Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A12 F204 I0 R1	247	174.3	8556966	94.2%	8060661	99.8

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	NC_000913	4,235,689:1	+A	100%	intergenic (+282/‑217)	pgi → / → yjbE	glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	4,235,685	1	.	A	94.6%	590.2 / 24.9	185	intergenic (+278/‑221)	pgi/yjbE	glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/6); new base A (75/99); total (79/106)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 199 total aligned reads displayed.

CGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑G‑AAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATT  >  NC_000913/4235586‑4235779

cGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACTGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑g‑g                                                                                                  >  1:1074527/1‑100 (MQ=255)

cGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑g‑g                                                                                                  <  1:1512014/100‑1 (MQ=255)

  gCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑G‑aa                                                                                               <  2:3604081/100‑1 (MQ=255)

   cATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑G‑aaa                                                                                              >  2:349587/1‑100 (MQ=255)

     tttttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑G‑aaa‑aa                                                                                           <  2:644395/100‑2 (MQ=255)

      ttttttATCATATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTAATTC‑T‑G‑aaa‑aat                                                                                          >  1:3773331/1‑98 (MQ=255)

       tttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑G‑aaa‑aata                                                                                         >  1:4029607/1‑97 (MQ=255)

          ttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGc                                                                                       <  2:4185150/100‑1 (MQ=255)

              cAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGAt                                                                                   <  1:3401224/100‑1 (MQ=255)

              cAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑G‑AAA‑ATACGCAGAtt                                                                                  >  1:838071/1‑100 (MQ=255)

               aGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGAtt                                                                                  >  2:2024220/1‑100 (MQ=255)

               aGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGAtt                                                                                  >  2:105202/1‑100 (MQ=255)

                gATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTa                                                                                 >  2:708346/1‑100 (MQ=255)

                gATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTa                                                                                 <  1:3192837/100‑1 (MQ=255)

                  tAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAAt                                                                               >  2:1280063/1‑100 (MQ=255)

                  tAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAAt                                                                               <  2:198243/100‑1 (MQ=255)

                   aaaTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAAtt                                                                              <  1:2441190/100‑1 (MQ=255)

                        cccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCttt                                                                         >  2:3189860/1‑100 (MQ=255)

                          cTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTg                                                                       >  1:435161/1‑100 (MQ=255)

                          cTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTg                                                                       <  1:3164559/100‑1 (MQ=255)

                          cTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTg                                                                       >  1:2749933/1‑100 (MQ=255)

                           ttGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATGTC‑G‑G‑AAATATACGCAGATTAATTGCTTTTGt                                                                      <  1:1744665/100‑1 (MQ=255)

                            tGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGtt                                                                     <  2:1687579/100‑1 (MQ=255)

                            tGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGtt                                                                     >  1:66404/1‑100 (MQ=255)

                               cTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGttttt                                                                  <  1:2785246/100‑1 (MQ=255)

                                tGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTtttta                                                                 >  2:1099163/1‑100 (MQ=255)

                                 gTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGttttt                                                                  >  1:4056510/1‑98 (MQ=255)

                                 gTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttat                                                                <  1:1467699/100‑1 (MQ=255)

                                 gTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttat                                                                >  1:3691062/1‑100 (MQ=255)

                                 gTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttat                                                                <  1:2532850/100‑1 (MQ=255)

                                 gTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttat                                                                <  1:2908595/100‑1 (MQ=255)

                                  tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatt                                                               >  2:47217/1‑100 (MQ=255)

                                   aaTTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttattt                                                              >  2:1211363/1‑100 (MQ=255)

                                   aaTTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttattt                                                              <  2:2556517/100‑1 (MQ=255)

                                    aTTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATAAGCATATTAATTGCTTTTGTttttatttt                                                             >  2:4175951/1‑100 (MQ=255)

                                     tttAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttta                                                            <  2:377763/100‑1 (MQ=255)

                                     tttAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttta                                                            <  2:1343268/100‑1 (MQ=255)

                                       tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTGTTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAg                                                          <  1:3597619/100‑1 (MQ=255)

                                        aaCGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGt                                                         >  2:3994385/1‑100 (MQ=255)

                                        aaCGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGt                                                         <  2:29175/100‑1 (MQ=255)

                                        aaCGGAAATCATACCGCGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGt                                                         <  1:2496661/100‑1 (MQ=255)

                                         aCGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGtt                                                        >  2:3212480/1‑100 (MQ=255)

                                          cGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGttt                                                       >  2:3382477/1‑100 (MQ=255)

                                            gAAATCATACCGTGAGGTTAATCATAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTAt                                                     <  1:1307675/100‑1 (MQ=255)

                                              aaTCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGa                                                   >  2:1765221/1‑100 (MQ=255)

                                               aTCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAt                                                  <  1:1607918/100‑1 (MQ=255)

                                               aTCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAt                                                  >  2:861453/1‑100 (MQ=255)

                                                tCATACCGCGAGGTTAATCCTAAAATAGCTTTTTAATCGCTGCTTATTTC‑GTA‑AAA‑ATACGCAGAGTCATTGCTTTTGTCTTCATTTTAAGTTTATg                                                    >  1:3619394/1‑97 (MQ=255)

