Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A28 F11 I0 R1
|
246 |
10296.8 |
9866480 |
98.4% |
9708616 |
135.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
1,632,501 |
T→G |
10.4% |
V166G (GTT→GGT) |
arcC → |
carbamate kinase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 1,632,501 | 0 | T | G | 10.4%
| 390.3
/ 4.8
| 223 | V166G (GTT→GGT) | arcC | carbamate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (67/125); new base G (26/4); total (93/130) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.57e-08 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
CCGGCATTCCTCAACCCGACCAAGCCGATCGGTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCGGTTATCGATAAAGACTG > NZ_CP022686/1632362‑1632639
|
cGACCAAGCCGATCGGTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGaaa > 6:485502/1‑138 (MQ=255)
aCCAAGCCGATCGGTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAAACGGGTGATATCATTGAAAAAGa > 2:1061101/1‑140 (MQ=255)
aCCAAGCCGATCGGTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAAACCGTTGATATCATTGaaaaata > 7:1065206/1‑138 (MQ=255)
aCCAAGCCGATCGGTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCGTCGCCAAAACCGGTTGATATAATTGaaaaaaa > 4:378561/1‑138 (MQ=255)
aCCAAGCCGATCGGTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCAACTGACAAAATAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGCTCGCGGCTATCGACGTGTAGATGCGTCGACAAAACCGGTTGATTTCAATGAAAAAGa > 4:734712/1‑140 (MQ=255)
ccAAGCCGATCGGTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTTATATCATTGAAAAAGaa > 4:498757/1‑140 (MQ=255)
ccAAGCCGATCGGTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGaa > 2:782271/1‑140 (MQ=255)
ataggTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGTTAACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGAGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTaa < 4:480702/137‑1 (MQ=255)
agcGGTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGtt < 6:791953/136‑1 (MQ=255)
aTCGGTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCTTTGCTTCGCCAAAACCGGGTGATATAATTGAAAAAGAAACGGTTaa > 8:224881/1‑140 (MQ=255)
aTCGGTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGGGGGGGTTCTTAGCCAAAAACGGTTGATATCATTGAAAAATAAAACGTTat > 1:388369/1‑139 (MQ=255)
tCGGTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTAGCCAAAAACCGGTGATATCATTTAAAAAGAAAAGGTTtaa > 2:839680/1‑140 (MQ=255)
cGGTTCTTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGACGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGGTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAg < 7:292307/140‑1 (MQ=255)
cGGTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAATAAACGGTTaa > 6:16841/1‑138 (MQ=255)
cGGTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAg < 4:67098/140‑1 (MQ=255)
cGGTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCAATCGTCGTGTCATTTCATAGCCCAAACCGCTTGAAAAAAATTAAAAAGAAACCATTaa > 5:312294/1‑138 (MQ=255)
gttcgttcTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGTGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGct < 3:1071081/140‑1 (MQ=255)
gtgcgtgcTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGACACGGTTAAAGct < 3:949545/137‑1 (MQ=255)
ttcTTTACCGAGCAAGAAGCAGATCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTg < 5:727409/138‑1 (MQ=255)
ttcTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACACAACAGGGTTACACTCTGAAAGAATATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTTATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGt < 1:1263052/140‑1 (MQ=255)
ttcTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTGACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGATATCGTAGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACAGGTTTATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTg < 6:425439/138‑1 (MQ=255)
tttACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGa < 1:272847/140‑1 (MQ=255)
aGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGGTTCGGCAAAACCGGTTTATATCATTTAAAAAGAAACGGTTAAAGATATGGTAGATGGCggg > 3:287090/1‑139 (MQ=255)
aGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATAATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTGTGGGAGATGCCggg > 2:51657/1‑139 (MQ=255)
aGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTAGCCAAAAACGGTTGATATAATTGAAAAAGAAACGGTTAAATCTAGGGTTGATGCCggc > 7:3643/1‑139 (MQ=255)
aGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGGTACACTCTGAAAGAAGCTGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCGTCTCCCCAACCGGTTGATATAATGGAAAAAAAAACGGTTGAAGCGCAGGTAGATTcctta > 7:660101/1‑137 (MQ=255)
gCAAGCAGCAGAGCTACTGACAAAACACGGTTACACTCTGAAATAAGATGCGGGTCTCGGCTATCGTCTGGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCgg < 5:1074111/138‑1 (MQ=255)
gaagCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAg < 5:99446/138‑1 (MQ=255)
acgctgtgCTAGTGACAAAACAGGGTTACACTCTGACAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAACAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAggtg < 1:1084122/133‑1 (MQ=255)
agCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGa < 6:929670/138‑1 (MQ=255)
agCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATc < 4:806670/140‑1 (MQ=255)
agCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGGCGGTGCTTCGCCCAAACCCGTTGATATGAATGAAAAAGAAACGGTGTAAGGAGTGGGAGCTGCCGGACAGggggtgtta > 7:986294/1‑137 (MQ=255)
cTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGGGTCGCCAAAACCCGTTGAAATAATTTTAAAATAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATTCCGGACATGTGGTGATCAcccg > 1:128990/1‑138 (MQ=255)
gACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGGTTCGCCCAAACCGGTTGATATCATTTTAAAAGAAACGGGTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGCCAGGGGGTGATCACCgg > 5:1195062/1‑137 (MQ=255)
aaaCATGGTTTCACTCTGATAGTAGATGCGGGTCGCGGCTATCGGCGTGTAGTTGCTTCGCAAAAACCGGTATATATCATTGAAAACGAAACGGTTAAAGCTCTGGTTGATGCCGGACAGGTGGTTATCACCGTTGGCgg < 3:704914/140‑1 (MQ=255)
caccggggTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCTGCGATCGGCGTGTCGTGGCTTAGCCAAAACCGGCTGATATCATTGAAACAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCggt < 8:894641/136‑1 (MQ=255)
cAGGGATACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCggtgg < 8:483457/140‑1 (MQ=255)
gggTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTGGTTGGTTAGCCAAAACCGGTTGATATAATTGTAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGGCGGACAGGTGGTGATCACCCTTGGCgggggtg > 3:560322/1‑140 (MQ=255)
gTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCggtggtggt < 7:1165180/140‑1 (MQ=255)
gTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTAGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATAACCGGTGGCggtgggggt > 8:800248/1‑140 (MQ=255)
tACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGGCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTAt < 7:244245/140‑1 (MQ=255)
tACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGGCGTGTCGTTGCTTCGCCAACACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCggtggtggt < 6:455821/138‑1 (MQ=255)
acacTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATc < 1:240463/140‑1 (MQ=255)
cacTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCTCCAAAACCGGGTGAGATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTTGTAGGTGCAGGGAAGGTGGTGATCACCGTTGGGGTGGGTGGTGTcc > 2:208654/1‑140 (MQ=255)
tGAAAGAAGATGCTGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCATCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAACAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTTGTGATAACCCTTGGCGGGGGTGGGATCCCTGtt > 1:794405/1‑140 (MQ=255)
tGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTGGTTGGGTAGCCCAAACCGGGTGGTATCATTTAAAAATAAACGGGTAAAGCTCTGGTTGATGCCGGCCAGGTGGTGATCACCGGTGGCGGGGGTGGTGTACCAGtt > 7:503319/1‑140 (MQ=255)
tGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTGGTTGCTTAGCCAAAACCGGTTGTTATCATTGAAAAAGAAACCGGTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGTTCACCGGTGGCGGTGGTGGTTTCCCTGtt > 3:244794/1‑140 (MQ=255)
tGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTTCTTCGCCAAAACCGGTTGATTTCATTGAAAAATAAACGGTTTAAGCTCTGGTATATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCGGtt > 2:523680/1‑140 (MQ=255)
tGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTTTCCCTGtt > 2:483681/1‑140 (MQ=255)
tGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATAATTGAAAAAGAAACGGTTAAATCTCTGGTAGATGCCGGACAGGGGGTGATCACCGGTGGCGGTGGTGGTATCCCTGtt > 2:612911/1‑140 (MQ=255)
tGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTAGGCCAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAAAGGGGTTAGCTCTTGGTGATTCCGGACAGGGGGTGATCACCGGTGGCGGTGGGGGTATACCTGtt > 2:419097/1‑140 (MQ=255)
tGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGGTGGTTCGCCCAAACCGGTTGATATCATTGTAAAATAAACGGTTAAAGCTCGGGTTGATGCCGGCCCGGTGGTGATCACCGTGGGCGGGGGGGGTGTCCCTggt > 8:165974/1‑138 (MQ=255)
tGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGGCGTTGGTTCGCCAAAACCGGGTGGTATCATTGAAAAAGAAACGGGTAAAGCGCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGCTCCCCGGTGGCGGGGGGGGTTTACCGGtt > 2:241769/1‑140 (MQ=255)
aaaGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTTCGTCGCCAAAACCGGGTGATATAAATTAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGGGGTGTTAACCGGTGGGGGTGGTGGTAAACCTGtt > 5:158521/1‑138 (MQ=255)
agaagaTGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTGGTTTATTCGCCAAAACCGGGTGTTATAATTAAAAAACAAAAGGGTAAAGCTCTTGTAGAGGCCGGACAGGTGGTGATCACCGGTGGGGGTGGTGGGATCCCGGTTAt > 6:735106/1‑138 (MQ=255)
agaagaTGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGGCGTTGGTTCGCCAAAACCGGGTGTTATAATTGAATAAGAAAAGGTTTAAGGTCTGGGTTTTGCCGGACAGGTGGTGATTACCGTTTGGGGGGGTGGTTTACCTGTTAt > 5:574245/1‑138 (MQ=255)
aagaTGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTTGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTc < 6:242570/138‑1 (MQ=255)
aagaTGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGt < 7:212360/140‑1 (MQ=255)
gaTGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAACCGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGtta < 4:632703/140‑3 (MQ=255)
gaTGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGt < 5:485502/138‑1 (MQ=255)
gaTGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGa < 4:345231/140‑1 (MQ=255)
gaTGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGa < 8:639354/140‑1 (MQ=255)
gaTGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGa < 8:373453/140‑1 (MQ=255)
gaTGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCATCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGt < 5:214880/138‑1 (MQ=255)
gaTGCGGGTCGCGGCTATCGTCGGGGCGGTGCTTCGCCAAAACCGGTGGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGa < 3:1205188/140‑1 (MQ=255)
gaTGCGGGGCGCGGCTATCGTCGTGGCTTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGa < 1:915884/140‑1 (MQ=255)
ttGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGAAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGaa < 3:108122/139‑1 (MQ=255)
tGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTAGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATACCTGTTATTAGTGa > 6:109727/1‑138 (MQ=255)
cGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAATGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAg < 6:1187244/138‑1 (MQ=255)
cGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCggtgg < 3:356457/115‑1 (MQ=255)
cGGGTCGCGGCTATCGTCGTGGCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGt < 1:903290/140‑1 (MQ=255)
gggTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTGCGCCAAACCCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGCTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTa < 4:215345/140‑1 (MQ=255)
tCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCGTCGCCAAAACCGGTTGTAATCAATGAAAAAGAAACCGTTAAAGCTCTGGTAGAAGCCCGCCAGGTGGTGCTAACCCTTGGCGGTGGTGGTAAGCCAGGTATTCGTGAAGGTAAcc > 2:1137500/1‑140 (MQ=255)
gggCTATCGTCGTGGCGTTGCTTCGCAAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAATAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGAGAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATc < 1:292214/139‑1 (MQ=255)
