Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A11 F212 I0 R1	246	122.0	6097616	93.1%	5676880	99.8

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	NC_000913	4,235,689:1	+A	100%	intergenic (+282/‑217)	pgi → / → yjbE	glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	4,235,685	1	.	A	91.8%	447.0 / 33.2	146	intergenic (+278/‑221)	pgi/yjbE	glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (7/5); new base A (60/73); total (67/79)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.47e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 154 total aligned reads displayed.

CGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑G‑AAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATT  >  NC_000913/4235586‑4235779

cGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑g‑g                                                                                                 <  1:2646666/100‑1 (MQ=255)

cGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑g‑g                                                                                                 <  2:406905/100‑1 (MQ=255)

   cATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑G‑aaa                                                                                             >  2:641125/1‑100 (MQ=255)

         tttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑G‑aaaaatacg                                                                                       >  2:2362343/1‑95 (MQ=255)

           tATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCa                                                                                      >  1:965187/1‑100 (MQ=255)

           tATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCa                                                                                      >  1:715725/1‑100 (MQ=255)

               aGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGAtt                                                                                  >  2:242125/1‑100 (MQ=255)

               aGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGAtt                                                                                  <  2:2619893/100‑1 (MQ=255)

               aGATAAATCACCTTGTCTGTAATTTAACGGAGATCATACTGTGAGGTTAATCATAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GTA‑AAAATACGCAGAtt                                                                                  >  1:2496643/1‑100 (MQ=255)

                     aTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GAA‑AAAATACGCAAATTAAt                                                                               >  1:1410497/1‑97 (MQ=255)

                     aTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGc                                                                            >  1:52605/1‑100 (MQ=255)

                      nccccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCt                                                                           >  2:783947/2‑100 (MQ=255)

                         ccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCtttt                                                                        <  2:2442800/100‑1 (MQ=255)

                         ccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCtttt                                                                        <  2:2442818/100‑1 (MQ=255)

                            tGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGtt                                                                     >  1:1223596/1‑100 (MQ=255)

                              tCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGtttt                                                                   <  1:790720/100‑1 (MQ=255)

                              tCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGtttt                                                                   <  1:628439/100‑1 (MQ=255)

                                tGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTtttta                                                                 >  2:1925151/1‑100 (MQ=255)

                                tGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTtttta                                                                 <  2:1475264/100‑1 (MQ=255)

                                tGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTtttta                                                                 <  1:1252979/100‑1 (MQ=255)

                                tGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATAGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTtttta                                                                 >  2:2296889/1‑100 (MQ=255)

                                  tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatt                                                               <  1:1490214/100‑1 (MQ=255)

                                  tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatt                                                               <  1:2570730/100‑1 (MQ=255)

                                  tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatt                                                               <  1:2570932/100‑1 (MQ=255)

                                  tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATAGTTGTTTATTA‑A‑G‑GAAAAAAACGAAGATTAAATGCTTTTGTttttatt                                                               >  1:968413/1‑100 (MQ=255)

                                   aaTTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttattt                                                              <  1:1888552/100‑1 (MQ=255)

                                    aTTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GAA‑AAAATACGCAAATAAATTGCTTTTGTttttatttt                                                             >  1:614550/1‑100 (MQ=255)

                                    aTTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttt                                                             <  1:1341317/100‑1 (MQ=255)

                                    aTTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttt                                                             <  1:1814455/100‑1 (MQ=255)

                                    aTTTAACGGAAATCATACCGTAAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTTTTTATTTCC‑G‑A‑AAAATACGCAGACTAATTGCTTTTGTttttatttt                                                             >  2:1462090/1‑100 (MQ=255)

                                       tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttta                                                            >  2:2875532/1‑98 (MQ=255)

                                       tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAg                                                          <  2:2393683/100‑1 (MQ=255)

                                         aCGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGtt                                                        <  1:2191476/100‑1 (MQ=255)

                                          cGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGttt                                                       >  1:1511059/1‑100 (MQ=255)

                                          cGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGttt                                                       >  1:166632/1‑100 (MQ=255)

                                           ggAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGtttttttttttttttta                                                      >  2:2885660/1‑93 (MQ=255)

                                           ggAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTa                                                      >  2:46623/1‑100 (MQ=255)

                                           ggAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACACAGATTAATTACTTTTGTTTTTATTTAAAGTTTa                                                      >  1:604417/1‑100 (MQ=255)

                                            gAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTa                                                      <  2:1956952/99‑1 (MQ=255)

                                             aaaTCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATg                                                    <  1:129714/100‑1 (MQ=255)

                                               aTCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAt                                                  <  1:1902838/100‑1 (MQ=255)

                                                tCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAtt                                                 >  2:925860/1‑100 (MQ=255)

                                                 cATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAttt                                                >  2:2924056/1‑100 (MQ=255)

                                                 cATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAttt                                                >  1:1380108/1‑100 (MQ=255)

                                                 cATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCATTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAttt                                                >  2:1610285/1‑100 (MQ=255)

                                                  aTACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAtttt                                               <  2:1256667/100‑1 (MQ=255)

                                                  aTACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAtttt                                               <  2:1315763/100‑1 (MQ=255)

                                                     ccGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTa                                             <  1:280345/99‑1 (MQ=255)

                                                     ccGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTAt                                            >  1:447180/1‑100 (MQ=255)

                                                     ccGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTAt                                            >  2:2237409/1‑100 (MQ=255)

