Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F212 I0 R1
|
246 |
122.0 |
6097616 |
93.1% |
5676880 |
99.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,469,656:1 |
(T)7→8 |
100% |
coding (526/1332 nt) |
gtrS → |
serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,469,649 | 1 | . | T | 93.4%
| 340.1
/ 16.9
| 106 | coding (519/1332 nt) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/4); new base T (34/65); total (37/69) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.93e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
AATGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACA > NC_000913/2469550‑2469743
|
tGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tt < 1:695806/100‑1 (MQ=255)
gCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTTTTGTATTTATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑ttt < 2:2643314/100‑1 (MQ=255)
gCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑ttt > 2:158635/1‑100 (MQ=255)
catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑tttt < 1:1880038/100‑2 (MQ=255)
catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑tttt < 2:547697/100‑2 (MQ=255)
catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑tttt > 1:970891/1‑99 (MQ=255)
tcatTCTATCAATATCAAATAGTTATAATTTTTCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑ttttc < 1:1003054/99‑3 (MQ=255)
tcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTACTA‑tttt‑tttttc > 1:2805160/1‑97 (MQ=255)
atTTTATCAATAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑ttttcgt < 1:2100936/99‑5 (MQ=255)
atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑tttttttt > 2:1748239/1‑95 (MQ=255)
atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑ttttcttt > 2:728082/1‑95 (MQ=255)
atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑ttttcgtt > 2:659105/1‑95 (MQ=255)
atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑ttttcgtt < 2:2895602/100‑6 (MQ=255)
atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGATA‑tttt‑ttttcgtt > 2:200101/1‑95 (MQ=255)
ttCTATAAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTg < 1:570793/100‑1 (MQ=255)
tCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGc < 1:2645534/100‑1 (MQ=255)
cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTTTTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCt < 1:14957/100‑1 (MQ=255)
cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCt < 2:2592418/100‑1 (MQ=255)
cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑ttttcgttt > 1:1214356/1‑92 (MQ=255)
aTCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCtaa > 2:302206/1‑100 (MQ=255)
tCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCtaat < 1:1635549/100‑1 (MQ=255)
cAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTT‑TTTCGTTGCtaataa > 1:2713125/1‑100 (MQ=255)
aaGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCtaataa > 2:1990375/1‑100 (MQ=255)
aaGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCtaataa < 2:203934/100‑1 (MQ=255)
agagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTACCATGCAAAAACAATAAATCTATAATTTTACTATTTTT‑TTTCGTTGCtaataa > 1:1400821/1‑99 (MQ=255)
agagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTaataat < 1:2497080/100‑1 (MQ=255)
agagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTaataat < 1:1199987/100‑1 (MQ=255)
agagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTaataat < 2:1931739/100‑1 (MQ=255)
gCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTTATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTTCTATTTTT‑TTTCGTTTCTAATATTATc > 2:24086/1‑100 (MQ=255)
gCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATc < 1:1686746/100‑1 (MQ=255)
gCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCt > 2:1609218/1‑100 (MQ=255)
aaTAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTAc < 1:575053/100‑1 (MQ=255)
aGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTTGTTTATTCATTAACATTCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGc < 1:1856806/100‑1 (MQ=255)
aGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGc < 1:985214/100‑1 (MQ=255)
aGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGc < 1:2191244/100‑1 (MQ=255)
gTTATAAATTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTAACTAACATGCAAAAACCATCAGTCAATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAAAAATAGCGACTGCt < 2:307201/100‑1 (MQ=255)
taATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTaaaa < 1:108220/100‑1 (MQ=255)
aaTTTTTCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAATAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTaaaaa < 1:583658/100‑1 (MQ=255)
aTTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAAt < 1:314242/100‑1 (MQ=255)
ttttCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATc < 1:1270249/100‑1 (MQ=255)
ttttCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATc < 1:1366260/100‑1 (MQ=255)
ttttCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTGTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATc < 1:583872/100‑1 (MQ=255)
tccttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAt < 2:1574681/100‑1 (MQ=255)
cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAttt > 2:1722553/1‑100 (MQ=255)
cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAttt > 2:2175897/1‑100 (MQ=255)
ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTTTTTTTTTTTTATATCTAATGCTACAAATCAAttt > 2:860580/1‑99 (MQ=255)
ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta < 2:869472/100‑1 (MQ=255)
ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta > 2:1590060/1‑100 (MQ=255)
