Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F56 I0 R1
|
215 |
141.2 |
6785521 |
95.3% |
6466601 |
99.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,469,656:1 |
(T)7→8 |
100% |
coding (526/1332 nt) |
gtrS → |
serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,469,649 | 1 | . | T | 94.9%
| 511.3
/ 19.1
| 157 | coding (519/1332 nt) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/5); new base T (71/78); total (74/83) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.23e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 |
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
AATGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑T‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACA > NC_000913/2469550‑2469743
|
aaTGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTa > 2:1868350/1‑100 (MQ=255)
aTGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t > 2:551298/1‑100 (MQ=255)
gCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑tttt‑tt < 2:869120/100‑1 (MQ=255)
atcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑tttt‑tttc < 2:2559328/100‑3 (MQ=255)
atcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑tttt‑tttc < 2:2823042/100‑3 (MQ=255)
tcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑tttt‑tttcg < 2:1513377/100‑4 (MQ=255)
catTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑tttt‑tttcgt < 2:567989/100‑5 (MQ=255)
catTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑tttt‑tttcgt < 1:2026535/100‑5 (MQ=255)
catTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑tttt‑tttcgt < 2:2664679/100‑5 (MQ=255)
catTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCAATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑tttt‑tttcgt > 1:2485855/1‑96 (MQ=255)
atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑tttt‑tttcgtt > 2:1207985/1‑95 (MQ=255)
atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑tttt‑tttcgtt < 2:774056/100‑6 (MQ=255)
tCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTTGTGTATTAAAAAAAATAAAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGc < 1:1020407/100‑1 (MQ=255)
tCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGc < 2:394851/100‑1 (MQ=255)
cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCt > 2:2927501/1‑100 (MQ=255)
cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCt < 1:2385821/100‑1 (MQ=255)
tATCAAGGGCAAAGATTTATAATGTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCta < 1:3355462/100‑1 (MQ=255)
tATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCta > 2:1827805/1‑100 (MQ=255)
aaGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCtaataa > 1:1760359/1‑100 (MQ=255)
aaGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑T‑TTTTCTTCGTTGCtaataa > 1:2238033/1‑100 (MQ=255)
agagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTactaat > 1:919051/1‑100 (MQ=255)
agagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTaataat > 2:525543/1‑100 (MQ=255)
agagCAAATAGTTACAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTaataat < 1:961243/100‑1 (MQ=255)
aaaacAAATAGTTATAATTTTCCTTCCAATTTTTGTGTATTCATAAAAAAACAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCtaataa < 1:492593/95‑1 (MQ=255)
gagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAataata < 2:3308381/100‑1 (MQ=255)
agCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTTTTTTTTTTTTTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTTCTAATTatat > 1:3222676/1‑100 (MQ=255)
gCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATc < 1:3120793/100‑1 (MQ=255)
gCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATc > 1:1355795/1‑100 (MQ=255)
gCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑T‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCt < 2:1267523/100‑1 (MQ=255)
naaaTAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTTTTTTCTAATATTATCt > 1:371737/2‑100 (MQ=255)
cAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCt > 1:1288605/1‑100 (MQ=255)
tAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTg < 2:2658001/100‑1 (MQ=255)
aGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGc > 2:2216480/1‑100 (MQ=255)
ttATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTa < 1:3019608/100‑1 (MQ=255)
tataATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTaa > 2:3206160/1‑100 (MQ=255)
ataATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTaaa < 1:2706284/100‑1 (MQ=255)
taATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTaa > 1:3191669/1‑98 (MQ=255)
aTTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAAt < 2:885877/100‑1 (MQ=255)
aTTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAAt < 1:1940252/100‑1 (MQ=255)
aTTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTAGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAAt < 1:1855265/100‑1 (MQ=255)
aTTTTACTCCCATTTTTTGTTTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAAt < 1:1555273/100‑1 (MQ=255)
ttttCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATc < 1:702464/100‑1 (MQ=255)
tttCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCa > 2:3138095/1‑100 (MQ=255)
cttccttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTGGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCa > 1:1482445/2‑100 (MQ=255)
tccttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAt < 2:3108658/100‑1 (MQ=255)
tccttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTACTAATAATATCTACTGCTAAAAATCatt > 1:3128278/1‑98 (MQ=255)
tccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtaa > 2:2724454/1‑99 (MQ=255)
ccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtata < 1:2053297/100‑1 (MQ=255)
aTTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATAtt > 2:23285/1‑100 (MQ=255)
tGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAccc > 2:1783522/1‑100 (MQ=255)
gtgtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCa < 1:2824083/100‑1 (MQ=255)
gtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATTCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACt < 1:1131491/100‑1 (MQ=255)
gtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTTTTTTTTATTAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACTCCACt > 1:2903261/1‑100 (MQ=255)
gtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACt < 2:756620/100‑1 (MQ=255)
tATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTTCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCTCACTa > 1:2568825/1‑100 (MQ=255)
tCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATa < 1:166621/100‑1 (MQ=255)
cATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATa > 2:1036260/1‑99 (MQ=255)
cATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAg > 1:3291775/1‑100 (MQ=255)
aTTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAg < 2:396978/99‑1 (MQ=255)
aTTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAg > 2:2418505/1‑99 (MQ=255)
ttAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAgtg < 2:2768873/100‑1 (MQ=255)
ttAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAgtg < 2:346673/100‑1 (MQ=255)
ataTGCAAAATTAATTAATCTATTCTATTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTAACACTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTa < 1:2320728/97‑1 (MQ=255)
aCATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTAt > 2:146801/1‑100 (MQ=255)
cATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTTTTTTTTTTTAATATCTAATGCTAAAAATCAATTTTTATTAACCCCACTAATAGTGTAtt > 1:210747/1‑100 (MQ=255)
cATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTAtt > 2:16433/1‑100 (MQ=255)
cATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTAtt < 2:14186/100‑1 (MQ=255)
tGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTAtt > 1:54683/1‑98 (MQ=255)
tGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCa > 2:2995570/1‑100 (MQ=255)
tGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCa < 1:2985809/100‑1 (MQ=255)
tGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCa < 1:1317174/100‑1 (MQ=255)
tGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCa < 2:789415/100‑1 (MQ=255)
tGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCa > 2:1706789/1‑100 (MQ=255)
gCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCat > 2:1943848/1‑100 (MQ=255)
gCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCa < 2:2840793/99‑1 (MQ=255)
cAAAAACAATAAGTCTATGCTTTTGCTA‑TATGTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTAATGCTGAAAATCAATTTATAGGAACCCAACAATGAGTGTGTTCa < 1:2092216/98‑1 (MQ=255)
cAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCata > 2:1576905/1‑100 (MQ=255)
cAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCata < 2:665664/100‑1 (MQ=255)
cAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCata > 1:2182992/1‑100 (MQ=255)
cAAAAACAATAAATCTATGCTATTGATATT‑TTTT‑TTAGTTTCTAATGATATTTAATGCTACAAATCATTTTATATTAAAACCACTAATACGGTATTCata > 1:673006/1‑100 (MQ=255)
aaaaaCAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatat > 1:1051997/1‑100 (MQ=255)
aaaaaCAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatat > 1:2433346/1‑100 (MQ=255)
aaaaaCAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCata < 1:1028012/99‑1 (MQ=255)
aaaaaCAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑T‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatatt > 1:2434417/1‑100 (MQ=255)
aaaaCAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatatt < 1:3048732/100‑1 (MQ=255)
aaaaCAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑T‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatatta < 1:1607748/100‑1 (MQ=255)
tAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTCTTCATATTATAtttt > 2:3343411/1‑100 (MQ=255)
tAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttt > 1:150080/1‑100 (MQ=255)
aaTCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttt > 1:1678160/1‑100 (MQ=255)
aaTCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttt < 1:2216465/100‑1 (MQ=255)
tCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttt < 2:3014144/100‑1 (MQ=255)
tCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttt < 2:1887348/100‑1 (MQ=255)
tCTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttt < 2:1094145/100‑1 (MQ=255)
cTATGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTg < 2:2813686/100‑1 (MQ=255)
tGCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATa < 1:2821805/100‑1 (MQ=255)
gCTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAg > 2:472484/1‑100 (MQ=255)
cTTTTGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGa < 1:385351/100‑1 (MQ=255)
ttttGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGa < 1:1416857/99‑1 (MQ=255)
tGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCGTATTATATTTTTTTTGATAGAcaca < 1:1946772/100‑1 (MQ=255)
tGCTATT‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGAcaca < 2:1760370/100‑1 (MQ=255)
|
AATGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑T‑TTTT‑TTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACA > NC_000913/2469550‑2469743
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