                                                     ccGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTAt                                            <  1:1542036/100‑1 (MQ=255)

                                                         gAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAGGTTTATGATTTTTATTGt                                         <  2:578836/99‑1 (MQ=255)

                                                             ttAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTAtt                                     <  1:2792015/99‑1 (MQ=255)

                                                              tAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGTTTTTGTTTTTATTTTAATTTTATGATTTTTATTGTTATTTa                                   <  2:10837/100‑1 (MQ=255)

                                                               aaTCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTATTTTTATGATTTTTATTGTTATTTaa                                  >  2:1730069/1‑100 (MQ=255)

                                                               aaTCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTaa                                  >  1:1786232/1‑100 (MQ=255)

                                                                ttCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTaaa                                 <  1:1100396/99‑1 (MQ=255)

                                                                aTCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACTCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTaaa                                 <  1:1640246/100‑1 (MQ=255)

                                                                 tCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTaaaa                                >  2:1100389/1‑99 (MQ=255)

                                                                 tCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAat                                <  1:2209979/100‑1 (MQ=255)

                                                                 tCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAat                                <  1:2623046/100‑1 (MQ=255)

                                                                  tccgatctAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAata                               <  1:2330708/93‑1 (MQ=255)

                                                                  ccTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAata                               >  2:1486006/1‑100 (MQ=255)

                                                                   cTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAatat                              >  1:2125934/1‑100 (MQ=255)

                                                                   cTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAatat                              >  2:3007254/1‑100 (MQ=255)

                                                                   cTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAata                               <  2:2340239/99‑1 (MQ=255)

                                                                   cTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAAAAAGCAGATTAAATGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTCTATGATTTTTATTGTTATTTaaa                                 >  2:1880308/1‑97 (MQ=255)

                                                                    tAAAATAGAGTTTTAATCGTTGTGTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAAtata                             >  2:2557780/1‑100 (MQ=255)

                                                                       aaTAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CTG‑A‑AAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGTTTTTTATTGTTATTTAAATATAAg                           <  2:2756644/99‑1 (MQ=255)

                                                                       aaTAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCATATTAATTGCTGTAGTTTTTATTTTGAGTTTATGATTGTTATTGTTATTTAAatat                              >  2:606584/1‑96 (MQ=255)

                                                                       aaTAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGt                          <  2:2038055/100‑1 (MQ=255)

                                                                       aaTAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGt                          >  2:2036456/1‑100 (MQ=255)

                                                                       aaTAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGt                          <  2:506656/100‑1 (MQ=255)

                                                                        aTAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAACTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGtt                         <  2:1976223/100‑1 (MQ=255)

                                                                         tAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTg                        >  1:2306526/1‑100 (MQ=255)

                                                                          aGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAataagatcgga                       >  2:2330681/1‑92 (MQ=255)

                                                                          aGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGa                       <  1:2170846/100‑1 (MQ=255)

                                                                           gATTTTTAATCGTTTTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCATATTAATTGGTTTTTTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGaa                      <  2:2549835/100‑1 (MQ=255)

                                                                            aTTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGaaa                     >  2:2780786/1‑100 (MQ=255)

                                                                             tttttAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAAc                    <  1:912868/100‑1 (MQ=255)

                                                                             tttttAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAAc                    >  2:2230984/1‑100 (MQ=255)

                                                                               tttAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACtt                  >  1:3027152/1‑100 (MQ=255)

                                                                                ttAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTta                 <  2:2826513/100‑1 (MQ=255)

                                                                                ttAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTta                 <  2:169188/100‑1 (MQ=255)

                                                                                 tAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTtat                <  2:53155/100‑1 (MQ=255)

                                                                                   aTCTTTGTTTATTT‑C‑GCA‑AAAATATGGAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTtat                <  2:1020444/98‑1 (MQ=255)

                                                                                     cGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATAttt            <  2:1859859/100‑1 (MQ=255)

                                                                                     cGTTGTTTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATAttt            <  1:1292031/100‑1 (MQ=255)

                                                                                      gttgttTATTTCC‑A‑A‑AAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTATGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTTCAACTTATAttta           <  2:2657085/100‑2 (MQ=255)

                                                                                       ttgttTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCATATTAATTGCTTTTTTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATAttt            <  2:2631759/98‑1 (MQ=255)

                                                                                        tgttTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGat         <  2:1725663/100‑1 (MQ=255)

                                                                                        tgttTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGat         <  2:1893153/100‑1 (MQ=255)

                                                                                         gttTATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGata        >  2:2501335/1‑100 (MQ=255)

                                                                                           ttATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGagatc      >  2:1571927/1‑99 (MQ=255)

                                                                                           ttATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATatt      <  1:1215170/100‑1 (MQ=255)

                                                                                            tATTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattc     >  1:1073744/1‑100 (MQ=255)

                                                                                             aTTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTTCAACTTATAtttaaataaca    <  2:835437/100‑9 (MQ=37)

                                                                                             aTTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTTCAACTTATAtttaaataac     <  2:377459/99‑8 (MQ=37)

                                                                                             aTTT‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattca    >  2:2679125/1‑100 (MQ=255)

                                                                                               tt‑C‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTTCAACTTATAtttaaataacaat  <  1:2966126/100‑11 (MQ=25)

CGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑G‑G‑AAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATT  >  NC_000913/4235586‑4235779

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A