cATTTTTGGTGTATTCATTAACATTCAAAAACAATAAATTTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTatat < 1:700690/100‑1 (MQ=255)
ttattGGTGTATTCATTAACATGCAAAAATAATATATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTa < 1:801771/97‑1 (MQ=255)
ttGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcc < 2:486735/100‑1 (MQ=255)
ttGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcc < 1:2683917/100‑1 (MQ=255)
tgttgtATTCATTAATATGAAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcc < 2:878151/96‑1 (MQ=255)
ggTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATACCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcccc < 1:256761/100‑1 (MQ=255)
ggaagcgaTTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCAc < 2:1752353/93‑1 (MQ=255)
tATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCTTTTCTAATAATATCTACTGCTAACAATCAATTTCTATTAACTCCAc > 2:2692803/1‑98 (MQ=255)
tATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACtn < 2:2453092/100‑2 (MQ=255)
tATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACt < 2:1360479/99‑1 (MQ=255)
aTTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTTGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTaa > 2:792700/1‑100 (MQ=255)
aTTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTaa > 1:2619490/1‑100 (MQ=255)
ttCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCTTTTTTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAAt > 2:1258961/1‑100 (MQ=255)
cATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAg < 1:1212574/100‑1 (MQ=255)
cATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAg < 2:2798004/100‑1 (MQ=255)
cATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAg > 1:1585003/1‑100 (MQ=255)
cATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAg < 1:326394/100‑1 (MQ=255)
cATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAg > 1:2877515/1‑100 (MQ=255)
ttAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGTTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAgtg < 1:956442/100‑1 (MQ=255)
ttAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAgtg < 2:74525/100‑1 (MQ=255)
ttAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAgtg < 2:670236/100‑1 (MQ=255)
ttAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAgtg < 1:1007383/100‑1 (MQ=255)
ttAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAgtg < 1:527589/100‑1 (MQ=255)
aaCATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTa < 2:2726408/100‑1 (MQ=255)
aCATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAgagatc > 2:2597165/1‑95 (MQ=255)
aCATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTAt > 2:926685/1‑100 (MQ=255)
tGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCa > 1:350332/1‑100 (MQ=255)
cAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCata > 1:2586894/1‑100 (MQ=255)
cAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCata > 1:71257/1‑100 (MQ=255)
cAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAACCCACTAATAGTGTATTCata > 1:2864601/1‑100 (MQ=255)
aaaaaCAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCata < 1:1871679/99‑1 (MQ=255)
naaCAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAAAAACTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAAACGTGTACTCata > 2:1387745/2‑97 (MQ=255)
aaTAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTCCTAAAAATCAATTTATATTAACACCACTAATAGTGTATTCatataatatt > 1:2787185/1‑100 (MQ=255)
aTAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAttt > 2:1746363/1‑100 (MQ=255)
tAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttt < 2:776460/100‑1 (MQ=255)
aaTCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttt < 2:474142/100‑1 (MQ=255)
tCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttt < 2:2376017/100‑1 (MQ=255)
tATGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTTAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTGTTTTTg < 2:424317/99‑1 (MQ=255)
tctcTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGAt < 1:1114939/97‑1 (MQ=255)
tGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATa < 2:1395422/100‑1 (MQ=255)
tGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATa < 1:1354007/100‑1 (MQ=255)
tGCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATa < 1:1353997/100‑1 (MQ=255)
gCTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAg > 1:1100636/1‑100 (MQ=255)
gCTTTTGCTA‑TTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAg > 2:1084785/1‑99 (MQ=255)
cTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGAt > 2:1114929/1‑97 (MQ=255)
cTTTTGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGa < 1:3013340/100‑1 (MQ=255)
ttttGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATTTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGac < 1:197611/100‑1 (MQ=255)
ttttGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGac < 2:2827774/100‑1 (MQ=255)
tttGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTTCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGaca < 1:1689517/100‑1 (MQ=255)
ttGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGacac < 2:388253/100‑1 (MQ=255)
tGCTATTTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTATCCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGacacc < 2:2279881/100‑2 (MQ=255)
tGCTA‑TTTTGTTTCGTTGCTAATAATATCTATTGATAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGAcaca < 2:1840425/100‑1 (MQ=255)
|
AATGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTT‑TTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACA > NC_000913/2469550‑2469743
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
