Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F368 I0 R1
|
1472 |
214.4 |
7116750 |
95.9% |
6824963 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
235,022 |
G→T |
22.1% |
H68N (CAT→AAT) |
ykfM ← |
lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 235,022 | 0 | G | T | 22.1%
| 359.6
/ 22.1
| 199 | H68N (CAT→AAT) | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (90/54); new base T (4/47); total (94/105) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.12e-12 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
CTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAA > CP009273/234875‑235169
|
tgtgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAATAATTATTTTATTATATTAATTAAAA‑TTACATGa > 1:591421/1‑148 (MQ=255)
tgtgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGa < 2:2110127/148‑1 (MQ=255)
tgtgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGa < 2:1804371/148‑1 (MQ=255)
tgtgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAATTAAAA‑TTACATGa > 2:1295594/1‑148 (MQ=255)
tgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGAat < 1:2639584/148‑1 (MQ=255)
gACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGAata < 1:1582691/148‑1 (MQ=255)
aCAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGAatat < 1:645550/148‑1 (MQ=255)
aaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAA‑TTAAATGAATATTTaa > 1:1269561/1‑148 (MQ=255)
aaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGAATATTTaa > 2:1033455/1‑148 (MQ=255)
ggAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGAATATTTaaaa > 2:1647069/1‑148 (MQ=255)
cTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAATGa > 2:2272436/1‑148 (MQ=255)
tATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAA‑TTAAATGAATATTTAAAAAGGaa > 1:3446218/1‑148 (MQ=255)
aTTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGGaaa < 2:773315/148‑1 (MQ=255)
tAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTGTTTTTTATTTAGAATGATTTTTTTTTAGTAATTAAAA‑TTAAATGAAAATTTAAAAAAGaaaaa > 1:637929/1‑147 (MQ=255)
aaaGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAAAGATTTTTTTATAGTAAGTAAAA‑TTACAATAATATTTAAAAAGGaaaaag > 2:2697141/1‑146 (MQ=255)
aaaGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACg > 2:2545102/1‑148 (MQ=255)
aaaGGTGATATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACg < 1:2022094/148‑1 (MQ=255)
atggTGCTATTACGATAGATATTATTAAAAATATAAGAGTTAGCTTTATTGTTATGTCTGTGGCTAAATTTACTACATTCGTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATCTTAAGTAAAA‑TTAAATTAATATTTAAAAAGTAAAACGa < 2:2409595/146‑1 (MQ=255)
gTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACAt > 2:3372293/1‑148 (MQ=255)
cttttACTATTGATATTATTAAAAATATAAGAGTTAGCTTTTTTTTTTTGTCTGTGGCTAATTTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCTTAAGTAAAA‑TTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGaa < 2:2843190/145‑1 (MQ=255)
tATTACTATAGATATTAGTAAAAATATAAGTTTTAGCTTTATTTTTATGTCTGTGGCTAATTTGAATACATTCTTTTTTTTTATTAATATTGATTTTATTATCTTAAGTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGaaa < 2:2520977/148‑1 (MQ=255)
aTTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCGTAATTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAc > 1:3261015/1‑148 (MQ=255)
aTTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTAAATGAAAATTTAAAAATGAAAACGACAAGAAAc > 1:2259425/1‑148 (MQ=255)
actaTAGATATTATTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTTTGTCTGTGGCTAATTTGACTACATTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAATTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAATGGAAAACGACATGAAACCGa < 2:1103628/145‑1 (MQ=255)
gATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAg < 2:832217/148‑1 (MQ=255)
aTAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACAAGAAACCGAAGc > 2:3006407/1‑148 (MQ=255)
agatattatTAAAAATATATGTTTTTGCTTTATTGTTTTGTTTGTGGCTAAATTGACTACCTTGGTTTTTTTTATTAAGATTTTTTTTTTTATCTTAATTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGcac < 2:363106/145‑1 (MQ=255)
aTTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTTTTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGaa < 2:589515/148‑1 (MQ=255)
ttataaaaaaTATAATTGTTTGGTTTTTTTTTTTGTGTGGGGCTAATTTGACCACGTTGTTTTTTTTTATTAATATTTTTTTTTTTATCTTAATTAAAT‑TAAATTTAATATTAAAAATGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAAt < 1:722715/143‑1 (MQ=255)
aaaaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGCTTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAATGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAAAATCAACAt > 1:3143448/1‑148 (MQ=255)
tataAGCTTTAGCTTTATTTTTTTTTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCTTAATTAAAA‑TTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATtctc < 2:2873839/148‑1 (MQ=255)
tataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAA‑TTACATGAAAATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACCTtctc > 2:1389142/1‑148 (MQ=255)
ataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAAGAATGATTTTATTTTAGGAAGTAAAA‑TTAAAGGAATAATTTAAAATTCAAAAGACATTAAACCCAACAACACAAAAAACAATCTcc > 1:1953005/1‑148 (MQ=255)
ataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTATcc > 2:1434702/1‑148 (MQ=255)
taAGAGTTCGGTGTTTTTTTTTGTCTGTGGCTAATTTGAATACCTTGTTTTTTTTTATTAATATTTATTTTTTTATCGTAATTAAAA‑TTAAATTAATTTTAAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCa < 1:102394/148‑1 (MQ=255)
taAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAAATATTTTTTTTTAGTAAGTAAAA‑TTAAATGAATATTTAAAAAGGTAAACCACAATAAAACGCAACACACAAACAACAAtcaaca > 1:1357853/1‑144 (MQ=255)
agatTTAGGTGTATTTTTTTGTCTGTGGCGAATTTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAACAATTTTTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAAt < 1:1459483/148‑1 (MQ=255)
gagTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATc > 2:298409/1‑148 (MQ=255)
tAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGAATAATTAAAAAGGAAAAAGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAAAATTATCCAATCATaa > 2:2623546/1‑148 (MQ=255)
ttttGTTTTGTCTGTGGCTAAATTGAATACCTTCTTTTTTTTTATTAATATTTATTTTATTATCTTAATTAAAT‑TTAAATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAtt < 2:1244723/146‑1 (MQ=255)
tATTTTAATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTAGTTTTCTTTATTAAGAATGATTTTATTATCGTAATTAAAA‑TTAAATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAtt < 2:1947965/148‑1 (MQ=255)
tATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAtt < 2:2203933/148‑1 (MQ=255)
tATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGAAAATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGAACACAATCAACATTCTACAATAATAAAATAtt > 2:3111862/1‑148 (MQ=255)
tttGTTATGTCTGTGTATAAATTGACTAACTTCTTTTTTTTTATTAATATTGATTTTATTATCTTAATTAAAT‑TTACATTATTATTTAAAATGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAttt < 1:3479377/147‑1 (MQ=255)
aTTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAAGTATGTTTTTATTATAGTTAGTAAAA‑TTAAATGAATATTTAAAAATGAAAAAAACATGAAACCCAAGCACAAAATAAACAATCTCCAATAAAAAAaaatat > 1:963817/1‑146 (MQ=255)
aTTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGTATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGCAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAttt > 2:2190934/1‑148 (MQ=255)
gTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAATAATGATTTTATTATCTTAAGTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAg < 2:3430918/148‑1 (MQ=255)
gTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAACTAAAA‑ATACATGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACATGAAACCGAAGCACAGAAACAAAATTAACCAATCATAAAATATTTCCGTGGAg > 2:3301436/1‑148 (MQ=255)
ggtgGCTAAATTGACTACCTTTTTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATCTTAATTAAAA‑TTAAATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAt < 1:2532067/147‑1 (MQ=255)
tgccGAAATTGACTCCCTTCGTTTTTTTGATTAACAATGATTTTATTATCGTAACTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAttt < 2:719322/145‑1 (MQ=255)
ctaaaTTGAATACCTTGGTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATCTTAATAAAAA‑TTAAATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttat < 2:910202/146‑1 (MQ=255)
gAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATCTTAAGTAAAA‑TTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttatt < 2:431927/148‑1 (MQ=255)
aaaaTTCACTACCTTCTTTTTTTTTATAAAGATTCTTTTTATTATCTTAATTAAAT‑TTAAATAAATATTAAAAAAGAAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttatt < 1:2703711/147‑1 (MQ=255)
aaTTCACTACCTTTTTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATATTAACTAAAA‑TTACATTAATATTTAAAAAGCAACACGACATGAAACCGAAGAACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTtattat < 1:1295594/148‑1 (MQ=255)
