Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F56 I1 R1
|
155 |
65.2 |
3164312 |
95.9% |
3034575 |
99.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,469,656 |
(T)7→8 |
coding (526/1332 nt) |
gtrS → |
serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,469,649 | 1 | . | T | 95.8%
| 245.8
/ 3.6
| 71 | coding (519/1332 nt) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/1); new base T (25/43); total (27/44) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.53e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 |
ATGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGAC > NC_000913/2469551‑2469740
|
aTGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑t > 2:1113914/1‑100 (MQ=255)
tGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑tt > 1:1473089/1‑100 (MQ=255)
ttGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttt < 1:1156873/100‑1 (MQ=255)
gCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttt > 2:988037/1‑100 (MQ=255)
gCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttt < 1:585720/100‑1 (MQ=255)
catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑tttttttt > 2:239772/1‑99 (MQ=255)
catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttt < 2:1456200/99‑1 (MQ=255)
atcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttttc < 2:736054/100‑3 (MQ=255)
tcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttttcg < 2:1118263/100‑4 (MQ=255)
tcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttttc > 2:87280/1‑97 (MQ=255)
atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTTTTTTTTTTTTTAACATACAAAAACAATAAATCTATGCTTTTTCTt‑‑ttttttttcgt > 2:1172328/1‑95 (MQ=255)
ttCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTg < 1:734019/100‑1 (MQ=255)
tCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGc < 2:1470576/100‑1 (MQ=255)
cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCt < 1:40298/100‑1 (MQ=255)
cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCt < 2:745920/100‑1 (MQ=255)
aTCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTTCGTTGCta > 2:895606/1‑100 (MQ=255)
aTCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCtaa < 1:650148/100‑1 (MQ=255)
cAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCtaata < 1:216234/100‑1 (MQ=255)
aaGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCtaataa > 1:1151600/1‑100 (MQ=255)
aaGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCtaataa > 2:1148941/1‑100 (MQ=255)
ggtcAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTaataat < 2:329969/96‑1 (MQ=255)
gCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCt < 2:767235/100‑1 (MQ=255)
cAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCt < 2:1425521/100‑1 (MQ=255)
aTAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACt < 2:1167238/100‑1 (MQ=255)
aTAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACt < 2:1270788/100‑1 (MQ=255)
ttATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTa > 1:1145586/1‑100 (MQ=255)
ttATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTa > 2:811495/1‑100 (MQ=255)
aaTTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTaaaaa < 2:1246595/100‑1 (MQ=255)
aTTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAAt < 2:1151595/100‑1 (MQ=255)
tttCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCa < 1:1507140/100‑1 (MQ=255)
ttccttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCaa < 2:1473081/100‑1 (MQ=255)
tccttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAACTCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAt < 1:708136/100‑1 (MQ=255)
ccttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAtt > 2:349273/1‑100 (MQ=255)
cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAttt < 1:634654/100‑1 (MQ=255)
cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAttt > 1:1339339/1‑100 (MQ=255)
cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta > 2:109528/1‑100 (MQ=255)
ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta > 1:669970/1‑100 (MQ=255)
ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta > 1:1531707/1‑100 (MQ=255)
ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta < 1:1435981/100‑1 (MQ=255)
ccATTTTTTGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtata < 1:1288094/100‑1 (MQ=255)
ccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtata < 1:931666/100‑1 (MQ=255)
tttttGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATTCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTa < 2:318298/100‑1 (MQ=255)
tGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTAATGCTAAAAATGAATTTATATTAAc > 2:1580079/1‑98 (MQ=255)
ggTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcccc < 1:337982/100‑1 (MQ=255)
ggTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCAATTTATATTAAcccc < 2:1186753/100‑1 (MQ=255)
gtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACt < 2:971997/100‑1 (MQ=255)
gtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTACATTAACCCCACt < 1:1277478/100‑1 (MQ=255)
tATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTa < 1:790475/100‑1 (MQ=255)
aTTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTaa > 1:529145/1‑100 (MQ=255)
tCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATTTTAACCCCACTa > 2:1342515/1‑97 (MQ=255)
cATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAg < 1:890731/100‑1 (MQ=255)
aTTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAgt > 1:713628/1‑100 (MQ=255)
ttAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAgtg < 1:49925/100‑1 (MQ=255)
tAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAgtgn < 2:1203205/100‑2 (MQ=255)
aaCATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTa > 1:128940/1‑100 (MQ=255)
aaCATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTa > 1:128980/1‑100 (MQ=255)
aCATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTAt < 1:657105/100‑1 (MQ=255)
aCATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTAt > 1:514111/1‑100 (MQ=255)
aTGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTc < 1:258395/100‑1 (MQ=255)
tGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCa > 1:316348/1‑100 (MQ=255)
tGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCa < 1:1148946/100‑1 (MQ=255)
gaaaaaaCAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCat > 1:1065979/3‑100 (MQ=255)
gCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCat > 1:312014/1‑100 (MQ=255)
cAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCata > 1:948486/1‑100 (MQ=255)
cAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCata > 2:877864/1‑100 (MQ=255)
aaaaCAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatatn < 2:552405/100‑2 (MQ=255)
aCAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatattata < 1:54881/100‑1 (MQ=255)
aCAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatattata < 1:54845/100‑1 (MQ=255)
aCAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatattata < 1:1355712/100‑1 (MQ=255)
cAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatattatat > 1:1096221/1‑100 (MQ=255)
aTAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTTTTTTTTAATAATATCTACTGCTAAAAATTAATTTATATTTACTTCACTAATAGTGTCTTCATATTATAttt > 2:1138487/1‑100 (MQ=255)
aTAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAttt < 1:609779/100‑1 (MQ=255)
aaTCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttt < 1:57114/100‑1 (MQ=255)
aTCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAttttttt < 1:874720/100‑1 (MQ=255)
tCTATGCTTTTGCTA‑‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttt > 2:1311663/1‑99 (MQ=255)
tATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTTGTTTCTAATAATATCTACTTCTAAAAATCAATTTATATTATCCTCACTAATAGTGTTTTCATATTATAttttttttt > 2:1003716/1‑98 (MQ=255)
aTGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGAt < 1:507345/100‑1 (MQ=255)
aTGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGAt < 1:1519029/100‑1 (MQ=255)
cTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAg < 1:942156/99‑1 (MQ=255)
cTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGa > 1:224219/1‑100 (MQ=255)
ttttGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGac < 2:161030/100‑1 (MQ=255)
ttttGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGac < 2:73281/100‑1 (MQ=255)
|
ATGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGAC > NC_000913/2469551‑2469740
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
