Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A12 F56 I1 R1
|
165 |
53.8 |
2611523 |
96.4% |
2517508 |
99.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,712,306 |
(T)7→8 |
intergenic (+148/‑463) |
nth → / → dtpA |
DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,712,299 | 1 | . | T | 91.1%
| 143.0
/ 7.9
| 45 | intergenic (+141/‑470) | nth/dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/2); new base T (19/22); total (21/24) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 |
TATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTT > NC_000913/1712201‑1712393
|
tATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑t > 2:865678/1‑100 (MQ=255)
ccTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAACAATGCAGGTTAATTG‑tttt > 1:267842/1‑100 (MQ=255)
ccTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑tttt > 2:296570/1‑100 (MQ=255)
ccTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑tttt > 1:1004760/1‑100 (MQ=255)
ccTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑tttt < 2:1054991/100‑1 (MQ=255)
ctctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCTCTGCTTAGCGATATCAACAGGTAAGCCGATTGCAGGTAACCAAATATGCAGGGGAATTG‑ttt > 2:240225/1‑98 (MQ=255)
ctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttttttt > 2:489234/1‑100 (MQ=255)
tttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGTTAATCCGTTAAAAAAAAAAAAAAAATGCAGGTTAATTG‑tttttttta < 2:706645/100‑3 (MQ=255)
tttAAAACAGCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑tttttttta < 2:386112/100‑3 (MQ=255)
ttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttttttttaa < 1:379101/100‑4 (MQ=255)
aaaaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTTTTTTAATAg > 1:730232/1‑100 (MQ=255)
agaCATCTTGTTAACGTCAATGATGCCATTGCGTAGCGTTATCATCACGTAATCTGTTTGCGGCTAACCAAAACTGCAGGTTAATTG‑ttttttttact > 2:567760/3‑94 (MQ=255)
aaaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGAGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttttttttaat > 2:380413/1‑94 (MQ=255)
cATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTTTTTTAATAGCGaa > 1:1051571/1‑100 (MQ=255)
ttAACGTCGATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCGGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTc < 2:454263/100‑1 (MQ=255)
ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTc < 2:190442/100‑1 (MQ=255)
ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCAGTTTGCCGATAACGAAAAATTCAGGTTAAGTGTTTTTTTTAATAGCTTTATTTTc < 2:1004751/100‑1 (MQ=255)
aaCGTCAATGATGCCATTTCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCt > 2:1171503/1‑99 (MQ=255)
aCGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTat < 1:7371/100‑1 (MQ=255)
ggcAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTattc > 1:884351/3‑100 (MQ=255)
tCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTattca > 1:351368/1‑100 (MQ=255)
atgatgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGAAAATAAAAAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTattcattc < 2:202815/100‑1 (MQ=255)
gCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGAt < 1:157928/100‑1 (MQ=255)
ccATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATc > 2:883373/1‑100 (MQ=255)
cATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCa < 1:685398/100‑1 (MQ=255)
aTTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCaa < 2:1180588/100‑1 (MQ=255)
tGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGa < 1:296573/100‑1 (MQ=255)
gCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGAt > 1:1126396/1‑100 (MQ=255)
ttAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCAc < 2:1051561/100‑1 (MQ=255)
tagttttATCCTCAGCTAATCTGTTTTCGGATAACCAAAAATGCCTGTTAATTGTTTTTTTTAAAAGGGAAATATTCTATTCATTCGTGATCAAGATc < 2:458127/93‑1 (MQ=255)
tAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCAc < 1:1119917/100‑1 (MQ=255)
tAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCAc < 1:1144304/100‑1 (MQ=255)
gTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATg > 1:1305265/1‑100 (MQ=255)
ttATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCt < 1:135905/100‑1 (MQ=255)
tcatcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGt > 1:1259114/1‑100 (MQ=255)
catcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTc > 2:1259229/1‑100 (MQ=255)
atcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTc < 1:1058650/99‑1 (MQ=255)
gTAATCCCTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATg < 1:425371/100‑1 (MQ=255)
tAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGt > 2:650651/1‑100 (MQ=255)
aaTCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTa < 1:1153257/100‑1 (MQ=255)
aaTCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTa > 2:18386/1‑100 (MQ=255)
aTCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCTCAATGTaa > 2:381830/1‑100 (MQ=255)
gTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAAc < 2:130753/100‑1 (MQ=255)
tttGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACa < 1:987262/100‑1 (MQ=255)
ggATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCa < 1:414443/100‑1 (MQ=255)
ggATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCa > 1:821514/1‑100 (MQ=255)
tAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGa < 1:254260/100‑1 (MQ=255)
aCCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTTCAAGAAt > 2:91396/1‑100 (MQ=255)
aCCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAAt > 2:1171745/1‑100 (MQ=255)
aCCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAAt > 1:651391/1‑100 (MQ=255)
ccAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATc > 2:931877/1‑100 (MQ=255)
aaaaTGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAgg < 2:72282/100‑1 (MQ=255)
aaTGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGtt > 1:741423/1‑100 (MQ=255)
cAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTaaaa > 2:719194/1‑100 (MQ=255)
tAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCAtt > 1:1250182/1‑100 (MQ=255)
aaTTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCAttt < 1:1154572/100‑1 (MQ=255)
aaTTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCAttt < 2:355738/100‑1 (MQ=255)
|
TATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTT > NC_000913/1712201‑1712393
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
