Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A27 F12 I0 R1
|
65 |
5796.1 |
4494228 |
98.4% |
4422320 |
135.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
1,632,501 |
T→G |
15.6% |
V166G (GTT→GGT) |
arcC → |
carbamate kinase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 1,632,501 | 0 | T | G | 15.6%
| 160.1
/ 5.0
| 104 | V166G (GTT→GGT) | arcC | carbamate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/59); new base G (13/6); total (39/65) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.40e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
TCCTCAACCCGACCAAGCCGATCGGTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCGGTTATCGATAAAGACTGG > NZ_CP022686/1632369‑1632640
|
tCCTCAACCCGACCAAGCCGATCGGTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTTACAAAACAGATTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTACTCCCAAACCGGGTTATATc > 1:291561/1‑140 (MQ=255)
tCAACCCGCCCAAGCCGAGCGGTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCAtt < 5:176623/140‑1 (MQ=255)
ccAAGCCGATCGGTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGGTTCGCCATAACCGGGTGATATAATTGAAAAATaa > 6:259795/1‑140 (MQ=255)
ccAAGCCGATCGGTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGGCGCGGCTATCGTCGTGGCGTTGCTTCGCCAAAACCGGGTGATATCATTGAAAAAGaa < 6:105386/140‑1 (MQ=255)
cAAGCCGATCGGTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGaaa < 7:80994/140‑1 (MQ=255)
cgttCGGTTCGTTCTTTACCGAGCTAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGTTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGtt < 2:540550/137‑1 (MQ=255)
gATCGGTTCGTGCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAACAATATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTa < 8:164597/140‑1 (MQ=255)
gATCGGGTAGTTCTTTCCCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTa < 5:187492/140‑1 (MQ=255)
ctCGGTTAGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGtt < 4:421356/137‑1 (MQ=255)
aTCGGTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAATCAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTGGTTGCTTCGCCAAAACCCGGTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTaa > 7:319542/1‑140 (MQ=255)
aTCGGTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGCAACGGTTaa > 6:539990/1‑140 (MQ=255)
tCGGTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGGCGTTGCAGAGCCAAAACCGCGTGAAATCATTGTAAAACAAACGGGTata > 1:372996/1‑138 (MQ=255)
cGGTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTTCGTCGCCAAAAACGGGTGATATAATTTAAAAAGAAACGGttta > 4:99287/1‑136 (MQ=255)
ggTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTGGCCAAAACAGGTTGATATAATTGAAAAAGAAACGGTTaaa > 3:340032/1‑138 (MQ=255)
ggTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCATCGCCAAAACCGGTTTATATCATTGAAAAACAAACGGTTaaa > 4:184736/1‑138 (MQ=255)
gttcgttcTTTACCGAGCAATAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGTCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGct < 1:105081/140‑1 (MQ=255)
gttcgttcTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGct < 1:12787/140‑1 (MQ=255)
gttcgttaTTTACCGATCAAGAAGCAGAGCTACTGACATAACAGTGTTACACTCTGAAAGAAGTTGCGGGTCGCGGATATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCTGTTGATATCATTGAAATTGAAACGGTTAATGct < 1:550848/140‑1 (MQ=255)
ttcgttcTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTTCTTCGCCCACACCGGTTGATATAATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGctg > 8:399964/1‑139 (MQ=255)
ttcTTTCCCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAACACAGTGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTAGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGt < 6:90565/140‑1 (MQ=255)
ttcTTTACCGAGCTAGTAGCATAGCTACTGACAATAGAGTTTTACACTCTGAAAGTAGATGCTGGTAGCGGCTATCGTCGTGTGGTTGGTTCGCCAAAACCGGTTGATTTCATTGATAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGt < 1:122516/140‑1 (MQ=255)
ttcTTTACCGAGCCAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGGCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTg < 3:399713/138‑1 (MQ=255)
ttcTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGt < 6:432397/140‑1 (MQ=255)
ttcTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACAGACAAATCAGGGATACACTATGAAAGAAGATGCGGTTCGCGGCTATCGTCGTGTCTTTGCTTCTCCAAAACCGGGTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGt < 5:492242/140‑1 (MQ=255)
tttACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTa < 4:407767/138‑1 (MQ=255)
tttACAGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGa < 8:26453/140‑1 (MQ=255)
tACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATg < 1:244907/140‑1 (MQ=255)
aGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGa < 5:177055/140‑1 (MQ=255)
aGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCGTGGCCCAAACCGGGTGATATCATTGAAAAATAAACGGGTTAATCTCTGGGAGATGCCggg > 1:127093/1‑139 (MQ=255)
gCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGAc < 2:365223/140‑1 (MQ=255)
gCAAGAAGCAGAGCGACTGACAAAACAGGGATACACTTTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGGCGGTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGAc < 7:437973/140‑1 (MQ=255)
aagaagCAGTGCTACTGACAAAACAGGGTTAGACTCTTAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCTTTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGAc < 3:85008/138‑1 (MQ=255)
aagaagCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCAGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGAc < 4:531203/138‑1 (MQ=255)
gagCTACTGACAACACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGGCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGAt < 5:318925/140‑1 (MQ=255)
gagCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGCTGCGGGTCGCGGCTATCGTCGGGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGAt < 7:31433/140‑1 (MQ=255)
agCTCCTGACAAAACCGGGATACACTCAGAATGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGGCGGGGCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAACAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATc < 2:189736/140‑1 (MQ=255)
cTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATAATTTAAAAAGAAACGGTTTAAGCTATGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGAta > 3:81375/1‑137 (MQ=255)
cTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGGTAAAGCTGTGGTATATGCGGGACAGGTGGTGATCAACgg > 2:565208/1‑139 (MQ=255)
tGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGtt < 6:524374/140‑1 (MQ=255)
aCAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTgg < 8:377847/140‑1 (MQ=255)
aCAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTAGCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGtt < 4:246329/138‑1 (MQ=255)
cAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGGCGTTGCTTAGCCAAAACCGGGTGATATCATTGAAAAAGAAACGGGTAAAGCTAGGGGAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTg > 4:511478/1‑138 (MQ=255)
aaaCAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCgg < 5:86046/140‑1 (MQ=255)
aaCAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTAGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAATAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCggt < 7:164812/140‑1 (MQ=255)
cAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCggtgg < 6:247211/140‑1 (MQ=255)
aGGGTTACACGCTGAAAGAAGATGCGGGGCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATCTCATTGAAAAAGAAACGGGTACAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGAGCACCGTTGGCggtg < 3:40/138‑1 (MQ=255)
ggTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCggtggt < 3:200049/138‑1 (MQ=255)
ggTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGGAGGTGATTCGCCAAACCCGGTTGATATCATTGAAAAAAAAACGGGGTAAGCTCGTGTACATTCAGGACAGGGGGTGCTAACCGTTGGCggtggggg > 2:50265/1‑140 (MQ=255)
ggTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGGCGCGGCTATCGTCGTGGCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCggtggtgg < 1:239593/140‑1 (MQ=255)
gTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTTCTTAGGCTAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTTGCTGGCGGACATTGGGTGATCACCGGTGTCgggggtggg > 7:254043/1‑139 (MQ=255)
gTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCggtggtggt > 2:450616/1‑140 (MQ=255)
gTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATAATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTATGGTAGATGCCGGAAAGGTTGTGATCACCGTTGGCggttgtggt > 8:337402/1‑140 (MQ=255)
tGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTGGTTGCGTCGCCCAAACCGGGTGATATAATTGAAAAATAAACGGGTAAAGCGCGGGTAGATGCCGGGCACGTGGTGATAACCGTTGGCGGGGGTGGGATCCCTggt > 7:23781/1‑138 (MQ=255)
tGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGtt > 1:309992/1‑140 (MQ=255)
tGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCGCTGGTATATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGGGGTGGTATCCCTGtt > 6:532444/1‑140 (MQ=255)
tGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTAGCCAAAACCGGTTGATATAAGTGGAAAAGAAACGGGTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACCGGGGGTGATCACCGGTGGCGGTGGTGGTTTCCCTGtt > 8:459692/1‑140 (MQ=255)
tGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCGTCGCCAAAAACCGTTGATATAATTGAAAAAGCAACGGGTAAAGCGCTTGTAGAATCCGGACAGGTGGTGTTTACCGTTGGCGGGGGTTGTTTACCTGtt > 5:308845/1‑140 (MQ=255)
tGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCCTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGtt < 6:370374/140‑1 (MQ=255)
aaaGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGGTTAGCCAAACCCGGTTGATATCATTGCAAAATAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATTCCGGACAGGTTGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCGGTTAt > 6:409811/1‑140 (MQ=255)
aaaGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTTGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCACGGtt > 4:22659/1‑138 (MQ=255)
aaaGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTAGCCAAAACCGGTGGATATCATTGAAAAAGAAACGGGTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGAAAACCGTTGGCCGTGGTGGGATCCCGGtt > 4:148282/1‑138 (MQ=255)
aaaGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGGCGTTGCTTCGCCAAAACCGGGTGATATGATTGTAAAATAAACGGGTTAAGCTCTGGGAGATGCCGGCCAGGGGGTGGTGACCGGTGGCGGTGGGGGGTGCCCTGtttt > 5:324063/1‑138 (MQ=255)
gctGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGa < 1:542524/138‑1 (MQ=255)
gaTGCTGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCCGTTGATATGAATGAAAAAGAAACGGTTAAAGCAAGGGTAGCTGCCGGAAAGGTGGTGATAACCGTTGGCGGTGGTGGGTTACCGGTTAttgctgt > 5:427593/1‑135 (MQ=255)
gaTGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGt < 3:60421/138‑1 (MQ=255)
gaTGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGt < 3:151846/138‑1 (MQ=255)
gaTGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGa < 1:542522/140‑1 (MQ=255)
gaTGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGACAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGt < 4:459355/138‑1 (MQ=255)
gaTGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGGCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGa < 1:240607/140‑1 (MQ=255)
tGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCAATGAAAAATAAACGGTTTAAGCGCAGGTAGATGCCGGCAAGGTGGGGCTCACCGTTGGCCGTGGTGGTTTCACTGTTATTCGTGaat > 8:9032/1‑139 (MQ=255)
tGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCAATGAAAAAGCAACGGTTTAAGGTGTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTTGCGGTGGGGGTATACCTGTTATTAGTGAAg > 8:305062/1‑140 (MQ=255)
cGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGGTGATATCATTGAAAAAGAAACGGGTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGGGGTGGTATCCCGGTTTTTAGTGAAg > 3:160968/1‑138 (MQ=255)
cGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCGTAGCCAAAAACCGTGGGTATGATTGAAAAAGAAAAGGTTAAAGCTCAGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACACATGGCCGTGGGGGTATCACGGTTATTAGTGTAg > 4:295648/1‑138 (MQ=255)
gTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAGGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAAc < 2:382324/140‑1 (MQ=255)
cgcgGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCCAAACCGGGTGATATCATTGAAAAAGAAACGGGTTAAGCTCTGGTTGATGCCGGCCAGGTGGTGATCACCGTTGGGGGGGGTGGGATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCa > 2:401623/1‑140 (MQ=255)
tATCGTCGTGTCGTTGCTTCTCCAAAACCGGGTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCTGACAGGGGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTTGTATCCCTGTTATTCGTGAATGTAACCATCTGCg < 6:209127/140‑1 (MQ=255)
tATCGGCGTGTCGTTGCTTCGCCATAACCGGGTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCg < 2:268446/140‑1 (MQ=255)
gaTCGTCGTGTCGTTGCTCCGCCAAAACCGTTTGATCTCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTg < 4:495695/137‑1 (MQ=255)
tgtcgtTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATTCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTAGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCa > 2:578078/1‑140 (MQ=255)
gtcgtTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATAATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTATATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGGTGGCGGTGGTGGTATCCCTGGTATTCGTGAAGGTTACCATCTGCGTGGTGCCAg > 8:444543/1‑140 (MQ=255)
gtcgtTGCTTCGCCAAAACCCGTTGATATCATTGAAAAAGCAACGGTTTAATCACTGGTATAAGCCGGACAGGTTGTGATCACCGTTTGCGGTGGTGGTATCCCAGGTATTAGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAg > 8:443706/1‑140 (MQ=255)
cgtTGCTTCGCCAAAACCGGGTGATATCATTGAAAACGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAgcg < 8:161659/140‑1 (MQ=255)
gcctCGCCAAAACCGGGTGATATCATTGAAAACGAAACGGTTAACGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGAGCACCGTTGGCGGTGGTGGTCTCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCggg < 6:38675/137‑2 (MQ=255)
ttCGCCATAACCTGTTTATATCATTGAAAAAGTAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTTGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTTGTGCCAGCGCGGt < 3:295648/138‑1 (MQ=255)
ttCGCCAAAACCGGTTGATATCATTTAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCGGTTa < 7:60587/140‑1 (MQ=255)
ttCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCGGTTa < 7:202404/140‑1 (MQ=255)
ttCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCGGTTa < 2:430548/140‑1 (MQ=255)
ttCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCGGTTa < 1:363194/140‑1 (MQ=255)
ttCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCGGTTa < 1:8234/140‑1 (MQ=255)
ttCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGCTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCGGt < 3:145346/138‑1 (MQ=255)
tCGCCAAAACCGGTGGATCTCATTGAAAAAGAAACGGTTTACGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGTCGGTGGTGGGATCCCTGTTATTCGGGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCGGTTAt < 5:394128/140‑1 (MQ=255)
cAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCGGTTATCGAt < 1:450616/140‑1 (MQ=255)
aaaaCCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGTAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCGGTTATCGATa < 1:19453/140‑1 (MQ=255)
aaaaCCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCGGTTATCGa < 3:559213/138‑1 (MQ=255)
aaaaCCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCGGTTATCGa < 4:192634/138‑1 (MQ=255)
aaaaCCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGGTAAAGCTCTGGTCGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCGGTTATCGATa < 2:330097/140‑1 (MQ=255)
ggTAGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCGGTTATCGATAAAGa < 3:303695/138‑1 (MQ=255)
gTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCGGTTATCGATAAAGACTg > 1:363494/1‑140 (MQ=255)
gTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCGGTTATCGATAAAGACTg > 5:6791/1‑140 (MQ=255)
ttGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCGGTTATCGATAAAGACTgg > 2:578431/1‑140 (MQ=255)
|
TCCTCAACCCGACCAAGCCGATCGGTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCGGTTATCGATAAAGACTGG > NZ_CP022686/1632369‑1632640
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
