Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F999 I0 R1
|
76 |
68.2 |
5140122 |
96.8% |
4975638 |
49.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,354,915 |
G→A |
intergenic (‑198/+39) |
lysU ← / ← dtpC |
lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,354,915 | 0 | G | A | 100.0%
| 324.8
/ NA
| 83 | intergenic (‑198/+39) | lysU/dtpC | lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (35/48); total (35/48) |
TGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT > NC_000913/4354870‑4354961
|
tGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg < 1:2057254/50‑1 (MQ=255)
ggTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt > 1:1852279/1‑50 (MQ=255)
gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt > 1:3519263/1‑49 (MQ=255)
gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt < 1:108399/49‑1 (MQ=255)
tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt > 1:4773848/1‑49 (MQ=255)
ttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa > 1:2219234/1‑50 (MQ=255)
ttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa > 1:4076654/1‑50 (MQ=255)
tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt > 1:2034210/1‑50 (MQ=255)
aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt > 1:5122526/1‑50 (MQ=255)
aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt < 1:537561/50‑1 (MQ=255)
aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt < 1:4419598/50‑1 (MQ=255)
aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt < 1:4865281/50‑1 (MQ=255)
aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt < 1:1812690/49‑1 (MQ=255)
aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt < 1:3893723/49‑1 (MQ=255)
aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt < 1:253877/49‑1 (MQ=255)
tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt < 1:4257938/50‑1 (MQ=255)
tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt > 1:605688/1‑50 (MQ=255)
gACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt > 1:2001934/1‑50 (MQ=255)
aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt > 1:2775710/1‑49 (MQ=255)
aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt > 1:1630981/1‑49 (MQ=255)
aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc < 1:684784/50‑1 (MQ=255)
cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa < 1:5129439/50‑1 (MQ=255)
cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa < 1:578407/50‑1 (MQ=255)
cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa > 1:2661846/1‑50 (MQ=255)
ttattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa > 1:219070/1‑49 (MQ=255)
tattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt > 1:1610573/1‑49 (MQ=255)
attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt < 1:4868980/48‑1 (MQ=255)
attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa > 1:3517513/1‑50 (MQ=255)
attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATa < 1:1933508/49‑1 (MQ=255)
attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATa < 1:4493800/49‑1 (MQ=255)
ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa < 1:1367097/49‑1 (MQ=255)
ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa < 1:778767/49‑1 (MQ=255)
ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc < 1:2257004/50‑1 (MQ=255)
ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc < 1:3116924/50‑1 (MQ=255)
taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc > 1:824834/1‑49 (MQ=255)
aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCaa > 1:1621999/1‑50 (MQ=255)
aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCaa < 1:136035/50‑1 (MQ=255)
aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCa < 1:1713586/49‑1 (MQ=255)
aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCa < 1:1516237/49‑1 (MQ=255)
aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCa < 1:4904410/49‑1 (MQ=255)
ctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt > 1:3660292/1‑50 (MQ=255)
tcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg > 1:4733575/1‑50 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt < 1:2000751/47‑1 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg < 1:3533525/48‑1 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt > 1:1199587/1‑50 (MQ=255)
gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACAAAt < 1:1802134/46‑1 (MQ=255)
tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt < 1:4270576/50‑1 (MQ=255)
tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt < 1:2567230/50‑1 (MQ=255)
tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttttt < 1:3752940/49‑1 (MQ=255)
tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa > 1:711644/1‑50 (MQ=255)
tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa > 1:3348908/1‑50 (MQ=255)
gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa < 1:3412233/49‑1 (MQ=255)
gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa < 1:3810307/49‑1 (MQ=255)
gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc > 1:3108006/1‑50 (MQ=255)
ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACg < 1:391337/50‑1 (MQ=255)
ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACg < 1:5098985/50‑1 (MQ=255)
ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACg < 1:3618206/50‑1 (MQ=255)
tAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa > 1:3007983/1‑50 (MQ=255)
gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGAc < 1:2275934/49‑1 (MQ=255)
gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGAc < 1:3569971/49‑1 (MQ=255)
tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg > 1:4993556/1‑50 (MQ=255)
tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg > 1:1063868/1‑50 (MQ=255)
gtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt > 1:560791/1‑50 (MQ=255)
ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt < 1:4905834/49‑1 (MQ=255)
ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt < 1:532606/49‑1 (MQ=255)
tataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt > 1:3917606/1‑49 (MQ=255)
ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTa < 1:1524606/49‑1 (MQ=255)
ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTa < 1:2681067/49‑1 (MQ=255)
taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa < 1:1322391/49‑1 (MQ=255)
taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa < 1:3853036/49‑1 (MQ=255)
taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa < 1:3477576/49‑1 (MQ=255)
taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt > 1:4649545/1‑50 (MQ=255)
taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt > 1:4941814/1‑50 (MQ=255)
taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt > 1:2567130/1‑50 (MQ=255)
taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt < 1:2255554/50‑1 (MQ=255)
taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt > 1:2228839/1‑50 (MQ=255)
aaaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc > 1:922367/1‑50 (MQ=255)
aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg > 1:3638931/1‑50 (MQ=255)
aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg < 1:3935747/50‑1 (MQ=255)
aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGt < 1:1633383/50‑1 (MQ=255)
aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGt < 1:1559312/50‑1 (MQ=255)
aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGt > 1:1028581/1‑50 (MQ=255)
aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGt < 1:4061105/50‑1 (MQ=255)
|
TGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT > NC_000913/4354870‑4354961
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
