Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A12 F133 I1 R1
|
102 |
83.9 |
4092546 |
96.1% |
3932936 |
99.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,712,306 |
(T)7→8 |
intergenic (+148/‑463) |
nth → / → dtpA |
DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,712,299 | 1 | . | T | 96.5%
| 298.6
/ 3.8
| 85 | intergenic (+141/‑470) | nth/dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/1); new base T (36/46); total (38/47) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.84e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
TATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑TT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTT > NC_000913/1712201‑1712393
|
tATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑t > 2:753902/1‑100 (MQ=255)
tCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑tt‑t < 1:1790962/100‑1 (MQ=255)
ccTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttgt > 2:1236857/1‑98 (MQ=255)
ccTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttgt > 2:1237248/1‑98 (MQ=255)
ccTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑tt‑tt > 2:1233596/1‑100 (MQ=255)
ctctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑tt‑ttt > 2:190800/1‑100 (MQ=255)
ttttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑tt‑tttttt > 2:145017/1‑99 (MQ=255)
ttttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑tt‑tttttt > 2:1163781/1‑99 (MQ=255)
tttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑tt‑tttttta < 1:1025754/100‑3 (MQ=255)
aaaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAg > 1:602416/1‑100 (MQ=255)
aaaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAg < 1:948108/100‑1 (MQ=255)
aaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGc < 1:673192/100‑1 (MQ=255)
aCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCg > 2:311836/1‑100 (MQ=255)
cATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGa > 1:1369092/1‑100 (MQ=255)
cATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGa > 1:777980/1‑100 (MQ=255)
tCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGaaa > 1:536126/1‑100 (MQ=255)
tttttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAAtt > 2:1712996/1‑100 (MQ=255)
ttttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAAttt < 2:801718/100‑1 (MQ=255)
ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTc < 2:1235042/100‑1 (MQ=255)
ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTc < 2:393307/100‑1 (MQ=255)
ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTc < 2:1794897/100‑1 (MQ=255)
ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTc < 1:1974534/100‑1 (MQ=255)
ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTc < 1:1926748/100‑1 (MQ=255)
ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTc < 1:1182182/100‑1 (MQ=255)
ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTc < 1:1182376/100‑1 (MQ=255)
ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTc < 2:1699738/100‑1 (MQ=255)
ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTc < 1:552491/100‑1 (MQ=255)
tAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCt < 1:1279365/100‑1 (MQ=255)
aCGTTAATGATTCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTa < 2:1606256/99‑1 (MQ=255)
aCGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTat > 2:1625862/1‑100 (MQ=255)
aCGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTat > 2:1622826/1‑100 (MQ=255)
aCGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTat < 1:1048803/100‑1 (MQ=255)
aCGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTa < 1:190164/99‑1 (MQ=255)
cGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTatt > 1:81241/1‑100 (MQ=255)
cGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTatt > 1:1687854/1‑100 (MQ=255)
cGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTatt < 1:1831973/100‑1 (MQ=255)
tCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTattca < 1:238876/100‑1 (MQ=255)
cAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTattcat > 1:762563/1‑100 (MQ=255)
aaTGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTACTTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTattcatt > 1:1113899/1‑100 (MQ=255)
aaTGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTattcatt < 1:1854181/100‑1 (MQ=255)
gatgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGt > 1:1681766/1‑100 (MQ=255)
gatgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGt > 2:898850/1‑100 (MQ=255)
ccATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATc > 2:1502126/1‑100 (MQ=255)
cATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCa < 2:256801/100‑1 (MQ=255)
gCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGAt < 2:1624620/100‑1 (MQ=255)
gCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTCTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGAt > 2:1865104/1‑100 (MQ=255)
ttAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAGGATCa < 1:753905/100‑1 (MQ=255)
ttAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCa < 1:1163787/100‑1 (MQ=255)
tAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTTTTTTTTTAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGAt > 2:1563061/1‑97 (MQ=255)
aGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACg < 1:1168923/100‑1 (MQ=255)
aGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAACAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACg < 2:602414/100‑1 (MQ=255)
gCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGa > 2:865723/1‑100 (MQ=255)
gCGTTATCATCAGGTAATCCATTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGa > 2:1251086/1‑100 (MQ=255)
cGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGAt > 1:1531912/1‑100 (MQ=255)
ttATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGc < 1:475873/100‑1 (MQ=255)
ttATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGc < 1:1713009/100‑1 (MQ=255)
gatctatcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGc < 1:1317208/95‑1 (MQ=255)
atcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGcagatc > 2:1317200/1‑95 (MQ=255)
caGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCa < 1:1251092/100‑1 (MQ=255)
aGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCaa > 1:1546412/1‑100 (MQ=255)
gTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAAtn < 2:1687841/100‑2 (MQ=255)
gTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATg > 2:1302234/1‑100 (MQ=255)
tAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTTTTTTTTAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGt > 2:1601603/1‑100 (MQ=255)
tAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGt > 1:1624919/1‑100 (MQ=255)
tCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTaaa > 1:498242/1‑100 (MQ=255)
cGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTaaaaa < 1:1064230/100‑1 (MQ=255)
gTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAAc < 2:1051763/100‑1 (MQ=255)
gTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCATGATCAAGATCACAATGCTGTCGCAATGTAAAAAc > 1:167416/1‑100 (MQ=255)
tttGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACa < 2:1051272/100‑1 (MQ=255)
tGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACAtt > 1:1995270/1‑100 (MQ=255)
tGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACAtt > 1:2008232/1‑100 (MQ=255)
gCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTg > 2:920824/1‑100 (MQ=255)
cGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGc < 1:1622839/100‑1 (MQ=255)
cGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGc < 1:1625875/100‑1 (MQ=255)
gATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATATCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCaa > 1:1976702/1‑100 (MQ=255)
gATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTg < 2:1012186/97‑1 (MQ=255)
aTAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCaa < 2:23464/99‑1 (MQ=255)
aaCCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGaa < 2:589713/100‑1 (MQ=255)
aCCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATATCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAAt > 2:74630/1‑100 (MQ=255)
ccAAAAATGCAGGTTAATTG‑TT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCa > 2:1036661/1‑100 (MQ=255)
cAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCa < 2:777977/100‑1 (MQ=255)
aaaaTGCTTGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTATATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAgg < 1:145018/100‑1 (MQ=255)
aaaaTGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAgg > 2:1300286/1‑100 (MQ=255)
aaaTGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGt < 1:525379/100‑1 (MQ=255)
aaaTGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGt < 2:1457755/100‑1 (MQ=255)
aaTGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGtt > 1:518860/1‑100 (MQ=255)
cAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCCGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTaaaa < 2:1098136/100‑1 (MQ=255)
cAGGTTAATTG‑TT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAAt < 1:1036666/100‑1 (MQ=255)
ggTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAATTTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATc > 1:588656/1‑100 (MQ=255)
gTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCa < 1:454291/100‑1 (MQ=255)
ttAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCAt < 2:1681753/100‑1 (MQ=255)
tAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCAtt > 1:1599889/1‑100 (MQ=255)
aaTTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCAttt > 1:983290/1‑100 (MQ=255)
aaTTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTAATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCAttt < 2:762560/100‑1 (MQ=255)
|
TATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑TT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTT > NC_000913/1712201‑1712393
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