gggCTATCGTCGGGTCGTTGCTTCGCCAAATCCGGTTGATATCATTGAAAAAGTACCGGTTAAAGCTCTGGTAGTTGCCGGACAGGTGGTTATCACGGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATc < 7:920701/139‑1 (MQ=255)
tATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCg < 3:803576/140‑1 (MQ=255)
tATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCg < 8:454567/140‑1 (MQ=255)
tATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCg < 3:213574/140‑1 (MQ=255)
tATCGTCGTGTCGGTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTg < 6:150611/138‑1 (MQ=255)
gtggcgtTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATAGAAAAAGAAACGGGTAAAGCTGTGGTAGAATCCCGCCAGGTGGTGAACACCGATGGCGGTGGTGGTATCCCAGGTATTAGGTAAGGTAACCATCAGCgtggtggc > 4:294450/1‑138 (MQ=255)
gtcgtTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAATAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAg > 2:803955/1‑140 (MQ=255)
gtcgtTGCTTCGCCAAAACCCGTTGATATCAATGAAAAAGAAAAGGGTTAAGCTCTGGTATATGCCCGACAGCTGGTGATCACCGTTGGCGGTTGTGGTATCCCTGTTATTGGAGAATGTAACCATATGCGTGGTGcc > 6:720512/1‑138 (MQ=255)
gtcggTGCTTCGCCACAAACGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTATATTCCGGCCAGGGGGTGATAACCGTTGGCGGTGGTTGTATCACAGTTATGAGTGAAGGTAACCAGATGCGTGGTTCCAg > 8:939006/1‑140 (MQ=255)
cgtTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGACACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAgcg < 1:1196419/140‑1 (MQ=255)
cgtTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAg < 5:884178/138‑1 (MQ=255)
cgtTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGGGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAgcg < 3:1143045/140‑1 (MQ=255)
cgtGGCTTCGACAAAACCGGTTGAAATCATTGAAACAGAAACGGTTAAAGCACTGGTAGATGCCTGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTTGTATCCCTGTATTGCGTGAATGTAACCATCTGATTTTTGCCAgcg < 2:1219472/140‑1 (MQ=255)
gCTTCGCCAACACCGGGTGATATCATTGAAAACGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCGGt < 8:126970/140‑1 (MQ=255)
ttCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGGGGTGATCACCGTGGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGGAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCGGTTa < 8:1132807/140‑1 (MQ=255)
ttCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCGCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCGGTTa < 7:1025112/140‑1 (MQ=255)
cGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGTTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTAGTGAAGGTAACCATCTGCGTTGTGCCAGCGAGGtttta > 1:608638/1‑137 (MQ=255)
gCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGt < 1:562405/109‑1 (MQ=255)
ccAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTCTCCCTGTGATTCGGGAAGGTAACCATCTGCGGGGTGCCAGCGCGGTTATc > 6:1150301/1‑138 (MQ=255)
cAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCGGTTATCg < 5:16841/138‑1 (MQ=255)
aaaaCCGGTTGATATCATTGTAAAAGAAACTGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTTGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCGGTTATCGATa < 3:645141/140‑1 (MQ=255)
aaaaCCGGTTGATATCATTGAAAAATAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCGGTTATCGATa < 2:736887/140‑1 (MQ=255)
aaaaCCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAATCTCTGGTAGATTCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGTTGGTGGTATACCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCGGTTATCGa < 6:533122/138‑1 (MQ=255)
aaaaCCGGTAGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCTGTTATCGATa < 8:525178/140‑1 (MQ=255)
ccGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCGGTTATCGATAAAGa < 4:1032220/140‑1 (MQ=255)
gTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCGGTTATCGATAAAGACTg > 1:533310/1‑140 (MQ=255)
|
CCGGCATTCCTCAACCCGACCAAGCCGATCGGTTCGTTCTTTACCGAGCAAGAAGCAGAGCTACTGACAAAACAGGGTTACACTCTGAAAGAAGATGCGGGTCGCGGCTATCGTCGTGTCGTTGCTTCGCCAAAACCGGTTGATATCATTGAAAAAGAAACGGTTAAAGCTCTGGTAGATGCCGGACAGGTGGTGATCACCGTTGGCGGTGGTGGTATCCCTGTTATTCGTGAAGGTAACCATCTGCGTGGTGCCAGCGCGGTTATCGATAAAGACTG > NZ_CP022686/1632362‑1632639
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