aTTGAAGACCTTCGTTTTTTTTATTAATAATGATTTTATTATCTTAAGTAAAA‑TTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTattatt < 2:2438309/148‑1 (MQ=255)
ttaCTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATTTTTTTATTATCGTAATTAAAA‑TTAAATTAATATTAAAAAAGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGa < 1:2219857/146‑1 (MQ=255)
tcaCTACCTTCTTTTTTTTTATAAACAATTATTTTATTATCTTAATTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGTAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGa < 1:430410/146‑1 (MQ=255)
tGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAATATTTATTTTTTTATCTAAATAAAAA‑TTACATTAATATTAAAAAAGCAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGa < 1:1633974/148‑1 (MQ=255)
tttgtttttttttttTAATATTTATTTTTTTATCGTATTAAAAT‑TTACATCAATATTAAAAAAGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATaga < 1:1342309/143‑1 (MQ=255)
cttcttTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAT‑TTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATaga < 1:2618540/148‑1 (MQ=255)
cTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAATTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAATGAAAAAGACATGAAACCGAAGCACAGAATAAACAATCTCCAAAAAAAAAATATTTAAGTGGAGCATTTTATTATTGtatatata > 2:531217/1‑146 (MQ=255)
tcttttttttGATTAAGAATTATTTAATTATCGTAATTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAgg < 2:1882133/145‑1 (MQ=255)
tCGTTTTTTTTATTAACAATTTTTTTATTATCTTAATTAAAA‑TTACATCAATATAAAAAAAGCAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAgg < 1:1646131/148‑1 (MQ=255)
tCGTTTTTTTGATAAATAATTATTTTATTACCGTAAGTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAgg < 1:3503590/148‑1 (MQ=255)
ttttttGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTa > 2:1757566/1‑148 (MQ=255)
ttttTATTAATATTTATTTTATTATCTTAATAAAAA‑TTAAATTAATATTTAAAATGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAAc < 2:1546935/148‑1 (MQ=255)
tttaTTAATAATTTTTTTTTTTTGTTAATTAAAA‑TTAAATTAATATTTAAAAATTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTc < 1:48497/145‑1 (MQ=255)
ttAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGt > 1:864250/1‑148 (MQ=255)
tAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTa > 1:560050/1‑148 (MQ=255)
aGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaa > 2:2837347/1‑148 (MQ=255)
aatttttttATTATCTTAATTAAAT‑TTACATGATTATTTAAAAAGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaa < 1:1647110/143‑1 (MQ=255)
aaTTATCTTATTATCTTAATTAAAA‑TTAATTTAATTTTTAAAAAGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaa < 1:1684360/148‑1 (MQ=255)
aTGATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaaa > 1:2753383/1‑148 (MQ=255)
taTTTTATTATCTTAATTAAAA‑TAACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACa < 1:804548/147‑1 (MQ=255)
gATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACa > 1:1772369/1‑148 (MQ=255)
gATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACa > 2:1727705/1‑148 (MQ=255)
gATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACa > 1:3414358/1‑148 (MQ=255)
tttATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaag > 1:1770586/1‑148 (MQ=255)
tttATTATC‑TAAATAAAATTTACATTAATATTAAAAAAGCAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaag < 1:1894778/148‑1 (MQ=255)
tattatCGTAAGTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaagaa > 1:2140532/1‑148 (MQ=255)
tattatCGTAAGTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaagaa > 2:1764951/1‑148 (MQ=255)
attatCTTATTTAAAA‑TTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaagaag < 1:1683157/148‑1 (MQ=255)
attatCTAAATTAAAA‑TAAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaagaag < 1:1826004/148‑1 (MQ=255)
ttatCGTAAGTAAAA‑TTACTTGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGc < 2:1865046/148‑1 (MQ=255)
ttatCGTAAGAAAAA‑TTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGc < 1:2286703/148‑1 (MQ=255)
atCGTAAGTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCAt > 1:2973057/1‑148 (MQ=255)
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|
CTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAA‑TTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAA > CP009273/234875‑235169
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
