Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A12 F56 I0 R1
|
312 |
170.3 |
8276235 |
93.7% |
7754832 |
99.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,469,656:1 |
(T)7→8 |
100% |
coding (526/1332 nt) |
gtrS → |
serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,469,649 | 1 | . | T | 94.2%
| 454.4
/ 19.0
| 138 | coding (519/1332 nt) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/4); new base T (56/74); total (60/78) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.28e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
TGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑T‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACAAA > NC_000913/2469552‑2469745
|
tttGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGATagaat > 2:1039354/1‑96 (MQ=255)
gCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑tttttt > 1:479741/1‑100 (MQ=255)
catcatTCTATCAAGAGCAAATATTTATAATTTTCCTTCCATTTTTTGTGTATTCTTTAACATGTAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑ttttttt < 2:1533907/100‑2 (MQ=255)
catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑ttttttt > 2:2866474/1‑99 (MQ=255)
catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑ttttttt < 1:1690790/100‑2 (MQ=255)
catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCATTCCATTTTTTGGTTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑ttttttt < 2:1013547/100‑2 (MQ=255)
atcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑tttttttc < 1:1032211/100‑3 (MQ=255)
atcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑tttttttc < 2:3924045/100‑3 (MQ=255)
tcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑ttttttttc > 1:159148/1‑97 (MQ=255)
tcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑tttttttcg < 2:222914/100‑4 (MQ=255)
atTCTATCAAGATAAAATAGTTATAATTTTCCCTCCAGTTTTGGTGTTTTCATTAACATCCAAAAACAATAAATTTATGCTTTTTCTA‑t‑tcttatacctt < 2:1111848/100‑8 (MQ=255)
atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑tttttttcgtt < 2:3646736/100‑6 (MQ=255)
atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑tttttttc < 2:946526/97‑3 (MQ=255)
ttCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTg < 1:2596623/100‑1 (MQ=255)
ctCTATCAAGAGCAACTAGTTATACTATTCCATCGACTCTTGGTGTATTTATTCAAATGCAAACACAATAAATCTATGCTTTCGGTA‑TATTATTTCGt > 2:1696166/2‑98 (MQ=255)
cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCt < 1:3898357/100‑1 (MQ=255)
cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCt > 1:3604204/1‑100 (MQ=255)
cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCt < 1:3460494/100‑1 (MQ=255)
cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCt < 1:3134185/100‑1 (MQ=255)
cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCt < 1:2404712/100‑1 (MQ=255)
tATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑tttttttttttttt > 2:1617162/1‑91 (MQ=255)
cAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCtaata < 2:2083018/100‑1 (MQ=255)
cAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCtaata < 1:2045258/100‑1 (MQ=255)
aaGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCtaataa > 1:1285294/1‑100 (MQ=255)
aaGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCtaataa > 1:1214106/1‑100 (MQ=255)
gagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTTGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAataata < 2:970228/100‑1 (MQ=255)
gagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAataata < 1:3301052/100‑1 (MQ=255)
agCAAATAGTTATAAATTTCCATCCAATTTTCGTGTATTCATTAACATACAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTaataat < 2:1143341/98‑1 (MQ=255)
gCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTTTTAATAatat > 2:661774/1‑99 (MQ=255)
gCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATc > 1:4103441/1‑100 (MQ=255)
gCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATc < 2:3129953/100‑1 (MQ=255)
aaaTAATTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATAAAAAAAAAAAAAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTa < 2:1527070/100‑1 (MQ=255)
aTAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACt < 2:606810/100‑1 (MQ=255)
aGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGc < 2:2678247/100‑1 (MQ=255)
gTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATTCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCt < 1:843184/100‑1 (MQ=255)
ttATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTa > 1:3399330/1‑100 (MQ=255)
tataATTTTCCTTCCATTTTTTTTTTTTTTTTTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑T‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTaaa > 2:2636475/1‑100 (MQ=255)
ataATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTaaa < 2:3868964/100‑1 (MQ=255)
taATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTaaaa < 1:3972061/100‑1 (MQ=255)
tccttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAt < 1:1888313/100‑1 (MQ=255)
tccatccaTTTTTCGTGTATTAATTAATATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTAGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAt < 2:2387175/100‑1 (MQ=255)
ccttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAtt > 2:2004483/1‑100 (MQ=255)
cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAttt > 1:1734308/1‑100 (MQ=255)
cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAttt > 2:446048/1‑100 (MQ=255)
ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta > 2:2969052/1‑100 (MQ=255)
ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑T‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtat < 1:2636491/100‑1 (MQ=255)
tccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtat < 1:2730702/100‑1 (MQ=255)
ccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtata < 1:3417449/100‑1 (MQ=255)
cATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTatat > 2:3088956/1‑100 (MQ=255)
aTTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTTCTAATAATATCTACTGATAAAAATCAATTTATAtt > 2:3837177/1‑100 (MQ=255)
aTTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATAtt > 1:1550546/1‑100 (MQ=255)
aTTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATAtt > 1:2923157/1‑100 (MQ=255)
ttGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcc < 1:1000929/100‑1 (MQ=255)
ttGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcc < 1:181632/100‑1 (MQ=255)
ttGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcc < 1:3990759/100‑1 (MQ=255)
tGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAccc < 1:2303689/100‑1 (MQ=255)
ggTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcccc < 1:156247/100‑1 (MQ=255)
ggTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACAGCTAAAAATCAATTTATATTAAcccc > 1:409210/1‑100 (MQ=255)
gtgtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTTCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTaa > 2:639304/1‑95 (MQ=255)
tgtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCAc > 2:931705/1‑100 (MQ=255)
gtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTTTTTTTTATTAATAGATAATACTAAAAATCAATTTATATTAAAACCACt > 2:3136347/1‑100 (MQ=255)
gtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACt > 1:2384947/1‑100 (MQ=255)
gtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACt < 1:2986831/100‑1 (MQ=255)
tATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTa > 2:2431683/1‑100 (MQ=255)
ttCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTATAAATCAATTTATATTAAcccc > 2:1429351/1‑94 (MQ=255)
ttCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAAt < 1:3748598/100‑1 (MQ=255)
tCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATa < 2:2662205/100‑1 (MQ=255)
aTTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAgt > 1:472899/1‑100 (MQ=255)
ttAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAgtg < 2:1838558/100‑1 (MQ=255)
aCATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTAt > 2:175381/1‑100 (MQ=255)
aCATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTAt < 1:578765/100‑1 (MQ=255)
aCATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑T‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTAtt > 1:2534582/1‑100 (MQ=255)
cATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTAtt > 2:476763/1‑100 (MQ=255)
tGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTTGTTTTTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACACCACTAATAGTGTAtt > 2:1244707/1‑98 (MQ=255)
tGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTc > 1:113134/1‑99 (MQ=255)
tGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCa > 1:218796/1‑100 (MQ=255)
tGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCa > 2:4032200/1‑100 (MQ=255)
tGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCa > 2:3045630/1‑100 (MQ=255)
gCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCat > 1:1853718/1‑100 (MQ=255)
gCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCat > 2:462397/1‑100 (MQ=255)
cAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCata > 1:3212735/1‑100 (MQ=255)
cAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCata > 2:338607/1‑100 (MQ=255)
aaaaaCAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatat < 1:1824169/100‑1 (MQ=255)
aaaaCAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatatt < 2:3344276/100‑1 (MQ=255)
aaaaCAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatatt < 1:1242473/100‑1 (MQ=255)
aTAAATCTATGCTTTTGCTA‑T‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttt < 2:2947286/100‑1 (MQ=255)
tAAATCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttt > 1:3456507/1‑100 (MQ=255)
aaTCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttt < 2:3524287/100‑1 (MQ=255)
aaTCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttt < 2:2777072/100‑1 (MQ=255)
tCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttt < 1:2265654/100‑1 (MQ=255)
tCTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttt < 2:3456486/100‑1 (MQ=255)
cTATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTg < 1:3771331/100‑1 (MQ=255)
tATGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGa < 1:1959196/100‑1 (MQ=255)
aTGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGAt < 1:197140/100‑1 (MQ=255)
aTGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGAt < 1:894188/100‑1 (MQ=255)
tGCTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATa > 1:2978063/1‑100 (MQ=255)
cTTTTGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGa < 1:3039540/100‑1 (MQ=255)
ttttGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGac < 1:189802/100‑1 (MQ=255)
tttGCTATT‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGaca < 2:1285286/100‑1 (MQ=255)
gCTA‑T‑TTATTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACaaa < 1:1279522/100‑1 (MQ=255)
|
TGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑T‑TTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACAAA > NC_000913/2469552‑2469745
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
