Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A12 F56 I0 R1	312	170.3	8276235	93.7%	7754832	99.8

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	NC_000913	4,235,689:1	+A	100%	intergenic (+282/‑217)	pgi → / → yjbE	glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	4,235,685	1	.	A	94.9%	546.7 / 21.8	178	intergenic (+278/‑221)	pgi/yjbE	glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/5); new base A (81/83); total (86/92)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 192 total aligned reads displayed.

CGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GG‑AA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATT  >  NC_000913/4235586‑4235779

  gCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GG‑aa                                                                                               >  2:1887033/1‑100 (MQ=255)

     tttttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GG‑aa‑aaa                                                                                           <  1:2393402/100‑2 (MQ=255)

        ttgtATCAGATAATTTCGTGTGTTTGTAATTTAAAGGAATTGATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTGTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GG‑aa‑aaata                                                                                         <  2:3534262/96‑4 (MQ=255)

          ttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGc                                                                                       >  2:3649624/1‑100 (MQ=255)

          ttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGc                                                                                       <  2:795895/100‑1 (MQ=255)

           tATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCa                                                                                      <  1:3317663/100‑1 (MQ=255)

            aTCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAg                                                                                     >  2:91255/1‑100 (MQ=255)

            aTCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAg                                                                                     >  1:3409681/1‑100 (MQ=255)

               aGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGAtt                                                                                  >  2:2935371/1‑100 (MQ=255)

                gATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTa                                                                                 >  2:3507221/1‑100 (MQ=255)

                  tAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTagt                                                                               >  2:2499316/1‑98 (MQ=255)

                   aaaTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAAtt                                                                              <  1:3238347/100‑1 (MQ=255)

                      tCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCt                                                                           >  2:1346577/1‑100 (MQ=255)

                      tCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GG‑AA‑AATACGCAGATTAATTGCtt                                                                          <  1:337637/100‑1 (MQ=255)

                      cagagatatCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCt                                                                           <  1:1102765/92‑1 (MQ=255)

                       ccccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCtt                                                                          >  1:4029212/1‑100 (MQ=255)

                        cccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCttt                                                                         >  2:3479873/1‑100 (MQ=255)

                         ccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCtttt                                                                        <  1:3830214/100‑1 (MQ=255)

                              tCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGtttt                                                                   >  2:60726/1‑100 (MQ=255)

                              tCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGtttt                                                                   <  1:1346586/100‑1 (MQ=255)

                              tCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGtttt                                                                   <  1:2607321/100‑1 (MQ=255)

                               cTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGttttt                                                                  <  2:1415721/100‑1 (MQ=255)

                                 gTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttat                                                                <  1:3965990/100‑1 (MQ=255)

                                 gTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttat                                                                <  1:2970563/100‑1 (MQ=255)

                                  tAATTTAACGGAAATCATACCGTGATGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatt                                                               <  2:1695910/100‑1 (MQ=255)

                                  tAATTTAACGGAAATCATACCGTGATGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttat                                                                <  2:547823/99‑1 (MQ=255)

                                  tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatt                                                               <  1:1588517/100‑1 (MQ=255)

                                    aTTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttt                                                             >  2:1742421/1‑100 (MQ=255)

                                     tttAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttta                                                            >  2:2866138/1‑100 (MQ=255)

                                      ttAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑T‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttt                                                             >  2:1100711/1‑98 (MQ=255)

                                      ttAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTaa                                                           <  1:403240/100‑1 (MQ=255)

                                       tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAg                                                          >  1:1653729/1‑100 (MQ=255)

                                        aaCGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATTGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTATTATTTTAAGt                                                         <  2:2170784/100‑1 (MQ=255)

                                        aaCGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGt                                                         >  1:1063124/1‑100 (MQ=255)

                                         aCGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGtt                                                        >  2:2990754/1‑100 (MQ=255)

                                         aCGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGtt                                                        <  1:572508/100‑1 (MQ=255)

                                          cGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGttt                                                       <  1:2490925/100‑1 (MQ=255)

                                          cGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGttt                                                       >  1:1009/1‑100 (MQ=255)

                                             aaaTCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATg                                                    <  1:628535/100‑1 (MQ=255)

                                              aaTCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATg                                                    <  2:2387777/99‑1 (MQ=255)

                                              aaTCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGa                                                   <  1:113542/100‑1 (MQ=255)

                                                tCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAtt                                                 >  1:67361/1‑100 (MQ=255)

                                                 cATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAttt                                                >  1:1918948/1‑100 (MQ=255)

                                                  aTACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAtttt                                               <  1:3021495/100‑1 (MQ=255)

                                                  aTACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAtttt                                               >  1:1741270/1‑100 (MQ=255)

                                                   tACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAttttt                                              <  1:873850/100‑1 (MQ=255)

                                                   tACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAttttt                                              <  1:1200247/100‑1 (MQ=255)

                                                   tACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAttttt                                              >  1:2311599/1‑100 (MQ=255)

                                                    aCCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTa                                             >  1:846612/1‑100 (MQ=255)

                                                     ccGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATTGTTTTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATATGCAGATTAATTGCTTGTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTAt                                            <  2:1025782/100‑1 (MQ=255)

