Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A12 F56 I1 R1
|
165 |
53.8 |
2611523 |
96.4% |
2517508 |
99.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,469,656 |
(T)7→8 |
coding (526/1332 nt) |
gtrS → |
serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,469,649 | 1 | . | T | 100.0%
| 238.7
/ NA
| 68 | L173L (CTA→CTT) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base T (25/43); total (25/43) |
ATGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACA > NC_000913/2469551‑2469741
|
aTGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGCGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t < 1:1266659/100‑1 (MQ=255)
gTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATAAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑ttt < 2:698601/100‑1 (MQ=255)
gCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑ttttttt < 1:17576/100‑1 (MQ=255)
catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttttttt > 2:274502/1‑99 (MQ=255)
atcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑ttttttttc < 1:35470/100‑3 (MQ=255)
catTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑ttttttttcgt < 1:1239139/100‑5 (MQ=255)
catTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑ttttttttcgt < 1:1130801/100‑5 (MQ=255)
atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTTTTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑ttttttttcttt > 2:399657/1‑95 (MQ=255)
ttCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTg < 1:647831/100‑1 (MQ=255)
ttCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATGTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTg > 1:791839/1‑100 (MQ=255)
cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCt > 1:78075/1‑100 (MQ=255)
cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCt < 2:745122/100‑1 (MQ=255)
tATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCta > 1:1021335/1‑100 (MQ=255)
aTCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCtaa > 1:304390/1‑100 (MQ=255)
aaGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCtaataa > 1:1151478/1‑100 (MQ=255)
agagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTaataat < 2:1284636/100‑1 (MQ=255)
gagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAataata > 1:944402/1‑100 (MQ=255)
gagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAataata < 1:410506/100‑1 (MQ=255)
aataatTATAATTTTCCTTCCATTTTTTTTGTATTAAAAAAAAAAAAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTaataat < 2:263445/94‑1 (MQ=255)
aaTAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTAc < 1:933615/100‑1 (MQ=255)
tAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTg < 2:220858/100‑1 (MQ=255)
ttATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATTCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGc < 2:327764/98‑1 (MQ=255)
ttATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTa < 1:115676/100‑1 (MQ=255)
tataATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTaa < 1:609869/100‑1 (MQ=255)
gatctcttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATc < 1:182950/95‑1 (MQ=255)
tttCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCa < 2:1891/100‑1 (MQ=255)
tttCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCa > 2:1161175/1‑100 (MQ=255)
ttccttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCTTTTCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCaa > 2:112899/1‑100 (MQ=255)
tccttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAt > 2:508702/1‑100 (MQ=255)
tccttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAt > 2:879214/1‑100 (MQ=255)
cttccATTTTTGTTGTATTCAAAAAAAAAAAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAttt < 2:950342/100‑1 (MQ=255)
cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCagatc > 2:182948/1‑96 (MQ=255)
cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAttt > 2:1124363/1‑100 (MQ=255)
ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta > 1:954212/1‑100 (MQ=255)
ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta < 1:321355/100‑1 (MQ=255)
ccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtata < 2:184718/100‑1 (MQ=255)
ccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTcata < 1:166515/100‑1 (MQ=255)
cATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCTTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTatat > 2:236130/1‑100 (MQ=255)
cATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTatat < 1:662344/100‑1 (MQ=255)
cATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTatat < 2:1263769/100‑1 (MQ=255)
tttGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAc < 2:1234506/100‑1 (MQ=255)
tGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAccc < 2:713921/100‑1 (MQ=255)
ggTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcccc < 1:1113460/100‑1 (MQ=255)
ggTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcccc < 2:78074/100‑1 (MQ=255)
ggTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcccc < 1:1113739/100‑1 (MQ=255)
gtgtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCa > 2:939687/1‑100 (MQ=255)
aTTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTaa > 1:324571/1‑100 (MQ=255)
aTTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTaa > 1:374802/1‑100 (MQ=255)
aTTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTaa > 2:491898/1‑100 (MQ=255)
cATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTGACCCCACTAATAg < 1:876713/100‑1 (MQ=255)
cATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAg < 1:1064743/100‑1 (MQ=255)
cATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAg > 1:1289917/1‑100 (MQ=255)
ttAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCTTTTTTAATAATATCTACTGCTAAAAATTAATTTATATTAACTCCACTAATAgt > 2:1128522/1‑99 (MQ=255)
tAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGATATTTTTTTTCGTTTCTAATAAAAAAAAAAAAAAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAgtg < 2:1297532/99‑1 (MQ=255)
aaCATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTa < 1:570202/100‑1 (MQ=255)
aCATGAAAAAACAATAAATCTATTCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTAt < 2:1238017/100‑1 (MQ=255)
aTGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTc > 1:1159922/1‑100 (MQ=255)
tgtaaaaaCAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCa < 2:158186/97‑1 (MQ=255)
tGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCa < 2:550133/100‑1 (MQ=255)
tGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCa < 1:1155158/100‑1 (MQ=255)
aaaaaCAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatat < 1:622991/100‑1 (MQ=255)
aaaaaCAATAAATCTATGCTTTCGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatat > 1:830516/1‑100 (MQ=255)
aaTAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatattatatt > 1:819914/1‑100 (MQ=255)
aTAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAttt < 1:1161186/100‑1 (MQ=255)
tCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttt < 2:1289906/100‑1 (MQ=255)
cTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTg < 1:532499/100‑1 (MQ=255)
cTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTg < 2:902482/100‑1 (MQ=255)
cTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTg < 2:131110/100‑1 (MQ=255)
tGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGAt < 2:817731/99‑1 (MQ=255)
gCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAg < 2:944394/100‑1 (MQ=255)
gCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAg < 2:135357/100‑1 (MQ=255)
cTTTTGCTATTTTTTTTTTTTTTTTATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTTAt > 2:1249452/1‑97 (MQ=255)
cTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAg < 2:1294641/99‑1 (MQ=255)
cTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGa < 2:1151467/100‑1 (MQ=255)
ttttGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGa > 2:891218/1‑99 (MQ=255)
tttGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGaca < 2:696653/100‑1 (MQ=255)
|
ATGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACA > NC_000913/2469551‑2469741
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
