATTCTT‑TTTTTTGTTTAATATTTTTTTTATTTTCTTAATTAAAATTACATTAATATTTAAAATGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAatat < 2:2789536/149‑1 (MQ=255)
tATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAttt > 2:2000537/1‑149 (MQ=255)
aTTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAATGAAAAAGACATGAAAACGAAGCACAGAATAAACAATCTCCAATCATAAAATAttta > 1:667267/1‑148 (MQ=255)
aTGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTGTTTTTTGTTTAGGAAT‑TTTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAAATAATATTTAAAAATGAAAAAAACATAAAAACCAACCACACAAACAAAACTATCCAAACAAAAAAAAtttaactgga > 1:3099481/1‑142 (MQ=255)
tGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTACGTGGAg > 2:2835392/1‑149 (MQ=255)
tGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACATGAAAACGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATAATAAAATATTTCCGTGGAg > 2:3638644/1‑149 (MQ=255)
tgtgGCGAATTTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAATATTGTTTTTTTTTTTTTAAGTAAAATTAATTTAATTTTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAtt < 1:1274968/149‑1 (MQ=255)
gtgGCTAATTTTACTCCCTTGTT‑TTTTTTTATTAAAAATTTTTTTATTATCTTAATAAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAttt < 1:1088137/149‑1 (MQ=255)
aaaTTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTtattat > 2:868772/1‑149 (MQ=255)
aaaTTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATAATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttatttt > 2:2928623/1‑147 (MQ=255)
aaTTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGTTTAAGAAATATTTTATTTTGGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAATGAAAACGACAAGAAACCCAAGCACACAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTGCGTGGTGGAtttttttttt > 2:1757352/1‑149 (MQ=255)
tttaCTACCTTGTT‑TTTTTTTATTAATAATGATTTTATTATCTTAATTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGa < 1:2163011/146‑1 (MQ=255)
ttcacaaCCTTCTT‑TTTTTTTATAAACAATTATTTTATTATCTAAATAAAAATAAAATCAAAATTAAAAAAGCAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGa < 1:1756189/143‑1 (MQ=255)
ttGACTACCTTCGT‑TTTTTTTATTAATAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAAATACATGAATAATTAAAAAGGAAAAAGACATGTAAACGAAGCACAGAATCAAAATTCTCCAATCATAAAATATTTACGTGGAGCATTTTattattta > 2:1198427/1‑147 (MQ=255)
aCTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAATAATTATTTTATTATAGTAAATAAAATTAAAATAATATTTAAAAATGAAAAAAAAAAGAAACCCAAGCAAAAAAAAAAAAATAACCAAAAATAAAAAAATTAACTGGAGGATTTTattattttaaa > 1:3312675/1‑144 (MQ=255)
cTACCTTCGT‑TTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAatat < 2:680858/149‑1 (MQ=255)
cTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGTATATagag > 1:1889293/1‑149 (MQ=255)
t‑ttttttGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTa > 1:2789534/1‑149 (MQ=255)
t‑ttttttGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTa > 1:321385/1‑149 (MQ=255)
ttttttTATTAATAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTaa < 2:1249074/149‑1 (MQ=255)
ttttttATTAATAATTATTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAAc < 1:4052246/149‑1 (MQ=255)
ttttttATTAACAATTATTTTATTATCTAAATTAAAATAAAATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAAc < 1:989183/149‑1 (MQ=255)
ttttGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGACTATAGAGGTTTAACt > 2:271466/1‑149 (MQ=255)
tttGATTAAGAATGATTTTAATATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAATGAAAACGACATGAAAACGAAGCACAGAATCAACATACTCCAATCATAAAATATTTCATTGGAGCATTATATTATTGAATATAGAGGTTTAACTc > 1:1574111/1‑149 (MQ=255)
tttaTTAATAATTATTTTATTATCGTAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTcc < 1:3352103/146‑1 (MQ=255)
tttaTTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTcc < 2:298013/146‑1 (MQ=255)
tGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCg > 1:2513757/1‑149 (MQ=255)
aTTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGt > 2:1809218/1‑149 (MQ=255)
ttAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTa > 1:1694718/1‑149 (MQ=255)
ataaTGATTTTATTATCGTAATTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaa < 2:3949190/147‑1 (MQ=255)
aGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATCGAGGTTTAACTCCGGTaaaa > 2:3372759/1‑149 (MQ=255)
aGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaa > 1:529498/1‑149 (MQ=255)
gAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaa > 1:1055058/1‑149 (MQ=255)
gAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaa > 1:3670469/1‑149 (MQ=255)
aaTGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAAAATTAACGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaaa > 2:202340/1‑149 (MQ=255)
aTGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTCAAAAAc > 2:3314640/1‑149 (MQ=255)
aTGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAAc > 2:2665386/1‑149 (MQ=255)
aTGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAAc > 2:3652017/1‑149 (MQ=255)
aTGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAAc > 1:240176/1‑149 (MQ=255)
gATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACaa < 2:1248899/149‑1 (MQ=255)
aTTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACaaa > 1:1150449/1‑149 (MQ=255)
ttttATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaag > 2:160450/1‑149 (MQ=255)
tttATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaaga > 2:2626129/1‑149 (MQ=255)
ttattaTCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaagaa > 2:3740715/1‑149 (MQ=255)
attatCGTATTTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGc < 1:2642747/149‑1 (MQ=255)
attatCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTCAAAAACAAAGAAGc > 2:4100862/1‑149 (MQ=255)
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CCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGT‑TTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAA > CP009273/234874‑235166
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
