Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F142 I0 R1
|
175 |
91.2 |
4812830 |
94.5% |
4548124 |
99.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,712,306:1 |
(T)7→8 |
100% |
intergenic (+148/‑463) |
nth → / → dtpA |
DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,712,299 | 1 | . | T | 96.1%
| 165.3
/ 0.2
| 51 | intergenic (+141/‑470) | nth/dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/2); new base T (27/22); total (27/24) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.16e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 |
CTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAA > NC_000913/1712205‑1712386
|
ctctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑‑ttttt > 1:1967796/1‑100 (MQ=255)
ttttAAAACATCTTTTTTACGTCAATGATGCCATTTGTTATCTTTATCATCAGGTAATCCGTTTAAAGAAAAAAAAAAATGCAGGTTAATTG‑‑tttttttt < 2:1561539/100‑2 (MQ=255)
ttttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCAAATAAAAAAAAATGCAGGTTAATTG‑‑tttttttt < 2:551963/100‑2 (MQ=255)
ttttAAAACATCGTTTTAGCGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑‑tttttttt < 2:1287066/100‑2 (MQ=255)
ttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATACGTTTTCGGATAATCAAAAATGCAGGTTAAGTG‑‑TTTTTTTAAt < 2:1104719/100‑1 (MQ=255)
tAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑‑ttttttttaat < 1:2063402/100‑5 (MQ=255)
aaaaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑‑ttttttttaata > 2:1737688/1‑95 (MQ=255)
aaaaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑‑ttttttttaata > 1:2239713/1‑95 (MQ=255)
aaaaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATACAGGTTAATTG‑‑ttttttttaata > 1:1028619/1‑95 (MQ=255)
aaCATCTTTTTAACGACAATAATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATTCATATAAAAAAAAAAAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGc < 2:680275/100‑1 (MQ=255)
agatgttttaAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCg > 1:1030045/6‑100 (MQ=255)
cATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCg > 2:103447/1‑99 (MQ=255)
cATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGa > 1:655373/1‑100 (MQ=255)
tCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGaaa > 2:2341784/1‑100 (MQ=255)
tttttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGaaa > 2:2103412/1‑98 (MQ=255)
ttttAACGTCAATTATGCCATTTCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGGGAAAttt < 2:906736/100‑1 (MQ=255)
ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTc < 1:1594000/100‑1 (MQ=255)
tAACGTTAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTc < 1:1057829/100‑1 (MQ=255)
aaCGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTa > 2:855235/1‑100 (MQ=255)
aCGTCCATGATACGATTGCTTAGCGTTATCATCAGTTAATGCGTTTAAAAAAAAAAAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCt < 2:960893/98‑1 (MQ=255)
cGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTatt > 1:2243842/1‑100 (MQ=255)
gTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGTAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTattc < 1:1220582/100‑1 (MQ=255)
atgatgCCATTGCTTAGCGTTATCATAAGGTAATCCGATTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTattcattc > 2:409002/1‑100 (MQ=255)
tgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGa > 1:187419/1‑100 (MQ=255)
tgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGa > 1:711254/1‑100 (MQ=255)
gCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGa > 2:1810887/1‑99 (MQ=255)
cTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATc < 2:1879054/100‑1 (MQ=255)
cTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATc > 1:1235918/1‑100 (MQ=255)
cTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATATTCTATTAATTCGTGTTAAAGAt > 2:2376897/1‑99 (MQ=255)
cGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGAt > 1:432480/1‑100 (MQ=255)
gTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGAt < 1:2295656/99‑1 (MQ=255)
gTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATg > 2:1776146/1‑100 (MQ=255)
ttATAATCATGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTTT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCTTGATCACGaatg < 1:542415/100‑4 (MQ=255)
atcatcAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGt < 2:2143820/100‑1 (MQ=255)
catcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGt > 1:221066/1‑99 (MQ=255)
atcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTc > 1:2020770/1‑99 (MQ=255)
atcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCg > 1:2287176/1‑100 (MQ=255)
atcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCg < 2:1545022/100‑1 (MQ=255)
tcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGc < 1:1217909/100‑1 (MQ=255)
caGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCa < 2:319210/100‑1 (MQ=255)
aGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCa < 2:1672199/99‑1 (MQ=255)
ggTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAAt < 2:1779512/100‑1 (MQ=255)
cGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTaaaaa > 2:162488/1‑100 (MQ=255)
tttGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACa < 1:2249474/100‑1 (MQ=255)
tttGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACa > 1:1585124/1‑100 (MQ=255)
tGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACAtt > 2:1939479/1‑100 (MQ=255)
gCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTg < 2:163102/100‑1 (MQ=255)
gCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTg > 2:782549/1‑100 (MQ=255)
cGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTg < 1:2007605/99‑1 (MQ=255)
aTAACCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCaa < 1:1446606/99‑1 (MQ=255)
tAAACAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCa < 1:928479/97‑1 (MQ=255)
aCCAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGAAAGaa > 2:1765339/1‑99 (MQ=255)
ccAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATc > 1:1912654/1‑100 (MQ=255)
ccAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATc > 1:1093966/1‑100 (MQ=255)
ccAAAAATGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATc > 1:1994260/1‑100 (MQ=255)
aaaaTGCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAgg < 2:1235905/100‑1 (MQ=255)
aaaTTCATGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACTATGCTGTCGCAATTTAAAAACATTGCAAGAATCAgg < 2:1968616/99‑1 (MQ=255)
ttcAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTaa < 2:1448248/98‑1 (MQ=255)
gCAGGTTAATTGT‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTaaa > 1:1448264/1‑100 (MQ=255)
|
CTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAA > NC_000913/1712205‑1712386
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