                                                     ccGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAtttttct                                            >  2:2423486/1‑98 (MQ=255)

                                                     ccGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTAt                                            >  2:1941916/1‑100 (MQ=255)

                                                     ccGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTAt                                            <  1:1273274/100‑1 (MQ=255)

                                                     ccGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTC‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTAt                                            >  2:2472160/1‑100 (MQ=255)

                                                       gTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTAtt                                           <  2:1490061/99‑1 (MQ=255)

                                                       gTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTg                                          <  2:424215/100‑1 (MQ=255)

                                                       gTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTg                                          <  1:2108488/100‑1 (MQ=255)

                                                       gTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTGATTGATTT‑C‑GG‑AA‑AATGCTCAGATTAATTACTTTTACTTTTATTTTAACATTATGATTTTTAATGt                                         >  2:4028345/1‑100 (MQ=255)

                                                        tGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGt                                         <  2:2013221/100‑1 (MQ=255)

                                                          aGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTa                                       >  2:1756461/1‑100 (MQ=255)

                                                           ggTTAATCCTAAAATAGATTTGTAATTGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTa                                       <  2:404597/99‑1 (MQ=255)

                                                               aaTCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTaa                                  >  2:2082862/1‑100 (MQ=255)

                                                                 tCCTAAAATAGATTTTTAATTGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTATGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAat                                >  2:1533176/1‑100 (MQ=255)

                                                                 tCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAat                                >  2:1308741/1‑100 (MQ=255)

                                                                 tCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAat                                <  1:4102367/100‑1 (MQ=255)

                                                                 tCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAat                                <  1:2735198/100‑1 (MQ=255)

                                                                  ccTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAata                               >  2:985994/1‑100 (MQ=255)

                                                                  ccTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GG‑AA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAatat                              >  2:431176/1‑100 (MQ=255)

                                                                    tAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTGA‑GA‑AA‑AATACGCAGATTATTTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAAtata                             <  2:4035968/100‑1 (MQ=255)

                                                                    tAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAAtata                             <  1:207901/100‑1 (MQ=255)

                                                                    tAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAAtata                             >  1:1426230/1‑100 (MQ=255)

                                                                     aaaaTAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGCTTTTTTTTGTTCttttcata                               >  1:761039/1‑92 (MQ=255)

                                                                     aaaaTAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAata                               <  2:2532985/97‑1 (MQ=255)

                                                                      aaaTAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAg                           <  1:2883559/100‑1 (MQ=255)

                                                                      aaaTAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAg                           >  1:1632824/1‑100 (MQ=255)

                                                                      aaaTAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAg                           <  1:1839290/100‑1 (MQ=255)

                                                                       aaTAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGt                          <  2:499387/100‑1 (MQ=255)

                                                                         tAGATTTTTTTTTTTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGTTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGtt                         >  2:1556681/1‑99 (MQ=255)

                                                                           gATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑T‑GGAAA‑AATACGCAGATTTATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGa                       <  2:1936929/99‑1 (MQ=255)

                                                                           gATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGa                       >  2:1145106/1‑99 (MQ=255)

                                                                             tttttAATCTTTGTTTATTT‑CTGA‑AA‑AATATGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAAc                    <  2:258827/100‑1 (MQ=255)

                                                                             tttttAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAAc                    >  1:4078025/1‑100 (MQ=255)

                                                                             tttttAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAAc                    <  2:2811172/100‑1 (MQ=255)

                                                                                 tAATCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTtat                >  1:1719562/1‑100 (MQ=255)

                                                                                  aaTCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTtata               <  2:1163162/100‑1 (MQ=255)

                                                                                    tCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTTCAACTTATAtt             <  1:1859234/100‑1 (MQ=255)

                                                                                    tCGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATAtt             >  2:1891985/1‑100 (MQ=255)

                                                                                     cGTTGTTTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATAttt            <  2:655349/100‑1 (MQ=255)

                                                                                      gttgttTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTg           <  1:2764456/100‑1 (MQ=255)

                                                                                       ttgttTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGa          <  2:228614/100‑1 (MQ=255)

                                                                                         gttTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGata        >  2:354483/1‑100 (MQ=255)

                                                                                         gttTATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGata        <  1:348827/100‑1 (MQ=255)

                                                                                           ttATTT‑C‑GC‑AACAATACGTAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTTCAACTTATAttta           <  2:303048/95‑2 (MQ=38)

                                                                                            tATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTTCAACTTATAtttaaataac     <  1:1678400/100‑8 (MQ=37)

                                                                                            tATTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGatat       >  2:4118951/1‑98 (MQ=255)

                                                                                             aTTT‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattca    >  2:3255842/1‑100 (MQ=255)

                                                                                              ttt‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattcat   <  1:3628279/100‑1 (MQ=255)

                                                                                               tt‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattcatt  <  1:2045132/100‑1 (MQ=255)

                                                                                               tt‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattcatt  >  2:3147633/1‑100 (MQ=255)

                                                                                               tt‑C‑GGAAA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattcatt  >  1:4133518/1‑100 (MQ=255)

CGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑C‑GG‑AA‑AATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATT  >  NC_000913/4235586‑4235779

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 27 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A