                                                 cATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAttt                                                >  2:1091237/1‑100 (MQ=255)

                                                 cATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAttt                                                <  1:535712/100‑1 (MQ=255)

                                                 cATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAttt                                                <  1:3975966/100‑1 (MQ=255)

                                                     ccGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTAt                                            >  1:1887191/1‑100 (MQ=255)

                                                     ccGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTAt                                            >  2:1782834/1‑100 (MQ=255)

                                                      cGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTAtt                                           >  1:1786689/1‑100 (MQ=255)

                                                      cGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTAtt                                           <  1:3414198/100‑1 (MQ=255)

                                                      cGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTAtt                                           <  2:2430091/100‑1 (MQ=255)

                                                       gTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTTTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTg                                          <  1:2248571/100‑1 (MQ=255)

                                                       gTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTg                                          <  1:1015342/100‑1 (MQ=255)

                                                       gTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTg                                          <  2:4078201/100‑1 (MQ=255)

                                                           ggTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTAt                                      >  2:421514/1‑100 (MQ=255)

                                                           ggTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTAt                                      <  2:3795272/100‑1 (MQ=255)

                                                              tAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTa                                   <  2:66404/100‑1 (MQ=255)

                                                                 tCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAat                                <  2:296387/100‑1 (MQ=255)

                                                                  ccTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAata                               >  2:1542752/1‑100 (MQ=255)

                                                                  ccTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTAAAata                               <  1:1017407/100‑1 (MQ=255)

                                                                    tAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAata                               <  1:4148717/98‑1 (MQ=255)

                                                                     aaaaTAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAatct                              >  1:1485334/1‑96 (MQ=255)

                                                                      aaaTAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATaan                           <  2:3327890/100‑2 (MQ=255)

                                                                      aaaTAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAg                           >  2:2351688/1‑100 (MQ=255)

                                                                         tAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTg                        <  2:1253955/100‑1 (MQ=255)

                                                                           gATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGaa                      >  2:3366117/1‑100 (MQ=255)

                                                                           gATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGaa                      >  1:1145781/1‑100 (MQ=255)

                                                                            aTTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGaaa                     <  2:2310116/100‑1 (MQ=255)

                                                                             tttttAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAAc                    <  1:1224386/100‑1 (MQ=255)

                                                                             tttttAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAAc                    >  2:2173105/1‑100 (MQ=255)

                                                                              ttttAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTTCAACt                   <  2:274356/100‑1 (MQ=255)

                                                                              ttttAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACt                   >  2:3492788/1‑100 (MQ=255)

                                                                               tttAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAgagatcggaa                  >  2:3820377/1‑91 (MQ=255)

                                                                                   aTCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTatat              >  2:3922085/1‑100 (MQ=255)

                                                                                     cGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTTCAACTTATAttt            <  1:1077456/100‑1 (MQ=255)

                                                                                     cGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTTCAACTTATAttt            <  1:2965193/100‑1 (MQ=255)

                                                                                       ttgttTATTTCAG‑A‑AAA‑ATACGTAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATAttt            <  1:3393002/98‑1 (MQ=255)

                                                                                       ttgttTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGa          <  1:961457/100‑1 (MQ=255)

                                                                                       ttgttTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGa          <  1:1941217/100‑1 (MQ=255)

                                                                                       ttgttTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGa          <  2:3695982/100‑1 (MQ=255)

                                                                                        tgttTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGat         <  1:3852424/100‑1 (MQ=255)

                                                                                        tgttTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGat         <  1:3735076/100‑1 (MQ=255)

                                                                                        tgttTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGat         <  2:789932/100‑1 (MQ=255)

                                                                                         gttTATTTC‑G‑GAAAA‑ATATGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGata        <  2:606867/100‑1 (MQ=255)

                                                                                         gttTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATTTTTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGata        >  2:1376047/1‑100 (MQ=255)

                                                                                         gttTATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGata        <  1:4211750/100‑1 (MQ=255)

                                                                                          tttATTTC‑G‑GTAAA‑ATACTCAGATTTTTTTCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTTTTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGatat       <  1:2556260/100‑1 (MQ=255)

                                                                                          tttATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGatat       <  2:2842138/100‑1 (MQ=255)

                                                                                           ttATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATatt      <  1:3283377/100‑1 (MQ=255)

                                                                                            tATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTTCAACTTATAtttaaataac     <  1:505383/100‑8 (MQ=37)

                                                                                            tATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattc     <  2:3038968/100‑1 (MQ=255)

                                                                                            tATTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattc     >  2:2453376/1‑100 (MQ=255)

                                                                                             aTTTC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattca    >  2:3380194/1‑100 (MQ=255)

                                                                                              tttC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTCTTTAAATATAAGTTGAAACTTATTTTTGATattcat   >  1:334113/1‑100 (MQ=255)

                                                                                              tttC‑G‑GAAAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattcat   <  1:747931/100‑1 (MQ=255)

CGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑G‑AAA‑ATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATT  >  NC_000913/4235586‑4235779

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A