Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F142 I1 R1
|
99 |
64.8 |
3148104 |
96.3% |
3031624 |
99.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,712,306 |
(T)7→8 |
intergenic (+148/‑463) |
nth → / → dtpA |
DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,712,299 | 1 | . | T | 98.2%
| 191.5
/ ‑3.0
| 55 | intergenic (+141/‑470) | nth/dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base T (27/27); total (27/28) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 |
CCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCA > NC_000913/1712204‑1712390
|
tctctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTG‑tttt > 2:314029/2‑100 (MQ=255)
ccTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTG‑tttt > 2:740392/1‑100 (MQ=255)
ccTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTG‑tttt < 1:288980/100‑1 (MQ=255)
ccTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTG‑tttt < 2:854073/100‑1 (MQ=255)
ctctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttttt > 2:1136324/1‑100 (MQ=255)
tttttAAAACATCTCTTCACCCTCACTGATGACATAGCTAAACGTTATTATCAGGTTTTCCGTTTAAAAAAAAAAAAAAAATGCAGGTTAATTG‑tttt < 2:690165/97‑1 (MQ=255)
ttttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCATAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTG‑tttttttt > 2:844041/1‑99 (MQ=255)
aaaaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttttttttaata < 1:530653/100‑6 (MQ=255)
aaaaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttttttttaat > 2:6277/1‑95 (MQ=255)
cATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGa > 2:1227559/1‑100 (MQ=255)
cATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGa > 1:1093622/1‑100 (MQ=255)
cATCTTTATAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTG‑tttttttttaatagcg > 1:829637/1‑91 (MQ=255)
tttttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATAGTTTTTTTTAATAGCGAAAtt > 2:45661/1‑100 (MQ=255)
ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATTCGTTTGAAAATAAA‑AAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTc < 2:590308/100‑1 (MQ=255)
ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAATATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTc < 2:843459/100‑1 (MQ=255)
ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTc < 2:154143/100‑1 (MQ=255)
ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTc < 1:858240/100‑1 (MQ=255)
tAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCt < 1:1227566/100‑1 (MQ=255)
tAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCt > 1:1288349/1‑100 (MQ=255)
tAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCt > 1:1288311/1‑100 (MQ=255)
aCGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTat < 1:613551/100‑1 (MQ=255)
aCGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTat < 1:1242909/100‑1 (MQ=255)
cGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTatt < 1:1071717/100‑1 (MQ=255)
cGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTatt > 2:740696/1‑100 (MQ=255)
atgatgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTattcattc > 1:1080740/1‑100 (MQ=255)
atgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTg < 1:276536/100‑1 (MQ=255)
tgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGa < 1:270865/100‑1 (MQ=255)
ccATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTGAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTACTATTCATTCGTGATc > 2:917080/1‑100 (MQ=255)
cATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCa > 1:534111/1‑100 (MQ=255)
cATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCa < 1:917088/100‑1 (MQ=255)
tGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGa < 2:600835/100‑1 (MQ=255)
gCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGAt > 1:796715/1‑100 (MQ=255)
cTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATc > 1:317541/1‑100 (MQ=255)
tAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATAAc > 2:853653/1‑100 (MQ=255)
ttATCATCATCTAATCCGTTTTTTGATAAC‑CAAATATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCTTGATCACGaatg < 1:45661/100‑4 (MQ=255)
tATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCt > 2:16281/1‑100 (MQ=255)
tcatcaGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGt > 2:1005220/1‑100 (MQ=255)
catcaGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCTTGATCACGaatgaata < 1:1515537/100‑8 (MQ=255)
catcaGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTc > 2:888534/1‑100 (MQ=255)
atcaGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCg > 1:823497/1‑100 (MQ=255)
tcaGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGc > 2:933817/1‑100 (MQ=255)
tcaGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGc < 1:314031/100‑1 (MQ=255)
aGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCa > 2:158816/1‑99 (MQ=255)
ggTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAAt < 2:1096088/100‑1 (MQ=255)
ggTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAAt < 2:507426/100‑1 (MQ=255)
gTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATg < 1:201677/100‑1 (MQ=255)
tAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATg < 1:399792/99‑1 (MQ=255)
tAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTa < 1:986390/100‑1 (MQ=255)
aaTCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTa > 2:62226/1‑100 (MQ=255)
tttGCTGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTaaaaa < 2:588345/98‑1 (MQ=255)
gCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTg < 1:1005227/100‑1 (MQ=255)
gATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCaa < 1:20923/100‑1 (MQ=255)
aC‑CAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTTTTTTCTAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAg > 2:16474/1‑97 (MQ=255)
c‑cAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATc > 1:675068/1‑100 (MQ=255)
c‑cAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATc > 1:1186881/1‑100 (MQ=255)
cAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCa > 2:25256/1‑100 (MQ=255)
cAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCa > 2:1488308/1‑100 (MQ=255)
aaaTGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATCGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAgg < 2:1442184/99‑1 (MQ=255)
tGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTaa < 2:1080733/100‑1 (MQ=255)
tGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGAAAGAATCAGGTTa > 2:1129526/1‑99 (MQ=255)
cAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTaaaa > 1:992477/1‑100 (MQ=255)
aGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAATATTGCAAGAATCAGGTTAAAAt < 2:913194/100‑1 (MQ=255)
aGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAAt < 1:16281/100‑1 (MQ=255)
ggTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATc < 2:1073545/100‑1 (MQ=255)
gTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCa > 1:933413/1‑100 (MQ=255)
|
CCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAC‑CAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCA > NC_000913/1712204‑1712390
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
