Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A12 F56 I1 R1 165 53.8 2611523 96.4% 2517508 99.9

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA NC_000913 4,235,689 +A intergenic (+282/‑217) pgi → / → yjbE glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0009134,235,6851.A91.7% 154.5 / 7.6 48intergenic (+278/‑221)pgi/yjbEglucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (1/3);  new base A (23/21);  total (24/24)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.09e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

GGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑AAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGAT  >  NC_000913/4235587‑4235772
                                                                                                    |                                                                                       
ggCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑a                                                                                        >  2:965403/1‑100 (MQ=255)
 gCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑aa                                                                                       <  1:800491/100‑1 (MQ=255)
  cATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑aaa                                                                                      <  2:296675/100‑1 (MQ=255)
    tttttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑aaaaa                                                                                    >  1:1147518/1‑99 (MQ=255)
     ttttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑aaaaat                                                                                   <  1:904631/100‑3 (MQ=255)
        tttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑aaaaatacg                                                                                >  1:1120764/1‑95 (MQ=255)
           aTCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAg                                                                              <  1:899592/100‑1 (MQ=255)
             cAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGAt                                                                            >  2:1215200/1‑100 (MQ=255)
              aGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGAtt                                                                           <  2:738881/100‑1 (MQ=255)
                 tAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑AAAATACGCAGATTAAtt                                                                       >  2:173376/1‑100 (MQ=255)
                   aaTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACGGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATGCTCAGATTAAtt                                                                       >  2:908091/1‑99 (MQ=255)
                    aTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGc                                                                     >  2:547628/1‑100 (MQ=255)
                     tCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCt                                                                    >  1:1020778/1‑100 (MQ=255)
                        ccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCtttt                                                                 <  2:687712/100‑1 (MQ=255)
                           tGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGtt                                                              <  1:1046761/100‑1 (MQ=255)
                           tGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGtt                                                              <  2:65990/100‑1 (MQ=255)
                              cTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGttttt                                                           >  1:708646/1‑100 (MQ=255)
                              cTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGttttt                                                           >  2:251958/1‑100 (MQ=255)
                              cTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGttttt                                                           >  2:413202/1‑100 (MQ=255)
                              cTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGttttt                                                           >  2:1232/1‑100 (MQ=255)
                               tGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGttttt                                                           >  2:1260889/1‑99 (MQ=255)
                               tGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTtttta                                                          <  2:1299554/100‑1 (MQ=255)
                               tGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTtttta                                                          >  2:969821/1‑100 (MQ=255)
                                  aaTTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttattt                                                       <  1:381560/100‑1 (MQ=255)
                                       aaCGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGt                                                  <  1:92455/100‑1 (MQ=255)
                                           gAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTAt                                              <  1:90337/100‑1 (MQ=255)
                                           gAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTAt                                              <  2:1147507/100‑1 (MQ=255)
                                                cATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAttt                                         >  1:922158/1‑100 (MQ=255)
                                                   aCCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTa                                      >  2:54356/1‑100 (MQ=255)
                                                     cGTGAGGGTAATCGTAAAATAGATTTATAATCGTTGTTTATTTCGAA‑AAAATACTCAGATTTATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTAtt                                    <  2:73276/100‑1 (MQ=255)
                                                      gTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTCTATGATTTTTATTg                                   <  1:228906/100‑1 (MQ=255)
                                                         aGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTa                                <  1:886578/100‑1 (MQ=255)
                                                         aGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTa                                >  1:524323/1‑100 (MQ=255)
                                                         aGGTTAATCCTAAAATACATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGTA‑AAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTg                                   <  2:896541/97‑1 (MQ=255)
                                                               aTCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTaaa                          >  1:1219749/1‑100 (MQ=255)
                                                               aTCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTaaa                          <  2:234120/100‑1 (MQ=255)
                                                               aTCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTaaa                          >  1:118100/1‑100 (MQ=255)
                                                                tCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAat                         <  1:23948/100‑1 (MQ=255)
                                                                 ccTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAata                        >  1:1151880/1‑100 (MQ=255)
                                                                 ccTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAata                        >  1:192548/1‑100 (MQ=255)
                                                                    aaaaTAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑TAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAat                         <  2:688096/96‑1 (MQ=255)
                                                                          gATTTTTAATCGTTGTTTCTTTCG‑GAAAAATACGCAGCTTAATTGCTTTTGTTTTTTTTTTATGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGaa               >  2:1152901/1‑100 (MQ=255)
                                                                          gATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTTTTATTTAAATATAAGTTGaa               >  2:818550/1‑100 (MQ=255)
                                                                          gATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGaa               >  2:1152175/1‑100 (MQ=255)
                                                                            tttttAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAAc             <  1:1270924/100‑1 (MQ=255)
                                                                             ttttAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCATATTAATTGCTTTTCTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAAc             <  2:639730/99‑1 (MQ=255)
                                                                             ttttAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACt            <  1:1260900/100‑1 (MQ=255)
                                                                              tttAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGaa               >  2:1078221/1‑96 (MQ=255)
                                                                              tttAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACtt           <  1:757995/100‑1 (MQ=255)
                                                                               ttAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAATCTta          >  2:1235483/1‑100 (MQ=255)
                                                                               ttAATCGTTGTTTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTta          <  2:1023273/100‑1 (MQ=255)
                                                                                  aTCGTTGTTTATTTCG‑G‑AAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATAtt      <  1:173378/100‑1 (MQ=255)
                                                                                      ttgtttgtTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATAttt     <  2:1108129/98‑1 (MQ=255)
                                                                                       tgttTATTTCG‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTTTTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGat  >  2:609309/1‑100 (MQ=255)
                                                                                                    |                                                                                       
GGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑AAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGAT  >  NC_000913/4235587‑4235772

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A