Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F212 I1 R1
|
174 |
80.0 |
3892211 |
96.7% |
3763768 |
99.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,712,306 |
(T)7→8 |
intergenic (+148/‑463) |
nth → / → dtpA |
DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,712,299 | 1 | . | T | 92.8%
| 282.5
/ 14.3
| 83 | intergenic (+141/‑470) | nth/dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/1); new base T (33/44); total (38/45) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.87e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.29e-01 |
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
TTATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCA > NC_000913/1712200‑1712390
|
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ccTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttt‑t > 2:786847/1‑100 (MQ=255)
ccTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttt‑t > 2:1608482/1‑100 (MQ=255)
ctctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttt‑tt > 2:1296463/1‑100 (MQ=255)
ctctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttt‑tt > 1:1719385/1‑100 (MQ=255)
ctctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttt‑tt > 1:1905740/1‑100 (MQ=255)
ctctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttt‑tt > 1:413296/1‑100 (MQ=255)
ctctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttt‑tt > 1:1458997/1‑100 (MQ=255)
ctctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttt‑tt > 1:934409/1‑100 (MQ=255)
tctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttt‑ttt > 1:1296706/1‑100 (MQ=255)
tctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttt‑tt < 2:1794233/99‑1 (MQ=255)
ctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttt‑tttt > 1:1871991/1‑100 (MQ=255)
ttttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttt‑ttttt > 2:632098/1‑99 (MQ=255)
tttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttt‑ttttta < 2:1288497/100‑3 (MQ=255)
tttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTAACAGATAAACAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttt‑ttttta < 1:1661316/100‑3 (MQ=255)
ttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttt‑tttttaa > 2:951652/1‑97 (MQ=255)
tAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttt‑tttttaat > 1:965270/1‑96 (MQ=255)
aaaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGTTAATTCGTTTAAAAAAAAAAAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAg < 1:1716534/100‑1 (MQ=255)
aaaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAg < 1:1865728/100‑1 (MQ=255)
aaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGc > 2:1928929/1‑100 (MQ=255)
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aTCTTTTTAACGTCAATGATGCCAGTGCTTCACGTTATCATCCGTTAATCAGACTGCGGTTAACGCAAAATGTAAGATAAATA‑tta‑tttt > 1:1228762/1‑90 (MQ=255)
cTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAAt > 2:554416/1‑100 (MQ=255)
cTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTTATTTTAATAGCGAAAt > 2:1912273/1‑100 (MQ=255)
ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTc < 2:1217467/100‑1 (MQ=255)
tAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCt < 2:1197149/100‑1 (MQ=255)
aCGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTat < 2:1513375/100‑1 (MQ=255)
cGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTatt > 2:1402432/1‑100 (MQ=255)
cGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTatt > 2:1392138/1‑100 (MQ=255)
cGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTatt > 1:716385/1‑100 (MQ=255)
gTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTattc > 1:1666881/1‑100 (MQ=255)
cAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTattcat > 2:1838997/1‑100 (MQ=255)
atgatgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTattcattc < 1:1504536/100‑1 (MQ=255)
atgatgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCg > 1:131879/1‑100 (MQ=255)
tgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGa < 2:245698/100‑1 (MQ=255)
tcctttGCTTAGCTTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGt < 2:1536610/93‑1 (MQ=255)
gCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGt < 1:1054983/97‑1 (MQ=255)
ccATTGCTTAGCGTTATCATCAGTTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGAt < 1:40245/99‑1 (MQ=255)
ccATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATc > 2:17800/1‑100 (MQ=255)
ccATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATc > 1:470738/1‑100 (MQ=255)
ccATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATc < 1:936419/100‑1 (MQ=255)
cATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGAt > 2:1043773/1‑98 (MQ=255)
cATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCa > 1:711135/1‑100 (MQ=255)
aTTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCaa > 2:726636/1‑100 (MQ=255)
ttGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGTGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCa < 1:1831484/98‑1 (MQ=255)
ttGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAg < 2:726273/100‑1 (MQ=255)
ttGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAg < 1:1183670/100‑1 (MQ=255)
gCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGAt > 2:624348/1‑100 (MQ=255)
gCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGAt > 2:1602057/1‑100 (MQ=255)
cTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATc < 2:1049209/100‑1 (MQ=255)
ttAGCGTTATCATCAGGTAATCTGTTTGTGGATAACGAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAg < 1:658659/96‑1 (MQ=255)
ttAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCa < 2:887336/100‑1 (MQ=255)
tAGCGTTATCATCAGTTAATCCGTTAAAAAAAAAAAAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCAc < 1:1436669/100‑1 (MQ=255)
tAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCAc > 1:165870/1‑100 (MQ=255)
gCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACg > 2:251788/1‑99 (MQ=255)
gCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGa > 2:904945/1‑100 (MQ=255)
gTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATg < 1:1418049/100‑1 (MQ=255)
gTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATg < 2:1490807/100‑1 (MQ=255)
ttATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGc < 2:1240541/100‑1 (MQ=255)
ttATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGc < 1:900789/100‑1 (MQ=255)
tATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCTTGATCACGaatg < 1:472752/99‑4 (MQ=255)
atcatcAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCTTGATCACGaatgaa < 2:1456969/100‑6 (MQ=255)
catcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTc > 1:1917641/1‑100 (MQ=255)
catcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCg < 1:606999/100‑1 (MQ=255)
catcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCg > 1:1656318/1‑100 (MQ=255)
atcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCTTGATCACGaatgaatag < 1:840642/100‑9 (MQ=38)
atcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCg > 1:508086/1‑100 (MQ=255)
tcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGc < 2:934410/100‑1 (MQ=255)
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caGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCaa > 1:1393404/1‑100 (MQ=255)
ggTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTAATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAAt > 1:1339759/1‑100 (MQ=255)
gTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATg < 1:958501/100‑1 (MQ=255)
aaTCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTCATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAAATCACGATGCTTTCGCATTGt > 1:1079901/1‑99 (MQ=255)
aaTCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTa < 1:1296456/100‑1 (MQ=255)
aTCCTTTTGCGTATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTaa < 1:1129039/100‑1 (MQ=255)
tCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTaaa < 1:1793005/100‑1 (MQ=255)
gTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAAc < 2:1459005/100‑1 (MQ=255)
gTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAAc < 2:1391615/100‑1 (MQ=255)
cGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGc < 2:508088/100‑1 (MQ=255)
gATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCaa < 2:1860863/100‑1 (MQ=255)
aTAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAg < 1:554414/100‑1 (MQ=255)
aTAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAg < 2:926972/100‑1 (MQ=255)
aTAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGATGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAg < 1:1334822/100‑1 (MQ=255)
aaacAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGa < 1:1378262/96‑1 (MQ=255)
aCCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAAt > 2:10308/1‑100 (MQ=255)
ccAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATc > 2:1404175/1‑100 (MQ=255)
ccAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCa > 1:225631/1‑100 (MQ=255)
cAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCa > 2:1593531/1‑100 (MQ=255)
cAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCa > 2:13793/1‑100 (MQ=255)
cAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCa > 2:1089724/1‑100 (MQ=255)
cAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCa > 1:1639344/1‑100 (MQ=255)
cAAAAATGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCa > 2:981243/1‑100 (MQ=255)
aaaaaaTGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTTATATCGAAATTTTCTATTCATTCTTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGGAAGAACATTGCAAGAATc > 1:646248/2‑99 (MQ=255)
aaaaTGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAgg > 2:271762/1‑100 (MQ=255)
aaaTGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGt > 2:1496570/1‑100 (MQ=255)
aaaTGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGt < 1:1402424/100‑1 (MQ=255)
tGCAGGTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTaa < 2:1627248/100‑1 (MQ=255)
ggTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTaaaa < 2:965271/98‑1 (MQ=255)
gTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCa < 2:754738/100‑1 (MQ=255)
gTTAATTGTTTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCa < 1:1874718/100‑1 (MQ=255)
|
TTATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTT‑TTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCA > NC_000913/1712200‑1712390
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
