Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F142 I1 R1
|
99 |
64.8 |
3148104 |
96.3% |
3031624 |
99.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,469,656 |
(T)7→8 |
coding (526/1332 nt) |
gtrS → |
serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,469,649 | 1 | . | T | 97.1%
| 239.9
/ 0.3
| 69 | coding (519/1332 nt) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base T (31/36); total (33/36) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.25e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.79e-01 |
GTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACA > NC_000913/2469553‑2469743
|
gTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttt > 1:1186225/1‑100 (MQ=255)
tttGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑tttt < 2:995693/100‑1 (MQ=255)
atcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttttc < 2:1112199/100‑3 (MQ=255)
atcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttttc < 1:891620/100‑3 (MQ=255)
atcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttttc < 2:768559/100‑3 (MQ=255)
atcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttttc < 1:891605/100‑3 (MQ=255)
catTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttttcgt < 1:1260845/100‑5 (MQ=255)
atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttttcgtt < 2:712788/100‑6 (MQ=255)
ttCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTg < 1:594789/100‑1 (MQ=255)
cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCt < 2:1489684/100‑1 (MQ=255)
cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCt < 2:1128147/100‑1 (MQ=255)
cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCt > 2:1230993/1‑100 (MQ=255)
tATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCta > 1:130720/1‑100 (MQ=255)
tATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCta > 2:401627/1‑100 (MQ=255)
aTCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTCTGCTTTTGCTATTTTTTTTTCGTTGCta > 1:1388225/1‑100 (MQ=255)
aTCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCtaa > 1:60093/1‑100 (MQ=255)
aTCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttttttttttt > 2:945037/1‑90 (MQ=255)
cAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCtaata > 2:594406/1‑100 (MQ=255)
agagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTaataat < 1:1155931/100‑1 (MQ=255)
agagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTaataat < 2:504452/100‑1 (MQ=255)
agagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTaataat > 1:340324/1‑100 (MQ=255)
gagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAataata < 2:1046200/100‑1 (MQ=255)
aGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGc < 1:1344706/100‑1 (MQ=255)
gTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCt > 1:90747/1‑100 (MQ=255)
gTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCt > 2:1389785/1‑100 (MQ=255)
tataATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTTCTAATAATATCTACTGCTaa > 2:242788/1‑100 (MQ=255)
ccttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAtt < 2:1218249/100‑1 (MQ=255)
cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAttt > 1:340380/1‑100 (MQ=255)
ttccATTTTTTTTTTATTTATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAtttt > 2:661770/1‑99 (MQ=255)
ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta > 1:698432/1‑100 (MQ=255)
ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta < 2:280852/100‑1 (MQ=255)
ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta > 2:788202/1‑100 (MQ=255)
ccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtata < 2:1157384/100‑1 (MQ=255)
ccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtata < 1:641608/100‑1 (MQ=255)
cATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTatat < 1:1100796/100‑1 (MQ=255)
ttttGGTTTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTa < 1:1367527/99‑1 (MQ=255)
tttGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAc < 1:1231000/100‑1 (MQ=255)
ttGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcc < 2:624964/100‑1 (MQ=255)
tGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATAtttatc > 2:1145754/1‑94 (MQ=255)
ggTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTCAAAATCAATTTATATTAAcccc > 2:1047152/1‑100 (MQ=255)
ggTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcccc > 1:1138782/1‑100 (MQ=255)
ggTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAccc > 2:200999/1‑99 (MQ=255)
tgtATTCATTAATATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCAc < 2:1533801/100‑1 (MQ=255)
tgtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCAc < 1:401628/100‑1 (MQ=255)
tgtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCGTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCAc > 1:1107212/1‑100 (MQ=255)
gtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACt > 1:869450/1‑100 (MQ=255)
tCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATa < 1:1389795/100‑1 (MQ=255)
ttAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAgt > 1:755770/1‑99 (MQ=255)
aCATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTAt < 1:663786/100‑1 (MQ=255)
cATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTAtt < 2:1170018/100‑1 (MQ=255)
aTGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTc > 1:97541/1‑100 (MQ=255)
tGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTc > 2:419568/1‑99 (MQ=255)
tGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCa < 2:130720/100‑1 (MQ=255)
gCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCat > 1:543408/1‑100 (MQ=255)
cAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTTTTTTCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTTACCCCACTAATAGTGTATTCat > 2:759593/1‑99 (MQ=255)
aaaaaCAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatat < 2:575346/100‑1 (MQ=255)
aaaaCAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatatt < 1:1007383/100‑1 (MQ=255)
aaaCAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTATAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatatta > 2:138767/1‑100 (MQ=255)
aaaCAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatatta < 2:1321177/100‑1 (MQ=255)
aaTCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttt > 1:1543268/1‑100 (MQ=255)
ttccgatcTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAttttttt < 2:1549183/93‑1 (MQ=255)
aTCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAttttttt > 1:1167903/1‑100 (MQ=255)
aTCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAttttttt < 2:692504/100‑1 (MQ=255)
tCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttt < 2:171886/100‑1 (MQ=255)
tATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGa < 1:338021/100‑1 (MQ=255)
aTGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAACAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGAt > 1:1115240/1‑100 (MQ=255)
gCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAg < 2:1432182/100‑1 (MQ=255)
gCTTTTGCTA‑‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGa > 2:1170591/1‑100 (MQ=255)
gCTTTTGATAT‑TTTTTTTCGTTGCTCATCATATCTACTGCTAAAATTCACTTTCTATTCACCCCACCAACAGTGTATTAATATTATATTTTTTTTGATAg < 2:1312935/100‑1 (MQ=255)
cTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGa < 1:25184/100‑1 (MQ=255)
cTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGa < 1:27490/100‑1 (MQ=255)
cTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGa < 2:60093/100‑1 (MQ=255)
ttttGTTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAg < 2:1000692/98‑1 (MQ=255)
ttttGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATa > 2:118447/1‑97 (MQ=255)
tttGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTAGAtcggaa > 1:1549193/1‑95 (MQ=255)
ttGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATACTAACCCCACGAATAGCGTATTCATCTTATATTTTTTTTTATAGacac > 2:1061284/1‑100 (MQ=255)
tGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCTCTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGAcaca < 1:594409/100‑1 (MQ=255)
tGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTAATAATAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGAcaca < 2:1516863/100‑1 (MQ=255)
|
GTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACA > NC_000913/2469553‑2469743
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
